李斯的治国思想终于获得了秦王的认同。《谏逐客书》不仅挽救了李斯的政治生命，对李斯很重要，而且向秦王指出了人才对秦国的重要性和驱赶人才的危害性，他在一定程度上履行了一个好老师的职责，及时纠正了秦王的错误，为秦国后来能够消灭六国、实现统一打下了良好的人力基础，所以对秦国也很重要。李斯能够看到人才对国家有着非常重要的作用，可以说他在对待人才的态度这方面很有超前意识。秦王从此对李斯更是刮目相看，言听计从，他的官位也升到廷尉之职。
秦王终于采用了李斯的“远交近攻、各个击破”的计策攻打六国，效果很好，为实现统一打下良好基础。李斯这个好“老师”的建议直接推动了秦王吞并六国的战车，加快了战车的速度和统一的步伐，秦王就是因为当了好“学生”听取了他的建议，才促使秦仅用了10年时间从公元前230年到公元前221年，就消灭了韩、赵、燕、魏、楚、齐六国，结束了长达几百年的诸侯割据的局面，实现了全国大统一，从此尊称国王为“皇帝”(即把古代传说中的神和人间最尊贵的三皇五帝的称号合二为一，号称皇帝)，建立了中华民族历史上第一个中央集权的封建国家。可以说李斯在秦国的统一进程中起到了关键作用，也做出了突出贡献。李斯也由“廷尉”晋升为“丞相”。始皇帝又拆除了各国郡县的城墙，销毁了各地的武器，表示不再使用。李斯为巩固中央集权的封建国家，又辅助秦始皇采取了一系列措施：“北逐胡貉，南定百越，以宽秦之疆……尊大臣，盛其爵位，以固其亲……立社稷，修宗庙，以明主之贤……缓刑罚，薄赋敛，以遂主得众之心，万民载主，死而不忘。”且针对历史上诸侯兼并、战争纷起的情况，废除分封制，实行郡县制，设天下为三十六郡，中央任免各级官吏，使全国都在皇帝的掌握之中，加强了中央集权的力量，使秦国没有一寸分封的土地，也不立皇帝的儿子、兄弟为王，更不把功臣封为诸侯，避免了由于地方权力过大造成的分裂和战争，以便使国家从此之后没有战争的祸患，而在一个中央的统治下统一安定。
力主变革焚书坑儒
秦始皇三十四年(公元前213年)，始皇在咸阳宫大摆宴席来招待群臣，博士仆射周青臣等人称颂秦始皇的文功武略。齐人淳于越劝谏道：“我听说殷商和周朝统治能够长达一千多年，是因为分封子弟和功臣作为有力的膀臂和辅翼。而现在陛下您虽然统一天下，但是子弟却还是平民百姓，如果一旦出现了田常、六卿夺权篡位的祸患，在朝中又没有强有力的辅佐大臣，依靠谁来救助呢？我还没有听说过，办事不学习古代经验而能长期统治的朝代。现在周青臣等人又当面阿谀奉承来加重您的错误，不是忠臣。”
秦统一六国后，在如何管理这个大一统的国家问题上，秦始皇力排众议，采纳了李斯“置郡设县，遣官治理”的建议，把全国分为三十六个郡，郡下设县，中央任免各级官员。可以说，李斯为中国封建社会建立成熟的统治形式，做出了积极的贡献。在这个问题上，由于博士淳于越坚持实行分封制，激怒了秦始皇，秦始皇就把这种反对议论交给李斯来处理，李斯认为应该废除抛弃这种荒谬的论点，因此，就上书给皇帝，阐述了禁私学、焚禁书的政治观点。其实，儒家诗书同分封也没有什么必然联系，汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”，也没有复辟分封制，而正是由他完成专制主义中央集权国家体系的构筑。但李斯说：“古时候在历史上，天下分散混乱，谁也不能够实现统一，因此思想纷纭，认识混乱。彼此之间互不服从，所以才诸侯并起。说什么事情的时候，总喜欢讲，过去都是那么做的，现在怎么能够这样做呢？一般舆论都用古代来否定当代，装点一些虚华不实的文辞来扰乱社会的现实，人们都觉得自己学的那一套最正确，并拿它来评价朝廷的制度和政策。但是，现在形势不同了，陛下统一了天下，天下都是“焚书坑儒”是中历史上的重大事件，李斯在这一事件中，他既充当了策划者，双担任了实施者。陛下的，分辨了黑白是非，使海内共同尊崇皇帝一人；而诸子百家各个学派却在一起任意批评朝廷的法令制度，听说朝廷政令下，立刻就用自己学派的观点去议论、分析它，信奉儒家的有一套见解，信奉道家的又有另一套说法。回家心中不满，出门则在街头巷尾纷纷议论，通过批评君主来博取名声，认为和朝廷不一样便是本领高，还带领下层群众来制造诽谤。人们都用自己的思想去看待朝廷的政令，而不能以朝廷的立场和观点去分析朝廷的政令。放任这样发展下去，不加以禁止的话，朝廷就麻烦了。百姓老想着朝廷的过失或者错误，思想混乱不一，使上面君主、朝廷的权力威信下降，这对皇帝统治不利。而民间那些政见相同的人就会臭味相投，结成党羽，任由他们对朝廷说三道四，这个国家还怎么管理呢？因此，还是干脆禁了的好。”
李斯认为淳于越等顽固不化、厚古薄今、以古非今等罪状都是因为读书尤其是读古书造成的，竟然建议秦始皇下令焚书。
按李斯的规定所有不是秦国编撰的历史记载，民间藏的《诗》呀，《书》呀，还有什么百家语呀，都下令让地方官统统烧掉算了，一概扫除干净。只准留下医药、卜筮、种树这类书籍。李斯建议的目的很明确。他一定是希望只有一个天下，一个政府，一个历史，一个思想。所以医药之类实用方技这类书免于焚烧，用我们现在的话说，是因为它们是技术书籍，与“意识形态”无关。如果有人想学习法令的，就要以官吏为老师。此后，如果还有人不服从，再敢谈论诗书，就在闹市区处死，并且还要把尸体扔在街上示众；有敢以古非今的人，就把他的全族都处死；官吏知道而不举报者，与他同罪；下令三十日仍不烧书的，脸上刺字，并被发配去修筑长城，进行劳动改造。
秦始皇批准了他的建议，为达到巩固统一的目的，秦采取了许多政策，其中最重要的是统一思想的政策。后来还说“吾前收天下书不中用者尽去之。”这话可算是对李斯奏折的深化。想想看，儒家说墨家长，道家攻儒家短，这样争来吵去，没有实际意义，也不能够让秦国富强，粮食增产。留着这些东西是没有用的且对统治也没有好处。而法家的思想理论，却能指导秦国取得了一个又一个的胜利。
实践经验证明，无论是儒家、墨家、道家还是别的什么思想，都行不通。就没有必要还留着他们弄得秦国不得安宁。所以，没收了《诗经》、《尚书》和诸子百家的着作，以便使人民变得愚昧无知，因为地主阶级掌握政权后，十分注意加强思想统治，他们需要老百姓战时能为他们卖命，平时能为他们效力，不需要具有独立的思想意识，头脑越简单越好，而焚书，是他们认为控制人民思想的有力手段，使天下人无法用古代的事来批评当前朝廷。朝廷怎么说怎么做都是正确的！从而实现了以朝廷的思想为思想，以朝廷的立场为立场，朝廷以外无思想，朝廷以外无立场，这样使思想统一，就实现了天下太平。
在焚书的第二年，秦始皇对书生进行了一次更残酷的迫害，他下令把咸阳的四百六十多儒生活埋。“焚书坑儒”是中国历史上的重大事件，李斯在这一事件中，他既充当了策划者，又担任了导演者。可以说编剧兼导演的李斯在中国历史舞台上，又编导了这样一场血腥的惨剧。李斯所讲禁学、焚书的道理，在他自己看来，是变法和革新，因为时代不同了，五帝不互相重复，三代不相袭，各有各的治国路数。淳于越说的那些三代的事，现在皇上要建光辉万世的伟大功业，就不能够再因循守旧，也不能按原来的老套路来治理国家。现在读书人不以现在的政令为是非，而是热衷学古，并用那一套来否定现在的政策和制度，这实际上是混淆视听，惑乱百姓。我们的国家再也不能这样下去了！但是，只要听到别人说三代如何就烦的李斯，忘了他的禁私学，以吏为师，就是回到了学在官府的时代，那是对孔子民间办学并将“师”从官吏中分离出来的一种反动，革新变成了复古，是一种文化的倒退，是开历史的倒车。李斯已经不甘心只当皇帝一个人的老师，还要当全天下老百姓的老师，而且还是不让人民有独立思想的老师，其实就已经脱离了一个老师的正常轨道，因为老师教学生不是为了把他教得愚蠢听话而是让他聪明、智慧有独立思考的能力。这种做法注定是要失败的，因为它是违反常理、否定人性的不人道的文化专制和思想独裁。虽然当时统一思想是有必要的，但是思想的统一却不能只依靠简单的烧杀来实现。因为你可以烧掉看得见的书、杀掉摸得到的人，可以消灭有形的书和人，但是却不能彻底消灭思想。因为思想是看不见摸不着的，是无形的。你可以禁止人们的议论，但是却不能完全禁止人们的思考。焚书不能控制人们的思想、巩固统治，适得其反，禁锢思想，剿除文明，堵塞言路，只能造成高压，导致王朝在高压之下迅速地崩溃瓦解。就是这一烧杀，秦朝国运不但没有兴旺，反而加速了他的瓦解，没几年就彻底灭亡了。
历史事实证明了焚书坑儒的错误。而且，焚书给中国文化造成了巨大损失，百家争鸣自由思索的精神受到了一次致命打击。其后修明法制，制定律令，都从秦始皇开始。统一法律政令，使全国法令一致；统一度量衡，便于全国公平顺畅的交易；车同轴，修直道，便于交通往来和战争的急需。“秦代典章制度悉出其手，我国数千年之政教法制多因之。”(《重修上蔡县志》)统一文字，在全国各地修建离宫别馆。第二年，始皇又出宫到处巡视，平定了四方，这些措施，李斯都出了不少力。
在李斯位高权重后他的儿女也相继和皇族结亲，从而抬高整个家族的社会地位。儿子们娶的是秦国的公主，女儿们嫁的都是秦国的皇族子弟。李斯的长子李由担任三川郡守，他请假回咸阳时，李斯在家中设下酒宴给他接风，文武百官都前去给李斯敬酒祝贺。门前的车马多得数以千计。李斯慨然长叹道：“唉呀！我听苟卿说过‘事情不要发展得过了头’。我李斯原是上蔡的平民，街巷里的百姓，皇帝不了解我才能低下，才把我提拔到这样高的地位。现如今做臣子的没有人比我职位更高的了，可以说是富贵荣华到了极点。然而事物发展的极点就要开始衰落，我还不知道我的归宿在哪里啊！”由此可见，当时的李斯还能清醒地认识到盛极必衰，没有被高位重权冲昏了头脑，有忧患意识是难能可贵的，但是他忧患的不是国家和人民，而是他的权利和官位，这个想当天下人老师的李斯心里却唯独没有百姓和国家，只有权势和利益。这个心中没有学生只有他自己的老师不是合格的好老师，因为他缺乏作为一个老师的基本道德。他不怕误人子弟、祸及国家，却只怕自己权势衰退，怕官位不保，怕失去荣华富贵的生活。所以他整天忧虑的是怎样才能永保他的权利和官位，永远享受荣华富贵的生活，这从他早年的“鼠论”可以看出他人生的追求就是过像“仓鼠”一样的富足无忧的生活。那对于在秦始皇死后李斯与赵高同流合污、篡改诏书，杀死长子扶苏而立胡亥为帝的丑行就不难理解了。
沙丘密谋篡改诏书
秦始皇三十七年(公元前210)十月，他巡行出游到会稽山，沿海北上，到达琅邪山。
丞相李斯和中车府令兼符玺令赵高都随同前往。秦始皇有二十多个儿子，长子扶苏因多次直言劝谏皇帝，始皇就派他到上郡监督军队，蒙恬任将军。小儿子胡亥很受宠爱，要求随行，始皇答应了。其他的儿子都没跟着去。
这一年七月，秦始皇达到沙丘(现在的河北广宗西北大平台)，病得非常严重，命令赵高写好诏书给公子扶苏说：“把军队交给蒙恬，赶快到咸阳参加葬礼，然后安葬。”书信都已封好，但还没交给使者，秦始皇就去世了。书信和印玺都在赵高手里，只有小儿子胡亥，丞相李斯和赵高以及五六个亲信宦官知道始皇去世，其余群臣都还不知道。李斯认为皇帝在外面去世，又没正式确立太子，为了维持政局稳定，所以保守了秘密，把秦始皇的尸体安放在一辆既能保温又能通风凉爽的车子里，百官奏事和进献饮食还像往常一样，宦官就假托皇帝在车中批准百官上奏的事。
赵高因此扣留了秦始皇赐给扶苏的诏书，巧舌如簧劝公子胡亥要抓住时机，夺取皇位。