公元2011年，随着汽车人与霸天虎之间的战争，地球上发生了一系列大变动，御天敌最终被擎天柱等汽车人寻回，却也由此开始了末代普王的悲剧。
作为叛变的汽车人前领袖，御天敌战斗力强大，是汽车人先进科技的重要研发和保存者，地位相当于人类的爱因斯坦，掌握有空间桥即远程瞬间传送技术……为了重建电子星星球而选择与霸天虎合作，冷酷杀害铁皮、斩断擎天柱右臂。最终却被害怕损伤地位权力的威震天偷袭以致丧失战斗力，继而被擎天柱清理门户。
此同时，汽车人正与lennox少校一起在世界各地与人类的威胁作战。在一次与震荡波的激战后，擎天柱发现一个属于一艘他们认为早已失踪的汽车人飞船的柱状物件。
霸天虎仍然留在地球上，其首领威震天在上一次大战后现在很虚弱，但他仍在计划着什么。
擎天柱对人类向他隐瞒实情很生气，美国国家情报局局长夏洛特·米林，原来多年前美国宇航员登陆月球就发现了坠毁的变形金刚汽车人“方舟”，但他们一直向世人和汽车人隐瞒。
擎天柱要求去月球一趟，他们很快就到达了那里，但没有察觉到有霸天虎尾随。在月球上，擎天柱一行人发现了“御天敌”，他是汽车人的前任领袖，也是擎天柱的导师。汽车人把御天敌和他身边的5个柱状物带回了地球。
把御天敌和五个柱状物件带回地球后，擎天柱用领导模块重启了御天敌，之后又放回自己体内。原来，那些柱状物件是“空间桥”的一部分，共有上百个，现在都不知散落何处。
米林局长开始赶萨姆回家，萨姆靠自己分析推导，得出霸天虎正在利用人类做什么，但没人听他的分析，于是他决定找退休探员西蒙斯帮他调查。卡莉很不高兴，她抱怨萨姆又想拯救世界了。两人吵了一场，分手了。卡莉一人去了老板迪兰的聚会。
西蒙斯把过去的经历写成了一本畅销书，现在过得很惬意，但他还是很快答应了萨姆的请求。两人先去找当年登月的宇航员，他们深信这些人一定知道内情，但都被政府下达了封嘴令。
老宇航员们向萨姆他们展示了一些当年拍摄的月球背面照片，原来那里有许许多多的柱状物件。萨姆立刻意识到霸天虎一直都知道“空间桥”的事情，他们是在利用擎天柱激活御天敌，因为御天敌是拼接空间桥的关键，他们得保护好他。
果然御天敌叛变了，他杀死了铁皮，用腐蚀性酸枪把他熔化了，并带着能量柱跑了。
原来，御天敌认为汽车人永远不可能取胜，所以他和威震天结盟，认为这样可以迅速实现和平。当初他开着飞船是要前往地球与威震天会面，但两人都遭到狡猾的红蜘蛛的伏击，一个撞到了月球，另一个栽在了北极。
现在御天敌与威震天又可以开始他们的宏图大计了，他们唤醒了早就埋伏在月球上的秘密霸天虎军队，把他们通过“空间桥”传送到地球。
看到如此众多的霸天虎，人类放弃了，把怨气都撒到了汽车人头上，让他们立刻离开地球。汽车人无奈只好准备登上飞船。
这时萨姆前去迪兰家的聚会想与卡莉和好，谁曾想，在帮助霸天虎的人类中，迪兰是最大的头头。他绑架了卡莉，并逼萨姆做间谍，提供汽车人的情报，看看他们是否在计划反攻，他还派了一个霸天虎机器人跟在萨姆身边，记录萨姆及其周围人的言行，如果萨姆违抗，卡莉就会死。
萨姆去找了擎天柱和汽车人，问他们有何打算，擎天柱说他们没有打算，只会默默地离开，他们就这么走了，飞船在半空中被红蜘蛛打落，汽车人似乎已经全军覆没。
萨姆只好向转行到基地工作的前军官epps求助，求他帮自己追踪迪兰、救出卡莉。经过一番跟踪，他们发现迪兰他们在芝加哥，于是萨姆还有epps以及后者的军中战友一起也去了芝加哥。
芝加哥此时已经变成霸天虎的乐园，好在大部分的人类幸存者已经离开。正当epps、萨姆他们认为没有希望的时候，汽车人突然出现！原来一切都是计划好的，他们在飞船爆炸前已经随脱离火箭偷偷逃出了飞船。
这时的御天敌和威震天正计划再次开启空间桥，这次，他们要把整个电子星星球都传送到地球，让幸存的人类作他们的奴隶。
汽车人救出了卡莉，但也牺牲了千斤顶。他们想从远处摧毁空间桥，但是失败了。震荡波指挥一个巨大的钻头一样的机器人，让芝加哥高楼倒塌、一片狼藉。
这时御天敌突然与威震天反目，说他不再为他工作，并把威震天推下高楼，虚弱的威震天倒下起不来了。
红蜘蛛抓到萨姆想杀死他，萨姆用钩射枪射中了红蜘蛛的眼睛，然后又把一枚炸弹固定在红蜘蛛的另一只眼睛，红蜘蛛遭受重创死亡。
擎天柱与震荡波激战，结束了其生命，之后擎天柱用震荡波的激光武器摧毁了空间桥的灯标。萨姆这时也找到了迪兰，与他扭打在一起。最后迪兰被空间桥灯标碎片终结了生命。
擎天柱开始与御天敌对打，这时赛伯坦星球已经开始传送过来了，威震天说了一句：赛博坦，你终于得救了！擎天柱根本不是御天敌的对手，因此擎天柱被打成了断臂。卡莉跑到威震天跟前，用激将法促使威震天帮助擎天柱和御天敌对打。御天敌受伤倒下，这时威震天说他在乎的只是自己要当领导者，然后对擎天柱说没有我的话你会变成什麼，突出自己的重要性，结果擎天柱出手竟然轻松杀掉了威震天。”奄奄一息的御天敌说：“你知道我为什么背叛你们吗？是为了我们的星球。”擎天柱道：“不，你背叛了你自己。”说着拿起了地上的强离子散弹枪，对准了御天敌，结束了御天敌的生命。在废墟上。”萨姆和卡莉互相表白，一旁的大黄蜂做了垫片戒指非要让萨姆求婚。最后，擎天柱说：“虽然我们的盟友背叛了我们，但是我们是不会放弃地球这颗美丽的地球的！”
这句美好的承诺没有维持多久，元气大伤的电子星竟然奇迹般的找到了幸存的办法，把擎天柱找了回去，时间桥段关闭千年这一次再次大举进攻地球，可是身先士卒还没有走出电子星数码星的人就大举入侵了，当年擎天柱杀死御天敌在回归的时候并把御天敌和威震天的尸首带回了电子星，后面的事情就有些曲折了。
威震天被宇宙大帝复活叛离电子星，后来又被他和擎天柱弄死，才有了后来和戊龙通牒一起侵占地球在弄翻电子星。
戊龙惊骇的不得了，我丫的随便附身一个人就然是四代首领，我哩个擦，那面前的王不就是创天君了。
“创天君我来了！”戊龙大吼一声，飞去轰然而下巨大的推动器在身后喷出巨大的火焰整个人化作流星一般冲进战圈之中震开一个数码兽和创天君背靠背站在一起。
“你丫的沉睡久了我是四天王竞天择，我是你大哥！”戊龙头上那个汗啊，这位是他当年的带头大哥，自己竟然不认识着他戊龙心肝扑腾扑腾的跳个不停可别竞天择发现了。
“大哥我睡的时间有些长了，脑子现在有点晕点！”戊龙用这个蹩脚的借口说道，顺便和竞天择互换了一下位置飞起一个大脚横扫打出一片波浪把一个数码兽打飞几十米远砸塌一个高山。
“哼，你的所作所为我在苏醒的时候已经知道了，现在事态紧张我就不多做计较，不过话说回来你再次苏醒实力进步不少！”竞天择虽然年老但是手段一点也不弱，盾牌挡住一个怪物一招横剑斩手，绿色的血液彪起如同喷泉一般喷了竞天择一身。
“多谢大哥，哈哈！”戊龙是真的笑了发自内心的，简简单单的功夫就拥有了一个正常的身份，也攀上了一颗大树而且还是电子星上四位大哥之一。
“137你前去寻找另外三位天王，然后联络我们！”竞天择大吼一声，手中钢刀连连完全没有一丝的老态。
“是！”137敬了一个军礼转身飞走，几个怪兽一看137要找外援，那里肯放他走，就要上前追击，但是戊龙和竞天择何其的威猛两个人飞身拦住四头数码兽的面前。
“大哥小心啊，这些王八羔子会变身！”竞天择看了一眼戊龙说道：“王八羔子，看来你在地球上待得时间多了，说话的语气也变很地球啊！”很地球，这是什么意思？那你们电子星该怎么说。戊龙心里暗道。
“不过这句话说起来真的很爽啊，哈哈！”竞天择哈哈大笑，估计地球人的语言很对付此刻的他的心情。
“小子跟我，杀！”