这时候情况愈来愈紧急。附近的街巷中到处都在抢劫，都在放火。乱兵们纷纷向总督衙门院中射箭。有一支箭“嘣”的一声落在何腾蚊面前的案上。他的左右大惊，劝他赶快进到别处。何腾蛟气愤已极，将生死置之度外，目光炯炯地瞪大眼睛，猛一顿足，冷冷一笑，说道：
“我身为封疆大吏，连我的总督衙门尚且不能保护，何处可以逃避？今日要死就死在这里，不用躲避！”乱兵们来敲打前后门，差不多要破门而人。他手下人都来向他禀报，问要不要开门，倘不开门，乱兵破门进来，将同归于尽。他严禁开门，说：
“派人去告诉左良玉，不许他的乱兵冲进总督衙门！”可是他的手下人无法走出衙门。正在这时，乱兵从后院翻墙而人，自己将前后门打开。有一群乱兵拥到大堂前边进行抢劫。何腾蚊正要呵止，忽然有一将官从大门进来，直奔大堂，对他匆匆行礼，说道：
“末将奉宁南侯爷之命，请总督大人到船上一晤，有重大国事相商。”何腾蛟说：“宁南侯今日这样做事，还有什么话同我商量？本部院坚决不去！”末将说道：“大人不去南京，宁南侯爷并不勉强，只是想同大人见见面，说一句话就分手了。难道大人连说一句相别的话都不肯听吗？”何腾蛟看见这将官和士兵一个个满脸凶气，知道不去恐怕不行。想道：去吧，见了宁南侯，当面力争吧。为着防备万一，他将总督印暗中交给一个心腹家奴，嘱咐了几句话，然后上轿而去。
他的轿子还没有走出总督府的大门，府中各处已经开始遭劫，妇女们一片啼哭声和哀叫声。何腾蛟在轿中叹了一口气，毫无办法。他的一大群奴仆、家丁、亲信幕僚和属吏，或骑马，或步行，跟在轿子后面，一起往江边走去。左营来接他的人也在前后护定，防备他中途走脱。
何腾蛟在汉阳门码头下轿，立刻被左梦庚、黄澍等一群文武迎到船上。这时月光很亮，船上纱灯高照。左良玉拱手立在船头，等他上船以后，互相施礼，步人官舱。
左良玉说道：“总督大人，事前没有时间同大人商量。今日良玉为国事匆匆东下，请总督大人同我一起前去南京，路上随时请教。到了南京以后，更要一切听从大人主张，请大人万勿推辞。”何腾蛟说：“侯爷前去南京，声言要‘清君侧’。但这样大事，请万万三思而行，不可鲁莽造次。千秋功罪，决于此时，岂能随便举动？”左良玉说道：“皇太子如今在南京狱中，生死就在眼前。良玉身为大将，蒙先皇帝隆恩，封为候爵，镇守一方。太子存亡，良玉万难袖手不问。区区此心，想大人十分清楚。如今马、阮祸国，太子生命旦夕不保，良玉如何能够忍心不问？大人又如何能够忍心不问？所以良玉思忖再三，决定往南京去，请君侧，除奸臣，保护皇太子不被杀害。”说这话的时候，左良玉非常激动，眼泪不觉滚到脸颊上。
何腾蛟说：“南京盛传有太子从北京来到，朝臣与民间有人信以为真，有人认为是假。你我远在武昌，如何能知道底细？此事不可鲁莽，等事情清楚以后你再决定不迟。”左良玉冷笑说：“等到事情弄清，皇太子已经不在人世，再想救他就迟了。”何腾蛟慷慨劝说：“目前闯贼大军东来，已经过了长江，武昌、岳阳震动，此系燃眉之急。满洲人追在闯贼之后，不久也要来到武昌。如果侯爵率大军东下，武昌岂不白白地送给流贼？流贼目前已经是惊弓之鸟，惨败之余，决非满洲人的对手。满洲人来到以后，将流贼或赶走，或消灭，之后就会以武昌为立足之地，东下九江，南去长沙。那样的话，国家最后一线生机也就完了。侯爷，你可曾深思熟虑？”左良玉说：“目前救太子，清君侧要紧。只要太子不死，奸臣清除，南京朝纲有了转机，消灭流贼，抗拒胡人，都有办法。南京混乱，乌烟瘴气，不惟不能消灭流贼，也不能抗拒胡人。本爵去南京之事已经决定，今晚三更就要开船，请大人不必再回总督衙门，就留在船上，一同东去，共行救国大事，本爵也好一路上随时请教。”何腾蛟知道走不脱了，说道：“既然如此，请侯爷另外给我一只大船，随在侯爵大船之后。若有事商量，我随时可以过来。”左良玉想了一下，看见黄澍对他使眼色，就点头说：“这样也好，我这大船上人多，也乱，另外给你一条大船，你的随从人员和仆人都跟你在一条船上。倘若一只大船不够，再给你几只大船也可。”何腾蛟在心中决定，坚决以一死保全名节，单独要了一只大船，跟随在左良玉的一队大船之后。
三更时候，左良玉的大军，带着掳掠来的妇女和无数的财物，一营一营地乘船东下。江北岸还有步兵和骑兵从陆路东下。左良玉和他的亲信文官武将以及中军将士，一共三四百只帆船，差不多到黎明时候才拔锚东下。他们走过之后，才是何腾蛟的几只大船。后边又有许多大船，是左良玉的殿后部队。左良玉知道他的部下纪律很乱，担心将士们会冲犯了湖广总督，命人在何腾蛟的大船上竖起一面白绸大旗，上面用朱笔写着三个大字：“制军何”。跟随何腾蛟的人原来就带着他的官衔纱灯，如今四盏很大的纱灯也悬在船头。左良玉又怕何腾蛟逃走，特命一个姓李的游击将军带了四名兵了，上到何腾蛟的大船上，名为照料，实为守卫。何腾蛟自己的文武亲随，只有两个仆人同他上船，其余的都被他拒绝了。
他的那些不能上船的文武亲随和奴仆家了不忍见他独自往南京去，于是便从南岸陆行；一些高级幕僚只好仍回总督衙门另想办法。走在南岸的人们现在都骑着马，他们只要望见大船上那四盏写有总督官衔的纱灯，就感到放心。但是走了不远，天渐渐明了，江面上的晨雾起来了，只看见每条船上都有纱灯，官衔全被雾遮住了。又走了一段，雾气更大了，连船也看不清楚，只看见众多的纱灯在江面上向东而去，每盏纱灯只有一点昏黄的光。可是何腾蛟的亲随们仍不肯离开，打着何腾蛟的旗号，在南岸继续东行。
当何腾蛟的船将到阳逻的时候，雾气慢慢消散了，水面上虽然还飘动着薄雾，但是遮不断视线。何腾蛟走出船舱，站在船头，举目观望岸上形势，心中十分难过。大好河山，不久将落人胡人之手。三百年大明江山，从此没有一点挽回的希望了。他越想越难过，越痛恨左良玉和他周围的一班小人和无知将领，他们只知为自己争权夺利，全不为国家着想，不为中国万民着想。左良玉派来的那个游击李将军小心地跟在他背后，表面上是毕恭毕敬地伺候，暗中则防备他投江自尽。何腾蛟完全明白这位李将军的心思，越发装做闲看江上形势，还念了一句苏东坡的名句：“浪淘尽，千古风流人物。”随即他回过身来，对李将军说道：
“你去把我外面披的一件衣服拿来，船头上风更凉了。”李将军赶紧弯身走人官舱去取总督大人的衣服。而正在这时，何腾蛟恨恨地说道：
“哼，我是封疆重臣，岂能跟着你左宁南背叛朝廷，置国家存亡于不顾！”说罢，纵身跳人江中。
船夫惊慌大喊：“救人！救人！总督大人投江了！”当下就有两个人跳下江水来救，但是春水方涨，水流湍急，加上江面上又起了风，风急浪涌，跳下去的船夫没有能将何腾蛟救上来。他们又回到船上。船上所有的人，包括何腾故的两个仆人都站在船头，望着汹涌的长江，望着薄雾笼罩的滔滔江流，有人呼喊，有人痛哭。那位守护何腾蛟的游击将军看见何腾蛟救不上来，连一点影子也看不见，知道左良玉必会杀他，说道：“总督投江，我也不再活了！”随即跳入江中，很快地滚人船底，没有再露出来。何腾蛟的两个仆人，见主人为国尽节，放声大哭，也要自尽，被船夫们死死地抱住，拖进舱中。
左良玉很快得到禀报，不由得深深地叹息一声。何腾蛟跟他原是同仇敌忾的人，竟这样不同意他去“清君侧”，使他对前途增添了无限的烦恼和忧虑，登时倒在床上，感到病情不妙，传唤侍医前来。他在心中乱想，前途是吉是凶？何腾蛟死了没有？还有救没有呢？……于是他下令所有东去的船只，都随时留心漂浮下去的尸体，只要是漂浮下去的尸体，必须打捞起来，看是不是湖广总督……