嘉靖三十年（1551年），龙许保起义失败，明廷在当地的势力也受到重创，遂将镇溪十里归永顺宣慰司，将筸子坪、五寨司所管各寨归保靖宣慰司，各司分别设立“抚苗舍把头目”。然而苗民的反抗此后一直不断。于是，“万历四十年（蔡复一）始任湖广参政，分守湖北兼署兵备，驻辰州，请征红苗，改州设衙，不从。复亲历边疆，度其险阻，力陈营哨罗布，苗路崎岖，难以遇其窥觑，请发金四万有奇，筑沿边土墙，上自铜仁，下至保靖，迤山环水，凡三百余里。时边防藉以稍固”。万历四十三年（1615年），明廷采纳辰沅兵备参政蔡复一的献策，拨“帑金”四万多两，修筑了一条从铜仁亭子关到镇溪所长约三百多里的“边墙”，进行军事封锁。
初步统计，自洪武元年至万历年间的二百年光景里，明王朝对湘西苗疆的征剿累计高达三百多次。辰沅兵备参政蔡复一献策并主持修筑的“苗疆边墙”，在天启年间（1621－1628年）又添筑了从镇溪所到保靖喜鹊营的六十多里，合共三百八十余里，号称“苗疆万里长城”，明廷从此正式放弃了对腊尔山台地苗区的统治。这种筑墙固边的办法，深得朝廷赏识，成了以后两朝封建政府沿用的“治苗”策略。自明代筑堡垒墙环圈三厅苗区之后，苗民与其他民族的交往基本上被禁绝。然而，明崇祯年间（1628－1636年）李自成农民起义爆发，声势浩大，湘西苗民马上遥相呼应，于是这耗费巨资的“边墙”，转眼间就被愤怒的苗民“一举夷为平地”。
明廷用筑堡修墙环其地的军事隔离和防守的方法对付湘黔苗区，使得以腊尔山为中心的凤凰、乾州、花垣和松桃等地区的苗族人民，基本上处于一种与世隔绝的状态。到湘西苗区开始实行改土归流之前，以腊尔山台地为中心居住地的苗族百姓既不纳粮当差，也不输赋供役，内部“有贫富无贵贱，有强弱无贵贱，有众寡无贵贱”，宗族家长制“合鼓”（苗语东部方言称之为“博傩”）与部落联盟“合款”（苗语东部方言称之为“伙清”）是苗族社会的基本组织形式。
除了军事碉堡，朝廷还曾颁布禁婚令阻止苗汉的交往。康熙四十三年（1704年），清廷在湘西颁布了禁止苗汉通婚的法令。雍正五年（1727年），湖广总督傅敏奏请“申严其禁”，民苗结亲，要“照违制律，杖一百，仍离异”，媒人也要“杖九十”。
但到雍正八年（1730年）六里“开辟”后，巡抚赵宏恩在《善后事宜疏》中奏请：“准许民苗兵丁结亲，令其自相亲睦，以成内地风俗。”
但直到乾隆三十年（1765年）时，民苗婚姻禁忌才从法律上被废弛。
但在实际生活中，苗汉通婚的实际情况并不多见，民间谚语“铜不沾铁，苗不沾客”直到解放前还广为流传。
“苗”、“民”的隔离令，加剧了苗、民之间的隔阂，也使力量对比中处于劣势的苗民和其独特的民族文化成为“民”臆想中的怪异“他者”。彼此的猜忌和惧怕情感成为“苗”、“民”关系的主流。“苗人放蛊”的传说就是最好的一个例子：因为恐惧和猜忌，“民”将“苗”污名化，作为不掌握话语权的“失声”之“苗”，默认了“放蛊”的传言，得以有效地保护自身少受侵害，并在这种虚拟的“权力幻想”中重组了自身的社会结构。
湘西苗疆直至清初仍然动荡不安。湘西改土归流后，大批满汉官吏、营兵和“客民”中奸商富户涌入苗区，任意盘剥敲诈苗民并侵吞苗产，苗民不堪肆虐，屡起反抗。其中乾隆至嘉庆年间，湘、黔、川三省苗族农民在石柳邓、石三保、吴八月、吴天半等领导下发动的“乾嘉苗民”大起义对近代湘西的历史产生了深远的影响。
乾隆五十九年（1794年）腊月，贵州松桃厅大寨营苗族首领石柳邓、湖南乾州厅平垅的苗族首领吴八月、永绥厅黄瓜寨苗族首领石三保以及苗族女首领石乜妹等在凤凰厅鸭堡寨（今禾库）吴陇登处聚会歃血，盟约：“逐客民，复故地。”并约定第二年正月起义，提出“穷苦兄弟跟我走，大户官吏我不饶”等口号，为自己的生存而斗争。起义军所到之处惩办压迫苗族人民的官吏和满、汉族地主，夺回被他们霸占的土地。
当时有一定政治头脑的官吏敏锐地指出了乾嘉苗民起义发起的症结：“……惟楚镇筸三厅及黔省铜仁府属苗民众多，地方辽阔，而楚苗之悍，又甚黔苗，生熟不齐，屡烦兵革，或剿或抚，总蒙焘复优容。近今数十年来，休养生息，虽地土不在输纳之内，人丁不在徭役之中，但户口日滋，地界有限，既未免生计日绌，兼自乾隆二十九年弛苗民结亲之禁，客土二民均得与苗人互为姻娅。因之奸民出入，逐渐设计盘剥，将苗疆地亩侵占错处，是以苗众转致失业，贫难无度者日多。一经石三保与石柳邓等假托疯癫，倡言烧杀客民，夺回田地，穷苗闻风，无不攘臂相从。启衅之端，实由於此。”
魏源在《乾隆湖贵征苗记》中也率直地指出：“乾隆五十二年（1787年），永绥厅勾补寨苗讼窃牛于官，而病及阖寨，遂激石满宜之乱，虽旋扑灭，而苗祸已胚。”这种潜在的根源是苗人的土地多被客家盘剥占据，所以起义的目的是要杀客家，夺回田土。魏源曾就此事说“永绥城外，寸土皆苗，不数年尽为民地”。因此，解决苗疆问题，首先是妥善处理好苗民藉以生存的土地问题。
费孝通先生在《劳动的苗家》中这样解读了苗族反抗的历史：“……但是民族压迫阻碍了民族经济的发展，当苗家农民经济势力上升到一定程度，有力量来反抗汉族封建势力的压力时，也就发生了暴动。当地的封建势力就用‘平苗乱’的口实去动用官员来‘征剿’。经过一度战争后，苗族又被屠杀，土地又被霸占。这样构成了苗族经济在历史上不断遭受破坏以至恢复成长的循环过程。贵州流行着这么一句话：‘苗族三十年一次小反，六十年一次大反。’这周期性的民族战争是有其经济基础的。”
苗疆事起后，清廷急忙调集云贵、两湖、两广和四川七省兵力前往镇压，作战双方都蒙受了很大损失。两年时间，起义军先后与十八万清军交战百余次，在永绥、凤凰、乾州三厅战场，击毙清军将吏二百二十余名，其中中高级将领三十余名，清军主帅云贵总督福康安和四川总督和琳均死于乱军中。清军此外还消耗了大量资财，仅湖南一省，就耗银七百余万两。嘉庆十一年（1806年）春，历时十二个春秋的“乾嘉苗民起义”被清廷镇压。这次起义，对湘西苗族也产生了深远的影响。清王朝为了镇压这次起义大伤元气，但苗民在这次起义中损失更为惨重。基于诸多实情，苗民需要休养生息，无力与清兵抗争，而清军消耗财力、物力、兵力巨大，也无力进剿苗疆。用于“防苗”的“苗疆边墙”的复修似已刻不容缓，而“以草捆草、以苗制苗”的“苗官制”和大批用以“格其心思”的义学书院也就这样顺应而生。
针对苗疆的动荡，朝野间自明朝起就产生了一批研究苗族问题的官员和士子，企图能更好地对付和解决苗族的问题。除历任府、道和省级官员外，一些参加过征剿苗民的将帅等，都在这方面留下了许多个人建议和方案。如明代的刘应中、郭忠孝，清代的赵申乔、俞益谟、张广泗、德沛、孙嘉淦、蒋溥、徐德裕，以至福康安、和琳、毕沅、姜晟、严如“百户”，为卫所之长官，掌兵百人，官与兵多世袭，是元代在少数民族地区设置的一种地方官职，明清因之，清雍正以后湘西废改“苗官”。
煜及后来的林则徐等，都或主动或被动地接触和研究了苗族的问题。其中除徐德裕、和琳等少数人的主张较为公允，确把苗民当作“子民”看待外，大多数官员、士子都对当时的“苗民”持鄙视和仇视的态度。而在歧视和仇视的人当中，大约又可以分为单纯军事镇压的彻底仇视和军事镇压与文化驯服同化相结合的两大类。嘉庆年间的官员和琳、傅鼐作为治理苗疆的佼佼者，当属后一类。
从和琳以下的一段奏折，我们可以看出他对苗疆治理有一套较为成熟的看法：“……谨筹善后大纲六条，以期于目前之安抚，事后之防维，均能有益，敬为我皇上陈之：一、苗疆田亩必应清厘界址，毋许汉民侵占，以杜争竟也。……查镇筸东南一带本系民地，而西北皆属苗地；永绥四面皆系苗地，惟花园（垣）一带本系民地。是以乾、凤旧有土城一道，自喜鹊营起至亭子关止，绵亘三百余里，以为民、苗之限。今城址以外苗寨少而民村多，此种由来已久。应与花园一带之民地听从汉民复业。其城址以内直至黔、川交界三厅属苗地，向来系苗产。
内如有汉民侵占之田，应一并查明，不许汉民再行耕种。至黔省正大，臭脑、松桃等处，本属民苗杂处，其原系民村，亦准汉民复业；其余苗寨内汉有所占插花地亩，均应给还苗民管业。庶苗、民寨落，各有界限，不能越畔而耕。其出力降苗及穷苦各苗，伊等寨落附近有无此项田亩，当查成百户据实查明，通融酌给，务俾稍占余润。总之，地产渐敷；则民生自裕。……毋许客民再与苗民私相往来交易……查旧例汉民原不准擅入苗地，自乾隆二十九年以苗人向化日久，准与内地民人姻娅往来，始弛其禁。立法之始，原以苗性顽梗，不妨令其声息相通，渐资化导。而日久弊生，汉奸出入，始则以贸易而利其财，继则以账债而占其地。在客民之侵占日见其多，则苗疆之田日见其少，是以积忿相仇，猝然烧杀起事。今欲杜争竟之端，惟先严汉苗之界。……是以乾凤旧有土城一道，自喜鹊营起以至亭子关止，绵亘三百余里，以为民苗之限。……二，苗疆营汛，应分别归并，以联声势也。
……将苗境内所有零星塘汛全部撤出……向例汉人亦难承充，更无非奸蠹无籍之徒，无事则与意欺凌，有事则全无控驭，甚属无益。……三、苗疆百户、寨长名目，应酌量更定，以重责成也。……其苗寨内止设百户、寨长，如内地之里正、保甲而已。……应于此等降苗内，择其明白晓事众所推服者，照各省土官之例，每一营分酌设一、二人为土守备。土守备之下，酌设土千总、外委等，俾令管束苗民。……四、苗疆城垣应分别修理也。……五、苗疆鸟枪等项器械，必应收缴，以去爪牙也。……六、被难民人亦应分别安顿，以示体恤也。
查此次苗匪滋事，虽由于客民盘剥地亩，有激而成。但客民之在苗地，亦非一朝一夕。即所占土地，有用价置买者，有以货物易换者。……嗣后民苗买卖，应于交界处所择地设立场市，定期交易，官为弹压，不准以田亩易换物件，以杜侵占盘剥衅端，则民苗永可相安无扰矣。”
傅鼐的“治苗”观点，在其专著和草拟的《治苗论》、《修边论》、《屯田论》、《练勇论》、《复总督百龄书》、《禀建碉卡》、《严禁苗寨私开集场》、《收缴苗枪并禁椎牛通禀》等文章和奏疏中得到了系统的体现。在《治苗论》一文中，他开章言道“红苗最为犷悍，犬羊之性，叛服无常。当无事则谋久安，惟移其习俗，奠其身家，格其心思，苗乃不得而治”。短短的四十字，可以说就是傅鼐的治苗纲领和总则。他的练勇、屯田、修边及设书院资化导等一系列措施和行为，都由这段话衍生而出。
三、边墙复修与屯防制度
嘉庆王朝时，苗疆形势转为“严峻”。乾嘉苗民起义军气势正酣，苗疆“告急”，清政府政局动荡，危机四起。因此，嘉庆皇帝一登基就急不可耐地批准了傅鼐的“修边”奏折，边墙再度横亘于湘西。
《和琳奏陈酌拟苗疆紧要善后章程折》嘉庆元年七月二十六日批（军录）。
在这次复修边墙中，清王朝为了加强苗疆防卫，锁住“生苗”活动，扩大统治疆域，对凤、乾、永、保这三厅一县“生苗”腹地以腊尔山台地为中心呈北、东、南三面包围状，西与贵州松桃、铜仁苗地依山相连，修汛、堡、碉、卡、楼共计1232座。“周围千里，内环苗地二千余寨”，意在彻底截断腊尔山台地苗人与外界的联系。
为此，傅鼐曾专书《修边论》予以论证：自三厅由乾州交界之木林坪，至中营所辖之四路口，筑围墙百数十里，其界画严矣，而又废险扼中，筹设屯堡，联以碉卡。计凤凰厅境内设堡、卡、碉、台八百四十八座，乾州厅汛堡、碉、卡百八十座，永绥厅境内汛、堡、碉、卡百二十七座，古丈坪连保靖县境风汛、堡、碉、卡、楼六十九座。各处相其地形，棋布星罗；遇有声息，数百里柝声相闻，咸知警备，其修设之地，关墙则沿山历涧建之，炮台则择地势冲要处立之，哨台则于关墙之间修之，卡碉屯堡则因地制宜。其形或为品字，或为一字，或为梅花，无成格也。其修设之处，关墙则近石处用石，远石处用土。炮台则四面用石，中心筑土。哨台则用石砌，四面各留枪眼，与碉台同。其修设之用，关墙则以严边疆界，炮台则以为堵截攻战之所，哨台则以为巡逻了望之所，屯堡则以为边民聚卫之所，卡碉则用以守，亦从战，遏苗之来，遏苗之归，均在此也。至于防守之人，则选本地之勇，屯耕本地之田，捍卫本地之民。计凤凰厅勇丁四千名，永乾古保四厅县勇丁三千名。分布碉卡，有警则荷戈，无事则秉耒，不出梓里，而联络密，防护周矣……