第二种观点则认为，同治帝是死于天花而非梅毒。设在故宫内的中国第一历史档案馆的研究人员曾经根据从堆积如山的清官档案中找出的《万岁爷天花喜进药用药底簿》（以下简称药底簿）进行分析，认为同治帝所患之病是天花而绝非梅毒。其理由有以下几点：（一）在患病之初，患天花者发病很急，一般都要伴随着发烧、脉搏跳动加快的反映，而患梅毒者则起病不急，无发烧症状。而药底簿则记载同治发病之初连续发了七天的高烧，“脉息浮数而细，系风瘟闭束，阴气不足，不能外透之症，以致发热头眩，胸满烦闷，身酸腿软，皮肤发出疹形未透，有时气堵作厥”以及“咽喉干痛，胸满作呕，头眩身热”等，这些都是出天花的症状。（二）从药底簿的记载里可以看出，同治患病时出现头痛、背痛、发冷、寒战等全身性的天花症状，而梅毒患者是不会有这些全身性的明显症状的，表面上看也许像个健康人。（三）从天花皮疹的分布部位和转化规律上可以看出同治帝患的是天花之症。从分布部位上看，天花皮疹一般发于额部、发际、面颊、腕，逐渐延及臂、躯干、而至下肢，多见于身体暴露部位，呈离心状分布，这与药底簿所记的症状是相吻合的；从皮疹形态的转化规律上看，一般天花患者在患病的头两天就会出现斑疹，数小时后斑疹迅速变为圆形的丘疹。病人出疹后，全身中毒症状反而明显减轻，胸堵烦呕现象减退，大便通畅，胃口渐开。又过了二三日，丘疹开始灌浆，成为疤疹，这种疹的中间凹陷成脐形，周围有红晕。到了天花起病的第八九日，疱疹转为脓疽。又过两三天，脓疱逐渐干缩成痂。大约在发病后的二至四周，痂开始脱落，天花发病的过程基本结束。药底簿的记载正好与上述的症状以及皮疹的转化过程相一致。而梅毒则不同，发病的周期要比天花长，而且梅毒的斑疹大小如蚕豆，形状为圆形或略带不规则形，不是天花疱疹的那种脐形。
那么，为什么患天花会导致同治帝的死亡呢？研究者认为，因为同治在天花的后期不幸皮肤感染，“发热头眩俱退，惟湿毒乘虚流聚，腰间红肿溃破，浸流脓水，腿痛筋挛，头项胳膊膝上发出痘痈肿痛”。这种并发性的皮肤感染愈来愈重，使病人逐渐丧失了抵抗力。最后，皮肤感染发展到发生“坏疽性口炎”（俗称“走马牙疳”）的地步，此病一般发生在全身性疾病的末期，很可能导致全身衰竭而突然死亡。
另外，有学者根据父辈传下来的口碑等材料认定同治帝确系死于梅毒，同时强调，后来发生了一个变故，直接造成了同治帝的猝死：“十二月初四日午后，阿鲁特氏来东暖阁视疾，当时载淳神志清醒，看见皇后愁眉锁目，泪痕满面，乃细问缘由。这时早有监视太监走报西太后，说皇帝和皇后阁内私语。慈禧急来东暖阁，脱去花盆底高跟鞋，悄悄立在帷幔之后窃听，并示意左右禁声，切勿声张。此时皇后毫无察觉，哭诉备受母后刁难之苦。皇帝亦亲有感受，劝她暂且忍耐，待病好之后，总会有出头的日子……不料慈禧听到此处正刺所忌，竟勃然大怒，立刻推幔闯入帏内，一把揪住皇后的头发用力猛拖，一大撮头发连同头皮都被拉了下来，又劈面猛击一掌，顿时皇后血流满面，惨不忍睹。慈禧又叫太监传杖，棒打皇后。同治大惊，顿时昏厥，从床上跌落在地，病势加剧，从此昏迷不醒。急传先曾祖入阁请脉，但已牙关紧闭，滴药不进，于次日夜晚死去”。
研究者对同治帝的死因各执一词，同治的死因也就成为中国近代史上又一个解不开的谜。
光绪猝死
为什么年仅三十八岁的光绪皇帝，反而要比七十四岁高龄的慈禧太后早死了近一天？对此，众说纷纭，莫衷一是，光绪皇帝之死因由此成了晚清历史上一大疑案。
历史车轮不断滚滚向前，总是留下清晰可鉴而又曲折的轨迹，然而历史人物的言行及其归宿却常常扑朔迷离，令人捉摸不定，甚至引起人们的种种揣测，形成长期不解的历史之谜。光绪三十四年（1908）十月二十一日傍晚，三十八岁的光绪皇帝在中南海瀛台涵元殿，满含悲愤地离开了人间。临终无一名亲属及大臣在身旁，及至被人发现，早已死去多时，可以说，生前死后，备受冷落，孤苦凄凉至极。而恰恰又在十五日未刻，时隔不到二十四小时后，他的母后及政敌、操纵晚清政权达半个世纪之久的慈禧太后也死在中南海仪鸾殿内，终年七十四岁。
为什么年仅三十八岁的光绪皇帝，反而要比七十四岁高龄的慈禧太后早死了一天？于是光绪帝的死因引起了多种猜测，疑团横生，由此便成了晚清历史上又一大疑案。有关光绪的死因，归纳起来，大致有以下几种说法：
第一种说法认为，慈禧太后病危时，深怕自己死后，被她废黜的光绪重新主政，继续推行维新变法，所以指使太监下毒手把光绪帝害死，以绝后患。如《清室外记》中曾记载：“皇帝殡天之情形及其得病之由，外人无由详知，惟藏于李莲英辈之心中”。据此认为光绪帝很可能是被李莲英谋害致死的。以上的记载是市井传闻，不足为信，但当时尚有一些接近宫禁、颇知内情之人，甚至有自称亲见亲闻者，后来亦撰文著书，认为光绪帝之死，值得怀疑。例如曾任十九年御史及起居注官、较为接近光绪帝的恽毓鼎，在所撰的《崇陵传信录》中写道：“时太后病泄泻数日来，有谮上者谓，帝闻太后病，有喜色。太后怒曰，‘我不能先尔死’”。光绪遂死。徐珂所编著的《清稗类钞》等书也认为，慈禧在病危期间，惟恐自己死后，光绪重新执政，推翻她既定朝政及平反她一手制造的种种冤案，于是令人下毒手将光绪害死。英国人濮兰德·白克好司的《慈禧外传》和晚清曾在宫中担任过两年女官的德龄女士所著的《瀛台泣血记》一书中，更十分肯定地指出，“万恶的李莲英眼看太后寿命已经不久，自己的靠山快要发生问题了，便暗自着急起来”。据德龄的记载，清宫大太监李莲英等人，平日依仗着主子慈禧的权势，经常中伤和愚弄光绪。他们深恐慈禧死后光绪重新主政，会清算他们以前犯下的种种罪孽，所以就先下手为强，在慈禧将死之前，先把光绪谋毙。更有一位曾给光绪皇帝治过病的名医叫屈桂庭的，撰定了《诊治光绪皇帝秘记》一文（载《逸经》第二十九期），文中写道，当他在光绪帝死去的前三天再次去医病时，发现光绪帝突然腹部剧痛，他认为“此系与前病绝少关系”。这些记载均言辞凿凿，坚持认为。光绪是死于慈禧指使的谋杀。
第二种说法，则认定光绪帝是被袁世凯、奕勖进药毒死的。坚持这一说法的学者首先认定戊戌政变是源于袁世凯的告密，这一逻辑推演出，正是由于袁世凯的告密，慈禧才镇压了维新运动。光绪帝因此被囚，险些被废。这样，慈禧病危之时，袁世凯就担心慈禧死后光绪帝会重新执政，遂先与庆亲王奕勖勾结，准备废光绪立奕勖之子，然而，这一行动并没有成功，这样，别无他途，于是进药毒死了光绪帝。据《国闻备乘》记载：“迨奕勖荐商部郎中力钧入宫，进利剂，遂腹泻不止。次日钧再入视，上怒目视之，不敢言。钧惧，遂托疾不往。谓恐他日以大逆之名，卖己以谢天下也”。溥仪在《我的前半生》一书中就十分明确地谈到这一点，说：“我还听见一个叫李长安的老太监说起光绪之死的疑案。照他说，光绪在死的前一天还是好好的，只是因为用了一剂药就坏了，后来才知道这剂药是袁世凯使人送来的……据内务府某大臣的一位后人告诉我：光绪死前不过是一般的感冒，他看过那些药方，脉象极为平常，加之有人前一天还看到他像好人一样。病重消息传出不过两个时辰，就听说已经‘晏驾’了”。
第三种说法持光绪自然病死之说。如《德宗实录》、《光绪朝东华录》、《清史稿·德宗本纪二》等所谓正史或官修史籍内，均载光绪系正常死亡；再如《苌楚斋三笔》卷六则称：早在光绪三十四年二三月间，光绪帝久病未愈，早入膏肓，是时肝气大发，以手扭太监顶戴，以足踢翻电灯，情势日及。又光绪临终前一段时间，一直为其治病的六位名医之一杜钟骏所著《崇德请脉记》一书，对光绪之病情、诊病经过以及光绪临终前的病状，叙述非常详尽，证明光绪帝确是正常死亡。
光绪皇帝第四种说法，一些学者从中国第一历史档案馆所藏的光绪脉案中考证出，光绪是由于长期多系统的慢性消耗疾病，最后体力衰竭而死，并非他人所毒死。其主要依据是：（一）从光绪早年的脉案及其自述之“病原”得知，他自幼多病，且有长期遗精病史，身体素质极差。如光绪二十三年载湉自称之“病原”中称“遗精之病将二十年，前数年每月必发十数次，近几年每月不过二三次、且有无梦不举即自遗泄之时，冬天较甚。近数年遗泄较少者，并非渐愈，乃系肾经亏捐太甚，无力发泄之故”。光绪年方弱冠即患遗精，且在大婚之前。（二）戊戌变法，他在政治上遭受重大变故，其病情也开始加重，出现多种病症，气血双亏，每况愈下。当然，载湉病势转重，决非偶然，乃与其政治处境密切相关。（三）临终前半年已病入膏肓，危在旦夕。其病状表明，光绪帝的心、肝、脾、肺、肾皆有亏损，脏腑功能失调，气血两虚，阴阳俱衰。（四）从其死前三四日内及其临终前病情看，并无发现突发性中毒或受其他伤害的现象。同时，根据很多文献的记载，清廷对于筹办光绪帝丧事的措施，早在西太后患病之前就有所准备，并非因西太后自知不起，必欲先制光绪于死命而临时仓猝之所为。（五）认为造成光绪帝壮年夭亡的另一个主要原因是与他所处的时代和环境有着密切的关系。慈禧之所以立光绪继承皇位，一方面是因自己的亲生儿子同治帝十九岁时早亡，没有子嗣继其位，另一方面是慈禧权欲熏心，想立一幼君，以便再次垂帘听政，因此她一人作主，使自己胞妹（醇亲王福晋）的儿子载湉得以入宫为帝，而光绪幼年入宫后即在孤独中成长，加之宫中礼仪繁琐，像一条无形的锁链束缚住幼年的光绪，致使他失去童年的欢乐，因而他从小心情抑郁、精神不振，造成体质孱弱。成年以后虽有缓和，但至二十八岁以后又急转直下，这主要与他的政治遭遇有关，光绪帝被幽禁、康梁流亡日本、谭嗣同等六人被杀。光绪帝成了笼中之鸟，任由西太后摆布，时刻处在惊恐忧虑之中，因而曾哀叹：“朕并不如汉献帝也！”在这种日夜不安、诚恐诚惶的环境中，光绪的精神全面崩溃，旧病复发，后果只有一个，非死不可。
由于上述种种传闻，使光绪帝的死因成为晚清历史上又一大疑案。