袁世凯出于无奈取消了帝制，但他仍然想力图保住自己的大总统的职位。他在撤消帝制的申令中，已经以“本大总统”的名义发号施令了，“本大总统”这几个字是袁世凯亲自加上去的。这是他“点睛传神”之笔。3月25日，袁世凯以黎元洪、段祺瑞和徐世昌的名义，致电蔡锷、唐继尧和陆荣廷等，称大家取消帝制的目的已经达到，可以停止干戈，一起进行善后工作了，同时又命令四川将军陈宦和蔡锷谈判停战事宜。4月6日，袁世凯又向护国军提出了6项议和条件：（一）滇、黔、桂三省取消独立；（二）三省治安由三省长官负责维持；（三）三省新兵一律解散；（四）三省派驻战地的所有兵士退回原驻地点；（五）三省官兵从即日起不再和官兵交战；（六）三省各派一个代表来京，筹商善后事宜。这显然不是什么议和条件，而是以战胜者的姿态图谋解除护国军的武装，施以缓兵之计，以便日后卷土重来。这种条件护国军方面当然是不会接受的，蔡锷不为窃国大盗的阴谋所动，决心将护国战争进行到底，迫使袁世凯退出政治舞台。
针对袁世凯的6项条件，蔡锷和唐继尧等立即发出通电，拒绝承认袁世凯的总统地位，并针锋相对地提出了6条议和条件：（一）袁世凯立即退位，可以免于一死，但必须逐出国外；（二）诛除帝制祸首杨度等13人以谢天下；（三）大典筹备费及用兵费6000万元，应查抄袁及帝制祸首的财产加以赔偿；（四）袁氏子孙三世均应剥夺公民权；（五）按照约法，由黎元洪继任大总统；（六）除国务员外，所有文武官员一律照旧供职，但关于军队驻地，须接受护国军的指令。
不仅是护国军决心反对袁世凯继续担任总统，全国各地的反袁斗争也在继续进行。孙中山从日本回到上海，坚决主张把反袁斗争进行到底。他再次发表了《讨袁宣言》，号召全国人民以爱国主义的精神，团结起来，共同对敌。各省的国民党人奋起响应，全国各阶层人民亦纷纷声讨，形成了对袁世凯的强大舆论攻势。4月6日，袁世凯的爪牙、广东将军龙济光在梁启超等的苦劝下，为形势所迫，宣布广东独立；4月12日，浙江也宣布独立。袁世凯企图作最后的挣扎，任命段祺瑞为国务卿兼陆军总长，拉拢北洋势力，组织“战时内阁”，准备以武力打开新局面。
蔡锷清醒地认识到形势的严峻性和复杂性，他在要求袁世凯下台的同时，又呼吁继续作好战争的准备，不要对袁世凯抱有幻想。护国军以及反袁独立的几省为了对抗袁世凯及其独裁政权，联合南方各省的反袁力量，积极筹建统一的机构，以便处理军政大事。5月8日，护国军在广东肇庆成立护国军军务院，推唐继尧为抚军长，蔡锷、陆荣廷、龙济光、梁启起、刘显世、岑春煊、李烈钧等为军务院抚军，梁启超为政务委员长。护国军军务院成立以后，发表宣言，取消袁世凯的总统资格。军务院的成立表明了护国军袁退位的决心，进一步鼓舞了全国人民反袁斗争的信心，对形势起到了积极的推动作用。
随着全国范围内反袁力量的不断发展壮大，袁世凯的一些心腹和爪牙也不得不考虑自己的出路，改变对袁世凯的态度。5月9日，陕南镇守使陈树藩宣布“独立”，驱逐了陕西将军陆建章，自任陕西都督；5月22日，四川将军陈宦慑于军民的要求，不得不宣布四川“独立”，同时“与袁氏个人断绝关系”。5月29日湖南将军汤芗铭也宣布湖南“独立”。袁世凯的日子越来越不好过了，在一片众叛亲离声中，垂头丧气，从此一病不起。6月6日，袁世凯这个窃国大盗终于一命呜呼了。袁世凯逆历史潮流而动，卖国求荣，企图复辟帝制，最后落得个历史罪人的下场，为世人所不齿。蔡锷等发动的护国战争，维护了新兴的资产阶级共和制度，维护了辛亥革命的胜利果实，在反对复辟封建帝制方面，符合社会发展的客观要求，因而得到了广大人民的支持。蔡锷作为护国军的主要领导人，在发动和指挥战争的过程中坚决果断，置个人生死于不顾，带病坚持在前线战斗，其精神更是难能可贵。尽管护国战争取得了胜利，但它却并没有改变也不可能改变当时中国半封建半殖民地社会的性质。战争虽然打垮了袁世凯，但取而代之的仍然是北洋军阀的反动统治。