报告呈送军委的同时，萧劲光把建立华南海军领导机构的意见电告了中南军区领导，并征求了时任中共中央中南局代书记叶剑英的意见，得到了军队地方领导的一致赞成。于是，萧劲光与王宏坤、刘道生等通过深入研究，就华南海军应承担的任务、机构组成、部队编制体制、主要领导干部配备等问题，向军委和中南军区林彪司令员，提出了具体意见、建议。据此，10月7日，中央军委致电第四野战军暨中南军区政委邓子恢、谭政等，批示同意由其主持组建华南海军机构，并抽调第四野第五十八军第一七三师、补训二师等部作为华南海军的基础部队。11月2日，军委正式下达命令，宣布华南地区海军领导机构成立，番号“中国人民解放军中南军区海军司令部”。方强任司令员兼政治委员，周仁杰任副司令员，吴罡任政治部主任。
华东、中南及青岛地区海军领导机构“架子”搭起来了，跟随而来的是基地以下部队的组建问题。在陆军部队，这是现成的，按照军、师、旅、团、营，依次编组、设防就是了。而海军兵种繁多、任务各异、单位分散，组织系统的体制是个非常复杂的问题。萧劲光召开会议进行了多次研究，最后决定参照苏联海军的体制暂时定下来。舰艇按照使命和吨位的大小，分为从团、营到排的不同级别。团以上机关，从海军领导机关（时称军委海军或中央海军）、军区海军到基地、水警区、巡防区，依次分为大军区到团五级。基地归军区海军领导（青岛基地除外），依次下辖水警区、巡防区。海军领导、临时党委讨论研究达成共识后，报请军委批准，基地、水警区及巡防区等各级机构，遂根据轻重缓急、当地的设施条件，陆续成立。根据布防的需要，当时巡防区成立的较多，主要有万山、烟台、威海、青岛、连云港、嵊泗、温台、沙埕、汕头、虎门、北海、琼东、西营（今湛江）、琼西、海口等。后来，随着形势的变化、装备的发展，这些巡防区，有的升格为水警区、编队，有的则被撤销。需要说明的是，由于缺少舰船等装备，这些水警区、巡防区的成立，是名副其实的“搭架子”，随着装备的购进、增加，兵员的补充，才逐步形成战斗力实体，真正肩负起防卫、巡逻的使命。至于各兵种的核心战斗部队，是后来陆续组建的。
所谓打“组织桩子”，除建立健全部队各级和各方面的组织机构外，还有一个重要内容就是兵力、人员的组织，即如何落实“海军建军路线”的问题。
坚持“海军建军路线”，首先一条就是要健全党的各级组织，实现党对军队的绝对领导。虽然早在红军时期即已实行“支部建在连上”的原则，部队各级党组织设立均有明确规定，但在海军部队难以照章执行。海军部队突出的特点是基层单位执行任务独立性很强，人员高度分散。有的站、连分若干点，绵延十几里、几十里，有的岗位只几个人。小艇有时需独立执行任务，艇上编制也只十来个人。海军部队党组织应如何建？基层党支部应建在哪一级？当时海军各级都有苏联顾问，舰艇上的人员编制、机构设置、舰艇部署、规章制度，都是学苏联海军的一套。而苏联实行的是“一长制”，负责政治工作的政治副长不是舰艇首长。舰上的党组织、政治副长都要按舰长的指示开展工作，没有独立性和决定权。为了解决好这个问题，萧劲光进行了多方面情况调查，与率先组建的华东军区海军的领导个别交谈、开座谈会，最后，海军临时党委会作出决定：学习苏联不能全部照搬，“支部建在连上”必须坚持。海军和陆军情况不一样，党组织机构设置层次可以有区别，但党组织领导地位不能变。在这一精神指导下，海军部队各级党组织很快建立起来：舰艇部队，大一点的舰船，一般都建立党支部，部门有小组，战位有党员。吨位小、党员人数少的小艇，成立党小组，支部建在中队（四、五艘艇组成）；飞行部队，一个中队党员人数很少，成立党小组，支部建在大队；观通部队，面广点多、人员分散，有的观通站一个站也没有多少党员，但考虑到他们长期远离领导，单独执行任务，即使党员人数少一点，一般也都建立党支部。而炮兵部队，海岸炮、高射炮，与陆军部队差别不大，按照陆军规定执行。为了保证党支部有核心领导人，各舰和艇中队，普遍配备政治委员或政治指导员。政委、指导员与舰、艇长同为单位首长。同一单位的革命军人委员会、共青团组织，都要接受党委、党支部领导。此外，根据海军部队发展的需要，先后从陆军部队调入的干部战士、从地方征调的青年知识分子和科技人员，以及接收、招聘的起义、投诚、遣散的原国民党海军官兵，也都按照既定的组织原则，安排到适当岗位，使他们各尽其能、各得其所。方针、原则、具体要求明确后，便颁发给部队遵照执行。之后，部队组建时，不管哪一级，党组织、共青团组织等，都很快建立起来。
半个多世纪过去，这些做法早已成了海军部队的传统、制度，但在海军初创的当年，却不失为具有重大政治意义的创举。
海军建设摊子铺开后，随着兵种的增多、专业分工的日益细密，海军领导机关原先按照陆军编制设立的司、政、后、卫四大部，也越来越显得与海军工作的实际需要不相适应。为此，萧劲光于1951年11月在南京主持召开了编制座谈会。之后，又召开会议对海军机关编制问题进行了多次讨论研究。最后，本着“纵深缩短，横宽伸长，人员精简，效率提高”的原则，增设了新的业务部门，如修造部、工程部、岸防部、航空部、军校部、干部部、直属政治部、财务部，等等。最多时达到十多个大部。与此相适应，各军区海军以至各基地，业务部门也都进行相应的增加、调整。后来通过实践发现，分工过细无利于集中统一领导，且易在部门间产生推诿和扯皮，对一些部门又逐步调整，作了撤销、合并。
二、打好“政治思想桩子”
坚持政治建军，注重部队思想政治工作，是毛泽东建军思想的核心，是解放军的特点、优势，也是部队的光荣传统。对此，萧劲光不仅熟悉，且有丰富的经验。所以，面对海军建设这样一个全新的大课题，他对部队的政治思想建设尤为重视。一次办公会上，在讲到打好“三个桩子”的关系时，他说：“要奠定海军建设的基础，必须从政治思想上、组织上、技术上打好三个桩子，特别首先重要的是政治思想桩子。它是基础的基础。这个桩子如果不打巩固，就不可能在统一的意志下进行工作，党的建军路线、方针和任务，也就不可能有正确的执行，组织建设、技术建设也就没有保证。”
在这种思想的指导下，萧劲光始终把海军政治思想建设当作头等大事抓。
海军初创，官兵来自四面八方：有从各大军区、兄弟军兵种调来的，有直接从地方征招的社会青年，有从地方大中院校招的毕业或尚未毕业的学生，还有相当部分原海军人员。这些人集聚在一起，思想基础不同，文化水平不同，生活习惯不同，矛盾冲突、思想问题复杂，是显而易见的。为了弄清部队思想情况，有针对性地做好工作，海军机关各业务部门基本组建起来不久，萧劲光就与刘道生研究，派出多个工作组，到大连海校、到华东军区海军机关，直至“长沙”、“济南”、“广州”、“临沂”、“兴国”、“古田”等当时仅有的主要战斗舰艇，进行调查研究，了解部队的思想情况。
通过这次普遍调查，大家发现，不管是一年前组建的还是刚刚编成的，部队各单位思想问题都不少。有的人溢于言表，说话激烈，弄得单位风一阵雨一阵；有的人思想问题重，私下结成小团体，直接影响部队内部关系。官兵思想问题表现形形色色，但归纳起来，最主要、普遍的是两个问题。一是团结问题。原海军人员，有的以自己有文化、懂技术自居，看不起从陆军来的“大老粗”。有的则背着“历史问题”的包袱，埋怨党组织和领导不信任他们，牢骚满腹，而对积极靠拢组织、要求进步的人冷嘲热讽；部分从陆军来的人由于自己出身好、有战斗经验，而看不起原海军的人，认为他们是“手下败将”，是“走投无路才参加海军的”。工作上主动配合不够，向他们学技术也不够虚心。当时舰、艇长基本上都是由原海军人员担任，政委、副舰长则是来自陆军的干部。有的军舰竟闹到舰长和政委不讲话，水兵见了舰长不敬礼，舰长、副长动手打架的地步。另一个问题是事业心问题。从陆军调入的官兵，基本上都属“旱鸭子”，是“青纱帐”的英豪，识字不多（有的甚至是文盲）的“泥腿子”。他们不仅不懂军舰，甚至以前连客轮也没有坐过，连海都没有见过，对舵锚、岛岸、风浪、潮涌这一套，自然更无从谈起。有人说：“舰艇就巴掌大的地方，海岛上更是低头水抬头天，海军生活太单调了！”有的说：“海军靠技术吃饭。咱斗大的字识不了一个筐，干不了！”还有的人认为，干海军，个人进步慢，不如在陆军，打一仗可以连升几级。所以，调到海军的官兵，包括相当部分高级干部，不情愿，不安心。有的接到调令好多天才到海军部队报到，有的报到不几天就打报告，闹着要求调走。由于当时全军上下还在为解放台湾作准备，部分官兵私下抱定一个心愿，“等打下台湾再走”。
工作组回到机关后，萧劲光专门抽出时间听取了他们的汇报，并在汇报会结束时作了指示，他说：“建设海军是全党的大事，全民族的大事，不是单靠哪一个人可以搞好的。搞好海军，必须上下团结、官兵团结。舰艇出海，大家不团结，能打仗？各兵种、部队不协同，能有战斗力？团结出了问题谁负责？我看上级要对下级负责、党员要向群众负责，军队要向地方负责，老同志要向新同志负责，中国人要向外国人负责。当然，每个人自己也要负责，要作自我批评。”“海军技术复杂不复杂？干海军难不难？我看真弄懂了就没有什么复杂、没有那么难。难就不干了？战斗中，有听说难打就放弃不打的么？旧中国有海无防，给人民带来多少灾难！我们建设海军、建设海防，就是要在党的领导下，亲手结束民族的灾难。这是党交给我们的任务，人民交给我们的任务。每个自觉的党员、每个干部都要‘拍胸脯’，立志干一辈子海军。”
之后，针对这些情况，萧劲光领导和直接参与了部队宣传教育计划的拟定，拿出几个月的政治教育时间，在全海军范围内普遍开展了人民海军建军宗旨教育、爱国主义和革命英雄主义教育。据此，同年8月份，海军建军会议进一步明确了海军建军路线。之后，又把海军建军路线教育结合进来，使建军宗旨和爱国主义、革命英雄主义教育内容更丰富，更具体、更有深度，因而效果更好。教育过程中，为了鼓舞士气，在部队形成海军自己的文化氛围，萧劲光亲自拟定了一系列鼓舞人心的口号：“面向海洋，面向岛屿，面向战斗部队，面向群众”、“守卫海洋国土，是我们最神圣的任务”、“热爱海洋，征服海洋”、“要做海上主人，不做海洋奴隶”、“把岛屿变成国防堡垒，与岛屿共存亡”、“把荒岛建成乐园，军民共一家”、“以海洋为家，以舰艇为家、以海岸和岛屿为家”，等等。通过会议、文件等各种渠道，把这些口号宣传到部队基层，使其成为官兵自律、共勉的精神武器。为迎接全国战斗英雄和工农兵劳动模范代表会议的召开，海军部队、院校于1950年八九月份普遍组织了英模评选，选出赵孝庵、梁魁庭、陶俊岐等出席全国代表会议的英模代表九名。以此为契机，海军开展了“英模运动”。海军临时党委通过会议和新创刊的《人民海军》杂志，大力宣传英模代表的光辉事迹，号召英模们“永远保持英模本色，发扬英模们在人民海军建设中的骨干、带头和桥梁作用，带领群众一道前进”；号召海军指战员向英模学习，“团结一致，万众一心，完成毛主席、朱总司令赋予海军的伟大而光荣的任务，建设一支坚强的、能够保卫海防、解放台湾、防御帝国主义侵略的人民海军”。
经过一年多的工作实践，各部队都逐步摸索出了一些思想政治工作的经验。为了树立典型，推广经验，把部队思想政治桩子打深、打牢，1951年8月6日，海军在青岛召开了首届政治工作会议。
这是继1950年8月海军会议后，海军党委召开的又一具有历史意义的重要会议。参加会议的为各军区海军、青岛基地、各海军学校的政工首长、海军机关各大部主要领导，及部分先进舰艇大队、巡防区等基层单位的政工领导，共114人。萧劲光主持了会议一切重要文件的研究、起草，自始至终参加了会议。为了把会议开好，同时使军委、总政首长了解掌握海军的情况，对海军工作给予更多的关注和支持，他还亲自出面，请来朱德总司令、总政治部主任罗荣桓、总政治部副主任萧华出席会议。
会上，大连海校、华东军区海军扫雷大队等四个先进单位介绍了做好部队思想政治工作的经验。刘道生代表海军党委作报告，总结了海军成立两年多来部队政治工作的基本情况，着重从组织建设、思想建设和保证技术学习三个方面，论述了政治工作在海军建设中的地位和作用，提出了海军下一步政治工作的意见。根据部队存在的问题和几个先进单位的发言，萧劲光作了中心讲话。萧劲光的讲话由于观点新颖，所讲问题尖锐、针对性强，对会议及之后部队政治工作有很大影响。
萧劲光的讲话以《以新的工作姿态对待新的事物》为题。他开门见山指出：