为此，山下奉文找来第14方面军副参谋长小沼治夫少将，派他去搜罗一切可能派往前线的兵员。小沼走遍了日军的各个单位，把那些航空地勤人员、船舶修理工以及其他所有能拿得动枪的闲散军人都叫到一起，编成一个步兵营，准备在美军突破萨拉克萨克附近阵地时，派他们去堵“窟窿”。
于是，日军在萨拉克萨克方向总算是顶住了美军的进攻，但山下奉文司令部的驻地碧瑶却面临着随时失陷的危险。
美军对碧瑶的进攻主要是沿着罗札里欧通往碧瑶的公路进行的。日军第23师和第58独立混成旅在这个方向精心修筑了防御工事，死死守住了这条在山涧、河谷中蜿蜒盘旋的通道。3月下旬，美军发动的第一次攻击行动在凭借险峻地形顽抗的日军面前然而止。
1945年4月上旬，美国人卷土重来。这一次他们带来了山岳丛林地带作战的新武器，这就是推土机。
动力强大的军用推土机挥动铁铲，把大树、灌木丛成片地清除掉，在密林深处开出一条急造公路，随后美军坦克和大炮便沿着这条公路逼近日军阵地。4月17日黎明，美军坦克终于把挡在面前的日军士兵逐出阵地，推进到距碧瑶仅10公里的地方。
此时，山下奉文已率领躲在碧瑶的方面军机关人员和日本侨民撤退到班班地区，仍留在碧瑶的日军拼死发动反击，绝望的日军士兵甚至驾驶着只剩最后一升油的轻型坦克撞向美军大型坦克。可这些疯狂的举动已然难以挽回日军注定失败的结局。
1945年4月24日，山下奉文被迫放弃碧瑶，下令损兵折将的第23师撤往地形更加险峻的高地——宾羌西北部地区。
美军占领碧瑶后，重新调整兵力，把巴雷特山隘作为进攻的重点，而这一次推土机也发挥了重大的作用。为了克服日军依恃的险峻地形和清除日本人借以隐蔽的热带丛林，美军差不多把昔日人迹罕至的崇山峻岭变成了一个大工地，推土机的轰鸣声终日响彻云霄。守卫巴雷特山隘的日军第10师和坦克第2师经过连日激战，此时只剩下几千人，其中大多数人缺弹少食，战斗力迅速下降，实在顶不住美军的步步紧逼。
6月1日，巴雷特山隘上终于升起了美国的星条旗。日军“尚武集团”东、西部据点的相继失陷，打破了山下奉文依托其险峻地形长期抵抗的梦想，特别是美军根本没有给他喘气的时间，随即派出水陆坦克冲向卡加延河谷方向。
这个方向可是山下奉文长期抵抗计划的关键所在，日军的军需储备和粮食都来自卡加延河谷，无论如何他也要拼死保住。
山下奉文立即调集第103、第105两个师，在位于卡加延河上游的巴加巴古占领阵地，向美军发起反击，企图击溃其水陆坦克部队。然而，他匆匆组织起来的反击却没有成功，原因是日军第103、105师没有运输车辆，多日来饿得头昏眼花的士兵们仅靠双腿穿山越岭，等他们赶到巴加巴古附近的奥里翁岭时，美国人早已进入巴加巴古了。
★山下奉文的选择
此时，摆在山下奉文面前的是一个两难选择：要粮食，还是要持久作战。
山下奉文考虑到，如果选择前者，日军就应当全力保住卡加延河谷，那里丰富的粮食足够几万日军生存下去，问题是把兵力集中在相对平坦的河谷地区，却无险可守，在拥有飞机、大炮和坦克优势的美军进攻下，必然要全军覆没。
如果选择后者，他就要放弃河谷，钻进深山老林，凭借险峻的地形与美军周旋。这样可以支持较长时间，但那里山高林密，没有粮食储备，没有弹药补充，在接下来的日子里，就算士兵们勒紧裤腰带，能支撑多久也是显而易见的事情。
结果，山下奉文还是咬咬牙选择了后者，他在山区腹地构筑防线，企图持久作战。
山下奉文选定了阿信河上游和普洛古山区周围东西约50公里、南北约80公里的盆地。其最高点为普洛古山，海拔2900米，山上只有少数土著民族内格里特人出没，这也是菲律宾的最高峰。
负责防守这道防线的有日军第19、第23、第105师、坦克第2师和第58混成旅。日军第10、第103师以及没有一架飞机的第4飞行师，在卡加延河上游地区的战斗中被分割成许多部分，失去了与方面军的联系，指望不上了。即使参加战线防御的日军各部队，也是严重减员，每个师只有5000—6000人，第58混成旅只剩下2000多人，还大部分是病号。他们用来守卫新阵地的主要武器就是步枪和机枪，还有用卡加延煤矿储存的炸药制成的简易手榴弹，除了第19师，其他部队连一门火炮都没有。
从这时起，直到1945年8月15日日本投降为止，吕宋岛上便很少发生大规模激烈的战斗，但战斗一直在进行着。
日本侵略者在狼狈逃往阿信河上游和普洛古山区周围盆地时，既被美军追击又忍受着饥饿的折磨。
当时，美军已经逼近。日军后有追兵，头顶还有美国飞机。日本士兵纷纷跑到山洞里去躲避，他们只有躲进山洞，才能有一线活着的希望。美军坦克炮声震耳，这时，天空突然阴云密布，电闪雷鸣，暴风雨来了。
当美军飞机飞走、坦克也停止了进攻的时候，日军又开始拼命向北方奔跑。逃跑的路上的河面桥梁已被美机炸毁，于是日军临时架设了一座木桥。但河水泛滥，木桥左摇右晃，到了后半夜，河水不断上涨把桥和桥上的人一起冲走了，岸上顿时更加拥挤。
日军心急如焚，周围全是平缓的丘陵地，只有低矮的野草，没有藏身的树林。果然，天一亮，几十架美国飞机来了，进行了对地扫射。正在这时，美军坦克也跟了上来，坦克炮像毒蛇喷吐毒汁一样发射着炮弹，日军伤亡惨重。
而这样的场面，几天以后再一次重演。当时日军正由农场学校出来向山坡上爬，美国飞机发现再次出现。而日军侥幸逃过的人，在到达少数民族内格里特人的住所后，又找不到一粒米。
饥肠辘辘的士兵在内格里特人的房旁边发现了一种小粒的红色果，放在嘴里一尝，略有甜味。可是在边吃边找的过程中，有人开始喊肚子痛，吃得过多的人竟突然死去！还有一种生长在藤枝上的果实，像黑豆那样大，一些人吃后也中毒身亡。
没办法，后勤部队只有杀了用来驮东西的水牛充饥。丢下的骨头和牛皮等物又被兄弟部队捡去“物尽其用”。到了这种时候，老鼠也成了日本士兵最喜欢的“美餐”。
日军这种痛苦的日子一直持续到8月中旬。一天，躲在森林中的日军士兵们终于发现，一直在头顶盘旋的美国飞机不见了——战争结束了。
美国第6集团军司令克鲁格指挥9个师总共打死了10多万日军，美军各部队也因此疲惫不堪。
直到战争结束，吕宋岛的高山密林里仍游荡着将近6万日本军人。他们弹药短缺，粮食匮乏，根本谈不上什么顽抗，只是为了生存，在丛林中到处觅食，在极度饥饿中苦熬着看不见尽头的日子罢了。
一向养尊处优的山下奉文倒没有受到饥饿的威胁，但他于8月15日从广播里收听到日本天皇裕仁的停战诏书，知道死守菲律宾没有用了。8月21日，他接到了南方军司令部关于停战的命令。
9月3日，山下奉文同方面军参谋长武滕章、西南方面舰队司令大川内传七前往碧瑶城内的高级专员别墅去签署投降书。当山下奉文再次出现在碧瑶小城的街道上时，他已不再是小城的绝对统治者，没有了当年胜利者的那种霸气，几个月的野外生活令当年号称“步兵炮”的强悍之徒疲惫至极。
山下奉文想到了作为一名战败者向敌人投降的难堪，想到了彻底解除武装、向胜利者双手奉上指挥刀的窘境，但他根本没有想到，前来参加投降签字仪式的盟国代表之一，就是曾在几年前打着白旗向他投降的英军将领帕西瓦尔。
由于山下只能掌握驻在高山防线上的日军部队，控制不了那些钻在密林中躲避美军飞机的散兵游勇，致使日军各部队陆续走出密林向美军投降的事拖了很长时间。
直至7月上旬，菲律宾群岛的大规模战斗行动结束。此役，日军被歼45万人，损失舰艇68艘、飞机约7000架（其中特攻飞机700余架）；美军伤亡6.2万余人，损失大型舰只21艘、飞机900余架。
美军凭借海空优势，采取集中兵力、中间突破战术给日军以毁灭性打击，切断日本掠夺南洋战略物资的海上运输线，为盟军进攻日本本土创造了条件。
1945年2月27日，马尼拉全城被美军占领。这天上午11时，麦克阿瑟与菲律宾总统奥斯梅纳在一大批高级军官的陪同下，步入在战火中奇迹般地幸存下来的马拉卡南宫，举行恢复菲律宾立宪政府的仪式。
仪式开始后，头戴菲律宾元帅帽、身着军便服、鼻子上架着一副太阳镜的麦克阿瑟站在麦克风前，他像在莱特岛上一样，发表了重返菲律宾首都马尼拉的演说：
“女士们，先生们，马尼拉居民们，美军官兵们，全体菲律宾国民们……
“3年多的岁月过去了，它们是苦难的岁月、斗争的岁月和牺牲的岁月……
“……这里遭到了巨大的摧毁，但这些化为灰烬的建筑将会按它们的原样重建。总统先生，全力以赴，担负起责任，率领国民们重建家园吧！
“我代表我的政府庄严声明，将宪法规定的一切权利和责任交还给菲律宾共和国政府。你们的国家必将在自由世界的大家庭中获得它的荣誉和地位。你们的首都尽管被摧残得疮痍满目，也必将恢复到它应有的地位……”
讲到这里，麦克阿瑟的声音已经有些哽咽，他停顿了好大一会儿，会场鸦雀无声。
最后，麦克阿瑟擦去面颊的热泪，用苍老而嘶哑的声音结束了他激动的演说：
“我谦卑地、虔诚地感谢上帝，给予我们军队伟大的胜利。我请求在座各位同我一起，高声颂念主祷文……”
麦克阿瑟知道，此刻，他终于真正地回到了菲律宾。