就在宫中庆祝皇子诞生的时候，英法联军又挑起了第二次鸦片战争，战火一直漫延到北京。咸丰皇帝率同郑亲王端华、尚书肃顺、军机大臣穆荫与皇后嫔妃等仓皇逃奔热河，驻跸木兰行官，把北京的一副烂摊子留给他的六弟恭亲王奕诉去全权处理。自己以“且乐道人”为号，整天沉缅于声色犬马之中。
咸丰帝刚到木兰行官位定，英法联军就攻占了北京城。为了报复，更为了示威，不但把圆明园中历代珍宝异物尽行劫掠，还一把烧掉了这座占地五千余亩，有“万园之园”之称的皇家园林，造成无法弥补的损失，包括马克思、法国大文豪雨果等人在内的中外人士纷纷撰文，痛斥这一种野兽行为。咸丰皇帝眼看国家形势更加艰难，照例抱着破罐破摔的想法，变本加利地糟蹋自己，连纷至沓来的奏章也懒得批阅，懿贵妃兰儿便主动地代策代行。
整天花天酒地、醉生梦死的生活很快就掏空了咸丰帝原本十分淡薄的身体，1861年7月，咸丰帝驾崩。这时懿贵妃兰儿是27岁，皇子载淳年仅6岁。他临终前立皇长子载淳为皇太子，命御前大臣载垣、端华、景寿，大学士肃顺和军机大臣穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛八人为赞襄政务大臣。授予皇后钮祜禄氏“御赏”印章，授予皇子载淳“同道堂”印章，咸丰皇帝“派载垣等八大臣赞襄一切政务”的上谕印章（由慈禧掌管）。顾命大臣拟旨后要请两位太后盖上“御赏”和“同道堂”印章。
咸丰皇帝的原意是让八大臣和两宫太后权力互相制约，既不让辅臣一手遮天，又避免后宫专政。但咸丰皇帝的如意算盘落空了，一场宫廷政变由此拉开了大幕。
咸丰帝死后，皇太子载淳登基，年号“祺祥”，是为清穆宗，尊生母为叶赫那拉氏为圣母皇太后，尊嫡母皇后钮枯禄氏为母后皇太后。在给钮枯禄氏所上的徽号中的头两个字是“慈安”，亦称母后皇太后为慈安皇太后；因钮枯禄氏居住的钟粹宫在紫禁城的东路，又称慈安为东太后。而在给叶赫那拉氏所上的徽号中的头两个字是“慈禧”，亦称圣母皇太后为慈禧皇太后；因慈禧居住的储秀官在紫禁城的西路，故又称慈禧为西太后。
自从咸丰到了热河之后，肃顺颇受咸丰倚重，尚书头衔之外，更加了大学士及赞襄政务大臣的名义，严然就是宰辅的地位。这一次领头抗辩，还不等两官太后裁示，便把董元醇的奏章交给军机处驳回。自咸丰去世后，“顾命八大臣”有些不把两官太后放在眼里，开始把持朝政，老好人慈安倒还罢了，心高气傲的慈禧感到了前所未有的压力和危机。
慈禧太后首先拉拢了皇太后慈安，接下来就是要联系留在北京与外国交涉的恭亲王奕诉，他是咸丰的亲弟弟，很有才能，别号叫“鬼子六”。因为八大臣为首的“朝臣势力”主要集中在热河。所以除掉他们最好的地点就是京城，但如何突破被监视的重围和奕联系呢？慈禧颇费了点心思，她把心腹太监安德海公开责打一顿，然后下令送他到北京交内廷处理，两富太后的懿旨就这样被安德海带到了北京。恭亲王奕马上来热河为皇兄奔丧，一把鼻涕，一把眼泪中，定下诛除肃顺等人的大计，慈禧然后又马上与手握兵权的情人荣禄取得联系，布置既定，随后奕诉赶回北京做准备。
1861年九月二十三日，由肃顺护送着咸丰的灵枢先行，第二天，两宫大后偕小皇帝由载垣、端华等扈从，打从捷径日夜兼程，比肃顺先一步赶回京城。拥有“御赏”和“同道堂”印玺的两官太后脱离了八大臣的视线，慈禧因此也就有了充足的时间去安排政变事宜。慈禧一到京城，立刻接见恭亲王奕诉，第二天，慈禧发动政变，以迅雷不及掩耳之势把顾命八大臣一一逮捕治罪，八大臣的实力被彻底毁灭。
紧接着诏赐载垣、端华自尽，而肃顺则被斩首抄家，其他五人分别革职充军。
慈禧太后以一个手无缚鸡之力的妇人，使满朝文武惊惶骇异，面对着匍匐满殿的文武百官，慈禧清楚地感到登上权力顶峰的快意和满足。东西两宫太后于十一月十一日在宫内养心殿东暖阁实行垂帘听政，又把皇帝的年号由“祺祥”改为“同治”，寓有两宫太后共同治理的意思。这次政变就是历史上有名的“辛酉政变”。
慈禧太后春秋正盛，权力、物欲、情欲各方面的需求部表示得相当强烈，慈安则恰好相反。原来咸丰还是大阿哥的时候，原本以太常寺少卿富泰的女儿为嫡福晋，可惜她命薄福薄，在丈夫即帝位的前一年便一病不起，咸丰即位后，便收了她身边的侍婢为贞嫔，后来就被册封为孝贞皇后，即现在的慈安。慈安生性柔顺，又未有学问，所有奏折不但全由慈禧太后批阅，还得唇焦舌躁地向慈安解释其中的意思，慈安觉得十分厌烦，于是凡事都由慈禧做主，她也不太过问，就这样名义上是两官太后垂帘听政，实际上成了慈禧一人独揽一切朝政。
西太后权威虽然巩固了，但慈禧正当壮年，守着寡，自有难言的孤独寂寞，慈禧只好就地取材，把满腔欲火渲泄在太监安德海的身上。据说安德海有“缪毒之术”，更服用了一种特制的春药，能够使阳道复生，于是慈禧与安德海在宫中无法无天，惹得恭亲王奕诉、慈安、小皇帝联成一气，密诏山东巡抚丁宝帧，趁安德海招摇出京，路过山东的时候，抓起来就地正法，大大地伤了慈禧的心，吃了个哑巴亏。
在同治帝的成长过程中，慈禧因贪恋权势，缺乏和同治帝的沟通，同治帝反而和慈安关系亲密。1872年，同治皇帝十七岁了，照例可以大婚了，于是两官皇太后开始为他挑选皇后。同治帝虽然青春年少，但也懂得选择皇后应该以德为先，加上他最敬重的慈安皇太后也非常喜欢状元崇绮的女儿，因此，比皇帝大两岁的阿鲁特氏，顺理成章地被同治帝选为皇后。原本慈禧看上的是刑部江西司员外郎凤秀的女儿富察氏，因为同治帝和慈安意见一致，慈禧也就被迫同意了，但她对自己的这个儿媳非常不喜欢。
阿鲁特氏文雅贤惠、知书达理，深得同治帝喜欢，帝后夫妻感情十分融洽。在阿鲁特氏的劝导下，同治刻苦攻读、勤于政事，有了不小的进步。皇帝大婚之后就意味着皇帝要亲政，这是慈禧的心病，留恋权力的慈禧并不愿意交出权力，儿子虽然是自己生的，但她早就感到同治帝和自己并不亲近，他的心是偏向慈安的，就连想借选皇后来控制儿子的计划也落空了。慈禧将满腔怨气都发泄到了皇后阿鲁特氏身上，她甚至干涉同治帝去皇后寝宫的次数，暗示同治帝多去富察氏的寝宫。年轻气盛的同治对母亲的横加干预闺房之私颇为反感，他索性后、妃寝官都不去了，独宿乾清官以示抗议，使慈禧更加烦忧。继而同治在不肖太监与无耻佞臣的引诱下流连花街柳巷，染了一身梅毒回来，不治身亡。
同治帝没有后代，理应由他的后辈“溥”字辈中跳选一个近支皇族成员来继承皇位，由同治帝的皇后阿鲁特氏作为皇太后垂帘听政。然而嗜权如命的慈禧怎会主动交出政权，她决定由咸丰的侄子——醇亲王之子载湉人承大统，四岁的载湉成了光绪帝。载湉是同治帝的堂弟，慈禧妹妹的儿子，一来沾亲带故，二来如果由“溥”字辈的人人承大统，慈禧就成了太皇太后，地位愈尊，与皇帝的距离就愈远，从中操纵，多所不便。立载字辈则可仍为皇太后，可再度训政。而皇后阿鲁特氏则在慈禧的淫威下怀着同治帝的骨肉绝食殉葬了。1881年，慈安皇太后逝世，帘幕后面就只剩下慈禧一个人了，至此，满清朝廷就是她一个人的天下了。
三度临朝，独掌天下
慈禧在其执政时期，面临内忧外患，她为了富国强兵积极推进洋务运动，果断改变大清的规矩，大规模起用汉臣，从而创造中兴局面。没有慈禧，就没有洋务运动。而洋务运动是中国现代化的起始，已经是定论。