因为ND的到来，让小智他们感到前所未有的失落。好在的是并没有影响挑战道馆的情绪，三人得到四个徽章后，挑战橘子联盟的首席训练家，当然轻松打败对方，得到了胜利者杯，塞蕾娜离开橘子群岛前收服了一只雷电球，便回到真新镇。
“哦！你们回来了！呃······怎么情绪这么低落？莫非你们挑战失败了？”大木博士看到他们都回来了，感到很高兴，但看到情绪有些失落，担心地问。
“不，我们拿下了胜利者杯。”小修他们拿出胜利者杯，有气无力地说。
“那你们为什么？”
“我累了，不好意思，能借娜娜美姐姐的房间让我休息一下吗？”塞蕾娜问。
“啊，这倒是没什么问题。”
“那我也回去休息了。”“我也是。”
小智和小修回到家后，都是直奔自己的房间，躺在床上。塞蕾娜没有和他们一样躺在床上，而是坐在床上，看着翠蝶和妖火红狐，问：“我是很没用？”翠蝶它们没有回答，或者该说，它们不知道该怎么回答，也不知道该怎么安慰塞蕾娜。
小蜻它们也是如此，小修翻身趴在床上，没有说话，只是闭目养神，它们都不知道该说什么？该怎么安慰他？
花子看到小智如此失落的样子，问皮卡丘它们说：“发生什么事了？”
皮卡丘他们详细说了ND的事。
“纳尼！？”花子差点就忍不住一拳敲击地板，说：“那时候就应该直接一拳把她打死！”
“皮卡！皮卡皮卡皮？”（冷静一点花子妈妈！现在该怎么办皮？）
“唉~我去劝劝他们。”花子走进小智的房间，问：“能和我谈谈吗？”
小智没有起来，只是默默的点头。
花子坐在小智的床上，看着窗外的景色，说：“你觉得你是可以拯救世界的救世主吗？不是，你才不是那么伟大的存在，你只是我的儿子，梦想成为精灵掌门人的我的笨蛋儿子，小智。”
“······我以前觉得，我有能力阻止这一切的发生，现在我觉得好无力。”小智整个脸埋在枕头里说。
花子突然觉得很好笑，说：“什么时候我们驾小智变得这么成熟了？你爸爸他到二十岁才成熟起来。”
“我不是老爸。”
“没错，你不是孩子他爸，但你和你爸真的很像，在这种问题上，你们都是一样的想法。”
“这话什么意思！？”小智抬头离开枕头，爬到花子身边问。
“你可能不知道，你老爸曾拯救过世界。”
“老爸拯救过世界？！”
“嗯，那时候你老爸对付的邪恶组织名为新世界王国，简称NWK，不过这不重要，重要的是，那时候那是全世界最大的邪恶组织，火箭队等目前的邪恶组织都不能与之比较，他们非常强大，有一次他们在全世界各地安放了炸弹，炸弹的威力足以毁灭一座城市，他们又将炸弹安放在人口密度最大的城市，只要一个按钮，就可以全部引爆，当时他们威胁你爸爸，说要他加入他们，一旦他拒绝，那么他们立刻引爆炸弹，那时候他非常纠结，加入邪恶组织，他绝对做不到，但他又不能眼睁睁看着有生命消失，他的内心和你一样，非常纠结，甚至为此感到很无力，他没有别的办法，只能从中选择一个，沦为邪恶之人，或者杀人犯。”
“老爸······那他后来是怎么做到的！？”
“那时候我正好在他身边，我在他耳边说了一句话，他瞬间明白该怎么做，因此拯救了世界。”
“你对他说了什么！？”
“我说：‘不是还有第三个选择吗？’”
“？”
“唉~你要是有孩子他爸一半的智商，马上就能明白我这话的意思了，那就是两个都不选！”
“诶！！！！？都不选！？虽然听上去很正确，可我还是没听明白，老爸究竟是怎么拯救世界的？”
“我明明都说得这么明白了，唉~其实很简单，他以最快的速度冲上去，毁掉遥控器，然后再将它们全部打趴，就这么简单。”
“听上去很简单，但总觉得做起来非常难。”
“那还用说，当时你老爸其实差点就失败了，要不是我及时救场，他恐怕还不能拯救世界呢，所以呢，实际上，拯救世界是我们两人的功劳。”
“这个样子啊。”
“你明白我的意思了吧，小智，既然两个选项都是错误的，那么我们就自己开辟新选项！创造一个奇迹的第三选项！”
“是！我知道了！谢谢你老妈！”小智兴冲冲地跑出房间，告诉塞蕾娜他们这件事，在小智离开的同时，花子的眼神突然变得很伤感，说：“我们拯救了世界，却失去了朋友，这到底是正确的？还是错误的？我到现在都没搞明白，或许这就是你要离开这个家的原因吧？阿一。”
小智兴冲冲地跑到小修家里，跟小修说花子跟他讲的事情。
“‘奇迹的第三选项’吗？有这么容易做到吗？”小修毫不犹豫地给小智泼凉水，说：“既然是奇迹，那么有那么容易发生吗？正是因为不容易发生才叫奇迹，而且那不是你老爸一个人做到的奇迹，或者应该说，如果不是因为正好花子阿姨在场，这奇迹是不可能发生的，应该说，即使奇迹发生了，如果不是因为花子阿姨，你觉得你老爸他有可能把握得住吗？”
“我······你为什么一直这么悲观？”
“因为我考虑的东西往往比你们来得多。”说完小修躺回床上，甚至盖上被子，不理会小智。小智只好灰溜溜地离开。
看到小智一脸碰壁的样子离开，就知道小修他说了什么让小智伤心的话，梦幻走进小修的房间，问：“这样好吗？亲手毁了你亲爱的弟弟的希望。”
“总比让他以后懊悔不已来得好。”小修从床上离开，说：“但至少，接下来，我是没脸和他们在一起旅行的了。”
“你的意思是······”
小智慢悠悠地走到大木博士家门口，他还没敲门，塞蕾娜就开门迎接他，说：“小智，我听到了你和小修的谈话，不是故意偷听的！只是我无意间，我······”
“呐，塞蕾娜？”“嗯？”“你觉得，如果真的有奇迹摆在我面前，我真的有办法把握住它吗？我开始怀疑了。”
塞蕾娜先是一愣，然后紧紧抱住小智，温柔地说：“小智，如果你一个人无法把握住奇迹的话，那我和你一起把握住奇迹，我们两个人不行的话就再加上小修，我们不会让任何人孤军奋战，因为我们是同伴。”
小智止不住留下眼泪，道谢说：“谢谢你~谢谢你塞蕾娜~谢谢你~谢谢~”
“哟~临走前还能看到这么感人的一幕呢。”小修不合时宜地出现在他们身旁说。
“哇——”两人惊慌失措地分开，说：“你没事这个时候出现做什么！？”
“我是来道别的。”
“道别！？好端端的你道别干嘛？！你要去哪？”小智问。
“我们一路上一起旅行，有了很多见解，但这还不够，我需要一个全新的角度去思考问题，所以我想暂时离开，你们两个接着旅行吧。”
“可是，就算你说要我们接着旅行，我们都不知道去哪？平常都是你决定我们的目的地不是吗？”
“所以这次你们要自己选择要去的地方了，问一下，有什么想去的地方？”
两人异口同声的回答：“城都地区！”
“夫唱妇随啊~不过为什么？”虽然小修很想调侃他们，但他更想明白他们选择城都地区的原因。
“虽然我对白银大会没兴趣，但我想再次挑战城都的道馆馆主。”小智说。
“我想亲眼看看，城都与关都的不同。”塞蕾娜说。
“这样啊，我打算去丰缘。”
结果引来了小智他们的鄙视。“啊，是去找小黄去的。”“只有这种可能，毕竟他是妹控。”
“为什么现在连你也说我是妹控啊！？咳咳，你们听好了，去丰缘见小黄只是顺便的，我真正的目的是那两个拯救了丰缘的两个训练家，路比和莎菲雅。”
“就是被称作怪物训练家之一的。不过你找他们干嘛？”小智不解的问。
“因为他们拯救了丰缘，所以我在想，通过得知他们拯救丰缘的全过程，或许我能从中得到全新的答案。”
“那个······”“虽然不想说破，但我们都看得出来，去找他们才是顺便的，你真正的目标是小黄，妹控。”
“达~卡~拉~我说了几百遍了我不是妹控——”
就这样，三人组暂时解散，小智和塞蕾娜去城都地区展开新的旅行，小修直接使用瞬移去找小黄，三人都只带上各自的两个王牌离开。
在他们分开旅行的同时，遥远的合众地区，一座建立在山体的实验室突然发生爆炸，从实验室中跑出了一只宝可梦，如果小智他们在场，一定会认出那是超梦梦梦！只见它伤痕累累地逃出来，说：（我不要······我不要再做他们的实验品······谁能在······救救我？）