1846年5月1日，自由党人提名林肯为国会议员候选人。
他的竞争对手是民主党人彼得·卡特莱特牧师，他曾在1832年击败林肯而当选为伊利诺伊州议员。
卡特莱特的手下散布流言，大造舆论，说林肯是基督教的公开嘲笑者，甚至还讲过“耶稣是私生子”，指责他对信仰有偏见。为此，林肯在一份传单中说：“我不属于任何基督教教会，这是事实，但我从来不否认《圣经》中的真理，在我的谈话中也从来没有有意亵渎宗教的地方，更没有冒犯过任何基督教派。”在这份传单中，林肯还说：“我只觉得任何人都无权去伤害他可能生活于其中的公众的感情和伦理。”站在大众这一边，尊重他们，至少不冒犯他们，可以说是林肯一贯奉行的信条，除非不得已。有一次专程前去聆听卡特莱特牧师的布道。只听牧师叫道：“那些愿把心献给上帝的人，那些想进天堂的人，请站起来。”但见一些人站了起来。牧师又叫道：“所有那些不愿下地狱的人，请站起来。”这次只见除了林肯外，全体都起立。
于是卡特莱特牧师说话了：“林肯先生对上天堂和下地狱都没有做出反应，那么请问，林肯先生你想到哪去呢？”没料到会被点名，这次他站了起来，说：“我认为对待宗教问题必须严肃。对于卡特莱特牧师所提的问题，我承认都很重要，但我觉得我并不需要像其他人那样回答问题。
卡特莱特牧师很关切地问我要到哪去，我必须坦率地回答：
“‘我要到国会去。’”到投票日那天，林肯落选了。
两年后他又去竞选终于得到胜利，玛丽·林肯欣喜若狂，以为他政治上的胜利已经开始了。她订制一套新的晚礼服，并忙着温习她的法语。当她的丈夫一到首都，她写信时便称他为“敬爱的林肯大人”，然而他立刻制止了她。进入国会时，美国早已和墨西哥交战二十个月了，这是一场不体面的侵略战，全是由国会中那些主张蓄奴的人们有计划地闹出来的，为的是要国家多取得一些蓄奴的地域，并且多选举一些赞成蓄奴制度的议员出来。
在那一次战争中，美国成就了两件事。德克萨斯州以前是属于墨西哥的，而后脱离了。美国便强迫墨西哥放弃对德克萨斯的一切权益，并且处心积虑地抢夺了墨西哥原有领土的一半，并划分为新墨西哥州、亚利桑那州、内华达州及加利福尼亚州。
格兰特说过，那是有史以来最邪恶的战争，而自己曾经参战是永不能宽恕的。林肯在国会挺身发言，他抨击总统发动了一场抢掠谋杀的战争，一场强夺和不义的战争，又声称天上的上帝居然忘记保护弱小无辜的人民，竟允许这些强悍的杀人者和地狱里上来的魔鬼尽情地杀戮，使得正直人的土地荒芜且遭受浩劫。
他的讲话尽管在国会并没有造成太大的震动，却在他的家乡伊利诺伊州激起了巨大震荡。卑鄙、怯懦、无耻、叛徒等等恶意称呼被加在林肯头上。
他如今害怕回家去面对怨恨的选民，于是他设法找个职位好让自己留在华盛顿，便开始活动要弄个地政局局长的位子来坐，但他失败了。然后他又尝试要当俄勒冈边境的州长，也希望在这一州加入联邦时，他可以当上第一届参议院议员，然而他又失败了。
于是，他重新回到斯普林菲尔德，继续他的律师工作，重新在第八审判区巡回，成为全伊利诺伊州中最凄惨落魄的人。
他决心要把政治全盘放弃，专心从事律师工作。
在乡间的小旅馆中，他总是点一根蜡烛放在床头的一把椅子上面，再将他那长长的脚搁在床脚上。然后就以这样的姿势读书，直到凌晨两点钟。
从这段时间直至去世为止，亚伯拉罕·林肯最显著的特征，是那深刻又无法以笔墨形容的忧伤形象。
有时他在街上走着，也会因为他太消沉，而忽略了在路上碰见或向他打招呼的人们。偶尔他会和人握手，却不知自己在做什么。
在上布明顿法庭的时候，林肯总会在某一时间内，无论是在法庭、事务所或是街上，谈笑风生使别人高兴；也会在别的时候陷入深思以致无人敢去惊动他。他总是坐在一把椅子上，斜靠着墙，双足搁在踏脚上，腿弯曲而膝盖和下颔靠齐，双手托着膝部，双眼显露出无穷的哀愁。
熟知林肯的人们都承认，他那无底的忧伤是有两个原因的：他在政治上的失败和他不幸的婚姻。