改土归流后，乌蒙地区总兵刘起元恣为贪虐，私派公费，侵欺粮饷，引起了当地少数民族人民的愤怒。在这种情况下，原来乌蒙土司利用民怨进行了叛乱。鄂尔泰针对流官为政苛猛的问题，也在奏折上感慨万分地说："欲使人民相安感戴，实不在法而在人，得人之难，难于任事。"因此，雍正帝和鄂尔泰一方面加强对流官的选任，一方面又加强对流宫的监督和考察，一旦发现有不利于地方安定的流官就撤换和治罪。由于雍正帝、鄂尔泰君臣二人的努力，改土归流地区的第一任流官基本上是清廉的，对安定地方、发展地方的生产起到了良好的促进作用。
为了减轻土民的负担，雍正帝对改流之后的西南地区统一赋税，对那些生活较内地农民贫困的地区，则采取了轻收赋税的政策。土司统治时，不仅赋税很高，而且是高得离谱、名目繁多，土司对土民随意征收，什么"火坑钱"、"烟火钱"、"锄头钱"，直至将土民剥削得一无所有仍不罢休。改土归流后，土司的特权被革除殆尽，被解放的土民则只需向官府交纳赋税。清政府命以原定贡额为准，并令土民各报田产，然后仿照内地的"摊丁入亩"办法计亩征粮，改变了土民受盘剥的状况。永顺地区废除摊派后，每年征秋粮银二百八十两，比起土司的任意征派，减少为不及原来十分之一的额数。私自征派则由于土司特权的消失或衰微，也被废除。改流后土民所受的剥削要比改流前轻得多，提高了土民的生产积极性，对西南地区的开发起到了促进作用。
同时，为了发展生产，清政府在改土归流之后又兴修水利，造蓄水田。如云南昭通府在改流之后，兴修水利十项：新泽坝、利济河十八道坝、冷水河坝、新泽沟、天梯沟、月方塘、省耕塘、二道沟、三道沟、八仙海渠。这些渠道新修之后，可以灌溉土地两万亩之多。云南全省改土归流后兴建的水利事业达七十项之多，还设置了水利专官，这些专职官员从同知、通判、县丞到典史、吏目凡十余级。
西南的少数民族千百年来一直生活在一个比较落后的环境里，这是由于西南山深林密，交通不便，隔绝了它们与外界的接触联系。同时统治者所施行的民族压迫政策，使少数民族与汉族产生了隔膜，使它们接触不到新鲜的的东西。既然要统治西南土民，巩固改土成果，必要的一条就是将少数民族人民向中原朝廷拉近，使它们和内地不断交流，以达到一定程度上的同化和理解。为此，发展交通就成了当务之急。
西南地区交通条件自古就很差，由于受自然地理条件限制，当地交通发展极为缓慢。为了弥补由于山地连绵所造成的不便，雍正帝指示在发展西南交通时，要充分利用当地多大江大河的特点，水陆并重地进行通盘思考。
清政府大力开发新改流区的水陆交通。水路的开通，以清江、都江以及沟通滇粤的土黄一代河道最为重要。清江原来"舟楫不通"，自贵州都匀至湖南黔阳600余公里的清江长期淤塞不通。雍正七年（1729年）开浚后，舟楫往返，千里无阻。雍正九年，古州等处平定后，又修通了都江。都江的修理甚是困难，数百里之内尽是险碛、怪石、莽林和浅滩。修通之后，上自都匀府三脚屯，下至黎平府诸葛营，"舟楫邮递，往来如驶"，有"水道康庄"之美称。土黄一代河道，是沟通滇粤的重要河道，上至土黄，下达广西百色的河道，全长350余公里，雍正帝拨款6200余两，专门开通此路。此路之开，"可以直达两粤，旁通黔楚"，并"可省数百里之旱路"，十分便捷。
在陆路方面，雍正帝批准在改流后开通新路，如贵州黎平府苗民归附后，清政府即令苗民修路。另一方面，则是打通原有旧路。这些旧路改流前被一些土司长期隔绝，以凭险自固，土司废除后，清政府就致力于打通这些年久失修的道路。如贵州乌蒙府道路，改流前被禄氏土府阻断，以致自中原入滇须由黔中取道曲靖。改流后打通这条道路北可达四川，东可达贵州，成为八滇要道。开发水陆交通的举措使道路畅通，加快了少数民族地区经济的发展、文化的交流，社会的进步。
改土归流后，雍正帝采取了一系列的善后措施，一方面安顿了土司的生活，加强了对流官的管理，巩固了边防，另一方面大力发展生产，兴修水利，改善交通，减轻土民的赋税，使他们从土司弊政下得以解脱出来。
建设农业，发展文化
兴修水利，改善交通的目就是为了发展生产。改流前，土司占有大量耕地，而土民只有少量贫瘠不堪的零星土地。改流后，清政府将原来土司占有的大量土地，除留少部分给土司外，其余大部分都由官府加以没收，有的赐给官吏，有的归还农民，有的地方像湖南的龙州，贵州的兴义等地，还任民占田。清政府还允许土民按价赎回土司强行买去的土地。
另一方面，清政府还在西南地区开展丈量土地活动，鼓励土民屯田垦荒。对土司强占、战争破坏的土地，清政府都让原主认领，无人认领的，招农开垦。如鹤峰州规定：凡逾期不开垦者，原荒地即按无主荒地处理，招农来垦。如原主人阻拦，即按律处置。对大量无主荒芜的田地，或多年不种的生荒地，官府分配给土民种子、耕牛、房屋，或者给以银两，鼓励垦种，这更加激发了土民发展生产的热情。东川府划归云南后，鄂尔泰捐银三千两，买水牛一百头，盖房六百间，分配给来垦荒种地的人。新垦的土地，一般是水田6年、旱田10年起科，这一措施使这一地区的农业生产又上了一个台阶。
改土归流之后，交通的发展以及土司制约的解除，使土民与内地人民的交流合作逐渐增多。通过西南各族人民的辛勤劳动，当地的农业生产面貌发生了很大变化，一些地方改变了过去刀耕火种的落后生产方式。当地流官还非常注意推广先进农业技术，使改流区少数民族人民的生产技术得以改造，作物收成有了保证，产量也有所提高。如鹤峰州知州毛竣德教民开池蓄粪之法，就是汉族的一项先进生产经验。作为汉族流官，毛竣德还向当地少数民族宣传种稻农事六则：一要高培田螣，二要开塘引流，三要多收草粪，四要石灰暖地，五要勤拔草稗，六要收拦牲畜。同时，一些新作物也开始向边疆地区传播，贵州的"新辟苗疆"过去不种小麦、高粱、谷子、黄豆、芝麻等作物，改流以后，政府劝种，到乾隆初年已"俱有收获"。
随着农业的开发，与之密切相关的商业、手工业等也有了很大发展，农产品贸易、丝织业、棉纺业以及制茶业等逐步兴起。制铁、采矿、烧窑等业是汉族的强项，这些在当时比较先进的技术也在改流后相继传入少数民族地区并得到了广泛的传播。雍正七年（1729年），贵州巡抚张广泗奏报贵州"秋成十分丰熟"。云南昭通府的景象也在平乱一年后发生了很大变化，有人描述说："童叟忻忻，尘市攘攘，烟火万象，吠鸣千里。"
改土归流之后，随着土民居住区与内地的政治、经济联系的加强，少数民族区域在文化上也相应地得到了发展。雍正十二年（1734年），署理湖南巡抚钟保以永顺设府以来，"人文日盛"，奏请在府县设学，府学设教授，额取文武童生各十二名，保靖等县各设训导，各取童生八名，另在府城建立考棚，雍正帝给予批准。次年，四川学政隋人鹏也以土民与汉民日趋接近，应鼓励土民读书，提出土民与汉民文武童生一体考试的请求，也获得雍正帝的准许。
改流之前，少数民族子弟没有读书机会，更谈不上参加科举考试。土司们总希望土民世代无知无识，以便长久地把他们当牛做马。改流之后，清政府在这里普遍开设了学校。在具体实施过程中，条件尚不成熟的地方增设教职，专门管理当地入学之事，令欲入学者到附近府州县学考试，同样规定录取名额。按照皇上谕旨，为了照顾少数民族，还放宽他们的入学标准，在贵州、湖南等地的府州县学里还专设苗民名额。雍正帝还批准给各州厅府县科举之名额，使少数民族人民也有做官的机会。在广设儒学的同时，还在一些穷苦乡村，设立了很多义学，使读不起书的儿童有了读书识字的机会，由州县学中选择老成谨慎、文品兼优的生员充当义学教师，并规定："如训迪有方，义学日盛，该生员准作贡生；各族子弟果能通晓文理即准应试，酌取入学。"
据史料记载：云南通省改流后仅雍正朝就开设义学463处，改流区开设148处。其中曲靖府沾益州六处，宣威州八处，临安府阿迷州六处，广西府丘北八处，广南府八处，元江府五处，新平县五处，开化府文山县十处，镇沅府十处，恩乐县六处，威远厅十处，东川府二处，会泽县六处，昭通府四处，恩安县二处，镇雄州五处，永善县四处，大关厅三处，鲁甸五处，普洱府六处，攸乐三处，思茅三处，大理府邓川州五处，鹤庆府剑川州五处，维西五处，中甸四处，丽江府四处。贵州于雍正朝设义学24所，全部设在苗区。清政府在这些新改流区广设学校和义学，不仅使一部分人有了读书或入仕参政的机会，而且还使这些地方的教育面貌、文化水平也焕然一新。汉族一些先进的思想理念、价值观念、文化意识也逐渐影响到西南少数民族地区，提高了西南少数民族人民的文化素质。
在改流之后，改流区的封建陋习也得到了改善和革除。比如在改流前，容美土司统治下的土民因不堪其虐，又无处申诉，经常有人跳崖、投水，或自缢、自刎而死。改流之后首任知州毛竣德颁布告示，禁止轻生自杀，并说："时已改土归流，命安惟律是遵……即或含冤负屈，禀官自有理论。"号召土民求助于王法。另外，还有禁止土司擅管地方、禁止仇杀、禁止抢掠人畜、禁止勒索商人财物、禁止杀牲畜等禁令出台。西南落后地区的仇杀、群斗现象在改流之前非常严重，广大贫苦农民为土司、土官所控制，成为他们仇杀的工具。改流后各地严禁群斗，发现群斗者严惩不贷。此后，群斗的现象基本上被革除了。这些都有利于安定新改流区，巩固改流成果，发展少数民族文化。
改土归流后少数民族的一些落后习俗也有所革除。如永顺府的"骨种之习"，即姑之女，必须嫁舅之子，此种陋习也在改流后即被禁止。少数民族地区的奴隶制度极其普遍、严重，改流后实行豁贱为良政策，改变了人身依附关系，提高了原来奴隶的身份，使这里的生产关系得到部分调整。
雍正帝对于西南少数民族人民，从经济、文化、习俗上都给予较宽松的条件，这使得西南的少数民族逐渐由不开化走向文明。雍正帝对西南地区的开发，无论是对于中国的历史发展还是对于少数民族的社会进步都有着积极的意义。