在美国内战的年代，各种势力都在做殊死拼搏，林肯的身边每天都有死神的阴影伴随。
陆军部长斯坦东和哥伦比亚特区警察局长沃德·希尔·拉蒙等人经常告诫总统要注意自身的安全。林肯对他们的劝告一笑置之。林肯在一个大信封上注明“暗杀”字样，里面收集的全是所接获的恐吓信。截至1865年3月底，装在这个信封里的恐吓信就有八十封之多。林肯对国务卿西华德说道：
“我知道我处在危险之中，但我不想把这种恐怖放在心上。”
1865年4月14日上午，林肯召集内阁成员开会，从前线返回华盛顿的格兰特也应邀参加了。在这次会议上，林肯谈到了他对在南方重建法律、秩序和新的州政府的看法。总统兴致勃勃地说道：
“我感到幸运的是这场大叛乱恰逢国会休会时被粉碎了，这就使国会中的捣乱分子无法妨碍、干扰我们。假如我们明智而又审慎，我们就能推动各州重新行动起来，使各个州政府卓有成效地开展工作，从而在国会在12月复会前得以恢复社会秩序和重建联邦。”
下午林肯偕同夫人乘马车外出兜风。玛丽·托德问总统是否邀请一些朋友同行，林肯做了否定的答复，表示“只咱俩逛一逛”。途中，总统给夫人谈起了今后四年连任华盛顿首脑的规划。他希望将来能出国旅游一次，然后回到伊利诺伊州的老家斯普林菲尔德市定居，也许会重操律师旧业，在桑加芒河畔的草原上再经营一座农场。
当晚，林肯步行至陆军部，这是每天的例行公事。不过，这次惟一反常的事是，林肯竟然笑着对警卫员克鲁克说：
“克鲁克，我相信有人想要谋杀我，你知道吗？”稍停片刻，他又自顾自地嘟嘟囔囔：“我毫不怀疑，他们会这么干的。”
晚餐后，总统情绪异常兴奋。他谈笑风生，对国家的现状和未来充满着希望和信心。总统沉浸在巨大的喜悦中，本无心去看戏，他边走边说道：“我本不想去看这场戏的。”
随同总统和总统夫人乘马车前往华盛顿福特剧院去看戏的，有陆军部和斯坦东特意派来的志愿兵少校亨利·里德·拉什伯恩和他的未婚妻，还有一位从首都警察部队选派来白宫担任总统保卫工作的千名军官之一，他叫约翰·帕克，他的任务是寸步不离总统，严密监视可能加害总统的任何一个嫌疑犯。一行在1865年4月14日晚上九时进入福特剧院，随即被带进包厢。
而那时包厢门上已经钻了一个小小的窥视孔。
那是约翰·威尔克斯·布斯干的。他是一个相当有魅力的演员，同时也是南方联盟的热爱者。他在那天下午钻了那个窥视孔，目的就是想借此了解包厢内总统的动静并伺机进入包厢。布斯还在楼厅通往总统包厢的门后挖了一道槽痕，以便用木板将门堵死。另外，他还写下了一封长信，说明他谋杀总统是出于爱国心，他将它交给一个演员，要他在第二天拿出去发表。
关于布斯谋杀总统是受谁指使有多种说法：一说他是受南方联盟的指使，并接受其资金开展活动的；一说是由于他本人的成名欲望所驱使的；一说是斯坦东等所指使的。但不管怎样，布斯无可怀疑地从很早就开始要阴谋绑架总统。
在1864年南方联盟节节失利之际，他结识了几个在巴尔的摩和华盛顿一带流浪的南方同情分子，多次策划绑架，但均告失败。南军的李将军投降后，布斯觉得绑架林肯以换取和平已失去意义，遂决定枪杀总统，为南方联盟报仇。
总统夫妇将到福特剧院看戏的公告给了他机会。那天下午他将一切安排妥当，然后召集同伙，交给乔治·阿策罗特一支枪，由他射杀副总统约翰逊，阿策罗特不想杀人，他把枪拿去当了，从而使约翰逊躲过一劫；刘易斯、佩恩（或称刘易斯、鲍威尔）被安排去刺杀西华德，他带了一支手枪和一把砍刀。
晚上10点10分左右，布斯溜进了戏院。
那天上演的一出喜剧“我们的美国表兄”，总统看戏总是很投入的。这次也一样，他看得兴致勃勃的，却不知危险正在悄悄临近。
布斯按事先的计划顶住通道门，通道上空无一人，警卫帕克大概不喜欢看戏便溜出去喝酒了。布斯走近包厢门，贴进窥视孔，一会儿之后推开门，悄悄走到林肯背后，用手枪对准总统的后脑勺，扣响了板机。
拉什伯恩少校听到枪声回过头，发现不远处烟雾迷蒙，并看见一个人站在包厢门与总统之间，立即猛扑过去。布斯挥起一把猎刀砍伤了他，并趁机跳下舞台，在舞台上他大叫了一声，随即溜向剧院后门，有人认出他是演员布斯，并看着他一瘸一拐地逃了出去，因为他跳下来时跌断了腿。
总统夫人听到枪声后回头，发现丈夫低垂着脑袋一动也不动，当意识到发生了什么时，她发出了令人毛骨悚然的尖叫。那时拉什伯恩正喊着要抓住那人，布斯也刚逃出剧院后门不久，反应过来的观众立刻乱做一团。
一个叫李尔的医生迅速来到总统包厢，检查总统的伤口，他是部队助理外科医生。不久又来了两位医生。检查结果证明子弹是从头的左侧进入，到达靠近右眼的地方，没有出来。总统被一致认定是受了致命伤。
这一夜是美国历史上最为可耻的一夜，总统受了致命伤，国务卿家里也出了事。西华德家里至少有七人受伤，而西华德本人正躺在病床上，头上戴着固定钢架，他被刀刺成重伤。
奄奄一息的总统被抬到威廉·彼德森的家中，放在一张木床上。斯坦东和韦尔斯已来到现场。斯坦东忙进忙出，发号施令，使混乱状态逐步得到控制。
总统的呼吸却无法控制，它一直显得很微弱。这位坚强不屈的人，一直支撑到1865年4月15日上午七时二十二分才断气。林肯夫人在总统死去之前有一次叫道：“你不能死，你必须活下去。”而当他最后没能摆脱死神，斯坦东说道“他现在是属于一切时代的人物了”时，林肯夫人受到严重刺激，长期陷入失神状态。六年后，幼子泰德在十八岁之际突然死亡，这一打击使林肯夫人几乎完全精神失常，一段时间里不得不住进疯人院。她最后死于1882年。
布斯潜逃，陆军部到处张贴了他的照片和姓名，悬五万美元缉拿归案，生死不论。
4月26日上午，正义之剑终于降临到了约翰·威尔克斯·布斯的头上。他像一头野兽似的受到追捕，又像一只老鼠那样走投无路。这天，这个奴隶制的死心塌地的卫道士终于在弗吉尼亚州卡洛林县的博林格林被联邦军警追赶上，在一个从外面放火烧着了的仓库里，一颗正义的子弹射穿了这个匪徒的颈骨，布斯遭枪击后不久即一命呜呼。
随后，与布斯一道作案的四名罪犯也都先后落网，被处绞刑。《纽约先驱报》于1865年4月17日发表了一篇题为《亚伯拉罕·林肯在历史上的地位》的文章，把他评价为“一代新人物”，说人类大家庭中的各民族都把他“作为一个新时代的国家元首之楷模”来分析研究，认为这位名垂世界英雄史册的奇人是民主的化身，在历史中的地位高于17世纪英国资产阶级革命家克伦威尔和18世纪法国资产阶级政治家和军事家拿破仑。
1865年5月4日，在斯普林菲尔德，数千名群众前来出席他的葬礼，他们含悲忍痛地听取了他第二次就职演说的录音。