当昭忠祠上梁时候，崇祯皇帝正在平台召见群臣。他坐在御座上，脸色忧愁，眉头紧皱，白眼球因过分熬夜而网着血丝。臣工们看见他的双脚在御案下不住踩动，知道他常常因心情焦急上朝时都是这样，所以大家捏了一把汗，屏息无语，等候问话。他将御案上的一叠军情文书拿起来又放下，轻声叫道：陈新甲！兵部尚书陈新甲立刻答一声，走到御案前跪下去叩了个头。但崇祯没有马上问话，又叫了礼部尚书和工部尚书到面前跪下。有几件要紧事情他都要向大臣们询问，但是他的心中很乱，一时不知道先问哪一桩好。停了片刻，他又将户部尚书也叫到面前跪下。他将御案上的文书看了一眼，然后向陈新甲问道：
自从江乔年在襄城兵败以后，两个月来闯贼连破豫中、豫东许多州、县，连归德府也破了，风闻就要去围攻开封。卿部有何援剿之策？陈新甲叩头说：臣已檄催丁启睿、杨文岳两总督统率左良玉等总兵，大约有二十万之众，合力援剿，不使流贼窥汴得逞。崇祯对丁启睿、杨文岳的才干并不相信，也不相信左良玉会实心作战，叹口气，又问道：
倘若援剿不利，还有兵可以调么？陈新甲回答说：陛下明白，目前兵、饷两缺，实在无兵可调。倘若万不得已，只好调山西总兵刘超、宁武总兵周遇吉驰援河南。另外，陛下将孙传庭从狱中放出，命他总督陕西、三边军务。他已经于一个月前到了西安，正在征饷集粮，加紧练兵。倘若能在短期内练成数万精兵，也可救援开封。崇祯转向新任户部尚书傅淑训问道：筹饷事急，卿部有何善策？傅淑训战战兢兢地回答说：目前处处灾荒，处处战乱，处处残破，处处请赈、请饷，处处……崇祯几年来听熟了这样的话，不愿听下去，向工部尚书刘遵宪问：为洪承畴设祭的地方可完全布置就绪？刘遵宪回答：前几天就已经完全就绪。因为陛下将亲临赐祭，又将附近几家贫民破旧房屋拆除，加宽御道，铺了黄沙。崇帧又问：命卿部在正阳门月城中为洪承畴修建祠堂，工程进行如何？工程进展甚速，今日已上梁矣。崇祯转向礼部尚书：明日开祭，烦卿代朕前去。数日之后，朕必亲临致祭。子日‘祭如在’。《礼记》云‘祭祖主敬’。望卿与陪祭诸臣务须斋戒沐浴，克尽至诚，献飨致祭，感格忠魂。昨日朕看到承畴的儿子所刻承畴行状，对承畴殉国经过叙述较详。朕看了两遍，深为感动。崇祯热泪盈眶，喉头壅塞，停了片刻，接着说：朕为一国之主，没有救得承畴，致有今日！……皇帝突然热泪奔流，泣不成声。大臣们都低下头去，有的也陪着皇帝落泪。过了一阵，崇祯揩干眼泪，向大家问道：
你们还有什么话需要面奏？礼部尚书林欲揖赶快奏道：臣部代陛下所拟祭文，已进呈两日，不知是否上合圣心？如不符圣心，如何改定，伏乞明谕。崇祯说：朕心中悲伤，几乎将此事忘了！卿部所拟祭文，用四言韵语，务求典雅，辞采亦美，然不能将朕心中欲说的话说得痛快，实为美中不足。朕今日将亲自拟一祭文，交卿明日使用。林欲揖叩头说：臣驽钝昏庸，所拟祭文未能仰副圣衷，殊觉有罪。陛下日理万机，吁食宵衣，焦劳天下，岂可使陛下为此祭文烦心？臣部不乏能文之士，请客臣部另拟一稿，进呈御览。崇祯说：不用啦。承畴感激朕知遇之恩，临难不苟，壮烈殉国，志节令名光照史册。朕为他亲拟祭文，以示殊恩，也是应该的。陈新甲说：陛下为忠臣亲拟祭文，实旷代所未有之殊恩，必能使天下忠君爱国的志士感受鼓舞。崇祯没再说话，起驾回乾清宫去了。
二更过后，崇领坐在乾清宫的御案前改定祭文。当时，翰林中有不少能文之士，宫内秉笔太监也有一两个可以代为拟稿的，但是他平日不大相信别人，习惯于事必躬亲，尽管他要处理许多重要文书，还是亲自动笔写祭文稿子。晚饭前他已经将稿子写成，晚饭后因东厂提督太监曹化淳迸宫来向他禀奏一些事情，包括一些朝臣的家庭阴私琐事。通过曹化淳当面密奏，他知道洪家所刻的洪承畴行状在京城散发极广，有些人与洪家毫无瓜葛，没有资格收到行状，也要想法惜到一份，誊抄珍藏。曹化淳还说，京师臣民团听说皇上将亲写祭文并将亲临东郊致祭，人人为之感动，口称圣明，都说有这样圣君，故有洪承畴那样忠臣。崇祯平时自认为是英明之主，对曹化淳并不完全相信，惟独今晚对他的密奏句句信以为真。曹化淳走后，他本来已很疲倦，但不肯休息，将祭文稿摊在御案上进行最后修改。他首先默诵一遍，精神集中，心情激动，疲倦全消。
这篇祭文不长，在下午写成后就经过两遍修改，所以现在只改了几个字，便成定稿。对着这篇改定的祭文稿子，他噙着两眶热泪，用悲痛的低声读了一遍：
维大明崇祯十五年五月，皇帝遣官致祭于故兵部尚书、都察院右都御史、蓟辽总督洪承畴之灵前而告以文日：
呜呼！劫际红羊，祸深黄龙。安内攘外，端赖重臣。吴天不吊，折我股肱。朕以薄德，罹此蹇剥，临轩洒涕，痛何如之！曩者青犊肆虐于中原，铜马披猖于西陵，乃命卿总督师旅，扫荡秦、蜀。万里驰驱，天下知上将之辛劳；三载奋剿，朝廷纤封疆之殷忧。方期贼氛廓清，丽日普照于泾、渭；诓料虏骑入犯，烽火遍燃于幽、燕。畿辅蹂躏，京师戒严。朕不得已诏卿勤王，星夜北来。平台召见，咨以方略。蓟辽督师，倚为干城。海内板荡，君臣共休戚之感；关外糜烂，朝野乏战守之策。卿受命援锦，躬亲戎行；未建懋功，遽成国殇。呜呼痛哉！自卿被围，修逾半载。孤城远悬，忠眸难望一兵之援；空腹坚守，赤心惟争千秋之节。慷慨誓师，将士闻之而气壮；擂鼓督战，夷狄对之而胆寒。大臣如此勇决，自古罕有。睢阳义烈，堪与比拟。无奈壮士掘鼠，莫救三军饥馁，叛将献城，终至一朝崩解。然卿犹督兵巷战，狂呼杀敌；弱马中箭，继以步斗；手刃数虏，血满袍袖；两度负伤，仆而再起；正欲自刎，群虏涌至，遂致被执。当此时也，战鼓齐唁，星月无光，长空云暗，旷野风悲，微而忽零，浙沥不止，盖忠贞格于上苍，天地为之愁惨而陨泣！闻卿被执之后，矢志不屈，蓬头垢面，骂不绝口。槛车北去，日近虏庭，时时回首南望，放声痛哭。追入沈阳，便即绝食。虏酋百般招诱，无动卿心。佳肴罗列于几上，卿惟日闭而罔视；艳姬侍立于榻前，卿惟背向而怒斥。古人云：慷慨赴死易，从容就义难。慷慨与从容，卿兼而有之矣。又闻卿绝食数日，气息奄奄，病不能兴，鼓卿余力，奋身坐起，南向而跪，连呼陛下！陛下！气噎泪流，欲语无声，倒地而死，目犹不瞑。君子成仁，有如是耶？呜呼痛哉！年余以来，迭陷名城，连丧元臣，上天降罚，罪在朕躬。建祠建坊，国有褒忠之典；议谥议恤，朕怀表功之心。卿之志节功业，已饬宣付史馆。呜呼！卿虽死矣，死而不朽。死事重于泰山，豪气化为长虹；享俎豆于百世，传今名于万年。魂其归来，尚飨！崇祯将祭文改好之后，又忍不住反复小声诵读，声调凄苦，热泪双流。关于洪承畴如何进行巷战，负伤被俘，以及如何绝食而死，他都是采自洪家所刻的行状，不过在他的笔下写得特别富于感情。祭文中有些话因为有潜台词，在执笔者自己诵读时，比旁人更为感动。对于那些打动自己感情的段落，他往往在诵读时满怀酸痛，泣不成声。
玄武门鼓打三更了。一个宫女用托盘端来一碗银耳汤和一碟虎眼窝丝糖放在他的面前，躬身轻声说道：
皇爷，已经三更啦。请用过点心就休息吧，明日一早还要上朝呢。崇祯叫一个太监将祭文送到司礼监值房中连夜誊缮，天明时送交礼部。喝了银耳汤，便去养德斋就寝。但是刚刚睡熟不久，就做了一个凶梦，连声呼叫：
嗣昌！承畴！……他一乍惊醒，尚不知是真是幻，倾听窗外，从乾清宫正殿檐角传过来铁马丁冬。一个值夜太监匆忙进来，躬身劝道：
皇爷，您又梦见洪承畴和杨嗣昌啦。这两位大臣已经为国尽忠，不可复生。望皇爷不要悼念过甚，致伤圣体。崇祯叹息一声，挥手命太监退出。
在洪承畴开始吃东西的第二天，范文程到三官庙中看他。范文程同他谈了许多关于古今成败的道理，说明明朝种种弊政，必然日趋衰亡，劝他投降。但是他很少回答；偶尔说话，仍然说他身为明朝大臣，决不投降，惟求速死。为着保持大臣体统，他对范文程来时不迎，去时不送。范文程对他的傲慢无礼虽不计较，但心中很不舒服。同他见面之后，范文程去清宁宫叩见皇太极，面奏劝说洪承畴投降的结果。
皇太极问道：洪承畴仍求速死，朕自然不会杀他。你看，他会在看守不严的时候用别的法儿自尽么？范文程说：请陛下放心。以臣看来，洪承畴不会死了。以后不必看守很严，让他自由自在好了。皇太极面露笑容，问道：你怎么知道他不会再自尽了？洪承畴被俘之后，蓬头垢面，确有求死之心。昨晚稍进饮食，即重有求生之意。今日臣与他谈话时虽然他对臣傲慢无礼，仍说受南朝皇帝深恩，惟愿速死，但适有梁上灰尘落在他的袍袖上，他立刻将灰尘掸去。洪承畴连袍袖上的清洁尚如此爱惜，岂有不自借性命之理？皇太极哈哈大笑，说：好，这话说得很是！想一想，又说：他一定会降，但不要逼他太紧，不要催他剃头。缓些日子不妨。几天以后，洪承畴已有愿意投降表示。清朝政府就给他安置到有两进院落的宅子里，除曾在三官庙中陪伴他的颇为温柔体贴，使他感到称心的佼仆白如玉仍在身边外，又给他派来两个仆人、一个马夫、一个管洗衣做针线的女仆、一个很会烹调的厨师，还有一个管做粗活的仆人。一切开销，都不用他操心。日常也有官员们前来看他，但他因身份未定，避免回拜。他有时想起老母和家中许多亲人，想起故国，想起祖宗坟墓，尤其想到崇祯皇帝，心中感到惭愧、辛酸，隐隐刺痛。但是近来在平常时候，有满洲官员们前来看他，他倒是谈笑自若，没有忧威外露。有时忠义之心，忧威之感，重新扰乱他的心中平静，但是他强颜为欢，不想在满洲臣僚面前流露这种心情。他对于饮食逐渐讲究，对于整洁的习惯也几乎完全恢复。