当时蒋介石的作战部署是：在福建人民政府成立前后，即委蒋鼎文为北路军前敌总指挥，设司令部于浙江衢州，调动军队部署作战事宜。首先派工兵监督民伙限两个月内修通从江山通往建瓯的公路，接着从后方和江西抽调大军部署于浙赣闽边各个军事据点。其具体作战方案是：卫立煌为右翼总指挥，指挥汤恩伯等五个师沿金溪、资溪进入闽西邵武，顺昌一带集结，侯与张洽中的中路军取得联系后．即以主力强袭延平；另将两个师隐蔽在顺昌、沙县地区，配合蒋鼎文左翼军在沿海登陆成功后，截断十九路军的退路。张治中为中央军总指挥．指挥王敬玖等两个教导师附属两个卜福斯炮兵团，经衢州进入闽北浦址、建瓯一带，在刘和鼎师内应配合之下，击破十九路军的抵抗，夺取延平，围攻古田，向福州挺进。蒋鼎文兼任左翼总指挥，除派李玉堂师在海军掩护下在匣门登陆外，自率李延年等两个师越仙霞岭进攻水口，威胁福州之背。另外还收买福建的杂牌军刘和鼎、卢兴邦、陈齐煊等师怍内应，并派杜起云深入闽中，闽南收买当地的土匪部队叶定国、高义等扰乱十九路军的后方。
福建人民政府负责军事责任的蔡廷锴和参谋团主任黄琪翔等人，既存有仲仕红军牵制敌人的思想，而对蒋介石能以如此大的兵力压向福建的形势又估计不足。他们错误地以为，蒋介石的嫡系部队被红军所牵制，抽不出足够的兵力进攻福建，而且福建背靠江西中央苏区，又面临大海，蒋军也无法进攻。田此，蒋．蔡一直把十九路军的几个主力师备在闽南沿海一带，福州门户延平，古田只有谭启秀以新兵编成的赵一肩、司徒非两个师。及至接到蒋介石集结大军于浙赣闽边，即将对十九路军发动进攻的情报后．对于如何粉碎蒋军的进攻，蒋，蔡和参谋团又发生意见分歧。蔡主张将部队主力部署在延平、沙县、永安一线，背靠闽赣苏区，以闽北山区为依托，在闽北与蒋军决战；蒋允鼐认为蒋军兵力雄厚，不宜决战，应放弃福州，撤向闽南，向广东靠拢，以保存实力；以黄琪翔为首的参谋团则认为福州系人民政府的首都，不能放弃，主张在福州外围决战。多数将领支持黄琪翔的意见，遂将驻沿海的部队向福州集结。由于事先既估计不足，又因几次变更作战方钊，坐失战机，因而一开始就处于不利的形势。
12月28月，由于驻寿宁的闽军陈齐煊在蒋鼎文争取之下，接受了蒋军新十师番号，蒋鼎文指挥的几个师不战就通过泰顺迄仙霞关防线进入闽北，指向古田。同日，厦门市长黄强投降，接应车玉堂师登陆。素以动作敏捷、指挥若定，有蒋介石的鲍超之称的卫立煌，指挥所部三个师通过三百里的苏区未遇到任何阻拦，于1924年1月4日到达延平地区，与刘和鼎会师。翌日清晨，卫开始向守延平的司徒非部攻击。在十余架飞机掩护下，卫部宋希濂师攻下延平外围要塞第四，第五等峰，十九路军防线顿告瓦解，司徒非向刘和鼎投降。同日，张治中指挥的王敬玖等师围攻占田，蒋鼎文指挥的李延年等师围攻水口，于7日突破十九路军水口防线，谭启秀乘装甲轮逃走。8日，蔡廷锴亲串刘占雄、阮宝洪、云应霖三个主力师向大湖、白沙疾进，企图夺田水口，解古田之围。不料，12日守古田的赵一肩即向蒋鼎文投降。
1月10日，人民政府在福州召开最后一次会议，决定放弃福州。政府要员纷纷乘飞机、轮船、汽车向广东和香港逃走。由千古田失守，蔡廷锴遂率援军中途折回，处理撤退的善后事宜后，于13日率部撤离福州，决定将剩余的四个军集结在泉州。这时，卫立煌指挥所部在卢兴邦引导下于尤溪口渡过闽江，前锋直插仙游、郊尾，与区寿年军遭遇，双方打了一夜。次日蔡到达郊尾，令区拖护全军通过后，即迅速摆脱敌人南撤。蔡乘汽车南行至涂岭即遭敌人阻击，汽车开足马力始冲过。张炎、沈光汉各一个师，区寿年两个师，丘兆琛先遣队两个团．均被敌人截住。区寿年串所部经过激烈战斗，击退阻击的敌军，使全军得以安全通过涂岭隘口。
蔡廷锴到达泉州后，即命令先撤退到泉州的毛维寿率部把守洛阳桥等地，毛借故推托，不听指挥。蔡知毛已投蒋，遂去龙岩。沈光汉、区寿年到泉州时知蔡已去龙岩，即率部随后追赶。毛诡称蒋军已追抵洛阳桥，将沈、区两军诓回泉州。及至沈，区率军回到泉州，毛又诡称包围之势已成，不能再战，并说蒋介石已委他为第七路军总指挥，所有十九路军归他改编。沈、区无奈，只好交出军队，自行离开泉州。
蔡廷锴乘机到漳州后，率领驻漳州的四十九师周力行(即周士第)团和总部的事金波特务团以及漳龙省的保卫队等开赴龙岩，以待沈、区两军集中。龙岩西邻江西苏区，南按广东，崇山峻岭，易守难攻。蔡本拟以龙岩为根据地重整旗鼓，待机再起。不料沈、区两部又被毛维寿诓骗改编，遂将剩余部队编成一个独立旅。令其驻京办事处长黄和春利用与陈济棠部驻大埔的师长黄任寰的同宗关系，将该旅带往大埔投奔黄任寰，后改编为广东独立第三旅，三个月后被缴械改编。蔡离军后，由汕头乘船去香港。徐名鸿因在大埔等候眷属同行．停留三天，桩黄任寰逮捕枪杀。周土第乘快马逃往苏区。至于毛维寿率领投蒋的八个师，不久亦被蒋介石缴械，改编为四个师,将连长以上军官悉数遣散，另委其嫡歹、将领任师长，以黄埔学生充任下级军官。至于出卖十九路军的毛维寿，被蒋利用过后，亦被一脚踢开。
福建人民政府从成立到失败，为时仅仅两个月。其所以如此迅速失败，首先是由于这个以民族资产阶级，小资产阶级知识分子联合国民党抗日爱国军人组成的"中国人民生产大众党"，缺乏群众基础，因而不能取得广大工农群众的支持。其次，事变的决策者放弃国民党的牌子，改国号，换国旗，这一举措使反蒋的其他军阀疑窦丛生，不敢起来响应，结果使自己陷于孤立，便于蒋介石，汪精卫加以叛党叛国的罪名加以讨伐。至于人民政府未能取得工农红军的援助，也是此次事变失败的一个重要外在因素。当时蒋军由江西抽调军队攻打闽北的十九路军时，彭德怀曾建议调集中央红军主力出赣东北调击蒋军入闽部队，以解十九路军之围，但未被王明路线的中央接受。这个建议如被接受，必使蒋军有后顾之忧，延平、水口必不至迅速失守。即使十九路军放弃福州南撤，如红军能很快攻入闽东北，以拊蒋军卫立煌郎之背．十九路军也绝不至彻底瓦解。当时中共革命军事委员会对于是否援助十九路军的问题，曾有过几次激烈的争论。当十九路军形势不利时，周恩来、朱德和中共江西中央局的大多数负责人都主张出兵抄袭蒋军后路。但向第三国际驻上海军事总颐问佛雷德和中共中央上海局(原由康生任书记，康去莫斯科后由苏联人斯拉文和米茨克维奇负责)请示时，他们坚决不同意，却命令红一、三军攻打南昌、长沙，谋求实现其中国革命在一省或数省首先胜利的设想。结果是使十九路军孤立无援，迅速失败，福建人民政府宣告天折。而江西红军也被蒋军团团包围起来，半年后被迫放弃经营八年的根据地，开始了二万五千里长征。
现将福建人民政府军与南京国民政府军双方战斗序列列下：甲、福建人民政府军方面中华人民革命军事委员会主席李济深中华人民革命军第一方面军总司令蔡廷锴总政治部主任陈铭枢副主任徐名鸿总参谋长邓世增副总参谋长范汉杰第一军军长沈光汉第六十师师长刘占雄第一师师长邓志才第二军军长毛维寿第六十一师师长梁世骥第二师师长庞成第三军军长区寿年第七十八师师长云应霖第三师师长张君嵩第四军军长张炎第四十九师师长阮宝洪第四师师长谢琼生第五军军长谭启秀第五师师长赵一肩第六师师长司徒非特务团团长李金波军官补习所所长余华沐乙、南京国民政府军方面国民政府军事委员会员委员长蒋中正赣粤闽湘鄂剿匪军北路前敌总指挥蒋鼎文第三路军总指挥蒋鼎文第三师师长李玉堂第九师师长李延年第八十师师长陈明仁浙江保安处处长萧乾第四路军总指挥张治中第八十七师师长王敬玖第八十八师师长孙元良第五十六师师长刘和鼎新编第十一师师长周志群第五略军总指挥卫立煌第十师师长李默庵第三十六师师长宋希濂第八十三师师长刘戡预备队司令官汤恩伯第四师师长冷欣第八十九师师长汤恩。