1897年，谭嗣同完成了《仁学》一书的撰写工作，全书5万多字。《仁学》抨击封建专制制度和封建的纲常名教，宣传资产阶级民主思想，及反清思想为核心，全面地展示谭嗣同关于哲学、社会政治、民主及反清思想等方面的思想。
谭嗣同闪耀着朴素唯物主义和民主、自由、平等光辉的思想，是19世纪末特殊的时代和个人独特的生活经历所造就的。19世纪末年，西方资本主义国家自然科学和社会及政治学说纷纷传到中国。谭嗣同从少年起开始接触译自外国的图书和实物，对这些全新的知识，他表现出如饥似渴的追求精神。早年，他的教师欧阳中鹄，除了传统文化知识非常渊博之外，还对西方的自然科学有着广泛的兴趣，尤其是在算学方面有较深的研究。
在这样一位学贯古今博通中外老师的熏陶和影响下，谭嗣同四处游历，每到一个地方，他总要探访这个地方特有的先进仪器和设施。在给欧阳中鹄的信中，他曾向他老师汇报北游途中会见傅兰雅，在那里看到古生物的化石、计算器、爱克司机。这些使谭嗣同逐渐形成对西方资本主义国家科学技术发展状况的基本认识，使他开始深入地思考中国科学技术落后的原因。同时，西方自然科学和生产技术日新月异的发展也开阔了他的眼界，丰富了他的见识。由此，他感到中国落后于列强的重要原因是科学不兴，民智未开。所以在朋友的协助下，他创立金陵测量会，后来又在湖南捐资兴建浏阳算学馆，研究科学理论，普及科学知识，用科学知识武装起来的头脑自然会对人们考察近代中国的发展产生积极的影响。
近代报刊杂志为谭嗣同了解西方资本主义的政治制度提供了一个重要的途径。中法战后，列强不断加紧了侵略和瓜分中国的步伐。谭嗣同在创深痛巨的民族危机刺激下，开始揭开中国与列强在社会政治制度上歧异的奥秘。他羡慕德国和日本，认为俾士麦和伊藤博文是两位厉行改革的杰出人物，他们的工作使得原本孱（ch2n）弱的德国和日本一跃步入世界新兴强国的行列。他批评那些以为“船坚炮利”是国家强盛唯一原因的观点，是“不得要领”。在考察日本和德国的历史之后，他清醒地认识到，国家富强的根本在于是否建立了一个先进的政治制度。因而，他相信，“果真能变革一切弊法，不出十年，中国一定能够自立”。
谭嗣同从师欧阳中鹄期间，他刻苦读书，那些优秀的历史文化传统滋润了他的心田。墨子思想中平等兼爱，黄宗羲讲求实学、批判封建制度，魏源倡导“经世致用”，早期维新思想家王韬、薛福成、郑观应等传播的民主政治的制度和思想都对谭嗣同的思想发展产生了重大的影响。
谭嗣同的生活经历也是造就他产生进步思想的重要因素。从幼年起，谭嗣同就饱尝了社会和人生的辛酸。虽然他生长在官宦之家，但是却没有享受到更多的母爱；父亲受制于庶母，对他又十分严厉无情。待他年长时回忆起童年时代，仍愤愤不平：“我从小到大，一直遭受封建纲常名教的折磨，在苦难中挣扎，大概不是活着的人所能忍受，濒临死亡的边缘已有多次了。”正是这种特殊的生活感受，他没有在封建的论理道德面前屈服而轻生，相反，他感悟到人生命的价值是为了他人，为了社会，为了整个民族的命运。因此，他的思想挣脱了封建专制皇权至高无上的禁锢，而畅言无忌；他的行动摒弃了个人的名利、地位、富贵、荣辱，而为了维新变法赴汤蹈火。尤其是30岁前后，游历大山名川，结交变法同志，体尝百姓痛苦，更坚定了谭嗣同改革君主专制制度，使中国走向富强的决心。
由于社会、历史和个人的经历的作用，谭嗣同养成了一种特殊的性格，产生了独到的思想。在《仁学》一书中，主要表现在哲学思想、社会政治思想和反清的思想。
谭嗣同的哲学思想体现了鲜明的唯物主义倾向。中国历史上的思想家在回答世界的本原是什么时，尽管有不同的回答，但大多数人都未能摆脱唯心主义的羁（j9）绊，认为世界是由精神属性的东西构成的。谭嗣同根据自己对西方自然科学知识的了解，提出“以太”是世界本原的学说。
远在数千年以前的古希腊，华达哥拉斯派提出了“以太”这一概念。19世纪中叶，英国物理学家马克斯威尔创立电磁理论时，曾假定“以太”是一种传导电、光、热、磁的媒质，并用以说明物质的相互关系与物质运动的连续性。不久，严复和英国传教士傅兰雅把“以太”概念传到中国。谭嗣同从中国古代哲学中找出“仁”这个伦理学范畴，加以改造，拿来与“以太”相配合，以自然规律来解释客观世界的复杂现象。认为世界上各种现象的关联、变化、结合与依存，都是“以太”的作用，并且把“以太”这种沟通世界成为一个整体的作用称作“仁”，而“仁为天地万物的本源”，所以把这种学问叫作“仁学”。
谭嗣同力图说明“以太”是不生不灭的，永存的，这种不生不灭的存在是不受任何超自然的神秘力量所主宰。而是随着“以太”不间断地运动和转换而处于日新的状态中，“以太”遵循一定的规律运动，整个宇宙也就以此方式永恒地存在下去。
谭嗣同对“以太”的研究是建立在他对西方科学知识的了解基础上进行的。虽然，他对光热电磁的知识十分贫乏，还没有借助科学器仪的实验进行研究，但是却为他在社会政治方面提出冲击封建网罗提供了哲学基础。
谭嗣同的哲学思想和社会政治思想是紧密联系的。他提出了一个达到理想社会的途径：“仁——通——平等”，他认为可以用这一命题来考察和衡量一切的社会问题。通，就是去掉界限，仁的第一个根本要求就铲除君臣、父子、夫妇、男女、长幼……等的界限，使他们均处于平等的地位、享有平等的权利。但是，中国几千年的历史都是在“君为臣纲、父为子纲、夫为妻纲”，“仁、义、礼、智、信”等以维护封建专制君权为核心的伦理道德的重压之下，封建帝王正是凭借这禁锢人们思想，束缚人们行为的道德准则和行为规范，使人们俯首贴耳地接爱统治，维系封建王朝的长治久安。为了建立理想的社会，谭嗣同放达地发出冲破封建网罗的呐喊。
在维新变法期间，谭嗣同对封建专制制度和封建意识形态的批判，不仅其深刻性和彻底性远远地超过中国历代和同时代的思想家，而且这一批判所具有的理论性、系统性和所表现出来的勇敢无畏的精神达到了那一时代的最高水平。在谭嗣同的胸中，对祖国的热爱和对封建专制制度及封建意识形态的痛恨，交织在一起，像积压在火山之下的岩浆，奔腾而泻：“初当冲决利禄之网罗，次冲决俗学若考据、若词章之网罗，次冲决全求群学之网罗，次冲决君主之网罗，次冲决伦常之网罗，次冲决天之网罗，次冲决全球群教之网罗、终将冲决佛法之网罗。然真能冲决，亦自无网罗，真无网罗，乃可言冲决。故冲决网罗者，即是未尝冲决网罗。”在这里，封建的君主制度、奴役人的伦理道德、繁琐无用的考证写作诗文、包括佛教的各种宗教都被谭嗣同认作是禁锢、折磨人的罗网。因为民“取代”“忠君”，把国家与国民结合起来，是谭嗣同思想的精华所在。
谭嗣同主张建立平等的父子、夫妻关系。他从男女平等、婚姻自由的思想出发，提出男女选择爱人，都要遵循两厢情愿的原则，而不得男方强加于女方。
在君臣、父子、夫妇、兄弟和朋友中，谭嗣同认为只有朋友之间的关系是最完美的，这种关系体现出“平等、自由、尊重主权”的精神。要破除“三纲”之害，首在铲除君臣关系。谭嗣同注意到君臣关系是“三纲”中的核心，实现了君臣关系的平等，铲除了封建专制制度，改变其他父子、夫妻的关系才有了保障。
谭嗣同对“三纲”的批判，标志着资产阶级对封建伦理道德的清算已经步入理论和系统的水平。就此而言，他的思想远远地走在康有为等人的前边。
谭嗣同对历代统治者以及清政府所实行的专制统治进行了深刻的揭露，表现出民主革命的色彩。
谭嗣同首先从论理上说明了古来并无君臣，而后才有，君臣本来是平等的，君权并非是上帝授与的，借以从根本上摧毁“君权神授”、神圣不可侵犯的立论基础。他指出：“起初，人类社会没有君臣之别，大家都无法治理公共的事情，因此大家推举一人做君。因为是大家推举的君，所以大家也一定可以废掉他。君，是为全体人民办事的人，而不是竭尽全体人民的生命财产供他骄奢淫逸的。”他指责秦始皇为了维护万世一姓的统治，发明了一切残酷暴虐人民的办法。而后世帝王竭力效法，并倡导忠君思想，为君而死。但是，“人民只有为国事而死，而决没有为君而死的道理。”因此，古代所说的“忠”是多么的愚昧呀！“忠”，即诚实的意思，怎么能只要求臣向君尽忠，而君却可以任意奴辱臣民呢？而且，历代帝王都把忠君与爱国联在一起，口口声声说“报国”，实际上民是国家的根本，报国应是为民，离开为民而谈忠，那是本末颠倒，荒谬至极。应变“忠君报国”为“为民报国”。
谭嗣同尖锐地指出中国两千年的历史，就是“秦始皇暴政”横行的历史；两千年来的帝王，都是“独夫民贼”。皇帝的权力至高无上而人民的权力全部丧失，这是中国长期以来衰弱的根本原因。因而造成中国没有平等，没有公理，各级官吏奴役百姓残忍至极。他指出，“国家的权力本来不是一个人的智慧和能力所能承担的，以区区一人，而担当亿万人的权力，就像是一人而到亿万人家里，代人谋划生产生活。这种情况就如同让小孩替有功夫的匠人砍木料，让侏儒像乌获（战国时的大力士）一样举起万钧之物。要是这样，这一人怎么能不断指而绝膑（b@n，膝盖骨）呢？”因此，他主张铲除封建专制制度，建立民主政治。
谭嗣同不仅抨击历代的专制统治，而且还把抨击的矛头对准当时的清王朝。首先，他揭露了清初统治者对汉族人民的暴行，指出那些屠杀掳掠与历史上的隋炀帝等人没有什么不同。而且，他还倡导人民学习历史上的农民领袖，揭竿而起，推翻腐败统治：“誓杀尽天下君主，使流血满地球，以泄万民之恨。”过去杀死君主是天大的罪过，今天，“贪暴的君主，人人都可起来除掉他，这一举动本来就无所谓叛逆。而叛逆的罪名是君主为恫吓天下人民而设立的。”
虽然谭嗣同的《仁学》是在他壮烈牺牲后才得以发表，但他在写作中曾请朋友阅览，他的思想和精神早已为人们传颂。