举步维艰，汪猷行进在疮痍满目的故土上，虽然他的头上已有了一顶黑色的四方博士帽，但他无力扭转乾坤，只能埋头于化学，用自己的一技之长为国为民竭尽绵薄之力。
他在北京协和医学院担任生物有机化学讲师、教授，李季明从协和毕业后，担任小儿科助教。
有情人终成眷属。1947年，他和李季明永结百年之好。岳父李肖聃先生闻喜讯，笑逐颜开。
只是烽火连绵，道路阻断，他不能从长沙来京主持婚礼。他欣然命笔，遥寄贺诗一首，表达自己欢欣鼓舞之情。
汪猷呢？后来也在一首给李季明的诗中写及：
所爱欧游归，春朝结缡时。
日寇侵略急，辗转栖沪枝。
1942年4月，他和她无法在混乱不堪的北京立足，只得“辗转栖沪枝”。国破民危，偌大的一个中国，无处可以放置一张安静的实验桌。随遇而安，汪猷在上海康定路一家里弄工厂栖身，这是一家私营药厂，由12个属马的人凑钱办起来。这12个人都生于丙午年（1906年），而办药厂当然是为了使人们祛病健康，于是取名“丙康药厂”。汪猷担任了厂长兼研究室主任。不过，在那样艰难的岁月，这家药厂只能生产一些止咳的四季糖、消炎的磺胺胍、磺胺嘧啶。虽说这些只是最普通的药物，但是在药物匮乏的战争年代，能为广大老百姓提供些常用药，汪猷仍尽力而为。
1944年，汪猷偶然听说国外正在使用的新药抗生素，是从霉菌中培养出来的。这一信息使汪猷决心开展新的研究工作。虽然由于战争，汪猷看不到国外最新文献，他却忽然对那些橘子上的绿色霉斑产生兴趣。他的实验室一下子成了烂橘子的“博览会”。他埋头于培养、发酵，试图从这些绿霉中提取抗生素。经过几个年头，他终于制得了一种新型抗生素——“橘霉素”。一位木匠脸上长了疔疮，汪猷用千分之一的灭蓖桔霉素溶液涂敷，第二天，木匠的肿、热便消退了！
1947年，汪猷在美国《科学》杂志上发表了论文《抗生素桔霉素》，引起很多人的注意。英文《大陆报》及《大公报》等多家报纸报道汪猷的发明。美国一家通讯社还发出电讯，报道中国化学家汪猷制成新药“桔霉素”，效用类似盘尼西林（青霉素）。
就在这个时候，汪猷却被丙康药厂的老板辞退了。因为他坚持出厂的针药要经过严格检验，符合国际标准，而药厂老板为图利润，硬要降低标准，否则解聘。汪猷愤然离厂，陷入失业困境。他仍念念不忘桔霉素研究工作，甚至向别处借实验室，继续这一探索。就这样，他成为中国抗生素研究的奠基人之一。
终于东方破晓，上海城响起腰鼓声、秧歌声，新中国诞生了。社会主义制度下的中国，使困于涸泽的汪猷如鱼得水。他成了中国科学院生理生物化学研究所的研究员，再也用不着担心解雇，再也用不着东借西借。他倾全力研究抗生素。1952年，他参加发起组织召开我国首次抗生素工作会议。1955年，他在北京主持了国际抗生素学术会议。