1949年3月中共七届二中全会后，中央调刘锡五到吉林工作，任中共吉林省委书记、吉林省军区政委，1949年5月刘锡五走马上任。新中国成立后，刘锡五根据党的七届二中全会、三中全会精神，结合吉林省的具体情况，大刀阔斧地抓了镇反工作和工农业生产的恢复与发展。
吉林、长春地区是伪满和国民党反动势力的巢穴，反革命分子和汉奸特务乘美帝侵朝之机活动更加猖狂。这些反革命罪犯中，有些是罪大恶极、负有血债的蒋匪首要分子，有些是专门从事暗杀、抢劫、造谣等破坏活动的暴乱匪首，有些是利用封建会道门进行反革命活动的会道门头子，有些是解放后改头换面混入我方内部的暗藏敌人。这些反革命分子不镇压，政权就不能巩固。
1950年7月，刘锡五主持召开全省县委书记大会，讨论部署镇反工作，反复强调大家要对这场斗争有足够的认识。他说，现在国内大陆上公开的武装敌人是不存在了，但是隐蔽的敌人还有，斗争很激烈，镇反是目前国内尖锐的斗争，为了加强抗美援朝力量，为了完成目前的任务，必须坚决镇压反革命。他对如何开展这一斗争，提出了具体行动方案。
镇反运动掀起来之后，势头来得很猛，大部分罪大恶极的反革命分子很快落入法网，为民除了害，广大人民无比兴奋，欢呼称快。特别是运动中揭发暴露出来的一些反革命分子、匪徒，以及由亡命之徒组成的所谓“敌后游击大队”，企图开进长白山，安官立县，建立据点，推翻人民政权，激起了广大人民群众的无比愤恨。
为了巩固斗争的胜利，刘锡五要求各级政府成立群众性的治安委员会，各县成立积案清理委员会，组织公安、司法和有关人员迅速清理现有案犯，对不杀的反革命罪犯，统一组织劳动改造。
吉林省的镇反运动在1952年胜利结束，肃清了国民党反革命残余势力，巩固了人民民主专政，安定了社会秩序。
在开展镇反运动的同时，刘锡五把恢复和发展生产作为重要工作内容。1950年初，吉林省召开人民代表会议，动员各方面的力量搞生产建设。刘锡五在会上做了《怎样把全省生产建设提高一步》的发言。这个发言先传达了毛泽东出访苏联路过东北时提出的“要把东北建设成为全国工业化的基地”和东北局关于恢复和重建东北经济的指示，接着阐述了工业在国民经济中的作用。刘锡五指出，“工业是发展生产的动力，是发展国民经济提高人民生产力不可缺少的重要一环”。他联系实际说明，吉林省没有工业的大发展，要使吉林省生产进一步提高是困难的。会议提出当年全省生产粮食360万吨的任务，为了完成这一任务，刘锡五亲自组织力量，抽调干部深入生产第一线，宣传党的方针政策，领导人民掀起生产高潮。
为了把大生产的局面打开，1950年初刘锡五主持召开第一届全省农业生产劳动模范大会，号召先进分子起带头作用，桥梁作用，推动生产。刘锡五在大会上号召说，今天全省需要来一个生产高潮，农村中的农民要来个生产高潮，工厂中的工人要来个生产高潮。把这两个高潮搞好，就可以丰衣足食。依靠什么来个生产高潮呢？在农村依靠农业生产的劳动模范和广大的劳动群众的结合，在工厂依靠先进生产者和全体工人阶级，同时还要靠共产党的领导。他号召劳模要提高农业技术，推广改良农具和有重点地试验新式农具。这一年，由于全省正确地实施了中央的各项方针政策，省里工作抓得有力，农业生产有了进步和提高，粮食总产量达到394万多吨，超额完成了计划，而且多生产了商品粮，支援了国家建设。