地球行星轨道上又出现了两只飞船，飞船的主人被称为巨无霸和原始兽，双方在地球上空又一次重演了祖先的经历。双方飞船坠毁在地球上失去了返回家园——电子星（赛伯特恩）的能力。这些人扫描地球上生物的形态，以适应地球环境。
350万年间，拥有不灭的灵魂的霸天虎红蜘蛛再次登场。
350万年间，原始兽的领袖霸王龙勇士根据金盘的秘密，找到圣希尔火山，并按照金盘的图片制造了历史，并且妄图摧毁大峡谷中的猿人。弃暗投明的原始兽战士恐龙勇士用自己的生命做代价挽救了整个峡谷里的生命，摧毁了金盘。
重新改写程序为原始兽的霸天虎机器狗，在听到金盘中自己领袖——威震天的声音后决定帮助霸王龙勇士。激战后，战死于地球上。
霸王龙勇士找到了方舟，摧毁了擎天柱的头颅。引起时空聚变，几乎毁灭巨无霸。原始兽蜘蛛勇士在爱的感召下，启动修复机器，修复擎天柱。
霸王龙勇士找到了坠毁在海地霸天虎的战舰——暴影号，并用此来摧毁方舟。在克隆恐龙勇士的帮助下巨无霸战胜了霸王龙勇士，将一切归位后，带霸王龙勇士返回电子星。
公元532年，霸天虎中的红蜘蛛，轰隆隆，机器狗，喷气机通过时光隧道入侵到亚瑟王朝。
圣希尔火山爆发，方舟的计算机显像一号启动并根据地球上的车辆和武器为原型，修复了汽车人和霸天虎。双方为保卫新家和夺取能源而在地球上再次展开战争。
公元2005年汽车人和霸天虎展开决战。擎天柱战死，通天晓继任汽车人的领袖。红蜘蛛将重伤的威震天抛弃。重伤的威震天被宇宙大帝改造为惊破天。通天晓没有做领袖的能力。霸天虎中的二号人物红蜘蛛篡权成功，但被惊破天杀死。惊破天重掌霸天虎。领导霸天虎继续完成他们重新征服和占领并消灭汽车人的目标。最终，热破从惊破天手中夺回矩阵（能源宝）摧毁了宇宙大帝，成为新的汽车人领袖——补天士。宇宙大帝的头成为赛博特恩的卫星。
公元2006年，一队汽车人遭到霸天虎袭击，躲进了汽车人的陵墓。原来是五面怪使擎天柱复活，让他去摧毁他的汽车人伙伴。陵墓遭到霸天虎袭击，他们被迫离开陵墓，陵墓撞到了太阳上。擎天柱等人中了五面怪的计，带动全部力量去攻打五面怪的星球中央星，可是那个星球是个巨型炸弹。补天士和擎天柱开始抢夺矩阵（能源宝）。在飞船即将撞到中央星时，擎天柱终于醒悟过来，让同伴们乘小飞船逃离，自己则撞上了那颗星球。
由于地球乃至整个宇宙都感染了仇恨疯狂症，所有人都在乱打一气。汽车人领袖擎天柱又一次被五面怪复活，使用矩阵将世界从仇恨疯狂症中解救出来，用光了矩阵（领导模块）的能量。
惊破天重新带领霸天虎攻击汽车人基地，抢夺了五面怪用来制造机器人的能量室的钥匙，在塞伯坦地底下找到了能量室并将其打开，汽车人的一个小队乘坐飞船来到地底下及时阻止，夺回钥匙。而能量室喷发的能量把汽车人小队乘坐的飞船的引擎超载，冲到了星云星上，被星云星人当作星云星上的敌人妖蜂派的机器人，捉住他们。随其而来的一队霸天虎找到了他们，可有一些汽车人被抓走了。
被打败的霸天虎被妖蜂派逮住，妖蜂派首领撒克逼迫它们与其合作，把两个霸天虎的头改造成外套，成为头领战士，其它人的武器改造成外套，成为目标战士，并袭击了汽车人小队，可效果适得其反，不仅被打败，还送给了汽车人一个科技：目标战士。马上，汽车人打到了妖蜂派老家：地底下，没想到妖蜂派基地本身就是一个变形金刚：撒克巨人，并让其进攻塞伯坦，打败了汽车人大军。在星云星，留下斯派克和另一个汽车人，其他人返回塞伯坦。
霸天虎在塞伯坦上设了一个推进器，想让其撞上地球，并在那时打开能量室。斯派克与另一个汽车人制造了福特巨人，打败了萨克巨人。擎天柱从魔力神球那儿得知，钥匙不能被破坏。可是星云星人们想：干掉了钥匙，能量室就不起作用了，幸好被斯派克阻止，并脱下变形外套，关掉能量室，并把推进器的磁极放反，收回放射的能量，迎来了塞伯坦的第二个黄金时代。霸天虎们则在乘坐撒克巨人逃跑时被能量室的能量冲飞了。
威震天被赶出塞伯坦后四处漂流，带着自己的小弟不断的攻占各个星球寻找可以供自己驱使的能量，可是汽车人要使用的能量何其的强大，一颗星球能量根本就经受不住他们的挥霍，塞伯坦星球也在千年的时间里面被严重破坏根本就生存不下去，汽车人的领袖擎天柱带着自己的小弟和地球打成协议平等的生活在一起。
威震天当时也和人族谈判但是由于以前所做的事情让人族很是记恨，谈判破裂，为了生存威震天带着自己的小弟联合宇宙中其他种族把目标对准了还在蓬勃发展的地球。
“你的意思是地球上也生活着许许多多的外星生物！”戊龙有些吃惊，没想到地球上也是水深的很，那些隐秘自己根本连听说都没有听说过。
“你以为凭借你们那点历史的积累能造出汽车那玩意吗！”威震天不屑的说道。
也对啊，人家在地球人还是猿人的时候就来到地球上了，算起来地球应该是人家的殖民地，可是内部的战争让他们忽略了这个种族的潜力，短短的数万年就让一个比人族文明还强上百倍、千倍的种族达到可以平等对话的程度。
“人族的潜力是在是太可怕了，自己繁衍出来的文明就是连我们都是非常忌惮的！”威震天好似想到了什么一脸的回忆，甚至其间还打了个冷子，好似想到了什么可怕的事情。
“那是！”戊龙也很是得意，后来者居上的感觉就是爽啊！能叫一个原来随随便便就能灭族的种族感觉到害怕那是多么一件有成就感的事情啊。
“来吧！”戊龙突然吧“海格力斯”之力套在自己的双臂之上，一副跃跃欲试的样子。
“什么来吧！”威震天一脑子的问号加感叹号，都不知道这小子在说什么，什么来吧！到底是什么意思。
经过戊龙解释，威震天哈哈大笑：“既然能到我这里就证明了你的实力，不用比了！”
戊龙一头的成吉思汗。
戊龙从小就知道外星人的事情，但是从来没有想到外星人离自己这么近，或许正如威震天所说的那个样子。
每一个星球能源枯竭后许多种族被迫迁移到其他的星球，实力弱小或者是热爱和平的种族就和这个星球的领导者（守护者）达成协议安生生的和这个星球的人生活在一起，实力强大或者生性残暴的种族就会发动战争侵略这个星球，强取豪夺。
很明显的这三个种族就是这么个样子，戊龙现在管不着这些事情要是自己的亲朋、爱人没有死或许他还会和地球人站在统一战线上一起对抗这些域外的朋友，但是现在戊龙只能说声对不起了。