如此结果，是胡宗南所没有料到的。恼羞中，他更变本加厉，操纵当地顽固派势力为非作歹。同年3月底，八路军招收的27名护士学员由西安步行去延安。当他们走到接近边区的中部县（今黄陵县）时，被国民党县政府无理扣留。八路军驻西安办事处派人前往交涉，县政府矢口拒绝，置之不理。获悉这一情况后，萧劲光一面给蒋鼎文和中部县发电，以示事件已引起留守兵团密切关注，一面直接致电蒋介石，希望其命令陕西省迅速放人。蒋介石也感到此事干得太蠢笨，只得回电：“萧主任：中部县扣留贵部学生，已电蒋主席转饬该县速予释放矣。”这批学生终于获释，赶赴延安。
挑衅一再受挫，不得不动用正规部队了。1939年夏，国民党驻洛川新编骑兵第二师，在师长马禄的亲自带领下杀气腾腾地抵近鄜县，并迅即占领了鄜县南部多个村镇。鄜县距离延安只一百多里。这一带留守兵团驻兵很少，且相当分散。马禄这一行动引起了中共中央的高度关注。留守兵团随即命警备第八团开到鄜县，并调整配齐了鄜甘警备区领导机构。尔后，本着先礼后兵的原则，致电马禄和洛川专员，凛然声明：“如果马师强占不退，则引起冲突之责任及一切后果，我们概不负责！”以鄜甘警备区的名义在各村镇和交通要道张贴布告，昭告各界周知：“本军奉命镇慑，业已部署周详。外与友军团结，内与党政协商。唯期地方安静，即以巩固河防。倘有汉奸国贼，敢于以身试尝，国家法纪所在，决不许其倘佯。”萧劲光亲临前线，督促、检查警第八团与原驻防部队一道修筑工事，做好战斗准备。马禄见边区军民已做好战斗准备，严阵以待，知道萧劲光带着人到前沿视察了工事，担心部队一旦行动，不仅军事上亏本，政治上会更被动。他掂量再三，不敢轻举妄动，并回电辩解，连称“误会”，说什么“双方应以团结为重”，乖乖地把部队撤回。
外部军事进犯不能得手，窃据边区内的顽固派越发不甘心。国民党派驻鄜县的县长蒋隆延接连寻机兴风作浪。他先是指令六个联保主任叛变为匪，率领匪徒扰乱乡里，劫持留守兵团部队的来往人员。继而组织了暗杀队，企图暗杀鄜甘警备区的干部。1940年1月初的一个夜晚，暗杀队刺杀留守兵团特务团参谋长未遂，杀害了警卫人员。闻讯，特务团紧急行动，派出部队捕获了凶手和暗杀队头目，并解除了暗杀队的武装。以此为契机，留守兵团展开宣传攻势：首先，萧劲光致电程潜、蒋鼎文等政要，强烈要求政府严惩肇事者和幕后操纵者。继而，在《新中华报》上详细报道事件经过，并以《鄜县的大暗杀案》为题配发社论，揭露、痛斥顽固派的丑恶嘴脸和罪行。此次事件中，胡宗南一伙受到政治和舆论上的双重打击。此后一段时间里，边区南大门和缓了不少。由此进入延安的国际友人和全国各地的青年，也比过去安全、顺畅多了。
延安东北河防前线的绥德地区，也是一个磨擦频繁、关系紧张的地区。国共合作协议达成，陕甘宁边区的管辖范围确定以后，边区政府任命了各县的县长和政府工作人员。但是，国民党政府不仅不将原先的县长撤走，而且还继续往一些地区增派。这样，在绥德附近的米脂、吴堡、安定、清涧、延川、延长等县，便形成了一个县有两个县长、两套政权班子的怪现象。初始，中共中央和边区政府考虑到历史原因和团结抗日的大局，一直采取克制和忍让的态度。这些国民党官吏自知“名不正，言不顺”，也不敢过度妄为。时过不久，这些人便不再“安分”：他们巧立名目地鱼肉乡里、祸害百姓；自行组建保安队，寻衅闹事，破坏治安；更有甚者，组织暗杀队，暗杀共产党的军政干部。之所以出现这种状况，根子就在国民党当局新派何绍南到绥德担任了地区专员，
何绍南虽然官不大，但深得蒋介石器重，且与侵华日军板垣师团的师团长曾是日本士官学校的同学。因而，自觉左右逢源，气粗胆壮。陕甘宁边区政府成立后，在绥德地区成立了“抗敌后援会绥德分会”。为了争取团结何抗日，边区政府让他担任了分会主任，留守兵团绥德警备司令陈奇涵只担任副主任。然而，何绍南不仅不以此自重，维护抗战大局，反以“确保地方治安”为名收买了部分土匪、兵痞，与其控制的保安队一起编成五个保安队。他以此与警备团对抗，支持国民党委派的“县长”为非作歹。
在何绍南的授意下，安定县“县长”田杰生指挥保安队袭击了该县留守部队驻地，打死打伤官兵多人；吴堡县“县长”黄若霖组织暗杀队，杀害了八路军第七一八团三营副营长尹才生；清涧县“县长”艾善甫串通土匪四处抢劫、奸淫烧杀，搞得全县村镇鸡犬不宁。更为可恶的是，何绍南还伪造了八路军的臂章和一一五师的通行证，冒称八路军私贩烟土，败坏八路军声誉。至于他贪污受贿，侵吞救济灾民的赈款的罪行，更是人所共知。为了维护抗战大局，萧劲光开始给他留情面，一次次通过函件指斥他的罪行，没有与他进行公开的斗争，但一直收效甚微。
1939年深秋。一天，萧劲光正在开会，听说何绍南路过延安，当即中止会议找上门去。
何绍南虽然与萧劲光不熟悉，但对其资历、声威早有所闻。见萧劲光板着面孔找来，何绍南假意客套几句企图走掉。萧劲光以高大的身躯当面拦住，“请不要忙走，我有话说！”接下来，便严厉地将他痛斥一顿。萧劲光说：“现在国难当头，老百姓流离失所，前方的官兵们在流血，你在干什么？勾结土匪，杀人越货，侵吞老百姓的赈灾款，你不觉得太过分了吗？这种时候，你在边区境内捣乱，杀害抗日军民，这是中国人干的事吗？”而后，萧劲光又不由分说引他去见毛泽东主席。毛泽东当面一条条历数他破坏抗日、反共反人民的罪行。最后，指着他的鼻子说：群众说你是反共磨擦专家，一点不错！我们以抗日大局为重，你却以为八路军软弱可欺，肆无忌惮地在边区境内滋事作恶。告诉你，不要打错算盘。你的账，人民一笔笔记着。如你再执迷不悟，胡作非为，扰乱社会，就新账老账一起算，绝不客气！你要记住一条，对为害群众、为害抗日大局的害群之马，八路军不会坐视不管！再这样下去，人民也不会饶过你！在毛泽东声色俱厉地斥责面前，何绍南脸上红一阵，白一阵，头都不敢抬。
萧劲光决意把何绍南彻底赶走！几天后，他又和陕甘宁边区政府主席林伯渠联名致电蒋介石及国民党行政院副院长孔祥熙，第一战区司令长官并天水行营主任程潜等人，要求严惩何绍南，委任进驻绥德的八路军第三五九旅旅长王震兼任绥德地区专员。电文说：“现在组织暗杀之黄若霖，虽经撤职；纵兵为匪之艾善甫，虽被管押；贩卖烟土之高步元等，虽已法办……但发号施令之主谋何绍南至今逍遥法外，未闻议处。”“请将该犯官何绍南加以逮捕，并解至陕北，组织巡回法庭，令民众代表参加审判，置之重典，以肃法纪，而快人心。”同时，调动部队对制造军事磨擦的顽固分子、土匪，进行严厉的军事打击。在边区军民一片喊打声中，何绍南无法立足，国民党政府也难以再袒护。1940年初，何绍南逃离绥德，随后率领哗变的保安队窜到西北当了土匪。
何绍南逃离后，追随他为非作歹、民愤很大的几个“县长”，也先后被处理。是时，党中央研究决定，以此为契机，全部赶走边区境内专事磨擦的“县太爷”。为此，1940年2月，毛泽东亲自拟稿，以萧劲光的名义给程潜发了电报。电文严正指出：
国共合作已历三年之久，边区行政尚未确定，一县而有两长，古今中外，无此怪事。且陕省所派县长及绥德专员等专以制造磨擦、扰乱后方为能事。在边区已忍让三年，在彼辈益肆无忌惮，边区民众群以拘捕治罪为请。劲光为体念钧座息事宁人意旨，顾全边区与陕省之团结起见，故请钧座令知陕省府自动撤回，否则实行护送出境，盖亦仁之至，义之尽也。
这个电文情通理达、义正词严、有理有节。程潜只得回电同意撤免边区内原任各县政权机构，另有边区选任县长。时过不久，国民党政府派来制造磨擦的诸县长相继离开，“一县二长”的怪现象得以消除。此后边区境内消停、平静了许多。