从6月到9月，康有为本人或代其他官员起草的变法奏折50多件，大部分被光绪皇帝采纳，并以上谕形式发布全国。
从6月11日到7月下旬，光绪皇帝颁布的新政主要是经济、军事、文教方面的改革。经济方面有：保护农工商业，成立农工商局，奖励发明创造；设立铁路、矿务总局，发展铁路和采矿业；设邮政局，裁撤驿站；改革财政，编制国家预算，准许旗人自谋生计，取消由国家供养的特权，等等。文化教育方面有：设立学校，创办京师大学堂，各地普遍设立中小学堂，兼习中西学科；废除八股取士，改试策论（内容为中国史事、清朝政治），开设经济特科（内容包括内政、外交、理财、农桑等专门之学，被录取的从优分发有关部门工作）；设立译书局翻译外国新书；准许设立报馆、学会；派人出国留学等等；军事方面有：裁减旧军，训练新式海陆军，陆军改练洋操，力行保甲制度，等等。从7月下旬到9月下旬，新政由经济、文教、军事方面扩展到政治方面。主要改革有：提倡官民上书容言事，命各省保荐人才；改革旧机构，裁撤闲散重叠的机构；裁汰冗员，澄清吏治，等等。
新政的内容，虽然没有涉及资产阶级维新派提出的设议院、开国会、宣宪法等政治主张，但是毕竟对旧制度进行了不少改革。变法诏书的颁布，有利于中国资本主义的发展和西方科学技术的传播，有利于具有维新思想的知识分子参预政权。因此，这次变法受到民族资产阶级和开明地主的拥护，得到爱国知识分子的支持。在变法高潮时期，“上自朝廷，下至士人，纷言变法”；一度出现了“家家言时务，人人谈西学”的政治局面，引起了社会震动。光绪帝令各省总督巡抚将6月11日以来的新政招书印刷各州县，令教官详细讲解，并在督抚衙门悬挂，这显示了光绪帝除旧布新的决心。
变法触犯了以慈禧太后为首的顽固派的利益，遭到他们的激烈反对。废除八股取士，使举国守旧迂谬之人，失其安身立命之业，自是日夜相聚，阴谋与新政为敌。撤并政府机构和裁汰冗员，将使大小官僚连带关系因之失职失业者将及万人。令旗人自谋生计，更引起惯于寄生生活的八旗子弟及守旧势力的仇视。以慈禧太后为首的从中央到地方的封建顽固势力，从变法法令下达之日起，就极力进行阻挠和破坏。对光绪皇帝的一系列关于变法和新政的诏谕，除了手无实权的某些开明帝党官员表示支持，湖南巡抚陈宝箴能认真执行，湖北巡抚曾铄也比较热心之外，其他各省督抚则观望敷衍，甚至抵制。如两江总督刘坤一和两广总督谭钟麟，对谕令筹办之事，竟无一字复奏，经电旨催问，刘坤一声称“部文未到”，谭钟麟则置若罔闻。光绪皇帝虽然也谕令奖励陈宝箴，斥责刘坤一和谭钟麟，但新政在绝大多数省份仍然不能推行。因此，光绪皇帝关于变法的许多诏谕，大都成了一纸空文。而阴险狡诈的慈禧太后集团，从新政一开始，就加紧布置，准备反扑。
“明官国是”诏书颁布后4天，即6月15日，慈禧太后迫使光绪皇帝在一天之内连发3道谕旨：第一道是下令免去光绪帝师傅翁同龢的军机大臣和总理衙门大臣等职务，驱逐回籍。翁同龢本系支持变法的帝党首领，他的被革职，无疑是对光绪皇帝和变法运动的沉重打击。第二道谕旨规定，凡授任新职的二品以上官员，必须到皇太后面前谢恩。已经“归政”的慈禧太后，照例不再召见大臣。这一违反常规的举动无疑是要重新控制光绪皇帝，抓住朝廷用人大权，阻塞光绪皇帝与破格重用维新派和支持变法的帝党官员的渠道。第三道谕旨是任命慈禧太后的亲信荣禄署理直隶总督。不久又实授荣禄统帅北洋三军，即董福祥的甘军，聂士诚的武毅军和袁世凯的新建陆军，并加文渊阁大学士衔（军机大臣及内外名官之资望特重者，授大学士作为荣典）。于是荣身兼将相，权倾举朝。同时，慈禧太后又广布心腹，把北京城内外和颐和园的警卫权牢牢抓到自己手里。
面对慈禧太后的一连串打击，9月4日，光绪皇帝下令将阻挠礼部主事王照上书的礼部尚书怀塔布、许应骙（ku0），侍郎堃岫（k&；nxi*）、徐会沣、溥頲（t！ng）、曾广汉等六人全部革职。同时授王照三品顶戴，以四品京堂候补。9月5日，光绪皇帝又破格任命谭嗣同等系机四卿，加紧推行新法。9月7日，把阻挠新政的李鸿章等人逐出总理衙门。
光绪帝的这些反击措施，更加激起了慈禧太后的恼恨，下决心扑灭新政，于是不断派人去天津与荣禄密谋策划。京津一带盛传10月间慈禧偕光绪皇帝去天津阅兵时发动政变，废掉光绪。
9月14日，光绪皇帝决定开懋（m2o，勤勉）勤殿，计划任命李瑞棻（f5n）、徐致靖、康有为、杨深秀、康广仁、梁启超、谭嗣同、林旭、杨锐、刘光第为顾问，咨询改革官制等方案。光绪帝为了避免慈禧太后和守旧大臣的指责，就让谭嗣同根据内监拿出的康熙、乾隆、咸丰三朝“圣训”，拟写“诏谕”，然后请命于慈禧太后。谭嗣同从这件事，看出了光绪皇帝确实无权，而受制于慈禧太后；同时想到天津阅兵的时间迫在眉睫，将要出现非常激烈的斗争，而维新派虽然在光绪皇帝的支持下取得了草拟谕旨和阅览奏章的权力，但没有掌握军队权，也就无法来保障变法运动的推行和防御顽固派的迫害。
在这种情况下，谭嗣同考虑到如何利用光绪皇帝的关系结纳拥有重兵的将帅为援。究竟召哪一部分“外兵”最合适？谭嗣同和康有为研究后，认为曾加入强学会并握有7000人武装的袁世凯可为已用。于是派遣徐致靖的侄子徐仁录去天津小站探视袁世凯的虚实。见面时，袁假意恭维维新派。与此同时，谭嗣同密荐袁世凯有“将才”，要光绪帝“先发制人”，把顽固派所依靠的慈禧太后“监禁在颐和园，以期制止顽固派对于维新的一切障碍”。光绪帝看了谭嗣同的密折，立即采纳，招令袁世凯入京觐见。光绪皇帝于9月16日召见了袁世凯，夸奖他练兵有功，并提升他为侍郎，叫他专办练兵事务，以保新政。
9月中旬，政变风声四紧，光绪皇帝在惊惶失措之中，于14日黎明时召见杨锐，问他是否可想一良策，既可排除维新变法的阻力，除旧布新，使中国转弱为强，而又不致有拂“圣意”，并泣涕商量保全之策。杨锐原是张之洞的门生，以新进官僚表示支持维新而得到光绪帝的信任。但此时他畏惧推辞，于是光绪帝写一道密诏，说自己“位且不保”，要杨锐和康有为、谭嗣同等商量，赶紧设法“相救”。杨锐接受密诏后，惊惶无策，数日隐匿不敢出门。
光绪帝召见袁世凯的当天，前往颐和园向慈禧太后问安，了解到阴谋政变的危急情况，就于次日回宫后，写第二道密诏约林旭带出，要康有为迅速出京，留着性命以便今后为他出力。之后，光绪帝又召见袁世凯，向袁世凯授意：回天津后，“即带兵入京师”，“以免意外之变”。
袁世凯本是李鸿章提拔的洋务派官僚，虽曾参加过康有为倡办的强学会，只是籍此沽名钓誉，根本没有一点要求变法的思想。此时他正心怀鬼胎，表面应付，而内心是不愿冒险地与掌握军政大权的后党为敌。所以他在光绪帝召见后，就谒见刚毅、王文韶、裕禄等属于后党的大臣，扬言自己无功受禄，一定力辞，籍以试探这些权贵的口气，并企图表白自己虽被光绪帝所提拔，但并没有丝毫与后党为敌的意思。
顽固派得知光绪帝召见并提拔袁世凯后，荣禄立刻密谋制造了英俄在海参崴开战的谣言，借机调动聂士诚的武毅军移驻天津陈家沟一带，守住北京至小站的过道，以防袁世凯的军队西行；又调动董福祥的甘军移驻北京南面的长辛店，准备对帝党和维新派进行镇压。慈禧太后为首的顽固派布置政变，已呈剑拔弩张之势，而光绪帝的第一次密诏，直到9月18日早晨，杨锐才交给林旭。林旭马上将两道密诏分别带给谭嗣同和康有为。康有为、谭嗣同看了光绪帝的密诏后，相对痛哭，束手无策，除拉拢袁世凯之外，又幻想取得英、日帝国主义的支持，挽救败局。
英、日帝国主义为了和沙俄争夺在华霸权，曾表示愿意帮助中国变法。维新派轻信了他们的诺言，称赞英、日帝国主义是“救人之国”，并奏请光绪皇帝联合英、日对抗顽固势力。英、日帝国主义也密切注视中国政局的发展。9月14日，日本前首相伊藤博文来到北京。他原想博取光绪皇帝和维新派的信任，操纵中国政治，但当他发现维新派的败局已定，便无意支持光绪皇帝的维新变法，只对光绪帝和维新派虚表“同情”。康有为等人也曾到外国驻华使馆要求支持，但毫无结果。
9月18日，谭嗣同急电唐才常：“速偕同志，来京相助”。晚上，谭嗣同独自一人急赴袁世凯在北京的住地法华寺。他不等通报即闯入袁宅，他开门见山地问袁世凯：“荣禄他们准备趁皇上到天津阅兵的机会，阴谋废掉皇上，你听说了吗？”袁世凯回答：“嗯，我听到一点传闻”。谭嗣同接着说：“现在皇上大难临头了，只有你一个人能够救他，你如果愿意救，就救他；不愿意救，就请你到颐和园慈禧太后那里去告密，杀了我，你就可以享荣华富贵了！”袁世凯看到谭嗣同声色俱厉，腰间隆起，好像携带着利刃，知道他不达目的，是不会轻易走的。便假惺惺地说：“你把我袁某当成什么人了？你我都是受过皇上特殊恩典的人，救护皇上，不但是你的责任，也是我的责任。有什么，你就尽管吩咐，我袁某一定万死不辞！”
听了袁世凯的话，谭嗣同以为袁世凯已被说动，连忙拿出光绪帝的密诏，激动地说：“你如果真心救皇上，就立刻回天津，杀死荣禄，然后率兵进京，一半兵力包围颐和园，一半兵力守皇宫保卫皇上。”并告诉袁世凯，他自己已雇有好汉数十人，并电告湖南召集良将多人，很快就到，他将率领这支武装力量除掉慈禧太后这个老朽。
袁世凯听了这番话，左右推托，经谭嗣同再三催促后，袁世凯才表示：“如果皇上在阅兵时，迅速跑到我的大营里，传令杀奸贼，我袁某一定拼死去干”。谭嗣同说：“荣禄可不是等闲之辈，恐怕不那么好对付吧？”袁世凯拍着胸脯满口答应：“如果皇上在我军营里，只要命令我下手，那么杀一个荣禄就像杀一条狗那样容易！”。谭嗣同提醒道：“恐怕等不到10月，就会发生变乱，势甚迫急，必须早做准备。”
袁世凯借口事机紧迫，必须立即回天津部署。袁世凯骗走谭嗣同后，反复筹思，如痴如病。他感到光绪皇帝既没有实权，又没有军队；维新派也是空谈书生；慈禧太后掌权多年，根深蒂固，投身光绪，自身难保；投靠慈禧，可升官发财。
9月20日，袁世凯向光绪皇帝再次信誓旦旦地表示自己的“忠心”。傍晚，他急忙赶回天津，到总督衙门向荣禄告密，同时策划镇压维新派。当夜，荣禄急忙入京，向慈禧太后报告。次日凌晨，慈禧太后决定发动政变。经过周密布置，立即回宫，命太监收了光绪帝的玺绶，随即将光绪幽禁在中南海的瀛台，重新宣布“训政”。同时下令搜捕维新派。杀气腾腾地要杀尽维新派，剿灭维新变法的思想。
在政变前一天，康有为按照光绪皇帝的旨意离京赴沪，在英国人的保护下逃往香港。梁启超则在政变当天躲入日本公使馆，后在日本人的掩护下，乔装出京，由天津逃往日本。从6月11日至9月21日，为时103天的“新政”便宣告终结。