侯君集攻破高昌后，擅自处治无罪之人，并且私取高昌王的宝物据为己有。部下将士得知以后，竞相前去高昌王宫盗窃宝贝。侯君集怕自己的事被人告发，也不敢制止部下的不法行为。回到京城后，太宗降旨，下令将侯君集拘捕入狱。中书侍郎岑文本认为对功臣大将不能轻易治罪，太宗命人将侯君集释放。侯君集自认立下大功，却因贪财而被囚禁，心中愤愤不平。于是帮助太子李承乾出谋划策，准备带兵攻入西宫，杀魏王李泰，夺取皇位。后来，李承乾密谋造反之事被人告发，侯君集因参与谋反也被拘捕入狱。太宗对百官说道：“以前国家尚未安全，侯君集确实发挥了重要的作用，我不忍心依法处治他。我请求饶他一命，众卿能不能答应我的请求呢？”众臣道：“侯君集的罪行天地难容，请处死他以维护国家法律尊严。”于是太宗对侯君集说：“我要与您永别了，从今以后，只能见到您的遗像了！”说完歔欷流涕。审问完毕，将侯君集在街市上斩首，并将其家产全部抄没。
