《黄帝内经》曰：“有胃气者生，无胃气者死。”蒲氏认为，凡病之发生转归莫不与脾胃有关。故察病者，必先察脾胃强弱；治病者，必先顾脾胃盛衰。
防治外感病须助胃气。蒲氏认为胃为卫之本，卫气来源于中焦，胃气强者卫气始固。《金匮要略》：“四季脾旺不受邪。”玉屏风散用白术，即本于此。若惑于炎症之说，滥用苦寒解毒之品，则有伤脾胃之弊。因此蒲氏谆谆告诫说：“凡用苦寒攻下之法，必须谨慎。要辨证准确，中病即止。”他认为调理脾胃为外感病恢复期的治疗关键。伤寒后期脾虚气滞，法宜甘温调脾，可选用厚朴生姜半夏甘草人参汤、异功散之类；补脾当先醒胃，可加砂仁、藿香、木香。温病后期胃津耗伤，法宜甘寒养胃，可选麦门冬汤、益胃汤之类，益胃当先柔肝，可加白芍、石斛、甘草。
凡治内伤杂病尤应重视胃气。脾胃为后天之本，五脏六腑皆禀气于胃，蒲氏认为胃气受戕，则内伤难复。故上损及胃，下损及中，皆在难治之例。五脏无论何脏之虚关于胃者，必以胃治，不关于胃者亦当时刻不忘胃气这个根本。俾后天资其生源，中气斡旋得复，顽疾始有转机。故历代医家，对不少病证，多从脾胃立法。如“补土生金”、“见肝之病，当先实脾”、“治痿独取阳明”、“补肾不如补脾”、“治痰不治脾胃，非其冶也”等等，可见胃气在临床的实际意义。蒲氏进一步认为，脾胃虚弱之病，药量宜轻，宁可再剂，不可重剂。重则欲速不达，反致虚弱更甚。曾治一久治不愈中阳虚弱之低烧患者，投升阳益胃汤，每日以全方药量煮取15克，而获效甚速。蒲氏常云：“东垣创补中益气汤，黄芪一味，劳役热甚者方用一钱，余药量皆为数分，即因中虚不任重剂之故，医者不可不察。”
蒲氏调补脾胃，讲究升降润燥通补，权宜而施，多取法东垣。但认为东垣详于治脾，略于治胃；详于升脾，略于降胃；详于温补，略于清润。叶天士倡养阴一法，论述“脾喜刚燥，胃喜柔润；脾宜升则健，胃宜降则和”之理，实补东垣之所未备，相得益彰。故调治脾胃，当升降润燥，权宜而施。其融合二家之长，取法于东垣而不失于保胃阴，效法于天士而不过于补滞。蒲氏又指出“六腑以通为补”，通则健运，化生气血，壅滞则害，疏通之法则本仲景。如蒲氏治胃痛偏实者，喜用四逆散合左金丸；治内伤郁结，善用四逆散合越鞠丸；治小儿食积发热，喜用四逆散合调胃承气汤，治小儿疳积，喜用四逆散合消疳理脾汤，随证加减；胃虚有滞，善用四逆散合半夏厚朴生姜甘草人参汤，认为四逆散是疏肝和胃、升清降浊、宣通郁滞、以通为补的效方，足资参考。