朱元璋建立明朝后，全国各地的农民起义此起彼伏，不断发生。尤其是明朝的中后期，政治腐败，宦官擅权，土地集中，各族人民所受压迫加重。明统治者还不断派兵对西南和其他少数民族地区征讨清剿，至使农民起义风起云涌，苗民的反抗斗争更加频繁，规模也越来越大。据记载，自宣德五年（1430 年）至崇祯十七年（1644 年）间的 200 余年间，仅大规模的苗民起义竟达三百余起，覆盖湖南西南地区各县和相邻的贵州省大部分地区。
苗族人民不屈不挠的反抗斗争，使明朝统治者大为震惊。明统治者除调集官兵剿杀外，还积极构建军事防御体系。宣德年间，都督肖授筑湾溪等二十四堡，“留官兵七千八百有奇”“环其地守之”，对处在湖贵川三省交界地区中心而屡屡发生苗民起义的腊尔山“生苗”区开始形成圈围之势。至嘉靖年间，总督张岳在镇压腊尔山苗民起义后，又“疏罢湾溪等堡，更设哨所凡十三”，围绕腊尔山苗区边沿，由西而东而北筑建，构成了对腊尔山地区的一个弧形防线。万历四十三年（1615 年），湖广参政蔡复一“亲历边疆，度其险阻，力陈营哨罗布，苗路崎岖，难以遏其窥觑，请金四万有奇，筑沿边土墙。上自铜仁，下至保靖，迤山亘水，凡三百里”，蔡复一筑的“沿边土墙”是在肖授的“二十四堡”和张岳的“凡十有三”哨所的基础上筑建的，这就是史称的苗疆边墙，以边墙为界，划分“生苗”和“熟苗”，“边墙”之外的苗民称为“生苗”，之内的苗民称为“熟苗”。
崇祯十七年，满族贵族夺取农民起义果实，建立清王朝时，“边墙”大部分已被苗民摧毁。清康熙中叶以后，随着封建地主统治的发展和大批汉人官兵的涌入，苗族地区的土地兼并和阶级分化加剧，民族矛盾和阶级矛盾空前激化。改土归流后的一百多年间，小规模的苗民起义不断发生，还连续发生了雍乾、乾嘉、咸同三次苗民大起义。连续不断的苗民起义，给清统治势力以重创。乾嘉起义后，清朝统治者在湘西苗族地区实行了一套“防苗”“安边”政策，建立较完备的所谓“苗防屯政”体制，凤凰厅同知傅鼐具体提出“修边”措施。嘉庆二年（1797 年），傅鼐与镇竿镇总兵富志那在凤凰境内沿明边墙陈迹修筑石质“边墙”、碉堡、哨卡并延至乾州、永绥、保靖、古文坪诸厅县，完成了“苗疆边墙”以石质为主的修复工程，就是今天我们说的“南方长城”。
苗疆边墙西南起自凤凰县亭子关，东北向贯穿凤凰，过乾州延至保靖县喜鹊营（现属吉首市），逶迤三百八十余里。这一神秘的建筑遗存群，是明清封建统治者对以腊尔山苗区为中心的大片“生苗”区实施军事封锁的隔离政策的产物。