1945年9月，抗日战争胜利后，党中央组织动员2万干部和10万部队奔波东北开展工作。陈正人也被派到东北，任东北民主联军总政治部主任。
在当时东北革命斗争发展的重要历史关头，1946年中共中央东北局召开了7月会议，通过了经毛泽东修改的《关于东北形势及任务的决议》。为贯彻执行党中央的正确路线，把工作重点转移到农村，陈正人奉命调任中共吉辽省委书记兼军区政委。
1949年5月，中共中央任命陈正人为中共江西省委书记兼江西省军区政委。接到命令后，陈正人奉命进京，听取毛泽东、周恩来等中央领导对江西工作的详细指示，毛泽东谆谆教诲：“江西的情况比较复杂，必须坚持肃清一切危害人民的土匪、特务、恶霸及其他反革命分子。”此后，陈正人率领南下江西的干部队伍立即奔赴江西。
江西是老革命根据地，红军北上抗日后，国民党反动派对江西实行残酷的法西斯镇压，广大人民群众遭到严重摧残和血腥屠杀，江西省解放后，国民党反动派抛下了一个千疮百孔的烂摊子，百业凋零，土匪横行。
陈正人于1949年6月6日回到南昌，回到了阔别15年的故乡。此时，正值中国人民解放军第二、四野战军配合作战解放江西全境，国民党反动统治已全面崩溃，但敌人的残兵败将和散兵游勇却乘机勾结地方反动武装，组织小股土匪，在大山野岭里横行流窜，在偏乡僻壤中肆无忌惮地作孽，烧杀抢劫，无恶不作，搞得老百姓鸡犬不宁。面对着土匪猖狂一时的局面，陈正人迅速作出了剿匪除恶、惩治顽凶的决定。
7月上旬，陈正人以江西省委书记、省军区政委的名义主持召开48军和3个独立师的剿匪会议。陈正人强调指出：“土匪在农村、山区为非作歹，欺压人民，扰乱治安，破坏生产。这些祸害不清除，工作就无法开展，江西人民的彻底解放也是空谈，要狠狠打击，要采取打歼灭战的方针，一股一股地全部消灭，不能让这些作恶多端的祸害到处乱窜和我们捉迷藏！”
陈正人一声令下，剿匪行动全面展开。他亲笔起草加急电报，电告各地党委，乘野战军主力部队挺进西南过境江西的有利时机，发动群众挖出地主、土匪隐藏的枪支。经过一个月集中全力剿匪，南昌、九江、抚州3个分区的几股土匪全部被歼灭，赣东北地区的土匪也遭到沉重打击。
8月中旬，陈正人再次召开军区剿匪会议，要求各县区武装和乡村民兵组织，积极行动起来，配合地方部队开展剿匪斗争。各地干部群众与部队密切配合，肃清土匪的工作进展很快，赣东北的李逢春、赣西北的熊杨英、万安的郭明达、闽赣的卢兴路等匪首均先后被擒获或击毙。
此时，在赣南地区被击散的零星土匪纷纷投奔宁都匪首黄镇中，顽匪头子黄镇中招兵买马，囤粮积革，隐蔽在宁都的翠微峰上，妄图凭借山高坡险、悬崖陡壁、四周无通道的天险，负隅顽抗。陈正人亲自指挥独立师配合48军作战，把黄镇中围困在翠微峰山巅上，并派人打入匪穴劝降。黄匪不但不听，还企图继续顽抗。48军和独立师在当地群众的紧密配合下，日夜围歼、强攻，一举攻破所谓的“天险”大门，活捉了黄镇中。到10月底，除闽浙赣边、粤赣边还有为数不多的零星土匪外，全省境内成股的土匪、地主武装均被消灭，整个剿匪斗争取得决定性胜利。陈正人亲自起草了致中南局、党中央和毛泽东的电报，汇报江西开展剿匪反霸情况，得到了党中央和中南局的肯定和赞扬。