第二次鸦片战争
1856年，太平天国起义达到高潮的同时，英法两国在俄国和美国的支持下再一次对中国发动了侵略战争，即第二次鸦片战争。
1856年10月，广东水师在黄埔停泊的中国船“亚罗”号上逮捕了12名海盗，英国以此为事由，称这是一条英国船，悬挂了英国国旗，并且国旗还遭到了中国士兵的侮辱。10月，英国舰队进犯广州，当地人民和清军奋起反抗，击退英军。
同时，法国也借口天主教神甫马赖在广西被杀而率军来华。美国和俄国则对英法两国表示支持，四国结成了侵略中国的联合战线。
1857年，英法两军向两广总督叶名琛发出通牒，令其让出广州城，叶名琛执行清朝廷的息兵方针，不事战守，后被俘虏，英法军进驻广州。当地人民在佛山镇成立了团练局，集合数万人武装攻城，香港以及澳门等地的人民也开展了抗英斗争来支援广州。
在侵占广州之后，英军只有小部分留守，其主力军乘军舰继续北上，于1858年4月到达大沽口外。5月，英法联军炮轰大沽炮台，并进逼天津城下，扬言要进攻北京。清朝廷畏惧侵略者武力，随即派出大学士桂良和吏部尚书花沙纳为钦差大臣前去求和。后桂良和花沙纳分别与英法两国订立了《天津条约》，后又在英法两国胁迫下订立了《通商章程善后条约》。在此之前，俄国和美国也早已分别迫使清朝廷和其订立了《天津条约》，从中获得许多特权。
《天津条约》的签订并未让英法侵略者感到满足，1859年，英法两国公使借口到北京与清朝廷交换条约的批准书而分别率军舰到达大沽海口，并突袭大沽口炮台，清军被迫进行还击，击退侵略者。
1860年，英法两国再次率领舰队前往中国，发动了侵略战争。俄国和美国公使也都随即先后赶到，以“调停人”的身份配合英法联军进行侵略。8月，英法联军在北塘登陆，随即攻占了塘沽和大沽等地，并进一步占领了天津。咸丰皇帝带领一批官员逃往热河，恭亲王奕留守北京负责与侵略军议和。10月，英法联军侵占安定门，控制了北京城，一路烧杀抢掠，并占领了清朝廷经营了150余年的圆明园，将其洗劫一空之后，放火进行焚烧，将号称“万园之园”的圆明园化成了断壁残垣。
清朝廷在侵略者的武力逼迫下再次屈服，奕再次签订了丧权辱国的不平等条约《北京条约》。中国领土遭到了进一步的掠夺，主权的丧失进一步加深了中国半殖民地化的程度。
第二次鸦片战争以后，清朝廷与西方资本主义列强的外交关系已经不可避免，1861年，清朝廷正式设立了总理各国事务的总理衙门，由恭亲王奕、大学士桂良和户部左侍郎文祥担任大臣，总揽所有洋务事宜。
1861年8月，咸丰帝在热河病死，其子载淳继位，怡亲王载垣、郑亲王端华、户部尚书肃顺等八人为“赞襄政务王大臣”，总摄朝政。载淳的生母被尊为慈禧皇太后，而咸丰帝皇后则被尊为慈安皇太后。
11月，两位皇太后携载淳回北京，并开始逐步解除摄政大臣们的职务，拉拢握有兵权的大臣。随后，慈禧太后等人捕杀了载垣、端华和肃顺，将其余五大臣革职治罪，并将载垣等人所拟定的皇帝年号“祺祥”改为“同治”，慈禧太后夺取了实际上的最高统治权，被称为“辛酉政变”，也称“祺祥政变”或“北京政变”。
慈禧太后等人为巩固其统治地位，开始重用曾国藩集团。曾国藩集团逐渐得以发展成为地主阶级当权派中最大的实力派，并于1864年攻陷天京。
随着太平天国的失败，清朝廷政局的稳定，慈禧太后的统治地位也日益巩固。1865年，慈禧太后以“目无君上”和“暗使离间”等罪名将奕革职查办，后在众大臣的请求下恢复了奕的职务，但取消了议政王的称号。从此，慈禧太后独揽大权。
太平天国的后期斗争
在太平天国定都天京之后，一部分领导人滋长了享乐腐化的倾向，继而开始了对权位名利和奢华生活的追求。太平军在进入南京之后，就立即大兴土木对都城进行扩建，而领导人之间的关系也因争权夺利而日渐疏远。
随着战争形势的发展，太平军的队伍中成分也日益复杂，除了农民以外，还混入了不少的地主、士绅、商人等，甚至暗藏了一些敌对分子以及投机分子。
1856年，太平天国在军事上达到全盛的时候，领导集团内部却发生了公然的分裂。太平天国的领导人之一杨秀清开始居功自傲，逼迫洪秀全封其位“万岁”，洪秀全随即密诏韦昌辉和石达开返回天京。韦昌辉一直对杨秀清不满，在接到密令后立即率领心腹部队赶到天京，将杨秀清及其眷属全数杀害，天京城内发生混战，后韦昌辉控制了天京，独揽军政大权。
8月中旬，石达开回到天京后谴责韦昌辉的行为，韦昌辉因此企图杀害石达开，后石达开闻讯而逃，并在安庆起兵讨伐韦昌辉。韦昌辉在天京的屠杀和暴横早已激起广大将士的不满，洪秀全在将士们的要求下杀死了韦昌辉，结束了韦昌辉对天京的统治。
10月，石达开回到天京。在经过杨秀清和韦昌辉的事情之后，洪秀全对石达开并不放心，于是封其兄长洪仁发为安王、洪仁达为福王，与石达开一起同理政事，来对他进行牵制。1857年，石达开离开天京，使得太平军的兵力大大分散和削弱。
离开洪秀全之后，石达开的部队在江西、浙江和福建等地活动，但却屡战不利。后又转战于湖南、广西、湖北、四川、云南以及贵州等省，虽然屡次击败清军，但始终是孤军奋战，部队的战斗力也日益削弱。1863年，石达开在四川大渡河紫打地被清军剿灭。
在太平天国领导集团分裂之后，洪秀全为力挽狂澜，提拔了陈玉成、李秀成和李世贤等一批青年将领。
在石达开离开后，清廷趁势派兵围困天京。1858年，陈玉成和李秀成等联合作战，先后在皖北、浦口等地对清军作战取得胜利，解除了江北清军对天京的封锁，进而大败湘军，稳定了天京上游的局势。
1859年，洪仁玕从香港来到天津，被封为干王，此后不久，洪秀全又先后封陈玉成为英王、李秀成为忠王，其他将领也都陆续得到册封。
洪仁玕在香港接触到西方资本主义国家的一些情况，向洪秀全提出了《资政新编》，其内容具有鲜明的资本主义色彩，也十分符合社会发展的客观要求，但由于当时缺少必要的条件，这些政策并未能得到实施。
1860年5月，太平军击溃江南大营，顺利解除其对天京的包围，并乘胜追击，接连攻克丹阳、常州以及无锡等地。此后太平军又相继攻克苏州、嘉兴等州县，建立了以苏州为首府的苏福省。
在太平军向南方发展的同时，曾国藩的湘军包围了安庆，安庆是太平军与皖北捻军的联系纽带，同时也是保证天京粮草供应的战略要地。其时，清朝廷取得了外国侵略者的帮助，太平军除了面对曾国藩的湘军之外，还遭到了外国侵略者的攻击。1861年9月，安庆失守，次年，陈玉成在与清军激战中被俘，之后英勇就义。
太平军虽然占有了苏浙一带，但是却仍然无法扭转其不利的军事局面。外国侵略军和清军相联合，共同将矛头指向太平军，虽然在英勇抵抗的过程中，太平军也曾获得一些骄人的战绩，但整个战场的被动局面却已经无法扭转。到1864年3月杭州失守之际，太平军在浙江的据点已经全部瓦解。同年，洪秀全病逝，其子洪天贵福继位为幼天王。7月，天京陷落。李秀成突围之后被俘，后被曾国藩杀害。洪仁玕在江西被俘，从容就义。太平军的残余势力在天京陷落之后仍然继续坚持武装斗争。江南太平军残余势力于1866年失败。江北太平军与捻军会和，战斗到1868年宣告失败。太平天国失败后，清朝廷得以有余力，先后镇压了西南地区各族人民的起义。
虽然太平天国起义最终失败了，但它却沉重地打击了清王朝的统治和外国资本主义的侵略势力，在中国历史上留下了不朽的篇章。
爱国救亡的洋务运动
在两次鸦片战争以后，西方列强倚仗不平等条约取得了对华的种种特权，开始展开对中国大规模的经济侵略。在海关总税务司成立之后，总税务司一职更是长期由英国人赫德等担任，随着关税在清朝廷岁入中比重的增长，其地位也日益重要，对清朝廷的影响日益增强。
此时的中国对于外国资产阶级而言，既是销售市场，同时也是榨取原料的基地。外国对中国倾销的大量商品对中国原本的经济结构产生了强烈的冲击。例如外国售价低廉的棉纱和棉布等棉纺织品的大量进口，对中国的手工棉纺织业造成了巨大的冲击，使得中国手工棉纺织业者大量失业，其他的手工业也相应遭到了破坏。
而此时，中国对外出口的主要商品还是以农产品为主，这些产品在出口贸易中，几乎全被外国洋行所控制，以极其低廉的价格遭到外国商人的掠夺。
为了便于在中国倾销商品以及掠夺原料，1862年，美国旗昌洋行设立了第一家专业的轮船公司，此后英国太古、怡和两家轮船公司也相继成立，很快垄断了中国沿海和内河的航运，严重打击了中国旧式帆船运输业。
除此之外，外国资本主义势力还陆续在中国设立了银行，吸收存款，发行纸币，经营国内外的汇兑，并贷款给清朝廷，一步步掌控了中国的金融市场。
在第二次鸦片战争的过程中，一部分清朝官员如曾国藩、李鸿章以及左宗棠等人看到了西方坚船利炮的重大作用，对其大加赞赏。这一部分官员开始意识到为了维持清王朝的统治，必须要在军事以及工业技术等方面向西方展开学习。
早在1861年的时候，冯桂芬就写成了《校邠庐抗议》一书，提出了要学习西方科学技术的主张，并提出了一条兴办洋务运动的宗旨，即“以中国之伦常名教为原本，辅以诸国富强之术”。这一宗旨成为兴办洋务运动的指导思想，同时也是其后“中学为体，西学为用”思想的滥觞。
兴办洋务的问题在清朝廷内部引起了一系列的争端，其中恭亲王奕和军机大臣桂良、文祥，以及曾国藩、李鸿章、左宗棠和张之洞等人支持兴办洋务，形成了一个势力强大的派别，被称为“洋务派”。而对于反对新事物、排斥新思想，抵制洋务运动的官员，则被称为守旧派或顽固派，这一派别的代表人物有大学士倭仁、徐桐和李鸿藻等。
洋务派着力最多的是在建立军用工业方面，在1861年，曾国藩就在安庆建立了“安庆内军械所”，手工生产仿制“洋枪洋炮”，并且还制造了一艘木壳轮船。1862年，李鸿章则在上海设立了“上海洋炮局”，手工铸造炮弹。次年，又委派英国人马格里在松江附近设立了工厂来制造弹药。在清军攻陷苏州之后，李鸿章命其将厂迁到苏州，设立“苏州制炮局”。
从1865年一直到1895年中日甲午战争结束的30年间，洋务派设立的军用工业一共有21个。其中由朝廷直接拨款筹建，规模较大的有4个，即江南制造总局、金陵机器局、福州船政局和天津机器局等。其余各省督抚自筹兴办的军用工业基本上都是中小型的，只有张之洞所创办的湖北枪炮厂规模比较大。
洋务派在创办军用工业的同时，还大力训练新式陆军和建立新式海军。1888年正式成军的北洋水师就是洋务运动的结晶之一。但这支苦心经营的海军却在1894年的中日甲午战争中全军覆没。
为了供应军用工业所需的原料、燃料以及运输，资本主义工矿业和交通运输业也相继创办。到1894年，民用企业创办了20多个，这些企业中大部分是官督商办的形式，即招徕社会上的私人资金进行创办。此外，也有个别民用企业采用了官商合办的形式，其中较大规模的有轮船招商局、开平矿务局、电报总局、汉阳铁厂、上海机器织布局以及湖北织布官局等。
洋务运动所办的这些民用企业具有浓厚的封建性，大权依旧掌握在官员手里，并且对外国资本主义有着强大的依赖性，尤其是技术上的权利基本都被外国人所控制，所以这种半殖民地半封建社会的产物既没有让中国达到“求富”的目的，同时又阻碍了商办企业的发展。
无产阶级与民族资产阶级的产生
洋务派在创办企业的同时，中国社会还出现了一批商办企业，这是中国社会经济发生重要变化的一个标志。这些企业主要是由一部分官员、地主、买办以及商人等投资创建的，也有一些是由原本的手工业工厂、作坊等采用机器生产而转化而来的，主要有船舶机器修造业、缫丝业、棉纺业、面粉业、火柴业以及印刷业等。
这些商办企业主要都是日用轻工业，规模都比较小，资本也大都在10万元以下，有的甚至只有几千元，设备十分简陋，技术也较为落后，因此与外资企业和官办企业相比，力量是比较微弱的，但它却代表着中国民族资本主义工业的出现。
在近代工业出现在中国社会的同时，中国产生了第一批近代产业工人，这是中国最早期的无产阶级。随后在中国资本主义出现的时候，资产阶级也就产生了。由于中国社会特殊的半殖民地半封建性质，中国的无产阶级的出现要比资产阶级早了近30年。
中国的无产阶级由于中国社会的特殊性，要遭受外国资本主义和本国资本主义以及封建主义的三重剥削和压迫，其生存条件的恶劣与残酷在世界上都是极其少有的。在极端残酷的经济剥削和政治压迫之下，中国的无产阶级进行了顽强的反抗斗争。
1868年，上海美商耶松船厂工人罢工，反对外国资本家的剥削和压迫。1879年，这个厂工人因工头克扣工资再次罢工。同年，上海英商祥生船厂的工人因外籍监工殴打工人而罢工。1883年和1890年，上海江南制造总局的工人因反对延长劳动时间而罢工。1891年，开平煤矿工人因反对外国工程师欺压工人而展开斗争，迫使外籍技师一度离矿。这时的工人罢工斗争还停留在早期的经济斗争阶段。
中国的民族资产阶级主要是投资官督商办、官商合办以及商办企业的一般商人、买办、地主以及官员，也有一些是从采用机器生产的手工工场主转化而来的。他们当中有不少人在官府机构任职，或者在农村占据相当数量的土地，具有商人、官员或乡绅等多重身份。中国民族资产阶级与封建势力以及外国资本主义之间有着不可切断的联系，但是又不可避免地产生无法调和的矛盾。