这次战役是铁木真有生以来最为惨烈的一次，也是第一次与蒙古高原上最强大的势力的一场较量。但因克烈军人数众多，铁木真只好进行了全面的撤退。虽然这关键的一仗失败了，但是他并没有放弃，而是一面派人假意与王汗和好，一面休养生息、积蓄力量，准备再战。铁木真沿合勒卡河，朝贝尔湖和达费诺尔北部附近撤退。在贝尔地区的合勒卡河入口处居住着弘吉剌惕部，铁木真的妻子孛儿帖就出自该部。铁木真以亲属的名义向他们求援，不久，便赢得了他们的支持。
公元1203年夏，铁木真及他的追随者在巴勒渚纳河的巴勒吉布拉格盟誓（史称“巴勒渚纳同盟”），决心共同完成统一大业。此前一战，同王汗的较量，虽然王汗获胜，但是王汗与追随他的蒙古贵族发生了分裂，达里台归附了铁木真，而扎木合等逃到了乃蛮部的太阳汗处，王汗的势力逐渐衰落。
面对此种形势，铁木真觉得这是天赐良机，于是准备再次进攻王汗。他遣使向王汗伪称：我兄太子今既不知所在，我之妻孥又在王所，纵我欲往，将安所之耶·王傥弃我前愆，念我旧好，即束手来归矣（《元史》卷1《太祖本纪》）。王汗信以为真，约定会盟。铁木真派出的两个使臣回来禀告：王汗已经受到迷惑，毫无提防，正在大营里举办宴会，如果日夜兼行，可以掩袭。
铁木真得知此情况后，当即决定连夜偷袭王汗大营。铁木真于是从克鲁伦河的阿尔合勒苟吉出发，以珠尔尺岱、阿尔孩为先锋，经过日夜行军，最后包围了王汗。此时，已失去往日强势风采的王汗再也没有资本与铁木真进行抵抗，本想以平和的结局安度晚年的他，也不会想到他一手扶起的义子会如此绝情。其实，他应该知道，草原上的游牧民族的本性是无法改变的，难道他忘记当时的汗位也是在弑兄逐弟的基础上建立起来的吗？也可能是人老心善了吧。
克烈部在苦战三日三夜后终于投降铁木真。王汗在逃入乃蛮境内后被杀，其子桑昆逃往西夏，西夏不留，后又逃亡忽炭至可失哈儿，被当地的合剌赤部首领所杀。自此克烈部灭亡。在消灭了蒙古高原上最强大的一支势力之后，铁木真将他的统一大业又向前推进了一步。胸有成竹的他跨上自己的战马，将他那杀伤力极强的目光射向了他最后一个敌人一蒙古高原西部的乃蛮部太阳汗。
四、消灭最后的抵抗乃蛮
铁木真消灭克烈部后，势力日益强大，能与之抗衡的只剩下乃蛮部，最后统一蒙古高原的战争已如箭在弦上，势在必发了，决战即将到来。对乃蛮部的了解我们前面已经提到过一些，乃蛮部是今哈萨克族中玉兹的一个大部落，主要分布在我国新疆阿勒泰、塔城和伊犁三个地区。乃蛮部的历史很久远，是古代突厥诸部之一。辽金时，乃蛮部与古代突厥诸部一样，游牧迁徙。他们的主要居住地是大阿勒台、哈喇和林、可可雷昔剌思山和阔阔也儿的石山等。
乃蛮部当时在蒙古西方科布多盆地一带，他们人数众多，是文化比较进步的部族，在当时来说是应该比蒙古进步和文明的。铁木真曾经几次与乃蛮的不欲鲁汗及其联军作战，极大地削弱了不欲鲁汗的实力，这次铁木真的兵锋所指，是太阳汗统治下的乃蛮部。面对一触即发的大战，太阳汗同样犯了古今中外兵家最致命的错误，用现在的通俗说法就是想当然。太阳汗曾自负地说过：“莫非铁木真想做皇帝不成？天上只有一个太阳，地上的一块领地内怎能有两个皇帝呢？”
这说明太阳汗并没有意识到铁木真此时的强大，也没有把蒙古人看在眼里。当时，草原上被铁木真打败的人几乎都集合到太阳汗周围，太阳汗认为自己应该负起讨伐铁木真的使命，看看这些强大的兵力，太阳汗自以为稳操胜券，得意忘形溢于言表。
但太阳汗也不是愚蠢到不可救药，为了更有把握战胜铁木真，他决定邀请也操突厥语的汪古部共同夹击铁木真。然而此时的汪古部首领阿剌兀思剔吉忽里却是一位头脑清醒的首领。他看到了乃蛮的内部分裂和太阳汗的懦弱无能，料想乃蛮必不是智勇无敌的铁木真的对手，既然是火坑当然不会眼睁睁跳进去。
因此他不但拒绝了太阳汗的邀请，反而派人去告诉铁木真说：“要小心，不要让乃蛮部的太阳汗夺了你的弓箭！”铁木真十分感激地送给阿剌兀思剔吉忽里500匹马和1000只羊，同时邀请汪古部参加他对乃蛮的战争，阿剌兀思剔吉忽里欣然接受了邀请。
公元1204年，铁木真在帖蔑延客额儿组织了一场大规模的围猎，与众臣共同商议出兵之事。然而多数人认为春天马瘦不宜出师，多年的游牧生活和征战，使蒙古人已经总结出了克敌制胜和休养生息的规律。尤其是对战马情况的了解可能世界上再没有一个民族可以与蒙古族匹敌了。“马背上的民族”决不是浪得虚名的。但铁木真的弟弟斡赤斤和别勒古台却极力主张进攻乃蛮部，两个弟弟的想法说到了此时铁木真的心里，与他不谋而合。于是铁木真决定打破常规，就在此时与乃蛮部决一死战。
为了做好与乃蛮部作战的准备，铁木真首先做的就是整顿军事组织，他将军队集合于哈拉哈河的客勒贴该合答，在这里定军制，并颁布札撒。军制按千、百、十组织，委派了千夫长、百夫长、十夫长，统帅所有的军队。设立扯儿必官（相当于元代的内府宰相），由6人分任，掌管各种事务。设八十宿卫、七十散班，宿卫巡夜，散班白天执勤，三天三夜轮换一次。此外还从千、百户那颜及平民的子弟中挑选1000名勇士，战时作为先锋，平时充当护卫。经过一番整顿，军队的战斗力更加提高，纪律更加严谨，铁木真的权威更加牢固地树立起来了。
从这段的详细介绍，说明当时的铁木真在多年的征战和对部族的统治管理中，已经开始走向了一定的制度化和逐层管理化。至少在军事部队的统领上已经可以看出了逐层管理的模式和职责内容。这些对蒙古族以后的南征北战都是一个很好的经验，甚至对后来元帝国的形成也是有帮助的。
公元1204年春，铁木真祭旗出发，命哲别、忽必来二将为先锋，逆克鲁伦河西上。先锋部队首先到达了撒阿里客额儿后与乃蛮部哨兵相遇，这时前面提到的瘦马一事又被历史派上用场。真是成也瘦马败也瘦马。
安营扎寨之后，铁木真军中有一匹羸马惊慌跑入乃蛮部营中，太阳汗见了之后对众人说：“蒙古马竟然如此瘦弱，我们害怕他们什么呢？”再让我们听听蒙古人是怎样对待这件事的，扯儿必官向铁木真建言：“我们远道而来，人马疲乏，正好又有瘦马麻痹敌军。乃蛮人虽人多势众，但尽是愚弱之辈，可多设疑兵，令每人各烧火5处，待我们喂饱战马，再行攻击，必可获胜。”一件事情，两种不同的反应，其结果也必定是不同的。
太阳汗急于速战速决，率领5万人马疾驰于铁木真营前，企图立即吞并蒙古军队。面对急躁来战的太阳汗，铁木真亲自担当先锋，命他手下的4员猛将忽必来、者勒蔑、哲别、速不台率部轮番对乃蛮部进行冲击，把乃蛮部的队伍一直逼到纳忽昆前的大本营。太阳汗对蒙古军的战斗力颇感意外，于是畏惧起来。当时，扎木合已投靠乃蛮，太阳汗知道其与铁木真作战多年，于是向他询问蒙古各队将领的情况，听后太阳汗更加不敢迎战，只有步步后退。
在蒙古军已逼近乃蛮军纳忽昆山大本营时，兀鲁兀惕部和忙兀惕部也同时赶来，两翼包抄。其主力一直冲到乃蛮部的大本营内，将乃蛮军困在两边陡峭的山谷里。这种闪电突击的战法在当时冷兵器时代是威力巨大的，尤其运用在骑兵上，是很类似于现在战争中坦克的作用。同时他又具备了比坦克更高的速度性和灵活性。
铁木真与太阳汗一直血战到夜里，乃蛮军被蒙古军层层包围，第二天剩余的队伍纷纷投降。朵儿边，塔塔儿，合塔斤，撒勒只兀剔诸部亦投降。太阳汗负伤而死，大将豁里速别赤顽强抵抗，死于战场。太阳汗王妃古儿被俘成为铁木真的妃妾。太阳汗的儿子古出鲁奔往北乃蛮，依其叔叔不亦鲁黑汗。南乃蛮被蒙古军全部占领。自恃文明、强大的南乃蛮部，在铁木真的打击下，顷刻间便土崩瓦解了。
公元1204年冬，铁木真在阿尔泰山休养生息后，于次年春，越过阿尔泰山，消灭了北乃蛮。从此，乃蛮部全部为铁木真所征服。至此辽阔的蒙古高原绝大部分已在铁木真的掌握之下。这也说明此时铁木真已拥有了自己独立成为可汗的地位，下一步便是创建国家，施行新的政策，扫平高原上尚未降服的势力，然后驱使他的铁骑征服更加广阔的土地。
五、一统大漠天赐“天可汗”
随着乃蛮部的灭亡，整个漠北草原再也没有一直抵抗力量可以与铁木真抗衡。铁木真成为惟一强大的力量，他此时统辖的地域东起兴安岭，西至阿尔泰山，南达阴山界壕，北抵林木中百姓居住的边缘地区，他实际上已经成为漠北草原的主人。古语说：“非有位尊，无以称成功；非有官爵，无以酬有功。”为了使他的地位正统化并宣布这个新生的强大联盟的诞生，铁木真于公元1206年在斡难河河源召开了漠北草原空前的大忽邻勒台。
客观讲，铁木真此时的统一程度，无论是地域面积还是全部实力都是远远超过了他的先人。他也真正实现了勃儿只斤氏的再次复兴，甚至可以说是空前绝后的复兴，在这之后铁木真家族所表现出的控制能量更是他先人们所不敢想象的。