清朝的刑部衙门和顺天府互相配合，探明那个被捕获的老和尚本名叫刘子政，从五台山潜来北京的确实目的是要查探崇祯太子的下落，然后保太子逃往南方，恢复明朝江山。虽然南京拥立了福王，但是这个刘子政认为福王不足有为，只能败事；必须拥立崇祯太子，名正言顺，方能得全国军民诚心拥戴。刘子政已经暗中联络了一批江湖豪杰，其中有不少幽燕侠客，有从关外回来的官兵，也有方外之士。另外他还在八月初二那天，带着两个人到长陵和崇祯陵墓前祭奠，忍不住放声痛哭。刘子政的同伙中已经有十几个被抓到了，都羁押在顺天府狱中。同刘子政一起去崇祯陵前哭奠的一个道士、一个僧人，据说十分重要，尚未捕获。多尔衮判断崇祯太子必然仍在北京城内外，并未远逃南方。刘子政是知道这一情况的，所以他只在京城内外寻找太子，只是还没有找到，就被逮捕了。
多尔衮知道了刘子政是洪承畴的故人，更加重视刘子政这个要犯，嘱刑部严加防范，不许他同狱外通任何消息，但在饮食上不许亏待。他每日要处理的军国大事十分繁多，他自己抽不出时间处理此案，就传谕刑部衙门暂停对刘子政的审问，只希望刘子政能够投降。他认为，像刘子政这样的人如能投降，会影响以往同满洲作战的明朝将士不再记着旧日仇恨，跟着投降。如今在刘子政被捕获之后，最要紧的一步棋是将崇祯的太子和两个皇子即永王、定王找到，以绝汉人恢复明朝的希望。同几位内院大学士商议之后，多尔衮赶快用摄政王的名义再次晓谕京畿官绅士民：有献出前明太子及永、定二王者重赏，有胆敢窝藏者严惩。并说，倘若太子和二王来到，本朝一定以礼恩养，永享富贵。
虽然筹备多天的顺治登极大典已经举行，但是多尔衮仍然十分忙碌。调兵遣将、筹粮运饷、招降授官等急迫事项，都须要他亲自决定。还有些大事也须他亲自裁决，方能施行，譬如遣亲近宗室、亲王祭告太庙，颁发顺治二年的皇历等等。
总之，以多尔表为首的朝廷十分忙碌，办了许多开国大事，不必细说。在军事上，进展也十分顺利。太原已经被叶臣攻破，陈永福死于乱军之中，连尸首也不曾找到。为着加紧消灭李自成，为统一江南的军事扫清障碍，就在忙碌的十月间，正式命英亲王阿济格率领西征大军从塞外向榆林前进。豫亲王多锋暂时不往江南，加速准备向洛阳进兵。一切都按照多尔衮的计划在进行。
转眼间到了十一月，北京已经下过一场雪，三海和御河都结了很厚的一层冰凌。圣母皇太后自从来到北京，一样大事接着一样大事，每天都在兴奋与幸福中度过。十月初一那天，福临只是举行登极大典，却没来得及颁布《登极诏》。顺治的《登极诏》很长，不仅向天下臣民宣布他即皇帝位，仍建国号大清，“定鼎燕京，纪元顺治”，还详细开列了他平定天下的各种方针政策，十分具体。小博尔济吉特氏听说，在中国，自古以来历朝皇帝的登极诏书还从来没有写得这样好的。这是多尔衮同范文程、洪承畴等一班大臣费了多日苦心，多次反复推敲，字斟句酌，才写定的诏书稿子，要使它为统一全中国起巨大作用。这一天，圣母皇太后在高兴之中也不免新添了一块心病，为她儿子的江山担忧。
在颁布《登极诏》的同一天，以顺治皇帝的名义加封多尔衮为“叔父摄政王”，颁赐册、宝，还给予各种优厚的赏赐，单说赏赐的黄金就有一万两，白银十万两。在册文中盛赞多尔衮的不朽功勋，其中有一段写道：
我皇考上宾之时，宗室诸王，人人觊觎。有援立叔父之谋，叔父坚誓不允。念先帝殊常隆遇，一心殚忠，精诚为国。又念祖宗创业艰难，克彰大义，将宗室不规者尽行处分。以朕系文皇帝子，不为幼冲，翊戴拥立，国赖以安。
现在小博尔济吉特氏回想到一年前老憨王刚死后那一段惊心动魄的日子，又想着近几月来多尔衮的独揽大权，硬作主张将他自己加封为“叔父摄政王”的事情，不免增加了内心的恐惧。她朦胧地猜想，多尔衮在当时之所以不做皇帝是因为怕他自己的力量不够，必然会遭到反对，引起八旗中互相残杀，不但使大清国元气大伤，他也未必就能完全胜利，所以他方拥戴福临登极以抵制老憨王的大儿子豪格夺取皇位。如今他多尔衮的权势如此之大，与小福临虽有君臣关系，但叔父摄政王的名分，到底是叔父为上！他的权势一天大似一天，日后会不会废掉福临，篡了皇位？
小博尔济吉特氏现在已移居慈庆宫，将福临留在武英殿后院的仁智殿居住。也许由于她单独住一座大的宫院中，叔父摄政王以各种借口来见她的次数更多了。她既暗中担心多尔衮日后可能不利于她的儿子，又因为常见面而没法摆脱那种隐藏在心中的对多尔衮的爱情，如果有几天看不见多尔衮便感到十分想念，甚至表现在午夜梦境。每当多尔衮来到她的宫中，宫女们献过茶，退出以后，正殿暖阁中只剩下年轻的寡嫂和同岁的小叔的时候，她以皇太后的身份端坐不动，可是她的心啊总是不能平静，而且她知道多尔衮也很不平静。她害怕多尔表会忍不住向她走近一步，幸而她的举止很有分寸，使多尔衮还没有过稍微放肆的地方。
十一月下旬的一天，当多尔衮坐在她的面前谈些重要国事之后，有片刻相对沉默，好不自然。她觉察出多尔衮仿佛有什么特别的心思，分明是有什么话要对她说。她含着不自然的亲切的微笑，避开了多尔衮那明朗的有点奇怪光彩的眼睛，忽然叹口气，说道：“叔父摄政王日夜操劳，皇上登极大典和封、赏的事都办得十分圆满，你也该稍稍休息几天啦！”多尔衮说：“我哪有那个福啊！如今国家才迁到燕京，正是开基建业的时候。单就用兵说，既要派大军剿灭流贼，又要征服江南，统一全国，样样事都得我这个做叔父的操心。若有一样事操持不当，算什么‘周公辅成王’？我日夜辛苦，既是为了报答文皇帝，也是为了保小皇上坐稳江山，成为统一普天下的主子，再说我也要使你做圣母皇太后的对国事一百个放心，不辜负我这个叔父摄政王的封号。”小博尔济吉特氏觉得这倒是很正经的议论，随即说道：“诸王和大臣们共同议定，加封你为叔父摄政王，我心中最为高兴。”多尔衮忍一忍，抬起头来定睛向小博尔济吉特氏望了一望，微微笑着说：“商议的时候，有人说，皇上幼小，虽是我的侄子，也同亲生儿子差不多……”小博尔济吉特氏心中一动，敏感地觉察出多尔衮是有意拿话挑逗她，忽地满脸通红，不觉低下头去。多尔衮也不敢再把下边的话说出来。过了一阵，圣母皇太后勉强恢复镇静，抬起头来问道：“崇祯的太子还没有查明下落？”多尔衮说：“刚才我进宫的时候，得到禀报说，崇祯的太子已经捉到了。”小博尔济吉特氏赶快问：“是怎么捉到的？现在何处？”多尔衮说：“详情我也不很清楚，现在押在刑部，正在由满洲尚书同几个汉大臣审问实情。我马上就回摄政王府，亲自过问这件事。”小博尔济吉特氏又问道：“你打算怎么处置？要不要封他一个王位？”多尔衮冷冷一笑：“这要看对我们大清有利没利，等我审问了太子以后再作决定。”小博尔济吉特氏一方面感到高兴：到底把崇祯太子找到了，消除了一个隐患。可是另一方面大概因为她也是一个母亲，秉性善良，对杀害一个不幸的亡国太子忽然生出了不忍之心，低下头没再说话。
多尔衮回到摄政王府，范文程已经和刑部尚书在王府朝房等候。当时刑部只有一个满洲人做尚书，汉译的名字叫吴达海。多尔衮换过衣服，立刻传见。关于这件事应该如何处置，他早已胸有成竹，所以他首先向满洲尚书问道：“你刑部衙门捉到的那个少年，到底是什么人？”吴达海恭敬地回答说：“这少年确实是明朝太子。”多尔衮又问：“他自己也说他是明朝太子吗？”“是。他一到刑部衙门之后，就承认他是明朝太子，并不隐瞒。”多尔衮稍觉奇怪，转向范文程，用眼睛直看着他。范文程躬身说道：
“臣听说此事之后，立刻命人将太子从刑部秘密地带到内院，由臣亲自讯问。看来确实是太子无疑。只是此事已经传扬出去，满京城在街谈巷议，无不谈论此事。既然京城士民皆知此事，如何处置，也是一个难题，必须使京师臣民心服方好。”多尔衮略微神色严厉地问道：“你怎么断定这少年真是明朝太子？”范文程虽然明白多尔衮是有意将这少年问成假太子，也听出来他口气中带有责备之意，但他还是大胆地解释说：“这少年自称名叫慈烺，皇后所生，亡国前居住在钟粹宫，说到亡国时候的事情，十分清楚，对崇祯临死前在坤宁宫的一些行事和说的一些话，记得都很详细。他还一面说，一面哭，哭得很悲痛。如果是旁人，断不会有这样的真情，也不会如此悲痛。何况深宫之事，不要说一般百姓人家，就是官宦之家的公子少爷也不会知道太子名讳是慈烺，住在钟粹宫。所以经臣审讯之后，觉得他确是崇祯太子无疑。”多尔衮不满意地轻轻摇头，又问道：“既然他是真太子，为何不逃往别处，又回到燕京城内？”范文程接着说道：“据他说，李自成去山海关的时候将他带在身边。李自成败退之后，也没有杀他，要他自己逃生。”多尔衮心里一动：“李自成竟然不肯杀他！”范文程接着说：“这时他身边还有一个太监服侍。这太监名叫李新，一直不肯离开，在乱军中带着他逃往吴三桂军中。原想见吴三桂，商量办法，后来遇见一个军官，不肯让他们去见吴三桂，也不肯说出自己姓名，劝他们赶快住别处逃生。这个李新后来离开了他，不知是死在乱军之中，还是逃往别处。太子无处可去，在附近辗转了一些日子，又回到燕京城内。”多尔衮摇摇头，说道：“一个十六岁的男孩子，哪儿不可逃生，偏要回到北京城中？”范文程解释说：“倘若是庶民百姓的子弟，自然会远走高飞。可是他生在深宫，长在深宫，对宫外的事情一概不知，亡国之后也是一直被李自成恩养，同外界没有多的来往，所以从乱军中侥幸逃生后，辗转又回到燕京城中。也只有像他这样在深宫生长的少年，才会做出这样的傻事。”多尔衮问道：“他回到燕京之后，如何生活？为何直到如今才泄露了真实情况，被抓到刑部衙门？”满洲尚书吴达海回答说：“这个明朝太子隐瞒了姓名，在东华门外一个豆腐店中落脚，只说他是逃难的少年，无家可归。豆腐店主看他确是衣服破烂，就把他收留下来，帮助烧火。住了五天，豆腐店主人看他根本不会烧火，其他活儿也干不了，知道他不是寻常人家子弟，害怕惹祸，就送他到崇文门外一个尼庵中，只说他是无家可归的平民少年。庵中老尼姑也没有疑心，就留他住下来。过了半个月光景，原来在御花园中看管花木的太监常进节偶然来到尼庵烧香，认出了他是太子。”多尔衮问道：“常进节既然在御花园中做事，为什么要到崇文门外尼庵中烧香呢？”吴达海回答说：“自从李自成进了北京以后，常进节就逃回家中。他家在崇文门附近。”多尔衮“哦”了一声，点点头：“说下去吧。”吴达海继续说：“常进节同老尼姑妙静原是同乡，平时认识，也有来往。他秘密地告诉老尼：‘这是太子。’两个人商量了一天，想方设法将太子保护下来，但想不出可去的地方，尼庵又非久藏之处，于是决定将太子带到常进节家中暂时隐藏。后来因为跑到周奎府上看望他的妹妹，被周奎的侄子周铎举报了。”“啊。老尼姑和常进节都已逮捕归案了吗？”“都逮捕了。连东华门外的豆腐店主人也抓了起来。这一干犯人都押在刑部狱中，全已招供。”多尔衮原来决定很快就将明太子暗中杀掉，不露痕迹，没有想到如今整个京城都已知道太子被捕之事，街谈巷议，纷纷不休，这就使他不能不重新考虑。加之他刚才听说，李自成兵败之后，不肯杀掉明朝太子，这使他心里不能不感到吃惊。倘若他贸然随便将太子杀掉，天下汉人谁不思君，岂不要骂他大清摄政王还不如一个“流贼”么？他沉默片刻，决定不了如何处置才好。范文程和吴达海都看出来多尔衮心中犹豫，却不敢说话。过了一阵，多尔衮向范文程说道：
“这太子是真是假，你们不要光听这少年的话。倘若他假充太子，岂不瞒了你们？我朝恩养他，岂不让天下后世笑话？”吴达海说：“看来他是崇祯太子不假。周皇后的家人是这样禀报的，他自己也直认不讳。”多尔衮恨恨地望了吴达海一眼，向范文程问道：“洪承畴怎么说呢？”范文程回答说：“洪承畴说他常在封疆，从未见过太子，不知真假。”多尔衮说：“真假用不着他来辨明，我自有办法审问清楚。你可问过他：对这个假太子应该如何处置，才能够使天下臣民无话可说？”范文程说：“臣不曾问过他的主张。”吴达海不明白多尔表的意思，又插嘴说：“王爷，太子不假。”多尔衮说：“糊涂！”转向范文程又问：“你同洪承畴完全不曾谈过对这事的处置么？”范文程说：“谈是谈过。他只是低头沉吟，又说：‘此事惟听叔父摄政王权衡利害，作出英明决断。’”多尔衮立刻命人传洪承畴速来摄政王府。