鄂西连年大旱，人死无数。求生的农民成群结队到低洼的沼泽地中寻找一种叫做凫茈的草根果腹。新市人王匡、王凤在调解饥民争端中建立起威信，遂被饥民推为首领，于天凤四年举起了反抗的旗帜。江夏郡的马武、王常、成丹等人闻讯后，前来投奔，也成为义军首领。几个月内，这支队伍就集合了六七千人。他们以现在当阳境内的绿林山为根据地，被称为“绿林兵”。
绿林兴起的第二年，山东、苏北一带也爆发了武装起义。当时，青、徐大饥，饥民们无以为生，往往自发组织起来，抢掠度日。山东莒县难民为统一行动，推举琅邪人樊崇为首领，尊之日“三老”。樊崇率众以泰山为根据地，辗转作战。不到一年就聚众万余人。这时，同郡逢安和东海徐宣、谢禄、杨音等人也率众万余人加入樊崇的队伍。他们进攻莒县，转掠姑幕，打败了田况所率的四万征剿大军，消灭敌人万余。
三辅地区发生了严重的饥荒，出现人吃人的现象。城郭全空，白骨遍野。生存下来的人往往聚在一起兴筑营寨自保，各自坚壁清野。赤眉军掳掠不到东西，于是领兵东归，部众还有二十余万，一路上又纷纷逃散。刘秀派遣破奸将军侯进等驻屯新安，派遣建威大将军耿等驻屯宜阳，以截断赤眉军的归路。冯异和赤眉军在华阴遭遇，互相对抗六十余天，交锋数十次，赤眉军将士有五千余人投降。
建武十九年（公元43年）正月贼寇单臣、傅镇等聚众进入原武城，自称将军。刘秀下诏，命太中大夫臧宫率兵包围原武城，屡次攻城不克，士兵有不少伤亡。刘秀召集公卿、诸王询问方略，众人都说：“应该提高悬赏价格。”唯独皇子东海王刘阳说：“这群人被妖师、巫师所胁迫，其中一定有后悔想逃跑的，只是外面围攻太急，不能逃走罢了。应该稍稍放松，让他们能够逃亡。”刘秀认为说得很对，命臧宫撤围，放走贼兵，于是贼军四散。夏季，四月，攻陷原武城，斩杀单臣、傅镇等。
山阳王刘荆在哭悼光武帝时不悲伤，却写了一封匿名信，让他的奴仆诈言大鸿胪郭况写信给东海王刘强。说刘强无罪而被废去皇太子之位，母亲郭后也遭罢黜屈辱，劝刘强回到东方起兵，夺取天下。并且说：“高祖起兵时，只是一个亭长；陛下在白水乡间，兴起了大业；何况大王身为陛下长子、原来的储君？”刘强收到此信，又惊又怕，立即抓住冒充信使的奴仆，将原信封好，上呈明帝。明帝因刘荆是同母胞弟，便将此事保密，命令刘荆离开京城，移居到河南宫。
建康元年（公元144年）扬州、徐州的盗贼蜂拥而起，相互联合，连年不息。秋季，八月，九江贼帅范容、周生等，攻打劫掠城市和村落，屯驻据守历阳县，已经成为长江和淮河之间的巨大祸害。东汉朝廷派遣御史中丞冯绲，督率州的地方军队，前往讨伐。十一月，九江郡盗贼徐凤、马勉，攻打焚烧城市和村落。徐凤自称无上将军，马勉自称皇帝，在当涂山中建筑营垒，建立年号，设置百官。
汉桓帝永寿三年（公元157年）居风县县令贪污暴虐没有限度，县民朱达等和蛮夷联合反叛，攻打县城，杀死县令，聚集群众四五千人。夏季，四月，进攻九真郡，九真郡太守式战死。桓帝下诏，命九真郡都尉魏朗率军将朱达等击败。
延熹五年（公元162年）艾县盗贼攻打长沙郡所属各县，杀死益阳县令，部众发展到一万余人。谒者马睦督率荆州刺史刘度前往讨伐，结果大败，马睦、刘度逃走。零陵郡蛮人也起兵反叛。冬季，十月，武陵蛮人起兵反叛，攻打江陵。南郡太守李肃逃跑，主簿胡爽拦住马头劝阻说：“阁下身为国家大臣，怎么能抛弃剖符守土的重任，而做临阵脱逃的人呢？”李肃抽刀直指胡爽说：“你快走开！我现在正急，哪有空谈这些？”胡爽抱住马颈，执意进行劝阻，李肃就用佩刀杀死胡爽而逃。桓帝听到报 告后，将李肃召回京都洛阳，在街市斩首示众。
荆州士兵朱盖等反叛，和桂阳郡贼帅胡兰等，再次攻打桂阳城。太守任胤充城逃走，盗贼的人数多达数万。转而攻打零陵郡，零陵郡太守下邳人陈球坚决进行守御和抵抗。盗贼又堵塞河流，引水灌城，陈球在城内，随即顺着地势，反过来决水去淹盗贼，抵抗了十余天，盗贼无法攻破。这时，正遇上度尚被调回京都洛阳，桓帝下诏，任命他为中郎将，并率领步兵和骑兵共二万余人，南下援救陈球。度尚征发各郡的地方军队，联合进行讨伐，大破朱盖、胡兰等叛军，斩杀胡兰等三千余人。
建宁元年（公元168年）九月初七，窦武休假，出宫回家住宿。负责主管奏章的宦官得到消息，先连夜召集一向亲近的健壮宦官、长乐从官史共普、张亮等十七人歃血共同盟誓，合谋诛杀窦武等人。并且，教灵帝拔出佩剑，做出欢欣奋起的模样，派奶妈赵娆等在灵帝左右保护，收取符信，关闭宫门，召唤尚书台官属，用利刀威胁，命他们撰写诏书，任命王甫为黄门令，持节到北寺监狱，逮捕尹勋、山冰。王甫又率领卫士回宫，劫持窦太后，夺取皇帝的玺印。
窦武拒不受诏，投奔步兵校尉军营，跟他的侄儿、步兵校尉窦绍，共同射杀使者。召集会合北军五校尉营将士数千人，进屯都亭，对军士下令说：“黄门、中常侍谋反，努力作战的，封侯、重赏。”陈蕃昕到事变，率领他的部属官员，和学生门徒八十余人，各人拔出刀剑，闯入承明门，一直走到尚书台门前，振臂大声呼喊说：“大将军忠心卫国，黄门反叛，为何反说窦武大逆不道？”
护匈奴中郎将张奂正好被召回京都洛阳。曹节等人因张奂新到，不了解政变的内幕。于是假传皇帝圣旨，擢升少府周靖为行车骑将军、加节，和张奂率领五校尉营留下的将士前往讨伐窦武。王甫率领虎贲武士、羽林军等共计一千余人，出朱雀掖门布防，跟张奂等会合。不久，全部抵达宫廷正门，和窦武对阵。这样，王甫的兵力渐盛，他教士兵向窦武军队大声呼喊说：“窦武谋反，你们为什么追随谋反的人？先投降的有赏！”于是，从清晨到早饭时，窦武的军队几乎全部归降。
窦武、窦绍被迫逃走，各路军队追捕包围，他们两人都自杀身亡，被砍下人头悬挂在洛阳都亭示众。紧接着，又大肆搜捕窦武的亲族、宾客、姻戚，全部加以诛杀。侍中刘瑜、屯骑校尉冯述，被屠灭全族。宦官又诬陷虎贲中郎将河间国人刘淑，前尚书会稽郡人魏郎，说他俩和窦武等人通谋，他俩也都自杀。将窦太后迁到南宫，把窦武的家属放逐到日南郡。从三公、九卿以下，凡是陈蕃、窦武所推荐的官员，以及他们的学生门徒和过去的部属，全都免官，从此不许再出来作官。
光和六年（公元183年）钜鹿人张角信奉黄帝、老子，以法术和咒语等传授门徒，号称“太平道”。他用念过咒语的符水治病，先让病人下跪，说出自己所犯的错误，然后喝下符水。有些病人竟然就此痊愈，于是，人们将他信奉如神明。张角派他的弟子走遍四方，不断诳骗引诱，十余年的时间，信徒多达数十万，青州、徐州、幽州、冀州、荆州、扬州、兖州和豫州等八州之人，无不响应。有的信徒卖掉自己的家产，前往投奔张角，他们塞满道路，尚未到达而死在途中的也数以万计。
中平元年（公元184年）春季，张角的弟子济南人唐周上书告密。于是，朝廷逮捕了马元义，在洛阳用车裂的酷刑将他处死。灵帝下诏，命令三公和司隶校尉调查皇宫及朝廷官员、禁军将士和普通百姓中信奉张角“太平教”者，处死了一千余人。同时还下令让冀州的官员捉拿张角等人。张角等得知计划已经泄露，便派人昼夜兼程赶往各地，通知各方首领，一时间各方全都起兵，他们个个头戴黄巾作为标志，因此当时人称他们为“黄巾贼”。
张角被流箭射中，临死之前，命令他的部下尊奉褚飞燕为统帅，同时让褚飞燕改姓张。褚飞燕原名为褚燕，因他身轻如燕，又骁勇善战，故此军中都称他为“飞燕”。张燕接管了张角的队伍之后，山区的叛匪纷纷归附到他麾下，部众渐多，达到近百万人，号称“黑山贼”。黄河以北的各郡、县都受到侵扰，朝廷却无力派兵围剿。于是，张燕派使者到京城洛阳，上书朝廷请求归降。灵帝于是任命张燕为平难中郎将。
中平四年（公元187年）韩遂杀死边章及北宫伯玉、李文侯，吞并了他们的部队，指挥着十余万大军行动包围了陇西郡。陇西郡太守李相如叛变朝廷，与韩遂联合在一起。
中郎将徐荣向董卓推荐同郡人、前冀州刺史公孙度，董卓任命他为辽东郡太守。公孙度到任后，依照法律处死郡中豪门大姓一百余家，全郡的人震惊。于是他向东征伐高句骊，向西攻击乌桓部族。他对亲信官吏柳毅、阳仪等说：“汉朝的统治将要完结，我要和你们一同建立起一个王国。”于是分割辽东郡的一部分，设置辽西郡、中辽郡，各设太守。并渡海去占领东莱各县，设置营州，委派营州刺史。
关中的将领们，马超、韩遂、侯选、程银、杨秋、李堪、张横、梁兴、成宜、马玩等十部都起来造反，合起来有十万人马，据守潼关。曹操派遣安西将军曹仁统率诸将抵挡，令他们坚守营寨，不要出战。命令五官中郎将曹丕留守邺城，委任奋武将军程昱协助曹丕处理军务；任命门下督广陵人徐宣为左护军，留在邺城统率留守部队；任命乐安人国渊为丞相府的居府长史，负责留守事务。
罕人宋建乘凉州动乱，自己号称河首平汉王，更改年号，设置官署，任命各级官吏，长达三十余年。冬季，十月，魏公曹操派夏侯渊从兴国出发征讨宋建，包围并攻克了罕，将宋建斩首。夏侯渊派张等人渡过黄河，进入小湟中，河西羌人各部落全部归降，陇右地区被平定了。
魏王曹操任命丞相仓曹属裴潜为太守，准备给他一支精干的部队。裴潜说：“单于自己也知道放纵横行的时间很长了，现在多带兵去，他们必会感到恐惧而拒绝我们入境；少带，他们则不怕，因此应当用计谋去解决问题！”于是，裴潜只驾单车到郡，单于们又惊又喜。裴潜恩威并加，进行安抚，单于们慑服。