历史的车轮滚滚向前，地皇神农既然发现了南疆的这些问题，是人族的一大隐患，自己在位时，因着有传播五谷和医药的这些巨大的功德威望尚能羁绊南疆，是为天下共主。到了自己传位下一位人皇，没有了这些恩情，到时南疆巫人部落必然会叛乱。
因此神农不得不把眼光放到人族中既有杰出的管理能力，又有能布武天下的雄心的英杰身上。
地皇三十年三月初三，轩辕之丘附近的有熊部落，降生了一个婴儿，被指轩辕之丘，名曰公孙轩辕，这轩辕氏并非上古大能转世，乃是人族得了天地主角气运，自行繁衍诞生的。其生来聪慧，出生三月便能学人言语。三岁时被路过有熊部落的广成子相中，收为弟子，带回九仙山桃源洞悉心教导十六年后下山。
公孙轩辕在九仙山桃源洞期间，广成子以得了元始天尊传讯，已经推算出这公孙轩辕可能就是下任人皇，不过期间将有一番波折。广成子得了这条讯息，不由大喜，悉心教导公孙轩辕，使得这公孙轩辕能文能武，且传了轩辕玉清大法，轩辕天资聪慧，这十六年间，已是炼虚期修为，离地仙境界只一步之差。
公孙轩辕下山后回到有熊部落，不久便就任部落首领之职，有熊部落在其领导下迅速发展壮大起来。随着有熊部落的崛起，轩辕也进入了神农的视野，神农知道自己需要选一个文武全才，轩辕既然治理部落的手段不弱于自己，那么就需要验证其军事能力了。
神农和轩辕在阪泉之野举行了三次军事演习，其军事指挥能力得到了神农的首肯，使得神农下决心准备把人族共主的位置禅让于轩辕。
地皇六十年，南疆巫人中的九黎部落的蚩尤觉醒了大巫血脉，使得南疆局势急剧变化，九黎部落蠢蠢欲动。青峰山上清虚道德真君虽然于紫阳洞中清修，但是也一直暗暗关注着自己这个徒儿神农。知道这日后人族内部必有一场大战，乃是巫族残余势力妄图通过巫人部落再次获得天地垂青，使得巫人部落成为人族之主，变相使得巫族再次成为天地主角。
其中祖巫后土身化六道轮回，有大功德于天地，诞生了一缕元神，号平心娘娘，乃是亚圣果位，这番功德也使得巫族一缕气运不绝，后来巫族多次妄图通过身怀巫族血脉的人族抢夺天地主角，其中平心娘娘也是首肯的。只是后来人族中巫族血脉越来越稀薄，渐渐势弱，最终还是同化于人族之中。
不过现在人族中的巫族血脉依然比较强势，使得九黎部落极其强大。
清虚道德真君知道神农功德已足，用混沌钟遮掩天机，亲自秘密驾临陈都，暗中和神农密谈了一番，告知神农前世今生，并且建议神农尽快禅让于轩辕，一来可以是下任人族共主之位依然落于阐教之手；二来使神农早日证道，早日超脱，免得蚩尤按捺不住，提早起兵，到时神农怕是难以脱身；三来阐教同门中广成子也成了人皇之师，那么自己也不至于成为众矢之的，遭了别人妒忌。
神农考虑到为了人族的未来，自己尽早退位也有利于轩辕早做准备，便同意了清虚道德真君的建议。清虚道德真君随后便赶到昆仑山向元始天尊进行了秘密汇报，得到了元始天尊的赞许，赐了清虚道德真君童子一名，名曰如意，又赐黄巾力士一名，名曰百果。清虚道德真君拜谢后，带了童子和黄巾力士回了青峰山紫阳洞。
神农遂于地皇六十一年正月一日昭告天下，禅位于公孙轩辕；当日圣人太上老君派遣玄都大法师降临陈都，以人教教主的名义封神农为人族地皇，神农明了前世今生，证了亚圣之位，和伏羲氏同居火云洞洞天。
洪荒大地赢来了人皇轩辕时代。暴风骤雨欲来前，反而风平浪静。轩辕即位人族共主之后三年，天下出奇的平静，但是暗流涌动，蚩尤和轩辕都在积极备战，一场异常惨烈且耗时长久的大战即将拉开序幕。