鲁哀公八年(公元前487年)秋的一天，孔子正在卫国蒲邑与弟子子路交谈，忽然侄儿孔忠来卫都禀报婶母病重的消息。孔子拉起侄儿说：“我时常思念你婶母，她待老人贤善，待我温柔，待孩子们周到，待邻里宽宏。我本想壮年为恢复周公礼制、实行仁政德治多做些事，年老时再与她团聚，共享国泰民安之福。然而，现在她病倒了，我何尝不想尽快回到她身边，为她治病，伺候她，安慰她。况且，我也很思念儿女、侄儿、侄女……”
弟子们同声恳劝：“赶快回家看看师母吧。”
孔忠恳求说：“您老人家终日为国而思，如今到这步境地了，还不为家想想？叔父呀，回家吧，快回家吧！”泪如雨下：“家，对于一个人、对于一家人来说，太重要了；国，对于一家人、对于千家万户来说，更为重要。国与家比，当然是国比家大、国比家重。当初，我离开鲁国，是因为国君鲁定公、相国季孙斯接受齐馈女乐，荒政拒谏。虽然他们均已作古，但新国君鲁哀公、新相国季孙肥并没派人来接我，这说明他们仍不想以礼治国，不想推行仁政德治，不谋强国之道。我若不请自返，岂不遭世人耻笑和新君、新相鄙弃。对于一个仁人志士来说，没有比信仰更高贵的了！我信仰周礼，非礼不行，非仁不就，天塌地陷不动摇！所以，我暂时还不能回国，只好再等待一下时机！”个人的生活是十分不幸的。他幼年丧父，亲生父亲未能给自己留下一点印象，甚至连父亲墓地的方位都不知道。少年时期，当自己刚步入社会，可以凭能力谋生时，年轻守寡、操劳一世、将全部生活希望寄托在儿子身上的母亲又溘然长逝。她没有看到儿子的辉煌成功，没有享受到儿孙绕膝的天伦之乐，她把一切贡献给了儿子，却没有从儿子那里获得点滴的回报。十九岁与亓官氏完婚，她是一个善良贤惠、任劳任怨、相夫教子、奉献一切的女性。正是由于妻子辛勤的操劳，孔子才能以全部精力从事政治活动和教育事业。后来，孔子周游列国十四年，家庭的全部重担压到妻子身上。然而，她终于没有等到孔子归来，临终也未能见上丈夫一面。
鲁哀公十三年(公元前482年)腊月的一天，孔子巡视归来，刚回到距曲阜十余里的地方，忽见公西华飞马而来。
公西华下马急报：“禀老师，我原是去武城给您送信，不料在此遇见，师兄孔鲤突发重病……”
“火速回家！”孔子命驾车的颜回快马加鞭。
走进家门，孔子的独生子孔鲤已经咽气了，全家人痛哭失声。孔子望着儿子苍白的面色，放声痛哭道：“儿啊！你走得这么急啊，爹竟没见你一面！儿啊，你母亲临死时，我也没能见上一面！我对不起你们母子啊……”哭道：“苍天啊，你如此不公啊！我孔丘幼年丧父、中年丧妻、老年丧子，人生中的最大苦难怎么全落在了我头上啊……”孔鲤死后不久，他的妻子生下了遗腹子孔汲。孔子看着这个长得虎头虎脑、满身灵气的孙子，悲喜交集，热泪盈眶。喜的是第三代有两个男孩，他的香火可以传下去。悲的是儿子早逝，看不见他自己的孩子了。而孔子自己也已经年过七十，感觉身体一天不如一天，也无力为亡儿抚养遗孤长大成人。可这个孙儿却没有辜负他的期望，他的资质比他的父亲聪明。祖父的遗传基因似乎更多地在他身上得到继承。孔汲后来成为着名的儒学大师，他写的《中庸》一书，成为儒学发展史上从孔子到孟子的桥梁。在战国时期和以后的历史上，以他与孟子为代表形成的孔孟学派产生了极其深远的影响。
孔鲤死后不久，孔子还没有从失子的悲痛中恢复过来，又遭到一连串的打击：冉耕、颜回和子路接连死去，他几乎要被这接踵而至的悲哀击倒了。
鲁哀公十六年(公元前479年)的新春伊始，孔子脸上已无过年的喜悦，只好躺在病榻上过春节。他时而昏迷，时而清醒。医生估计：圣人寿终为期不远。
春节过后不久，回家过春节的弟子挂念着老师的安危，提前回来了。
正月十五上午，孔子以手示意起身。弟子们连忙扶老师坐起来，让他后背靠在垫着棉被的墙上，为老师洗净脸，梳理好头发，还给老师喂下半碗稀饭。显然，孔子清醒了许多。对守候在他身边的弟子们说：“我从三十岁开始，设坛教徒，历时四十二年，有三千弟子从学于我。其中，有很多人德才兼备，亦能为国家、为社会效力，我感到欣慰。人活七十古来稀，我七十三岁了，病魔缠身，归天之日近在眼前……”御医摸手切脉后，注意观察了一会，示意大家离开病榻。走到屋外，御医对哀公、孔忠、闵损、曾参说：“你们看清楚了吧？刚才，夫子用手抓床呢！凭借我四十多年的临床经验，这不是好兆头，因为病人用手抓床，预示着最多只能再撑七八天。”
一天早晨，孔子平静下来，也清醒了许多，孔忠连忙给叔叔喂下点鸡蛋汤。孔子慢声说：“拿拐杖来。”说完，示意让人扶起他。他强撑病体，拄着手杖，挪步门前。他看着满院的弟子，用尽气力说：“周经历六百多年，日渐衰微，我终生主张复周兴鲁，历尽磨难，愿望难以实现……但我仍希望你们奋发进取，报效社稷，克己复礼，振兴鲁国！”
子贡一步扑到孔子面前，跪在地上，哭着说：“弟子不知老师病重，刚进门，来迟了，请老师恕罪。”坐在堂屋正中，对子贡说：“夏人死了在东阶上停棺；周人死了在西阶上停棺；殷人死了在两阶柱子中间放棺材。我是殷人的后代，昨夜做梦，我坐于两阶柱子中间了。我快死了，要回到我的殷人先祖那里去了。”
七天后的早晨，穿上寿衣的孔子回光返照，精神忽然兴奋起来，清晰地说：“尧……舜……禹……汤……文王……武王……周公……周公……周公来接我了……”
这时的孔子似乎已没有一点痛苦了，他端端正正地躺在病榻上，低声说：“大道之行也，天下为公……”
圣人留下这最后一句话之后，慢慢地闭上了双眼，离开了人间，享年七十三岁。
弟子们为孔子举行了庄重而简朴的葬礼，他们都像儿子对待父亲一样为孔子尽孝、守灵。鲁国的政府官员、贵族和平民川流不息地前来吊唁，哭声震荡着鲁国的都城。鲁哀公也在官员的陪同下前来吊丧，并亲致悼词说：“上天没有怜悯之心，不肯暂时留下这位国老，以保障我的君位，使我孤孤单单地忧愤成疾。呜呼哀哉！尼父，您的辞世使我失去了效法的榜样！”鲁哀公对孔子的悲悼是真切而深沉的，因为他明白，孔子一生都心向国君，并衷心期望国君从卿大夫那里夺回那本来应该属于他的权力。
吊唁结束以后，弟子们簇拥着灵车把孔子的灵柩送到鲁城北面、洙水之北的墓地，将他安葬在距孔鲤之墓北边两丈之遥的地方。遵照孔子的遗愿，墓室不放殉葬品，坟墓堆土筑成偃斧形。安葬以后，弟子们在墓旁筑室而居，为老师守孝三年。同时在墓地陆续栽种许多松柏和各种珍贵名木，以寄托自己的思念之情。