清代恢复科举取士制度，明末科场通关节、受贿、抄袭、借代等种种舞弊风气也随之而来。顺治十年（1653）四月，顺治帝就此事发表意见：“提学官未出都门，在京各官开单嘱托。既到地方，提学官又访探乡绅子弟亲戚，曲意逢迎。甚至贿赂公行，照等定价。督学之门，竟同商贾。”下决心痛改积弊。
顺治十四年（1657）是乡试之年，顺治帝特选方犹、钱开宗为江南乡试的正副主考官。江南地区经济、文化发达，一向为人文渊薮，也是明代文人结社、反抗清朝最厉害的地区。明末除士子向考官通关节外，考官也注意网罗名士，扩大政治势力。顺治帝当面警告两位考官不得徇私舞弊，否则将严惩不贷。虽然顺治帝的讲话取得了一定的效果，但积习难返，一些考官依然将取士视为发财的捷径，不久相继发生了著名的顺天与江南科场案。
顺天乡试的正、副两位主考官是曹本荣、宋之绳，另有十四位同考官，李振邺、张我朴列名其中，他们承明末旧习，接受请托，延揽门生。李振邺共接受请托者二十五人，因有将近六千份的试卷，便用蓝笔书写名单，交给书童灵秀代为查寻，从受托的二十五人中录取了五名。这张名单落到灵秀的同伴、李振邺的宿敌冯元手中，冯元精心保存这份单据，作为要挟李振邺的凭证。张我朴同样如此，他因为与考生蒋文卓有旧怨，误以为同考官郭濬推荐的蒋廷彦的卷子是蒋文卓的卷子，威胁录取此卷会引起公众议论。
成绩公布后，舆论哗然，张我朴等人并不收敛，公开扬言；“某某，我之力也；某某本不通，我以情，故得副车也；某某，我极力欲中，无如某老中隔何也。”郭濬向蒋文卓表示自己无能为力，说：“兄卷已中，张故不许。即张汉卷已中，李故捡而毁去也。”蒋文卓愤然不平，将科场舞弊的情况写成匿名揭帖，四处张贴散发，有人还将揭帖刻印出来，投递到科道衙门，科场舞弊之事一时成为人们谈论的焦点。
十月，刑科给事中任克溥上疏揭发顺天科场大案，顺治帝立即下令捉拿有关人员到吏部、都察院会审，与顺天乡试有关联的监察御史等人同时被捕入狱。冯元交出行贿者的名单，所有的人全部下狱追问。会审结果，李振邺、张我朴赃证有据，吏科给事中陆贻吉、博士蔡元禧、进士项绍芳行贿，取田耜、邬作霖为举人。李振邺、张我扑、蔡元禧、陆贻吉、项绍芳、田耜、邬作霖七人斩立决，抄没家产，父母、兄弟、妻子共一百多人全部流放尚阳堡。
十二月，顺治帝下令，顺天乡试中举之人全部回京，由顺治帝亲自主持复试。顺治十五年（1658）正月十五日，复试在太和门举行。钦定考题，指派大臣阅卷。两天后发榜，其中一百八十二人顺利通过考试，八人因为文理不通被革去功名。
四月，刑部等衙门上报审判结果：王树德等八人拟斩立决，家产籍没，父母、兄弟流徙尚阳堡。孙珀龄等十一人斩立决，籍没家产，孙兰茁等五人应立绞，其余诸人也分别定罪。四月二十二日，刑部接到谕旨，将一干人犯押解到皇宫，由皇帝亲自审问，除张天植之外，所有的人犯供认不讳。每位囚犯在长安街被责四十杖，仍旧押回刑部大狱。二十五日，皇帝下旨：王树德等交通李振邺等贿买关节，紊乱科场，大干法纪，本当依拟正法，但多犯一时处死，于心不忍，俱从宽免死，各责四十板，流徙尚阳堡，余依议。董笃行等仍复原官，曹本荣等亦著免议。大学士管吏部尚书王永吉，因其侄王树德私通科场关节，自请处分，得旨：降五级调用。顺治帝从宽处理，一场大案就此消泯。
顺天乡试案刚处理完毕，江南乡试案又被揭发。发榜后，举子们感到不平，利用各种宣传手段传播科场舞弊情形，有人用试题中的“贫而无谄”，作《黄莺儿》词一首：“命意在题中，轻贫士，重富翁。‘《诗》云’‘子曰’全无用。切磋欠工，往来要通，其斯之谓方能中。告诸公，方人子贡，原是货殖家风。”江宁书肆刻印《万金记》传奇，以万、金影射方犹、钱开宗两位主考官，剧中极力描绘科场中行贿通贿的情况。戏剧家尤侗应试不第，写成《钧天乐》一剧，将考场舞弊描绘得栩栩如生。如举子们所愿，这些宣传引起了朝廷的注意。
顺治十四年（1657）十一月，工科给事中阴应节参劾江南主考弊窦多端，如新中举人方章钺，为少詹事方拱乾第五子，悬成、亨咸、膏茂之弟，与主考官素有交情，所以滋弊生事，无所不为。顺治帝因曾经面谕江南乡试主考，不料仍有不法之事，盛怒之下，下令将主考官、同考官全部革职，押解来京，命两江总督郎佐深入调查此事，将所有涉案人员押到北京。顺治十五年（1658）二月，御史上官铉上奏，江南同考官、舒城县知县龚勋出闱，被诸生所辱，事涉可疑，举人程度渊也明显有情弊，应详加勘问。
因为临近会试，决定江南新科举人暂停参加此次会试。顺治帝采用上官铉的建议，亲自复试江南新中举人，三月十三日复试，试题为《四书》义两篇，诗、赋各一篇，一名举人身边夹立两名持刀军士，一些士子噤若寒蝉，无法应答。如江南著名才子吴兆蹇，紧张得不能握笔，虽然事后澄清了事实，但仍被责打四十板，家产籍没入官，父母、妻子、兄弟流放宁古塔，多年后因徐乾学、纳兰性德等人的救援，年老重返关内，演出一段文坛佳话。复试结果，吴鸣珂因三次均列上等，特准直接参加殿试，七十四人仍为举人，二十四人继续保有举人身份，罚停会试两科。十四人因文理不通，革去举人功名。
由于顺天乡试官员得到宽大处理，刑部以为皇帝对江南乡试官员也会一体宽大，因此迁延不办。十一月十九日，刑部突然接到谕旨，皇帝对刑部大为不满：“江南乡试作弊一案，奉旨严审，已经一年，尔等至今并未取有招供，拟罪具奏，明系故为耽延，希令遇有机缘以图展脱，其中岂无情弊？尔等作速明白回奏。”刑部重审此案，拟定正主考问斩，副主考绞刑，同考官遣戍尚阳堡，举人方章钺等人革去功名。顺治再次批示：“方犹、钱开宗差出典试，经朕面谕，务令简拨真才，严绝弊窦，辄敢违朕面谕，纳贿作弊，大为可恶，如此悖旨之人，若不重加惩治，何以警戒将来？”刑部尚书图海、白允谦，侍郎吴喇禅、杜立德等因“谳狱疏忽”，分别受到革去少保、太子太保等加衔的处罚，无加衔者，降一级留用。江南科场案刑部官员判决偏轻，经皇帝严究，两位主考官斩决，同考官十八人除已死之卢铸鼎之外，全部被处以绞刑，妻子财产籍没入官。
顺天、江南乡试案几乎同时发生，一宽一严，宽严之间代表了顺治帝对待两地文人的不同尺度。清初对江南文人的打击接踵而来，科场案、哭庙案、庄氏史案等等，明显表现出清初统治者对江南文人的怀疑和不满。
不久，河南主考黄沁、丁澎，山东省同考官袁英、张锡怿等人先后遭到弹劾，他们或被籍没家产，或流放东北等地，或降级调用。
经过顺治帝的大力整治，清代科场风习为之一变。康熙帝继之在后，经过对康熙三十八年（1699）顺天乡试科场案的打击，直到咸丰年间，清代没有发生大的科举舞弊事件，扫清了选拔人才道路上的最大障碍。