一旦承担赔偿损失的民事责任，学校就必须及时支付赔偿金，履行相应的责任。但是我们的有些学校教育经费都不足，教学设施简陋，就根本谈不上支付赔偿金的问题，对受害学生的利益保护就极为不利。就公立学校的赔偿金而言，实际上存在某种两难境地，如果用国家财政拨付的教育经费支付赔偿金，就会有损于全体同学的利益，如果不支付赔偿金，就会损害受害同学的利益。因此，明确学校赔偿金的来源，可以给受害学生吃下定心丸，可以为学校和学校行政主管机关资金的筹措指明方向。
（一）学校赔偿金的来源根据学校的性质而有不同
1.私立学校如上文所言是营利法人，是企业法人，根据风险与利益同在原则，应当由私立学校承担，其来源主要是学校的法人财产。由于私立学校以营利为其的主要目的，因此就应当从营利当中提取相应的资金用于学校教育的进一步发展，同时防止类似于学生伤害的经营风险的出现。这是《民办教育促进法》第51条的基本精神。应当从成本中支出。同时要强调的是由于私立学校都是法人，因此对学生的赔偿责任仅限于学校的法人财产。如果其资产不能支付赔偿金，也就是资不抵债的情形下，私立学校应当终止，进入清算程序，此时，受害学生的赔偿金往往不能全额地支付。
2.公立学校则不同，它是公益法人，是事业单位法人，其经费来自于国家或者地方财政的拨付，不能营利。其赔偿金由学校自己筹措，《学生伤害事故处理办法》明确规定：“……应当由学校负担的赔偿金，学校应当负责筹措……”因此，学校必须积极筹措赔偿金，不能以没有钱为理由，拒绝承担赔偿责任。如果一时不能筹措到赔偿金或者不能筹措到全部赔偿金，应当向学生或者其监护人说明理由，保证在筹集到资金后立即支付。
3.由于公办学校的办学经费主要由国家或者地方财政拨付，而且在国家教育经费中，并不包括事故赔偿金的项目，因此，公办大中小学特别是农村的公办中小学校筹措事故赔偿金却有困难。同时，由于根据义务教育法的规定，进行义务教育的中小学校只能向学生收取少量的杂费，更是雪上加霜。我国许多农村中小学校一年的办公经费只有几千元，在山区可能更少，也就是几百元，让这些学校承担赔偿金是不可能的。同时，又由于学校的教学设施、学校土地使用权等都是国家的财产，不能拍卖换取赔偿金。根据担保法的规定，学校的教育设施也不能用于担保来融资支付学生赔偿金。在此种情形下，应当由学校的主管部门协助筹措。《学生伤害事故处理办法》明确规定：“……学校无力完全筹措的，由学校的主管部门或者举办者协助筹措。”主管部门或者举办者履行协助义务是有条件的，那就是“学校无力完全筹措”，在这种情况下，缺额的部分的赔偿金由教育主管部门或者学校的主办者筹措。主管部门或者举办者的协助筹措义务的确立有利于解决部分学校赔偿资金的来源，有利于保护学生的合法权益。
（二）学校赔偿金的另一个来源：赔偿准备金和责任保险
由于学校的赔偿金的支付从某种意义上处于一种两难的境地，因此就应当尽量减少其支付，或者说减少学校赔偿的风险。排除风险的方法众多，分险就是其中之一。建立赔偿准备金和加入学生伤害责任保险一方面是分散风险的方法，另一方面也是重要的筹措赔偿金的渠道。
1.建立赔偿准备金。《学生伤害事故处理办法》第30条规定：“县级以上人民政府教育行政部门或者学校举办者有条件的，可以通过设立学生伤害赔偿准备金等多种形式，依法筹措伤害赔偿金。”学生伤害赔偿准备资金可以由县级以上人民政府教育行政部门或者学校通过多种形式依法筹措，可以以行政区划为单位，由地市或者县（区）教育行政部门牵头，采取互助共济的方式，组织本行政区域内的学校采取政府资助、社会募捐等多种形式筹措伤害赔偿金。教育行政部门根据本地的经济发展情况和学校的现状，由政府或者学校分别按照年度根据一定的比例出资，专门用于弥补学校无力筹措的部分赔偿金。赔偿准备仅仅可以由教育行政部门管理，可以成立一个非常设的管理委员会，参加的学校均为管理委员会成员。当学校因学生伤害事故需要赔偿的时候，由学校向管理委员会提出资助申请，经过管理委员会审查同意，向提出申请的学校支付一定比例的赔偿金。有条件的地区，也可以由政府划拨专项资金，或者通过其他渠道依法筹集资金设立多种形式的学生伤害赔偿准备金。有条件的民办学校的举办者，可以在学校的办学经费种设立用于学生伤害事故的学校赔偿准备金，可以单独一所学校，也可以由若干学校的举办者按照互助共济的原则联合设立。学生伤害赔偿准备金只能用于学生伤害事故的赔偿。
2.参加责任保险。《学生伤害事故处理办法》第31条规定：学校有条件的，应当依据保险法的有关规定，参加学校责任保险。所谓的责任保险是指以被保险人依法对第三人应当承担的赔偿责任为保险标的保险，所以，又被称为第三者责任保险。依照责任保险合同，学校依照约定向保险人支付保险费，在被保险人应当向学生承担赔偿责任的时候，保险人按照约定向学校给付保险金。责任保险的设立是为了转移学校的教育风险，同时也有利于保护受害学生的利益。