戚继光上任后，强烈要求改革蓟州军备的想法得到了内阁大学士张居正的赏识和支持。无论有什么计划，只要写信给张居正，很快便有答复。即使一时之间难成定论，张居正也必定亲自修书阐明个中幽微原委，仔细诠释一番。张居正对于北部边境的关心可谓无微不至。有人理解和支持，戚继光如虎添翼，几年之内，整编防区，训练新军，一切按他的计划有条不紊地进行。戚继光知道，北方鞑靼不同于倭寇，所以就精心钻研新的战术。针对明军骑术不高而鞑靼擅长骑马射箭，并动辄集合数万之众长驱南下的特点，创出了一种“车营”战术，即每四人操纵一辆战车，当遇到大队人马突击时，就将许多战车连成一体，形成一道“城墙”，将士们则可以躲在车后用火器射击，大量杀伤敌人。在练兵中，戚继光还不断进行军演，训练明军的实战能力。
明朝时北边的鞑靼族首领是小王子，后领导权落人俺答手中。俺答带领鞑靼武士几次进攻北京，京师为此屡次戒严，世宗皇帝为此杀兵部尚书，杀蓟卫总督。当时俺答率领下的军队论战斗力要比明军强，但论组织能力不如明军，所以战事总体还处于劣势。明世宗时，邱富、赵全这些人投靠了鞑靼，慢慢诱合沿边的汉人，一直到几万人成为鞑靼的一个集团，他们帮助鞑靼筑城堡、开水田，加强了组织力，提高了战斗力，有时也替俺答策划战争，领导鞑靼进攻长城。后邱富死于一场进攻明朝的战役中，但赵全仍然在引导俺答进攻大同，而且准备尊俺答为帝，自己也准备称王。但没有料到意外发生了。
隆庆三年十月(1569年)十月的一天西风凛冽，俺答的孙子把那汉吉带领儿十匹马突然跑到长城的边界要求投降。
朝廷内部，一方面是张居正、高拱等人主张受降，一方面叶梦熊等人认为受降会引起更大的战事，降人后面一定会有追兵。经过激烈争辩之后事情总算决定了——受降。于是举行了一个隆重的仪式，把那汗吉授指挥使，阿力哥授正千户，各赏大红纻丝衣一袭。
叶梦熊等人的预见没有错！果然俺答亲率鞑靼骑兵气势汹汹地杀来了？边防的空气骤然紧张起来了。站到墙头一望，只见黄沙弥漫，城下兵阵一字列开，少说也得几万人。张居正早已意识到，现在明帝国的国防自隆庆以来已逐步加强，任用谭纶、戚继光、王崇古、方逢时等，战斗力已大大提高，准备和来者决战。两方尽管都有作战的准备，但又都没有绝对的把握。恰好这时，方巡抚派的使臣鲍崇德已经到了俺答扎下的大营之中。
俺答气愤地与鲍使臣说：“我的骑兵一到，你们的将领立刻便会死亡。”
“不错！”崇德说：“但是那几个将领毕竟比不上你自己的孙儿。朝廷款待你的孙儿，真是宽厚，战事一动，你的孙儿便没有了。”
这时，几个行色匆匆的鞑靼士兵进来了，在俺答的身边说了一番话。只见俺答的脸色不似刚才那么难看了，刀刻般的皱纹也似乎舒展了。
原来，此时的俺答还不知道把那汗吉是死是活，刚才派出去的人回来说，打听到了把那汗吉还活着。俺答的心先放下了一半。
“只要将赵全等人归还我朝，您的孙儿随时可以回去”，崇德察言观色，继续说道。
俺答沉吟片刻，没有表示同意，但可以看出，他对崇德已经有了好感。
临行之前，张居正已有布置，若俺答尚念舐犊之情，就有可能以轻换重，以一群汉奸之命换取孙儿。下一步就以明朝厚待其孙儿之意来安抚俺答之心。若俺答肯做到这一步，就乘机劝和，以求边防安定。他说：“但欲挟之为重，今宜遣人先布朝廷厚结其孙之意，以安其心。”“彼见吾之宠异之也，则欲得之心愈急，而左券在我，然后重与为市，而求吾所欲，必可得也。”“今日之事，幸而我，即可以舒数年边患，其所省岂直数十百万而已哉？”
崇德见俺答迟迟不肯下决断，只得告辞，临别之时，俺答选了一匹上等的鞑靼马送给他。虽然俺答没有明确做出答复，但从赠马一事来看，可见俺答内心主意已经改变。
张居正这边也同样不放心，他和王崇古等人商议，若俺答诚心交接，永世不再进犯，可以进一步封爵赏赐他们。但如果万一计划泄露，对方胡乱拿几个人来充数，交换人质，则朝廷的颜面何在？这是担忧的一点。如果交换成功，他们护送把那汉吉回去，突然卷土重来杀个回马枪，岂不被世人耻笑？这是第二点。
如果对方真有诚意交换人质，那就封其爵，开其市；他日一旦反悔，我朝虽名正言顺可以兴师问罪，对方尽管失去赵全数人，但是没有多大的损害，依然兵强马壮，战斗力不弱，这是忧虑的第三点。
俺答营中电在积极策划，几次协调之后，俺答居然同意了交换人质封爵开市的意见。赵全万万没有想到，一向信任自己的俺答已经改变了原来的想法。他也积极地给俺答出主意、想万全之策。一天，赵全奉命到俺答帐中，准备献计献策，但他不知道俺答已经不需要他的计划谋略了。就在他刚刚踏人大帐那一刻立即感到了气氛的诡异。俺答吩咐手下将赵全等十几个汉奸一起拿下，顶着十二月凛冽的北风，一路被遣送至北京。京城内部甚为欢喜，接着穆宗在午门楼受俘、祭天、告太庙，最后才把他们一一处死。
俺答方面，把那汉吉经过方巡抚一段时间的款待之后，穿着赏赐的大红袍再次回到了鞑靼的帐幕。一手抚养他长大的祖母感动得不得了，祖父的眼角也充满了爱意和激动的泪水。
明帝国和鞑靼的关系发展到这个阶段，到了一个关键的时期，第一是封(指封俺答为王及其兄弟子侄为官的事情)；第二是贡(俺答和部下人贡之事)；第三是互市(双方边界地区在规定的日期、地点实行指定的货物通商之事)。
前两件事情大多数人通过了，互市却遇到了麻烦，利弊各半，朝廷内几成僵局，经过张居正等人的策动，皇帝出面，大政方针出台了：即一面诏许封贡百市，一面整顿国防政策。封俺答为顺义王，赐红蟒衣一袭；封把那汉吉为昭勇将军，指挥使如故，其余各有官职。从此以后，双方友好，终于赢来了北方的安全。张居正、高拱、谭纶、王崇古、方逢时、李春芳等人感到了一种前所未有的愉快，这次封贡互市的争论，张居正占有主要的地位，尽了最大的努力，这次边防的安定，他功不可没。
辅佐幼主
隆庆六年五月，神宗即位。神宗即位后张居正毅然担负起教育这位十岁小皇帝的责任，内阁中高拱的离去，让张居正独自挑起首辅的重任。现在，张居正一生功名所求可以算是达到了顶峰，真可谓一人之下，万人之上。但现在大权在握，反而感到有些惶惶然了。他非常清楚自己现在的位置，那是祸福旦夕的险境，是死活相拼的战场，以后言行举止无疑应更加小心谨慎。另一方面，张居正的心中当然也有夙愿实现后的喜悦和重振朝廷的壮志。踌躇满志之情与优柔，慎微之心集于一身，更使得居正处理事情既有深思熟虑的见地，又不乏义无反顾的果断。
每日给万历安排功课，另外，还专门为他延师讲解经史，又请万历的生母李太后移居乾清官，与万历同住，以便朝夕照顾。鉴于北部边防乃国家大事之首，又奏请万历拟定巡边计划，蓟州、辽东、宣化、大同、陕西等地着得力人员把守。之后，开始策划内阁及各部的人事安排。
一天，冯保手下一太监过来传呼，说皇上有事召见。冯保是穆宗皇帝去世后一股活跃的势力，现在是掌印太监。明朝政治本来就充满了弹性，因此名义上司礼掌印太监是“掌理内外章奏及御前勘合”，秉笔太监“掌章奏文书，照阁票批朱”。事实上，他们的职权有非常的扩大空间。掌理章奏是一个可以上下伸缩参政的机会。照阁票批朱，是对于内阁票拟的谕旨，用朱笔加以最后的判定。这本应是皇帝自己的事，皇帝太小或不负责任，大权便旁落到司礼秉笔太监手里。于是，大学士虽然是皇帝的私人秘书，而秉笔太监就成了皇帝的机要秘书了。
张居正一听皇帝召见，不敢怠慢，连忙起身随太监而去。片刻之后到了平台，只见万历和冯保早等候在那里了。万历帝换上了平时的衣服，冯保在一边立着。张居正拜伏在地，向万历行了君臣之礼。万历开口了，清亮的童音：“先皇在世多次提及先生，称忠良之臣。自先生辅朕以来，亦亲见先生为国操劳，多有辛苦。朕赐你蟒衣两件，锦缎四匹，略表慰劳之意。”遂盯住冯保。冯保向后招招手，两名小太监手托两个锦盒走过来。张居正听到神宗提起穆宗对他的言论，已动了感情，听到皇上赏赐，不禁喉头有些哽咽，赶紧跪接，口称：“臣之区区，承蒙先帝厚恩，亲授顾命，怎敢不竭才尽忠，以图报恩？今无功受禄，实在有愧。惟愿陛下龙体康健，才智日增，则国之大幸也。”
受礼完毕，神宗赐座，随即问起国事，并说：“凡事要先生尽心辅佐。”张居正便趁机把准备变动人事的想法讲了讲，然后说“方今国家要务，惟在遵守祖宗旧制，不必纷纷更改。至于讲学亲贤，爱民节用，又看道所当先者，伏望圣明留意。”
“先生说的是。”神宗说。万历年纪虽小，但深知自己的身份以及将来的责任，凡事都要学着点，遂不厌其烦地问居正吏部、兵部、礼部、内阁等地的人事调动。聚精会神听完之后，感到居正说得句句实在，很有条理，心理上便有了依赖感，说了一句：“凡事还请先生尽心。”似乎这次谈话就要结束了。冯保见状，赶紧拉了拉万历的袖子，万历恍然觉得还有一件大事似的，便告诉居正说：“朕登基数日，理应完孝道，先皇皇后是朕嫡母，皇妃是朕生母，尊号上还请先生多加几字……”
居正听了不觉一怔，他意识到这是个难题。通观本朝旧典，惟天顺八年宪宗皇帝曾将嫡母加尊慈懿皇太后，生母皇贵妃为皇太妃，然而，嫡母之前“慈懿”二字是特加的，为体现尊尊亲亲的区别。而现在……几经思索，决定将皇后陈氏尊称为任圣皇太后，皇贵妃李氏尊称为慈圣皇太后，透露出一个伟大的政治天才的一方面，应付皇室这方面，他还是有相当把握的，虽然有点阿谀奉承，有些迁就。
在张居正掌握政权的期间，除了处理繁多的政治问题之外，他还得应付三个重要的人物，第一个就是慈圣皇太后，第二个是冯保，第三个是神宗。这三个人都是他的主人。且各人有各人的立场，在应付方面不免有困难，幸而居正是一个政治天才，总算在身前安稳地度过了。
从表面上看，年仅十岁的神宗应该是容易对付的，但事实上这是最大的困难。张居正身后出现的种种波折，就是因为这方面的失败。
明代皇帝的教育有两种，一种是日讲，一种是经筵。日讲的功课，居正给神宗规定了繁重的课程，规定：每天先读大学十遍，次读尚书十遍；讲读完毕之后，利用休息时间，批阁中衙门奏章。若皇上不明确表态要休息，继续进行午讲。快到中午时，讲《资治通鉴》，要求明白地讲清楚前朝兴亡事实，《资治通鉴》讲完之后，续讲贞观政要。如果皇上对知识有怀疑，进讲官再用通俗易懂的话讲解，务使皇上明白。每月三六九上朝的日子可暂停讲读。若国事不忙，应温习讲过的经书，或者练书法，不管字数多少，一定要不间断地练习。每天早饭之后，即进行讲读，午饭之后回宫。若非大暑大寒，不辍讲读。
当时神宗还是不满十岁的孩子，张居正对于神宗就像一位尊严的小学教师，利用一切的机会，要让自己的学生达到理想的境界。神宗对于居正也是十分的亲近和尊崇。居正还亲自为年幼的皇帝编写《历代帝鉴图说》，分上下两册，编写了自尧舜以来，有为的君主的八十一件事，引以为戒的事情三十六件。每件事情各绘一图，图后写本事。对于不满十岁的皇帝，见到这种绘图立说的故事书，自然十分高兴，而且，张居正所编写的内容真是富有教育意义。当神宗在文华殿看到张居正捧着这两册故事书，立刻童心大发，叫左右把图说揭开，让张居正在旁边给自己指点讲解。
有一次，提到了书中一则汉文帝劳军细柳营的故事。居正说：“皇上应当留意我大明的武备边防。自太祖以武功平定天下，如今承平日久，而武备日弛，应早做防备。”神宗听到，一连称是。居正便把自己整饬武备，抵御外侮的主张，和盘托出。
一次，万历皇帝在习字的时候用进讲官写好的大宝箴作为影格。居正正好看见，他说：“皇上，这一篇文章是先祖的手笔，关乎君德治道。希望皇上不仅仅摹写，还要背诵它，甚至能够讲解。”过了几天，神宗在文华殿召张居正到御座前，站起来，高高地举起大宝箴交给居正。居正遂把大宝箴注解给万历看。随后，神宗把文章中所引的故事全部明了。讲到文章的最后“纵心乎湛然之域”，神宗说：“这是提醒人做事应当虚心。”居正拱手称贺：“皇上所言极是。虚心二字可以解释这句话的含义。人心不虚乃是因为私意的混杂。水是最清白的，混了泥沙之后，水便不清；镜是最明了，蒙上灰尘后，镜便不明了。皇上只要涵养此心，除去私欲，如明镜止水一般，好恶刑赏自然无不公平，万事都办好了。”
神宗渐渐长大了，他的心理已经悄悄发生了变化，不只是一个一味恭顺的“小学生”了，对于居正，也不只像小时候那样充满了崇敬。他已经成长为一个个性倔强的人了，像他这种个性的孩子有时会感到很烦闷，尤其是受到父母和师长的压迫之后，表面上虽不动声色，委曲迁就，可是骨子里却流淌着倨傲、任性和伺机斗逞的血液！万历十年之后，神宗痛恨居正大概有这段时期留下的隐患。但他仍然对居正保持尊敬，连慈圣太后都对张居正很尊敬。神宗的“大伴”冯保更是常常耳提面命跟神宗说：“先生是先帝托孤的忠臣，先生说的话皇上您可要仔细听啊！”于是张居正在神宗面前更蒙上了一层特有的庄严了。
一天，神宗在给居正朗读诏书的时候，粗心地把“色勃如也”读成“色背如也”，在旁边站着的张居正立刻厉声说到“应当读作‘勃’字。”这一下神宗有些受不了了，脸上肌肉突突动了几下，但张居正没有感觉到这些，他仍然把他看作是一个听话的驯服的学生。