邱会作替林彪除了一大“隐患”，除了进一步得到林彪的信任外，并没有取得“文革”的免斗牌。随着“文化大革命”的烈火越烧越旺，群众对邱会作的为人以及他在总后勤部的所作所为又开始了新一轮的冲击。
前面说到，邱会作1966年10月挨批时林彪曾出面把他保了下来，并讲了一番对干部要注意“大节”的话，为邱会作铺了一条活路。但此时，林彪当时讲过的“对于小节有错误的人，为了用他，就要批评他”和“玉不琢不成器”等语，则成了另一派群众冲击邱会作的理由。
1967年1月19日，邱会作接到中央军委“文革小组”的命令，从西山回到总后机关，接受广大干部群众对他的严厉批判。第二军医大学“红纵”则干脆在总后大院把邱会作捉将起来，无休止的加以批斗。这一次，邱会作遭到了包括罚跪、喷气式等刑罚在内的“批斗”，被打断一根肋骨，肩胛骨骨膜、两片肌肉断裂，造成终身残疾——后来邱会作再度掌权，进行了疯狂的病态式的反扑和报复，也在料想之中。
邱会作着实招架不住了，情急之中想到了老上级林彪，心想眼下也只有“副统帅”能救自己、肯救自己。趁着看管人员放松之机，邱会作在纸片上写信给叶群，发出了紧急呼救信号——“向林总求救！今后仍同过去一样，只要有一口气，就坚决跟着林副主席走。”
邱会作的老婆胡敏（邱的办公室主任）也几次三番地打电话向叶群求救，叶群均不予理睬。没办法，胡敏只得向林办秘书张云生哀求帮助。她以又低又弱的声音乞求道：“张秘书啊！请你转报叶主任，我们老邱被二医大红纵抓去好几天了，听说还挨了打。他身体很不好，这样对待他，他可受不了！希望叶主任在林副主席面前讲几句话，放出我们老邱吧！”
张云生把胡敏的话转告给叶群，叶群冷笑：“活该！邱会作的小姘头一大串，现在人家家都起来揭发他，叫我们怎么说！”
但胡敏毕竟是邱会作的老婆，身家性命也担在“老邱”头上，自然不像叶群那样无关轻重，她还是硬着头皮一遍遍地给叶群或者张秘书打电话，有时说到后来，声音都有些颤抖，说着说着就要哭起来：“我们老邱天天挨打，现在快不能动弹了，快折磨死了！林副主席和叶主任快想办法救救他的命吧！”
这时，叶群也觉察到事情有些不对头了，再熬下去，邱会作要被“烧焦”了。她忙把电话记录要了去，找林彪商量对策。
1月24日晚9时左右，叶群兴冲冲来到秘书办公室，进门便取出一张白纸条放到办公桌上，情绪激昂地指着桌上那张纸条说：“首长决心要保邱会作。这是首长和老夫子亲笔写的。老夫子今晚来见首长，我把他也抓住了。你们都来看看！”纸条上写着几个鸡蛋大的草体字：
立即放出邱会作
林彪
陈伯达
前面几个字是林彪的字体。林彪的签字后面，是陈伯达的亲笔签名。
叶群一反不久前的冷漠态度，抑制不住兴奋说道：“夫子是中央文革组长，有了他的签字，就更好办了。这个事我得亲自出马。邱会作是首长的老部下，能够见死不救吗？”接着，叶群布置秘书张云生和李春生以及负责警卫工作的刘吉纯陪她一起去总后大院，另外还要带几名警卫中队的战士，以便应付意外。同时让人在毛家湾守着电话，必要时请北京卫戍区傅崇碧派部队去“解围”。
布置完毕，叶群领着几个人分乘两辆小汽车向总后大院进发。
正是夜深人静，又值隆冬，闹腾了一天的总后机关大院，多数办公室里已经没有灯光，各个角落，黑糊糊的。两辆小汽车直驰中心办公楼。张云生下车到楼里探听消息。一位30岁上下干部模样的人惊异地问：“你是哪里来的？”
“我是林副主席办公室的，叶主任就在外面的汽车上。我打听一下，邱会作被群众组织抓走之后，现在什么地方？”
闻听此言，那人茫然不知所措。他隔着窗子望了一眼停在外面的汽车，半信半疑地打量了一下张云生，这才慢腾腾地说：“邱会作就在这个大院里，你想找他吗？”
“对，我们想找他。”
“你们从这向东走，再往南拐，遇横道向西拐，右侧第二幢楼便是。”
叶群一行很快找到了关押邱会作的那座楼。开始，学生们听说叶群来了，个个兴奋异常，有的女生甚至拉着叶群的手欢跳起来。这也难怪，学生们是响应“无产阶级司令部”号召才起来造反的，那满腔的革命豪情壮志自不待言。而今“无产阶级司令部”的重要成员、又是副统帅夫人的叶群驾到，红卫兵小将们怎么能不激动万分？小将们簇拥着叶群走进一间会议室，请“叶主任”坐在会议室前排中央，大家分坐在四周。叶群以她在群众中常常出现的亲切表情，对大家讲道：“同学们！红卫兵小将们！林彪同志让我代表他向同学们问好！林彪同志听说大家住在这里，派我来看看大家。他让我告诉你们，他非常支持你们的革命造反精神！”
随着叶群在台上的一举一动，几乎每句话都博得了天真的学生们的长时间热烈的掌声。大家纷纷喊道：“请叶主任向林副主席问好！”
绕了半天圈子，叶群终于切入正题。他找到学生中间负责的男生问：“听说邱会作在你们这里，是吗？”
“是，在我们这里。”负责人答道。
“邱会作这个人太坏了，”另一个学生插话，“他执行资产阶级反动路线，疯狂镇压群众。到现在态度还很坏。我们要求，坚决地把他打倒！”
“邱会作在总后机关也干尽了坏事。他品质恶劣，阴一套，阳一套，疯狂对抗毛主席……”说话的是个30岁上下穿军装的人。叶群看了一眼这个军人，问道：“你也是二医大的吗？”
“不是，我是总后机关了。”
叶群不再追问什么，赶紧掉转话头，继续对学生们说：“对同志们造邱会作的反，林彪同志非常支持。但听说邱会作现在身体不太好，林副主席的意思是：让他出去把病治一下，这样如果他病情恶化，大家也没责任。你们看好不好？”
一听说要放邱会作，小将们顿时显出不高兴的神色。在他们心中，邱会作干尽坏事，至今仍坚持“资产阶级路线”，就应该坚决把他打倒，怎么能轻易放了他？何况到现在他态度还很不老实，对抗造反派革命行动！小将们心里虽然犯嘀咕，但表面上却不敢硬顶，他们面对的毕竟是“副统帅”的夫人。可心里又有些不服，于是，几十个人嘟起嘴，大眼瞪小眼，谁也不吭气。
叶群可没有那么长的耐心。她觉得自己已经做到仁至义尽，红卫兵小将们应该立即执行，终于沉不住气了。她按捺住胸中的火气慢腾腾地从口袋中把那张纸条掏出来，说：“不瞒同学们说，我这次来，是执行林彪同志和陈伯达同志给的一项任务。”一边说一边把纸条递给学生负责人看了看，然后赶紧收回去，接着又向四周展示了一遍，继续说道：“这是林彪同志和陈伯达同志亲笔写的信：立即放出邱会作。大家不会怀疑吧？”
叶群抖出的小纸条，收到了立竿见影的成效，在场的“二医大红纵”和总后机关造反派头头全被惊呆了。他们立即明确表态，愿意放出邱会作那位学生负责人说：“我们坚决执行林副主席和中央文革的指示，同意邱会作去看看病。但说心里话，他出去后，我们不放心。”
叶群答道：“不要紧，你们把他交给我。”
有人插话道：“今后我们要批判他，能保证随叫随到吗？”
叶群说：“这个没问题。大家要批判他，可以找全军文革联系。”
有的学生说他们有一大堆心里话要说，有一大堆问题想解决，希望叶主任能多聊一会儿。叶群是个坐不住的人，任务一完成，就想驱车离去。但学生们还在围着她。于是她拿出撒谎的本事，说时间紧迫，有一个几万人的群众大会正在等她去参加，必须马上离开。学生们无奈，只好放掉他们批斗了好几天的邱会作。面容憔悴的邱会作从关押他的房子里走出，在警卫人员的搀扶下，狼狈地跟着叶群走了。汽车出了总后大院，加足油门，朝市区疾驶，拐进了一个招待所的院子里。这里是叶群为邱会作秘密安排的住处。下了小汽车，叶群命令几个警卫员扶着邱会作进了一座房子。
刚走进房间，当着工作人员的面，邱会作硬是给叶群下了跪，痛哭流涕地说：“叶主任，你可救了我啊……”
此时的邱会作早已把林家看作自己的“再生父母”。
感恩戴德的邱会作回到家里，过度的兴奋使他夜不能寐，别看他似一介武夫，其实还有些笔墨功夫。他起身写起日记，要把这“庄严的一刻”戴入史册。这篇日记叫“零点得救”：
1967年1月25日0点40分，是我新生的时刻，是我一辈子，是我妻子儿女一辈子不能忘记的时刻。
我听到“林副主席办公室派人叫我去”我就知道得救了，抑制不住的感动从内心像炸弹一样爆发出来，当时我的心脏阵阵发痛，我服了一片药之后，我也就不管它了。但是我用最大的忍耐忍住没有掉泪，因为我发誓了。
最后她（指叶群）又说：“林总命令要我六小时以内办妥这件事，否则林总就要亲自到你们机关找你去了。他的脾气你是知道的，那时我不回去，他真出来了，可了不得。”
林总亲自挺身而出，并派夫人去接一个人，以我所知全军还是第一份，写到这里我又不能不感动，不能不使人流下温暖的热泪。
邱会作
1月25日
（原）注：1967年1月25日林副主席派叶群同志来我们院子里抢救我。从8点到12点，林副主席打了几次电话询问情况，他的汽车加温三次，准备亲自到我这里来。
（转引自图们、肖思科：《特别审判》，中央文献出版社）
由此可见，凭着“从内心像炸弹一样爆发出来”的感激之情，无论前面是刀山，是火海，只要“林副统帅”有令，邱会作都不会迟疑一步。反过来，林彪对邱会作也是信任有加，有需要邱会作出力的时候决不会犹豫。他们已经结成联盟。
在此之后，每年一到1月24日，邱会作都要写信给叶群，向她表示万分的谢意，以表忠心。在第二年的这一天，邱会作给叶群的信是这样写的：
叶群同志：
今天是我终生不能忘记的日子。
去年的今天，是我处在极为危险的时刻。在林副主席十分亲切的关怀下，你勇敢地来我们机关，把我抢救出来，挽救了我的生命。在过去一周年的今天，回想当时的情况，我心中有向您说不尽的话，但不管有多少话……叶群同志，您是林副主席的好学生。您历来对我关心，关心我政治上的进步，关心我的工作，关心我的身体，特别是在文化大革命阶级搏斗的关键时刻，您更表达了对我的深厚的阶级友爱，我永远不能忘记！您是我的良师，我向您学习！向您致敬！我要同您一样一辈子跟着林副主席闹革命，海枯石烂不变心！
我们全家都以万分激动的心情回忆去年的今天，这是我全家永远不能忘记的日子！我们全家向您学习！向您致敬！向您致以衷心的感谢！
邱会作
1968年1月24日
叶群翻着邱会作的效忠信，会意地笑了。她已经有十足的把握，去利用和指使邱会作，也庆幸当时救邱是救对了。
叶群又顺手翻着邱会作老婆胡敏的信。信里同样充满了垂泪之情：“使我们世世代代难忘的1967年1月24日晚，您奉林副主席之令冒着危险和困难，救活了邱会作一条命，我们全家老少感激得一宿没有合眼，感激得热泪湿透了被枕。恨不得全家一起前往，向您和林副主席叩头谢恩……邱会作的病从叶主任那里得到了不少政治治疗，效果胜于化学药品……”
虽然信里充满了夸张，但叩头之意却是真的。1970年9月，邱会作的儿子成婚，胡敏带着儿子、儿媳到毛家湾林彪住地求见。一见林彪，胡敏就对儿媳说：“快给林伯伯磕头吧！”这位新媳妇马上跪下。林彪满面笑容，对此默认，这和他在公开场合大唱“兴无灭资”的高调大相径庭，似乎对这种封建礼节都很欣赏。叶群忙在一旁说：“叫起来吧！现在不兴这个了。”林彪对这个磕头的大礼回赠了一句话：“祝你们白头到老！”