清代御药房设在紫禁城后廷之乾清宫院内东侧。御药房由内务府大臣管理，药材采办、验收由太医院负责。配制丸散膏丹等成药由太医院院官会同监制。清朝后期，在坤宁宫两庑设寿药房，专门为皇太后服务。寿药房内供药王像，药柜依次排列，每柜有28个抽屉，每屉三格，装满了最好的各种药材、成药，以备取用。皇帝出巡、狩猎，太医院院官、太医要随扈左右，御药房也必须备足各种药品以备不时之需。日常，无论皇帝走到哪儿，随从仪仗中总有御药房的太监挑着药担跟随。末代皇帝溥仪提到过药担中的药："不可少的是灯心水、菊花水、芦根水、竹叶水。夏天必有藿香正气丸、六合定中丸、金衣祛暑丸、香薷丸、万应锭、痧药、避瘟散。不分四季都要有消食的三仙饮等等。"太医院为御药房采办药物有各种方式，有时市井间也会看到太医院为配某一味药采药的情景。
