与“飞行术”“发暗器”并称“忍术三绝”的还有“施毒解毒术”。忍术高手个个都精于此道。据载，忍术所用毒药是从矿物和动植物中提炼出来的，药力之强，足以致人死命；仅少许药量也足使人昏昏欲睡、瘫痪或暂时的精神错乱。忍术的投毒手段很多也很隐秘，匕首、飞镖及箭的尖端蘸有毒药用于暗杀；食物或饮料中掺入毒药以谋杀；使用各种有毒物品如有毒的鲜花等。忍术的解毒术通用解药，是用草药和药酒等调制而成。
被视作“杀人之术”的忍术长期以来仅为忍者组织专习，用以专事刺探情报，暗杀政敌等活动。在日本德川幕府等等时代，间谍反间谍活动的盛行，无意也是各种忍者组织的大斗法。
忍者绝对不能“发福”，由于得时时隐身在天花板上、地板下，甚至悬挂在树上、屋内支柱上，只用手支撑自己的体重，因此，有人说，忍者必须注意不让自己的体重超过六十公斤。以人的臂力来讲，能够只手悬空与敌方打斗的上限体重是六十公斤。
“忍者食”以谷物为主，低热量、低脂肪、高蛋白质。主食通常是糙米、小麦、蕃薯，配菜是黄豆制成的豆腐、味噌，其它是梅子、蔬菜、芝麻、鹌鹑蛋等。会增强体臭的食物，例如韭菜、肉类、葱、大蒜、姜，嗜好品香烟等，一律列为禁品。而且，忍者时常洗澡、洗衣，目的都是去掉体臭。另外，松子、榧子等植物果实，也是忍者的主食之一。
“携带食”也很重要。一旦接获任务指令，无论是野外露宿，或是潜伏在敌方宅邸天花板上，身上都必须有『携带食』，以便维持体力。干燥芋头，可以串成项链，挂在颈上；蒸熟的米，晒干后，可以防腐。二者皆可用开水冲泡，成为充饥快餐。此外，用麦角、梅子、冰糖搅合成药丸，便成为『止渴丸』；兵粮丸用红萝卜、荞面粉、麦粉、山芋、甘草、薏苡、糯米粉，全部磨成粉末，浸泡在酒中三年，待酒蒸发后，揉成桃子核一般大小，一天仅吃三粒，便不用担心会耗费体力。还有一种“兵粮丸”，是用红萝卜、麦粉、糯米粉、蜂蜜、酒，用文火熬干，再揉成小丸子晒干，一天服用三十粒，便可以获取必要的维生素。“兵粮丸”应该是战争时，兵士们固守城池时用的。
而作为忍者装备是必不可少的。从已知的武器有：手里剑、撒菱、忍刀、吹矢、忍杖、手甲钩、水蜘蛛、弓箭、苦无、闻金、坪锥、问外等。
说到忍者就不得不提忍术。日本忍术，又名隐术。关于忍术和忍者的起源说法不一，国内有人认为，忍术起源于日本本土，但中国汉代的五行术后来传到了日本被日本忍术吸收了。同空手道、柔道、少林寺拳法等一些日本武技一样，忍术是起源于日本本土但在发展的过程中同时吸收了由中国传到日本的古武术后并继续逐步发展起来的日本特色武术。而如孙武的《孙子兵法》也受忍者阶级重视。此时忍术也基本形成了由权谋、形成、阴阳、技巧等几部分构成的雏形。随着忍术的不断发展，忍者也就在日本出现并发展起来。
忍术的理论基础起源于日本本土，但却受传来日本的孙子兵法影响，之后再加上修练道，以及在山中的伏击技巧发展而成。在孙子兵法传入日本之后，日本的军事思想受到影响，最爱用忍者的武将武田信玄就受到了孙子兵法军事思想的影响。武田信玄就赞赏“其疾如风，其徐如林，侵略如火，不动如山”这个作战艺术，并且把“风林火山”这句话写他的军旗上，因此他的部队被称为“风林火山”部队。
因为信玄非常讨厌自己国家的秘密被他人知道，所以喜欢训练忍者。他最爱驱使自己培养的忍者。
“乱波”的由来是来自于甲，信，越三地的流浪无业游民，或是强盗集团把他们组织化，教以山地战还有其他的战斗技巧，于是这样就成为忍者啦。此外，“叁者”是“间见”，“见方”，还有“目付”的总称，这些人是斥候和间谍的专家。信玄派富田乡左卫门去统驭“叁者”这些忍者。
日本战国时代，各地诸侯纷纷称霸，妄图统一日本，取代天皇。武田信玄打赢多场重大战役，武田家一度强大无比，当然也结下无数仇敌。武田信玄之弟武田信廉无意中发现了一个盗贼相貌与其兄酷似，于是将其留在了身边，作为替身使用——日本的传统称之为“影子武士”。接下来武田信玄与织田信长——德川家康联军作战，传说他不幸阵亡，实际是酒色过度，因病而死。但是他的儿子不成大器，于是武田信廉决定让“影子武士”上战场，他从旁进行辅助和支持，争取时间，让武田信玄的儿子取得统治经验，变得成熟以后再把政权交给他。“影子武士”从贼性未改到被武田信廉的大义之举所感动，尽心尽力。
在平安时代时，由于武士阶级兴起，在山中伏击的兵法就由武士去发展。在源平时代，学会在山中伏击的源义经成功的使用了山中伏击的技巧，完成了攻击面战法的理论。在南北朝时代，楠木正成发展出防御面的兵法，在此同时，忍术跟武术才分开成不同的系统。
在战国时代，忍术开始有长足的进步，因为这个时代非常需要忍术，武术和兵法。但是和兵法，武术不同的是，忍术有他的独特性。忍术发达的地区有以下几处忍术的流派也就是用以下的地名当作流派的名称：
武藏，甲斐，越后，信浓，等四州。
伊贺，甲贺，纪伊，等叁州。
其中后叁州的忍术在日本是最为发达的。
伊贺与甲贺离京都很近，地势都属于重山险阻围绕的封闭小盆地。虽然贫瘠，但是靠近日本的中央地带，所以在战略上的地位十分重要。由于深受京都文化影响，在这两处，神社、寺院和庄园都非常多。等到后来庄园制度崩溃的时候，土豪们就一个个崛起了。到了战国时代，这块小小的土地居然居住着六十个土豪。因为地盘很小，想壮大自己，就必须与别人竞争。于是每家都开始培养三十至四十个死士以便对付“敌国”。这里的竞争却是是超乎外人想像的激烈。土豪们彼此虚情假意的结盟，暗中互相刺探一旦抓住机会就予以对手无情的打击。这两块充满了残忍、狡诈的血腥山地逐渐演化成忍术发展的大本营。伊贺跟甲贺对忍者事业的最大贡献就是对忍术的理论基础和技能作出了系统化，编出了一本忍者的修炼宝典——《万川集海》。虽然流派不同，忍者们修练的经典都是《万川集海》这本书，这本书的内容就是教导忍者如何施行忍术的一切理论基础与技能指导。
在德川家族第四代将军德川家纲时代的延宝4年（1676年），甲贺的隐士藤林保武结合日本和别国历代名将的思想与武学精华，参照该国著作和别国著作的内容写成了集忍道、忍术、忍器于一体的忍者究极修行指南。并将书命名为《万川集海》。正如书名所示《万川集海》就是海纳百川取各流派精髓的意思。