雍正元年（1723年），雍正帝下令各省督抚密上奏折，封疆大吏都有这个权力，只是在实行过程中有的官员犯了错误，受到处分，遂停止其使用权。后来雍正帝又授予提督、总兵、布政使、按察使和学政全体官员书写密折的权力，只是在上交的渠道上与督抚有所不同，除经特许外，不能径上密折。此外，一些微末之员得到了雍正帝的特许，也可以直接上密折。如湖南衡永郴道王柔、陕西平庆道李元英、宁夏道鄂昌、直隶通永道高矿、云南驿盐道李卫、浙江杭州知府孙国玺、山东充州知府吴关杰、湖广郧阳府同知廖坤，等等。这些道府、同知等是中级官员，而用雍正帝的话说："道府等员，乃系小臣，品级卑微，无奏对之分。"他们能上密折，是雍正帝特许的恩宠。这些人与雍正帝都有特殊的关系，或是他的亲信之人，或为亲信大臣的子侄，或为雍正帝所赞许者，或是由朝廷派往地方的常设官员，或是身居财赋重地要职者，或系皇帝家臣。还有一些临时派到地方办事者，也可密上折子。如清理江苏积欠时，负责此事的官员户部侍郎王玑有此权利自不必说，连分查松江府钱粮的王溯维，也曾上密折言事。在中央，京堂以上和翰詹、科道官员都能书写奏折。
随着密折人员范围的不断扩大，密折便成为频繁使用的重要施政工具。在每一份密折上，有雍正帝批语回复的，叫做"朱批谕旨"，批过的密折称为"朱批奏折"。奏折和朱批，是组成密折制度的两大要素。
事实证明，雍正帝建立的密折制与康熙朝的密折相比，有了很大的完善，同时这种密折制是行之有效的，雍正帝将此具体化并推而广之，要求各级官员都应当遵循密折制，鼓励他们每天都有密折上奏，事无巨细，一应可谈。对于下臣奏来的密折，雍正帝是一分为二地看待的，比如所言正确，他就采纳推广；说得不妥，就把折子扣在自己手中，并不将其批转给朝臣，这样就能使官员们畅言无忌，不心存疑虑了。
密折使用，主张保密
奏折之所以被称为密折，因为它本身带有保密性，保密是密折制的先决条件。
在雍正朝，雍正帝经常通过密折下达一些密令，这些密令的内容是不宜公开的。例如查嗣庭案件（礼部侍郎查嗣庭到江南某省主持科考，试题出的是"维民所止"，出自《大学》。但这句话却被人送到雍正面前，说"维止"二字乃是去"雍正"之首的意思，雍正轻信大怒，令将查嗣庭斩首），雍正帝在李卫的奏折上批示，要杭州将军鄂弥达委派副都统傅森、李卫选派可信属官，一同抄查嗣庭的家。这便是一道密令，不走正式公文途径，以防被抄者事先得知，预作准备，破坏抄检。
密折内容广泛多样，它既涉及政策的制定和执行，也涉及官员的取舍，不要说雍正帝下达的密令，就是这些政治事务，也决定了密折的保密性。由于事关机密，所以雍正帝在"密折"的细枝末节上，方方面面都是慎而又慎。雍正帝特别强调密折的保密性，在给鄂昌书写奏折的朱批上说："密之一字，最为紧要，不可令一人知之，即汝叔鄂尔泰亦不必令知。假若借此擅作威福，挟制上司，凌人舞弊，少存私意于其间，岂但非荣事，反为取祸之捷径也。"在给台湾监察御史禅济布的奏折中，雍正帝同样强调："至于密折奏闻之事，在朕斟酌，偶一宣露则可，在尔既非露章，惟以审密不泄为要，否则大不利于尔，而亦无益于国家也，其凛遵勿忽。"
关于密折的使用，雍正帝主张不能保密就不要上奏。例如雍正帝对李秉忠说："地方上事件，从未见尔陈奏一次，此后亦当留心访询，但须慎密，毋借此作威福于人，若不能密，不如不奏也。"从雍正帝的话中可以看出，保密是具奏的前提条件。这就要求具折人不要声扬文件内容，同时要求领受朱批谕旨的人保守朱批的机密，不得转告他人，更不能交与他人观看，只有雍正帝特别指令告诉某有关人员时，才令其阅读，或转传谕旨精神。若私相传述，即使是保密性较小的内容，也是不允许的。在雍正帝看来，不能保守奏折机密的行为就是非法的，如原甘肃提督路振声，将雍正帝朱批中赞扬其弟路振扬的的话告诉了路振扬，路振扬因此上折谢恩。雍正帝十分气愤，就此指责路振扬："朕有旨，一切密谕，非奉旨通知，不许传告一人，今路振声公然将朕批谕抄录，宣示于尔，甚属不合，朕已另谕申饬路振声。可见，尔等武夫粗率，不达事体也！"
从以上情况看，雍正帝对大小臣工的要求是非常严格的，尤其是对级别较低的官员，教导不厌其烦。雍正帝考虑到级别较低的官员得此荣宠，容易擅作威福，挟制上司和同僚，造成官僚间互相猜忌，政治混乱，这就会对国家政治生活产生不良影响。
对于不保守密折机密的人，雍正帝采取了必要的惩罚措施。雍正初年，大多数封疆大吏派亲属或亲信在京，拆看密折，目的是了解朝中情况，看即将要上的奏折内容是否适合皇上的心意，以便决定是否上奏。对皇帝的朱批，他们也先行阅视，以便早作料理和应付。像这样，密折的"密"就无从谈起了，雍正帝当然不会坐视不理。雍正二年（1724年），雍正帝发现浙闽总督觉罗满保、山西巡抚诺岷、江苏布政使鄂尔泰、云南巡抚杨名时等人的这种情况时，十分气愤，立即停止了他们上奏的权力，以示惩罚。
封疆大吏的密奏权被取消后，使得他们在处理政务时产生了种种不便，即使有紧急事务也无法直接与皇帝商酌。出于无奈，他们只好向雍正帝承认错误，请求恢复他们的密奏权。雍正帝从政事出发，也逐一恢复了他们的密奏权。由此可见，雍正帝在处理泄密者一事上，并没有把制裁当作一种目的，而仅仅是把制裁当作一种手段，即通过制裁使他们懂得保密的道理。雍正帝知道，要真正实现密折的保密，惩罚不是主要手段，关键是要完善一套行之有效的保密制度。为此雍正帝采取了七项措施：
第一，规定密折所用的纸色纸质。素纸，即白纸，用来题写陈奏性质的密折；白绫面白纸，是大丧时使用的密折；黄绫面黄纸用于请安或推荐他人为官的密折。这样，雍正帝一看到纸质色泽，就大体知道密折所题奏的内容了。
第二，规定密折的套封，套封即密折的外包装，雍正帝对密折的外包装作了严格的规定：如请安折套封规定外用云龙黄绫，内用黄粉笺裱，长六寸四分，宽三寸一分，上下掩首备宽五分；其白折套封大小与黄绫封同。
第三，具折人亲自执笔。密折须具折人亲笔缮写，草、行、隶、篆各体字不限，字体大小无定式。一些年迈患病官员眼花手颤，请安折间或可令人捉刀代笔，但是，事涉机密者必须具折人亲自执笔。
第四，收回朱批奏折。康熙帝崩逝后的第十四天，雍正帝就命令内外官员把康熙帝的朱批谕旨全部收回封存，如若私留、私抄绝不宽容，开始了密折保密制度。雍正帝规定，不但前朝的奏折要收回宫中，今后本朝的朱批在本人捧诵后，也要缴呈，不得私自留存，犯者究罪。
第五，打造奏折专用箱锁。雍正帝于内廷特制皮匣，配备锁钥，发给官员，凡有奏折，均装匣内，差专人送至京城。钥匙备有两份，一份给奏折人，一份执于皇帝手中，这样只有具折人和皇帝两人能够开匣，别人不能也不敢私开。由于具折人不断书写奏折，雍正帝命每员发四个奏匣，它只作传递奏折用，凡所上奏折只能用它封装，否则内廷亦不接受。广州巡抚常赉的奏匣被贼盗盗去，他只好借用广东将军石礼哈的奏匣，不敢仿制。
第六，奏折直接送内廷。奏折与题本有所不同，它不送通政司转呈，而是由地方直接送到北京。如果是督抚等封疆大吏的折子，直接送到内廷的乾清门，交内奏事处太监径呈皇帝；其他地方官的奏折不能直送乾清门，而是交由皇上指定的王公大臣转呈。对此，雍正帝有自己的理由，他说若小臣径赴宫门有失体统，其实他是为具折的小臣保密，不使人知道除了方面大员外还有一些什么人能上折子。被指定转传奏折的人，有怡亲王允祥、尚书隆科多、大学士张廷玉、蒋廷锡等人。至此，雍正帝的密折保密制度得到了进一步的完善，由于转传奏折的王公大臣没有奏匣钥匙，所以他们无权拆阅而只负有转呈的责任。
第七，密折由皇帝亲自阅看，不假手他人。折子送到内廷后，雍正帝一人开阅，写朱批，不要任何人员参与此事。他说："各省文武官员之奏折，一日之间，少至二三十件，多或至五六十件不等，皆朕亲自览阅批发，从无留滞，无一人赞襄于左右，不但宫中无档可查，亦并无专司其事之人也。"雍正帝这样做的目的有二，一是要专断，二是为了奏折的保密性。雍正帝批阅以后，一般折子转回到具折人手中，以便他们遵循朱批谕旨办事；少量折子所述问题，雍正帝一时拿不定主意，就将它们留下，待有成熟意见后再批发下去。
雍正帝采取了以上措施后，一套完备的密折保密制度就形成了。从中可以看出，雍正帝不但在处理重大问题上能雷厉风行，而且在细枝末节上也是思虑周详，谨慎而睿智。
政治作用，不可低估
雍正帝执政时期，密折制在政治生活中的作用是不可低估的。对此，雍正帝自己有一番夫子之道。雍正帝在《朱批谕旨卷首上谕》中写道："朕受皇考圣祖仁皇帝付托之重，临御寰区，惟日孜孜，勤求治理，以为敷政宁人之本，然耳目不广，见闻未周，何以宣达下情、洞悉庶务。而训导未切，诰诫未详，又何以使臣工共知朕心，相率尔遵道遵路，以继治平之政绩。是以内外臣工皆令其具折奏事，以广谘取，其中确有可采着，即见诸施行，而介在两可者，则或敕交部议，或密谕督抚酌夺奏闻。其有应行指示开导及戒勉惩儆者，则因彼之敷陈，发朕之训谕，每折或手批数十言，或数百言，且有多至千言者，皆出一己之见，未敢言其必当，然而救人为善，戒人为非，示以安民察吏之方，训以正德厚生之要，晓以福善祸淫之理，勉以存诚去伪之功，往复周详，连篇累牍，其大旨不过如是，亦既殚竭苦心矣。"
雍正帝把朱批奏折的作用总结为两点，一是邀上下之情，以便施政；二是启示臣工，以利其从政。皇帝能否正确领导天下臣民，固然与个人素质的高下有关，同时也要看皇帝对天下臣民的了解程度和对官员的约束程度如何，否则皇帝即使有力气也不知往何处使。而且禁城深邃，天下旷远，深居简出的皇帝要想不出门而尽知天下事，着实不容易。如何静坐深宫，仍能最大限度掌控和约束官员，这确实是个大问题。而雍正帝确立的这种奏折制度，使这些极难解决的问题迎刃而解，为全面了解地方、控制地方提供了有利条件。
推行密折制度还收到了许多另外的妙用。正如雍正帝所说："凡督抚大吏任封疆之寄，其所陈奏皆有关国计民生，故于本章之外准用密折，以题本所不能尽者，亦可于奏折中详悉批示，以定行止。"这是雍正帝看到封疆大吏在陈奏政务时，因限于题本程式和保密性质的局限，很难如实全面地汇报当地情况。这样，皇帝就无法彻底了解臣下的隐衷和下边的情况，皇帝的指示也因同样的原因不能尽述，于是就会产生皇帝无从决策，下属无力奉行的怪现象。为此，雍正帝才决定使用密折这种公文行式，使臣下和皇帝可以互相亮明观点，然后双方才能经过讨论，决定对策。
密折作为君臣间的一种私人通讯方式，可以让君臣无话不谈：臣下献议，皇帝先睹为快，可以周知庶务，通达下情，直接批上自己的意见；国家有所兴荣，臣下有不同看法，也可以婉转谏劝。密折制虽然只是一种无形的文书制度，但它所产生的影响却远远超出一般衙门的兴废。海外学者杨启樵先生在《雍正帝及其密折制度研究》一书中，将密折作用归纳为三点：
（1）露章奏事，使一些奏事人有所瞻顾，密折奏事便使官员消除此等疑虑，可以激发官员上进，也可以使皇帝增广见闻，洞悉庶务。
（2）在密折制度下，官员们互相牵制，互相监视。人人存有戒心，不敢过于妄为，对整饬官吏起到了相互监察的积极作用。
（3）密折奏事，君臣在一些重大兴革上预先私下达成协议，使皇帝不同意办的一些重大问题，臣下不致率尔公诸朝堂；臣下持异议的一些重要决策，皇帝也不致贸然决断，双方都有缓冲的余地，这样就能避免重大政见纷争。
此外，密折制还造就了雍正帝这位以文采著称的一代帝王。雍正帝在位13年，绝大部分时间和精力都消耗在亲自阅批密折、处理庶务上。雍正帝13年如一日，惟日孜孜，一丝不苟，写下了千万余字的奏折批文，堪称世界奇文，数量之多是当今一些职业作家所可望而不可即的。另一方面，密折制将文化提升到了一个新的高度，即做领导者必须要有文化，否则连批文都写不好，怎么去发号施令？雍正帝从批改密折中锻炼出来的才智和思想影响了历史，使这种帝王文化精神沿袭下来。
总之，密折的诞生使皇帝与官员如同对坐探讨，而且不拘时地，皆可下达指示或交换意见。这可以说是在当时条件下的一种信息宽带，它使雍正朝的地方事务治理更切合皇帝的旨意，大大提高了处理事务的效率。