不管怎么样，熹宗对自己的老师还是尊敬的、信任的。前几次，孙承宗要求把自己罢官，熹宗总是苦苦的劝慰、挽留，这次依然是没有批准。这町能是在阉党的打击下，唯一可以受到礼遇的人。其他的东林党人如杨涟、魏大中、左光斗、顾大章等人都相继死在狱中。他们知道熹宗对孙承宗的尊敬和感情，所以也不敢太过分了，以免自身难保。他们只好从长计议，逐渐的排挤孙承宗。魏忠贤曾经派他的党羽梁梦环到边关巡查，想抓住孙承宗的把柄，再治他的罪，结果什么也没有得到。
为了培植自己的势力，迫使孙承宗下台，魏忠贤把他的党羽高第推举为兵部尚书。高第非常害怕担任这个职务，不敢接受。他找到魏忠贤，一边叩头一边大哭，求魏忠贤放过他，自己实在不能胜任。魏忠贤生气地说：“你这个没用的东西，别人想当还当不上呢。前面就是火坑你也得跳，不要再说了。”高第见没有希望辞官，灰溜溜的走了。天启五年(1625年)十月五日，皇帝下旨，正式任命高第经略辽东、蓟镇、天津、登、莱等处军务。高第把心一横，硬着头皮走马上任了。
高第来到前线以后，大力推行排挤孙承宗、退守山海关的“政策”，孙承宗根本不把他放在眼里，经常反驳得他哑口无言。高第自叹不是孙承宗的对手，深深的遗憾不能完成魏忠贤交给自己的任务。
经历了这一次次的斗争，孙承宗已无心恋战，两军阵前，他从不退缩，朝中的斗争却让他心灰意冷。于是，他更加迫切地要求辞去自己的职务。硬说自己病得厉害，实在难以胜任。熹宗见孙承宗去意已决，也没有办法，只好批准他的请求。熹宗特地把孙承宗加封为光禄大夫，赏赐了很多金银绸缎等东西，又派专人送他荣归故里，同意孙承宗回老家养病。
天启六年(1626年)，宁远被围。实际上当时的士兵有十多万人，高第上疏说守宁远的士兵只有五万，根本守不住，请求撤兵。孙承宗知道以后，通知户部：“高第初次来到边关的时候，拨给他的是十一万七千人的粮饷，如今只给他五万人的粮饷就足够了。”高第知道这件事以后，吓坏了，真的按五万人的粮饷发下来，哪里够用啊。于是又上疏说自己搞错了，高第因此以“妄言”获罪。
败军之际再次掌兵
崇祯二年(1629年)，清兵突破山海关，十月，进入大安口，攻占遵化，将要迫近北京。新皇帝名叫朱由检，史称思宗，执政时间不长，没有经验，所以非常惊慌，忙问群臣是否有退敌的计策，朝廷大臣众口一词：“在这危急存亡的关头，非孙承宗挂帅出征，不能挽救时局。”思宗赶忙下诏，召孙承宗进京，担任东阁大学士兼兵部尚书镇守通州。国难当头，义不容辞，孙承宗火速进京，入朝进见思宗。思宗慰劳了孙承宗以后，急忙问守城退敌的计策。孙承宗上奏道：“臣听说袁崇焕驻守蓟州，满桂驻守顺义，侯世禄驻守三河，这样很好。我还听说尤世威回到昌平，尤世禄驻守通州，好像不太合适。”思宗问：“你想固守三河，是什么意思？”孙承宗说：“固守三河可以此为据点，防止敌军西进和南下。”思宗说：“太好了，还是先生胸有城府，深谋远虑。不过，你怎么样为朕保护京师？”孙承宗说：“当危急时刻到来的时候，守城的士兵苦于挨饿受当时，北京城外就能看到遍地烽火在燃烧，孙宗带领二十七骑人马出东便门，以最快的速度赴通州，以至于路上跑丢了三个人。冻，这不是好办法。应该修筑有利的工事，加大犒赏的力度，以此来稳定人心。”他们谈了很多，孙承宗所说的每一条建议，思宗都非常认可。最后，思宗说：“先生不必到通州去了，你为联总督京城内外防御事务，留在朕身边随时参谋，不更好吗。”等孙承宗从皇宫出来的时候，已经是午夜了。他也没有睡觉，连夜巡视都城的防卫情况。黎明的时候，又起身巡视外城。把所有的问题都解决了，他才放心。
到了第二天半夜里，忽然传来圣旨，说是敌人马上要攻打通州，形势危急，要孙承宗立刻赶往通州，主持军务。当时，北京城外就能看到遍地烽火在燃烧，孙承宗带领二十七骑人马出东便门，以最快的速度奔赴通州，以至于路上跑丢了三个人。到了通州城下，守门官兵拒绝任何人进城，后来总兵大人来到以后，才放他们进来。进城以后，也没有时间休息，立刻与保定巡抚解经传、御史方大任、总兵杨国栋登上城上的矮墙固守。这时候，大清兵已经迫近都城，于是又急忙派遣游击尤岱率领骑兵三千人支援，派遣副将刘国柱督军二千与尤岱会合，同时征调密云兵三千人在东直门扎营，保定兵五千人在广宁门扎营。
北京方面，思宗忙调集各路大军勤王。袁崇焕得知清军人关的消息，心急如焚，也马上亲率精锐部队，马不停蹄，去京师救援。他们赶到北京城外，同围攻广渠门的清军激烈交锋，其他各路勤王军也陆续赶到，一场恶战，把清军杀退。
努尔哈赤看到，阻碍自己攻破城池的主要是袁崇焕。他驻守的宁远坚不可摧，如今又来救援京师，就想除掉他，于是就派人使用离间计，放出风来说袁崇焕想谋反。崇祯皇帝本来就怀疑袁崇焕，况且有不经请示擅杀毛文龙的事，也担心他在宁远拥兵自重，就相信了传言。崇祯二年(1629年)十二月一日，思宗以“议饷”的名义召袁崇焕、满桂、祖大寿等人入朝，当场质问袁崇焕以前杀毛文龙和现在要进京犒赏军队这两件事，袁崇焕一时间答不上来，当场就被逮捕，打人死囚牢。
袁崇焕被捕以后，很多人落井下石，内阁大学士温体仁连续五次上疏，认为袁崇焕欺瞒皇上，私通敌人，极力主张杀掉袁崇焕。兵部尚书梁廷栋曾经和袁崇焕在辽东共事，也跟他有过节，这时候乘机攻击袁崇焕。朝中大臣中有很多人看出这是一桩冤案，但是因为害怕温体仁和梁廷栋位高权重，不敢相救。
由于袁崇焕在前线与众位将士同生死、共患难，有很高的威望，所以，他的被捕引发了混乱。将士们一片惊惶，不知所措，军中很多人大哭，弄得人心惶惶。在城头上，士兵们乱掷石块，因不满而谩骂，使得一万多精锐部队顷刻瓦解，一哄而散。
崇祯二年(1629年)十二月四日，袁崇焕的部将祖大寿，见袁崇焕被捕，害怕朝廷也把自己杀掉，就和副将何可纲等人率领自己所辖部队一万五千人向东溃散，声势很大，严重影响了军心民心。崇祯皇帝听说以后，有些后悔，在这危急时刻，不该先杀大将。现在，只有袁崇焕能收拾局面。他让人到狱中取来袁崇焕亲笔信，派使臣飞速追赶，想要召回祖大寿。但是，祖大寿已经回到锦州。使臣又追到锦州，拿出袁崇焕亲笔信让祖大寿看，祖大寿才下马捧着书信，大声哭喊，悲痛欲绝，全军将士无不落泪，一片哭声。孙承宗听说以后，急忙派遣都司贾登科带着自己的亲笔信安慰祖大寿，同时命令游击石柱国去安抚各军。
祖大寿见到贾登科以后，遗憾地说：“我们的士兵急急忙忙去京师救援，打了许多胜仗，希望得到丰厚的奖赏，谁知道却被城上的士兵骂为贼，并且投石块砸死很多人。我们派遣的巡逻士兵，被当作间谍杀掉。我们这样舍生忘死，拼命厮杀，却被当作罪人，我们没有办法，只好逃跑。”
石柱国追上逃散的军队以后，将士们都严阵以待，拿刀动剑，很有敌意。等到说明来意，士兵们都哭了：“督师袁崇焕既然被杀，又将用大炮击毙我们，所以我们才逃跑啊。”石柱国再向前追，祖大寿已经走远了，只好原路返回。他把这些情况报告给孙承宗。孙承宗知道皇帝很着急，连忙写下奏疏，上奏道：“祖大寿听说袁崇焕被杀，疑心自己被牵连，又不肯受满桂节制，所以对士兵说皇帝将要杀死他们，不是所有的部下都想叛变。所以，应当大开生路，收服众人的心。辽将中很多都是马世龙的旧部，臣根据情况，派马世龙去告知皇上的本意，那些将士必然放下武器归来，祖大寿不足以忧虑。”思宗很高：兴，同意孙承宗的做法。孙承宗写了一封密信告诉祖大寿，抓紧上奏士卒混乱的原因，并且要立功赎罪，而自己当代替祖大寿向皇上解释。祖大寿收到信以后，同意了孙承宗的建议，把自己带领军队向东溃败的原因一一列出，反映了广大将士的心声。思宗下诏，既往不咎，并且赏赐一些物品安抚上兵，命孙承宗移师镇守山海关。诸位将领听说孙承宗、马世龙到了，很多人自发地归队。祖大寿的妻子左氏也劝说他，祖大寿这才完全心回意转，集合好士兵，随时等候命令。
当初，溃败的士兵退出山海关以后，关城被敌人抢劫，闹得家家户户人心惶惶，都关着门，买卖也不做了。孙承宗来了以后，人心才开始稳定下来。以前的关城长十六里，卫城只有二里。现在让敌人破坏得不成样子，于是重新修筑城墙，架上大炮，严加防范。城中的水不够用，一昼夜内竟然打了一百眼井。以前那些无所事事的人，都分派给具体的任务，巡逻的、守粮仓的，各就各位。这样内部就减少了作乱的因素，外部如果有刺探军情的，也都及时地被巡逻抓住。山海关整顿好以后，派遣马世龙率领步兵、骑兵一万五千人支援北京保卫战，派游击祖可法等人率骑兵四个营向西去戍守抚宁。
崇祯三年(1630年)正月，祖大寿整顿好军队，入关拜见孙承宗，他的亲兵五百人全副武装等候在关门口。孙承宗推心置腹地跟祖大寿谈话，祖大寿深受感动，当天就把自己所统领的步兵、骑兵三万列在教场中，举行誓师典礼，彼此完全消除了误会。当时清军已经攻下遵化城，正月四日占领永平，正月八日占领迁安，紧接着攻克滦州。同时分兵攻打抚宁，因为祖可法等人坚守城池，所以没有攻下来，又向山海关进军，离山海关三十里安营扎寨。副将官惟贤等拼命苦战，山海关安然无恙。清军又回师攻打抚宁和昌黎，守军顽强抵抗，没有攻下来。这时战局已经稳定，孙承宗重新经营山海关。
山海关西南有三座城：抚宁、昌黎、乐亭，西北有三座城：石门、台头、燕河。这六座城向东护着关门，向西围绕永平，都是靠近山海关的战略要地。孙承宗命令这六座城严防死守，然后以此为据点，开始收复失地。
当京师正在戒严的时候，天下勤王兵先后来到的有二十万人，都驻扎在蓟门以及京师近郊，他们相互观望，没有拼死冲杀。皇帝屡次下诏督促，诸将也不时的出击，然而却杀不退敌人。
在战争处于胶着状态的时候，马世龙请求先收复遵化，孙承宗说：“不行，遵化在北面，想攻下来很容易，却难以守住，不如暂且留下它，以分散敌人的兵力。如今应当大造声势，佯装攻打遵化，使放人派不出军队，我们调集丰润、开平的军队，联合山海关的军队攻打滦州，同时派骑兵攻占永平。打下滦州、永平，那么山海关、永平就连在了一起，这时候再攻打遵化就容易了。”商议好以后，孙承宗亲自督战。五月十日，祖大寿和张春、邱禾嘉的军队先到达滦城外，马世龙和尤世禄、吴自勉、杨麒、王承恩相继来到，第三天攻下滦州。副将王维城等也收复迁安。清军看到永平难守，也撤兵回去了，孙承宗大军进驻永平。十六日，谢尚政率军收复遵化。清军见大势已去，慌忙撤走了全部军队。
战争胜利以后，思宗论功行赏。加封孙承宗太傅衔，赐蟒服、白金，世袭锦衣卫指挥佥事。孙承宗接受了其他的赏赐，却坚决辞去太傅的封号，并且屡次上疏要退隐田园。思宗好言劝勉，不许他退隐。后来有小股的反叛势力作乱，孙承宗令大将王威打败了他们，皇上又赏赐银币。册立东宫的时候，加封太保。以后还有加封，每次他都要求辞去封号，坚持辞官回家。思宗命内阁大臣商议孙承宗的去留问题，谁也决定不了。思宗亲自派特使降旨慰问，孙承宗没有办法，只好担负起职责，视察军事。
崇祯四年(1631年)正月，孙承宗出关东巡，到达松山、锦州。刚刚入关，又向两巡视，协十二路全部巡查完毕才回去。根据巡查的情况条陈上疏边防政务共八件事，都被思宗采纳。到五月，这一任期的政绩考核完毕，皂帝下诏加太傅衔兼食尚书的俸禄，世袭尚宝司丞，赐予蟒服、银币、羊酒，他还是坚决辞去太傅衔不接受。
崇祯四年(1631)七月，孙承宗打算恢复以前那种牢固的防守，就令祖大寿等人率兵四千驻守大凌河，又征发一万四千人筑城。八月六日，筑城才二十天左右，大凌河的城墙刚刚修完，城上的矮墙刚修完一半，后金突然发兵攻到城下，并于当天开始围城，明军仓促之间紧闭城门，拒不出战。孙承宗听说以后，亲自来到锦州，派吴襄、宗伟前往大凌河救援。但是，宁远巡抚邱禾嘉向后推迟了好几天，吴襄、宗伟被阻击，大败于长山。到了十月，大凌河已经被围困三个月，守军物资耗尽，祖大寿假装投降，借机跑回锦州，大凌河城又被拆毁。大凌河的失守，引起了朝廷内部的攻击，说他们修筑大凌河是错误的决策。孙承宗很生气，连连上疏称病求退。崇祯帝为平息朝中的不满情绪，批准他回家养病。
大明将亡城破身死
孙承宗在家闲居，享受了一生中最平静的一段日子。平静的日子倍觉短暂，一转眼就是七年。崇祯十一年(1638年)，孙承宗已是76岁的老人了。这一年，清兵大举进兵，统帅是大将多尔衮，他是皇太极的弟弟。他想马上带兵攻打北京城，皇太极拦住他说：“我们要先攻高阳，再攻北京。孙承宗在高阳闲居，我们把他捉住，明朝就没能人了。”
多尔衮带兵包围了高阳县城。他本来想攻下高阳轻而易举，等到了城下一看，却惊呆了，只见城墙上戒备森严，城头上威风凛凛地站立着须发皆白的孙承宗。他带领自己的家人，组织好城里的乡亲，准备迎接进攻。
多儿衮面对孙承宗高声喊话：“孙将军，我敬佩你是大明朝的英雄，你如果停止抵抗，我就会饶你不死，你如果负隅顽抗，大军一过，你们谁都活不成。”
孙承宗冷笑一声说：“我一生征战多年，宁可战死沙场，决不投降，你也不必多说废话，快放马过来。”
多儿衮见劝降无效，就下令攻城。哪知城上早有准备，滚木、檑石、弓箭像雨点一样砸了下来，使攻城的清兵死的死伤的伤。多尔衮非常生气，下令强攻。清兵像潮水一样涌了过来，孙承宗终于因为寡不敌众，城破被俘。他的儿子、孙子全部战死。
思宗听说以后，非常悲伤，命有关部门优加抚恤。首辅杨嗣昌、薛国观等人暗中不执行，只是官复原职，厚葬罢了。到了南明福王时，才赠予“太师”的称号，谥号“文忠”。