大殿之上，方孝孺衣冠端正、举止大度、进止有节、言必孔孟程朱，完全是大臣的风范，明太祖一见就很喜欢。于是太祖问道：“你以为治天下最重要的是什么？”方孝孺稳步上前，朗声答道：“治国之术，最重要的是德；治民之道，最重要的是孝。有德则万民归心，在家能尽孝，为国就能尽忠，不生奸邪之辈。要想使臣民们尽忠尽孝，最重要的是教化。”朱元璋频频点头表示赞许，又提问了一些治国为政的道理，方孝孺都一一作答。只见他从容不迫，娓娓陈述，很有见地，太祖很高兴，便令他去拜见太子。太子久闻方孝孺的大名，就命人大摆酒宴款待他。酒宴摆好之后，太子热情地说：“请先生先入座。”方孝孺却说：“殿下作为一国之储君，理应事事处处严整有节，一举一动、器物摆放，都应该有一定的规矩。这把椅子歪斜，草民为、修身计，万万不敢入座。”太子忙命人把所有的桌椅碗筷全部摆正，再次请先生入座，方孝孺才规规矩矩地坐下。在他的《逊志斋集》中，他曾经写道如何去坐，其中要求：“背欲直，貌端庄，手拱臆，仰为骄，俯为戚……”有人把这件事如实向朱元璋汇报，朱元璋对皇太子说：“此壮士，当老其才。”意思是说，方孝孺是很有才干，但是需要等到他年老的时候，才能有用。他那一套只适合治理太平盛世，只有让他几十年后辅佐子孙了。
开国之君朱元璋讲究以猛治国。对于自己怀疑的大臣，以各种手段逮捕、杀戮。明初开国六位元勋，徐达、常遇春、邓愈、冯胜、李文忠、李善长，都被他杀害，以巩固自己的统治。最大规模的杀戮还是后来的两桩大案：一是胡惟庸案。他派人密告胡惟庸等人准备造反，并以此为由，杀掉了一大批包括依附胡惟庸的大小官员一万五千余人。后来，在洪武十九年，捏造出了胡惟庸通敌的证据，又杀了唐胜宗、陆仲亨等朱元璋怀疑是胡党的人。洪武二十六年，锦衣卫指挥使蒋瓛在上级的指使下，密报蓝玉即将造反，于是又是一场杀戮。牵连到十三侯、二伯，前后诛杀二万余人。有一次，太子朱标向太祖进谏：“您这样滥杀无辜，有时冤枉了不少好人，恐怕有伤和气。请父皇三思。”朱元璋极为不满，把一根有荆棘的棍子扔到地上，命令太子捡起来，太子面露疑惑的神色。朱元璋说：“我命你捡起那根棍子，你怕棍子上有刺，伤着你的手，需要把刺除去，才可以没有祸患。我杀这么多大臣，是在为你除刺，你难道不明白我的意思吗？”说罢，瞪了太子一眼，拂袖而去。从此以后，太子朱标经常闷闷不乐，以为自己有可能失宠于父皇，又担心如果自己治理国家恐怕不忍心大开杀戒，以及因杀戮而引起的内部矛盾等等。后来，竟然忧郁成疾，不见好转，不久就命归黄泉。今天在殿上，方孝孺那一套显然不符合太祖的口味，但又觉得方孝孺是个人才，或许以后又用，就客客气气地把他送走了。
后来，方孝孺被仇家算计，被捕入狱，被解送到京城。正巧，太祖过问当时的刑狱情况，偶然翻了翻花名册，发现其中竟然有方孝孺的名字。他知道是个人才，就亲自过问了这件事，发现他确实是被陷害，就命人把他放了。
洪武二十五年，又有人举荐方孝孺，太祖这时正面告诉举荐的大臣：“国家初定，非严刑峻法不能使国家稳定。现在，不是用他这种人的时候，你们不要着急，将来有用得着他的时候。”不过，朱元璋这次也没有完全舍弃方孝孺，觉得他只是个做学问的人，就派他到四川的汉中任教授。太祖还对他特别的优待，因为汉中交通不便，又下诏特许配给车船。
方孝孺初到汉中的时候，当地人很少知道读书学礼。方孝孺到了以后，开始收徒授业。他为学生讲课尽职尽责，讲解文义细致入微，有时讲到了晚上还没有疲倦的意思。在他的努力下，汉中一带都知道读书识字、学习孔孟之道，人们的素质得到了很大程度的提高。蜀献王知道他是当代的大贤人，就请到家中给儿子当老师。蜀献王是朱元璋的第十一个儿子。每次见到献王或者他的儿子，方孝孺总是讲以德修身治国的道理。献王非常地尊敬他，以特殊的礼节待如上宾。那一段时间，方孝孺没有其他事可做，只是一心地钻研学问，专心着述。所着的书有《周易枝辞》、《周礼考次目录》、《武王戒书注》、《宋史要言》、《基命说文》等等，现在都已经找不到了。有时，他也感到很空虚，自己的宏图大志，竟然得不到施展，空有满腹的学问，空有满腔的抱负，难道就这样终老于此吗？因此也经常独坐长叹，他把自己的书斋题名为“逊志”，含有退隐的意思。蜀王看出了方孝孺的郁郁不得志，就问他：“先生为何如此的消沉，为何要‘逊志’呀？”方孝孺说：“我从小读圣贤书，立志以天下为己任，如今已近不惑之年，还是碌碌无为，今后我还能有什么作为啊。”献王劝说道：“如今天下初定，太祖以刑名治天下，所以先生不得用。我想不久以后，先生定会有施展抱负的时候。况且姜子牙八十岁才开始辅佐文王，还能成就帝王之业。先生正值盛年，不该有隐退之心呐。”于是就把书斋的名字改为“正学”。因为方孝孺对汉中的教育贡献很大，所以汉中人对他倍加崇敬，后来人们在汉中名宦祠中设置了方孝孺的祭祀牌位。
公元1399年，朱允炆即位，是为惠帝，年号建文。方孝孺被召为翰林侍讲，第二年随即又升为侍讲学士。惠帝可以说对这位老师非常地尊敬，遇到国家大事就询问他，并且言听计从。每当大臣们临朝奏事，惠帝听了以后，总要请教老师。有时候遇到非要当场解决的问题，惠帝就让老师来到朝上当面处理。方孝孺大力推行自己的治国理念，教大臣们要以德治国，天下的杀戮风气一时为之而好转。认识或不识方孝孺的人都很仰慕他，认为是颜回、孟子、程颐、朱熹在世。当时皇帝下诏修《太祖实录》和《类要》等书，方孝孺都是主要负责人，相当于现在的总编。后来，惠帝下诏改变官制，方孝孺于是改为文学博士。这时，方孝孺声望日高，心情也一天比一天好起来，认为自己多年的抱负终于可以实现了，自己以德治国，推行儒家教化的治世理想终于要变成现实了。这一段日子是他最为高兴的日子，他曾经做过两首诗，体现了这种心情。其-：“斧康临轩几砚间，春风和气满龙颜；细听天语挥毫久，携得香烟两袖还。”其二：“风软彤庭尚薄寒，御炉香绕玉栏杆；黄门忽报文渊阁，天子看书召讲官。”形象描绘了方孝孺和惠帝融洽相处的生活。
辅佐惠帝平叛战败被俘
正当他沉浸在天下大治的美好憧憬之中，惠帝的叔叔，驻守北平的燕王朱棣起兵造反。
洪武初年，虽然元顺帝被打败，带领大臣们向北逃到大漠，但仍然拥有相当的实力。为了降服强敌，防止他们南下，朱元璋发动了多次北伐，镇守边塞的亲王在战斗中迅速成长起来，燕王就是其中最杰出的一个。史书说他相貌奇伟，有雄才大略，能够知人善任，团结属下。朱元璋屡次命令他出征，令他节制边疆的军队，燕王也因此威名远震。
当初，明太祖六十多岁的时候，太子朱标死了，朱标的儿子朱允炆以长孙的身份被立为皇太孙。按说，皇帝去世了，就该把皇位传给儿子。既然现在要传给孙子，太祖的儿子们自然心里不服，特别是太祖的第四个儿子燕王朱棣，对父亲这一做法，非常的不满。每当入朝和太子见面以后，双方冷言冷语，你来我往，互不服气，火药味已经很浓。但是，父亲在世的时候，还不敢表现得太出格。
朱元璋曾经给朱棣一道圣谕：“在朕的各位儿子中间，秦王、晋王已经死了，唯有你有勇有谋，对外的战争，对内的安抚，除了你还有谁呀。所以，朕命你统率诸王，根据形势当机立断，以防备边患。”朱元璋对他寄予很大希望。然而，朱元璋毕竟精明过人，他也考虑到燕王权势过大，对继任皇帝构成威胁，所以，朱元璋临死时告诫：“燕王不可以不考虑”，并下遗诏：“没有圣旨的允许，诸王不准擅自进京。各位藩王所管辖的地方，内部的官吏，归朝廷任免。”
公元1398年，明太祖驾崩，皇太孙朱允炆即位。其实燕王朱棣并不把他放在眼里，早就有谋反之心。朝野上下也多有猜测，认为朱棣必然要造反。惠帝心里也害怕，担心一旦朱棣造反自己无法抵挡。于是就找大臣计议这件事，想来个先发制人，以免除后患。惠帝的伴读老师黄子澄，找建文帝另一个亲信大臣齐泰商量。齐泰认为各位藩王之中，燕王兵力最强，应该首先把他消灭，以震慑其他蠢蠢欲动的藩王。黄子澄表示反对，他认为燕王实力最强，弄不好就会自取灭亡，即使能够战胜，也不是短时间内能做到的。如果在这个期间，其他的藩王同时起兵，后果将不堪设想。两种意见都有道理，惠帝难以定夺，就询问方孝孺。方孝孺认为藩王不削，就会有人谋反，如进行削藩，则会有祸乱。关于削藩不削藩的事，他主张有叛就平，如果没有叛乱，就暂时不要用兵。但是，惠帝比较害怕，也倾向于及早动手削去各路藩王。于是，最后确定，先拔掉燕王周围的藩王，剩下燕王自己，局面就好收拾了。
惠帝于是按照他们的计划，把燕王周围的藩王逐渐地收拾掉了。其实，燕王早就暗中做好了准备，欲要起兵杀到京城。为了麻痹惠帝，他假装发病，整天胡言乱语，疯疯癫癫。惠帝听说以后，不知道是真是假。就派人去探病，如果真的病了，也还表示关心。如果是假的，也好刺探虚实，看燕王是不是真地想谋反。当时正是大热天，惠帝派的大臣来到燕王府。就发现燕王坐在火炉边烤火，嘴里还不停地喊冷。可能是燕王装得太像了，使臣以为是真的病了，就当作实情向惠帝汇报。惠帝毕竟年轻，竟然相信了。但是齐泰、黄子澄却怀疑燕王是装病，他们一面派人到北平把燕王的家属抓起来，一面密令北平都指挥使张信带兵逮捕燕王，还约定燕王府的一些官员当内应。不料张信却把他们出卖了，反而向燕王告密，诉说了密谋的经过。燕王听了，非常生气，就把王府里张信供出的充当内应的官员全部抓起来，宣布起兵，要找惠帝讨个公道。
燕王精明过人，做事讲究策略。他怕别人说他造反，于是就打着“清君侧”的旗号，说要帮助建文帝除掉奸臣黄子澄、齐泰等人。历史上把这场内战叫做“靖难之变”。
燕王能征善战，常年以来驻守北平，有带兵打仗的经验，所以很快就攻下了几座城池。在公元1401年，燕王带兵打到了大名。这时候，惠帝看到燕王的军队势不可挡，非常害怕，就宣布把齐泰、黄子澄撤职。嘱咐他们逃跑去吧，自己实在没有办法了。这时惠帝赶紧通知燕王，自己已经把齐泰、黄子澄罢了官，请求燕王退兵。燕王不肯罢休，再次上疏请罢盛庸、吴杰等人。方孝孺说：“陛下，燕王这样逼着陛下无罪而罢大臣的官，就是谋反，请陛下决心平定叛乱。”惠帝此时已经乱了阵脚，赶忙问：“先生可有破敌之计？”方孝孺建议说：“燕王的兵长时间停留在大名，天气很热再加上下大雨，就是不打仗一定会很疲惫。应该急令辽东的各位将领带兵人山海关攻打永平；真定的各位将领渡过卢沟直捣北平，燕王必然回兵救自己的老家。我们再从后面追击，我想会一战成功。现在，燕王的使者正好在这里，你先给燕王写信稳住他，争取时间。等到我们的计划开始实施，离胜利就不远了。”惠帝一向对老师言听计从，今天一听老师的分析很有道理，就让方孝孺抓紧草拟诏书，派大理寺少卿薛岩去燕王那里传旨。旨意的大意是：只要燕王罢兵，打仗带来的责任不予追究。又把旨意制成数千份，准备散发到众位将领手中。等薛喦到了燕王的行营，吓得连皇帝的圣旨都没敢拿出来。后来，燕王问他来做什么，他才把圣旨递了上去。燕王一看，根本不予理睬。
公元1402年，燕王的军队在淮北遇到朝廷军队的抵抗，打得十分激烈。五月，吴杰、平安、盛庸发兵骚扰燕王的粮道，燕王派遣武胜上书，请撤销吴杰、盛庸等人的职务，自己就退兵。惠帝一听就动了心，就要答应这件事。方孝孺苦口婆心地劝说道：“一旦把这几个人的职务撤了，兵力就会撤去。撤了以后，再想聚到一起，那时就晚了。燕王这是缓兵之计，千万不要相信他。”这一次，惠帝下了决心，把武胜杀了，表示要和燕王打到底，决不妥协。