以“弥勒降生”、“明王出世”号召群众的白莲教，在元、明、清三代均被视为异端，而加以取缔。
顺治十三年（1656年）十一月初七，清帝谕礼部：“儒、释、道三教并垂，皆使人为善去恶，反邪归正，遵王化而免祸患。此外乃有左道惑众，如无为、白莲、闻香等教名色，邀集结党，夜聚晓散，小者贪图财利，恣为奸淫，大者招纳亡命，阴一谋不轧”。“向来屡行禁饬，不意余风未殄”，“若不立法严禁，必为治道大蠹”。“尔部大揭榜式，今后再有踵行邪教，仍前聚会烧香、敛钱号佛等事，在京著五城御史及该地方官，在外著督、抚、按、道有司等官，设法缉拿，穷究奸状，于定律外加等治罪。”①
查办邪教，官逼民反。
清朝廷在平定清水教王伦起事后，对秘密宗教进行更为严厉的镇压。乾隆四十年（1775年），河南巡抚徐绩（王伦起事时为山东巡抚）破获混元教（白莲教一支），处死十四人，发边充军者三十一人。在被发配的教徒中，有一人名唤刘松，他在发配地甘肃与前来探望的徒弟刘之协“商复旧教”，将混元教改名为三阳教（乾隆五十三年）。刘之协在原籍安徽以及湖北等地广为传教，并将从教徒处敛得的根基钱送往刘松处收藏。
乾隆五十九年（1794年）刘松在发配所传教案发，刘之协及其所传徒弟宋之清、齐林等均在被通缉之列。刘之协因一起窃案牵连，前往河南扶沟②，得到被通缉的消息后，立即潜逃。
为了抓获刘之协，地方官株连无辜，“胥役衙书四处滋扰，闾阎无赖借事吹求”③。“因查办教匪，竟将轿头作教头，连逮数百人”④，甚至以查办教头“吓诈富家无算，赤贫者按名取结，纳钱释放；少得供据，立与惨刑，至以铁钉钉人壁上，或铁捶排击多人；情介疑似，则解省城，每船载一二百人，饥寒就毙，浮尸于江；殁狱中者，亦无棺敛。聂杰人号首富，屡索不厌，村党连结拒捕”⑤，“以致人心逼反变生意外”⑥。
楚、川、陕三省并起。
面对血腥的镇压，白莲教首领决定在辰年、辰月、辰日（嘉庆元年为丙辰年，三月为辰月，初十为辰日）发动起义。湖北荆州一带为准备起义，制造刀枪，屯积粮食，缝制衣帽，被当地政府觉察，只得在首领张正谟的率领下在嘉庆元年（1796年）正月初七，据守灌脑湾，以三百多杆鸟枪、六个栗木炮、几百枝弩箭（箭头都抹了毒药）同前来搜捕的清军对抗。“进山的道路都埋了火弹地雷，四路扎了石卡，卡上都有滚木擂石，地下挖有土坑”⑦。参加起义的群众二万余人⑧，“头上带白布号帽，身上带有黄绫符”⑨。富户聂杰人因不堪胥吏敲诈而与张正谟共同举事。
张正谟、聂杰人倡议之后，湖北纷纷响应，“荆门则有熊道成、陈德本破当阳县，跨其城池；南则有杨子敖起来阳，谭贵起旗鼓寨；郧阳则有曾士兴、曹海阳起竹山，破竹山、保康；汉阳则有楚金贵、鲁惟志起孝感；宜昌则有林之华、覃起耀起长阳”⑩。
该年九月，四川东乡、巴州及川东、川北各地亦相继举兵，“徐添德与弟添寿、王登廷、张泳、赵麻花起达州；王三槐、冷天禄与张子聪、庹向瑶、符日明起东乡，破东乡；罗其清、苟文明、鲜大川起巴州；通江则有冉文俦、冉添元诸贼；太平则有龙绍周、唐大位、王国贤等”，“大股数千人；小股千余人，下者亦数百人”，“扰四川”。同年十一月，陕西白莲教揭竿而起，“冯得仕踞安康之将军山；翁禄玉、林开泰起米溪；王可秀、成自智起安岭；胡知和、廖明万、李九万起汝河、洞河”，于是三省白莲教并起。
王聪儿、姚之富转战楚、川、陕。
王聪儿，又称齐王氏，世称“齐二寡妇”，襄阳人。“襄阳县总差役齐林娶为第四妾，居黄龙挡”。齐林系刘之协之徒宋之清的弟子。宋之清原为三阳教徒，后因“徒众日多”，另立西天大乘教，其教义与三阳教无异。乾隆五十九年，刘松教案发，宋之清、齐林均被逮杀，同时被杀者，“凡一百余人，悬齐林首于小北门”。“齐林之徒刘启荣、王廷诏、张汉潮、高均德、曾大寿、樊学明之子樊人杰及张添伦、王光祖、姚之富谋为齐林发丧复仇”，“遂以齐林妾齐王氏为主而统属焉”。
嘉庆元年二月初二，王聪儿、姚之富等“聚万人，屯黄龙挡”，揭竿为变，“三月攻襄阳城不克，焚掠樊城而去”。
王聪儿、姚之富部纪律严明，在所发布的告示中要求：“经管头目，务须严加管约弟子，毋许一人滋事”；“弟子住札营房，各归各营，毋许乱营混杂”，“毋许酗酒撒泼，偷窃物件”；“出阵斗勇务须奋勉踊跃，争先上前，毋许一人退后”；“遇有妇女，毋许奸淫，违者立斩”。
该部坚持流动作战，避敌锋芒，姚之富叮嘱部下：“断莫与官兵接仗，遇见时即四散奔走，总要官兵不知我们出没才好”。“俟官兵追逐疲乏之时，再拚死上前抗拒，若敌不住，再逃不迟。”嘉庆二年（1797年）正月，王聪儿、姚之富将所部分为三路，进入河南，袭南阳，攻嵩县，相继在裕州煤炭坡击败清军。该部流动范围从一省扩至楚、豫、陕三省，在行进中“不整队，不迎战，不走平原，唯数百为群，忽合忽分，忽南忽北”，以牵制清军之势。而“陕、楚接壤一带大山，素习邪教之人，处处皆有”，此次各股义军“过郧西、商南、商州一带，随入逆伙者不下数千”。“山阳县属，山僻村庄，邪教尤多，竟有自焚其屋随去者”，难怪清朝廷将领发出“贼愈杀而愈多”、“兵日添而日少”的惊叹。同年五月，三路军会师于镇安，在表带铺大败清军，击毙护军统领阿尔萨瑚，旋又在王家坪设伏，重创尾随而至的清军。六月，王聪儿、姚之富率部强渡汉水后，兵分三路入川，穿越大巴山，抵达通江、达州，在东乡与四川义军会师，“延亘三十余里”。
王聪儿、姚之富有与四川义军合并之意，但却遭到四川方面的拒绝，王三槐说：“我们四川地方犯不着叫他们湖北的人糟踏”，致使川、楚义军彼此防范，不能团结对敌。兼之川东人烟稀少，粮食供应困难，王聪儿、姚之富决定率主力返湖北，留李全、樊人杰等在四川转战。
嘉庆二年八月，王聪儿、姚之富所部二万人由兴山北上，再攻襄阳。清朝廷“诏发吉林、黑龙江索伦兵三千，令侍卫惠伦、都统阿哈保以木兰进哨兵百余为先锋，并解察哈尔马八千匹赴河南、湖北”。九月，义军在关庙河歼灭副都统丰绅所部二千清军，又在郧县草甸设伏，击毙护军统领、御前侍卫惠伦。但义军攻取襄阳的计划，却因清军防守严密未得实现，王聪儿、姚之富等遂率军西入陕西，与从四川北上的李全、樊人杰部在兴安会师。
为了对付义军分股流动作战，清统治者责成参加围剿的将领“各办各贼”，“其各自为战”，令宜绵对付王三槐、徐天德、罗其清、冉文俦部义军；令额勒登保对付覃加耀部；令惠龄、恒瑞、庆成对付李全、樊人杰部；令德楞泰、明亮等追剿王聪儿，姚之富，而且“劲兵健马，俱在明亮、德楞泰一路”。
为了打破清军以重兵围剿的局面，王聪儿、姚之富兵分四路出击：以王聪儿、姚之富为一路；以王廷诏、高均德为一路；以李全、樊人杰为一路；以张汉潮、刘永泰为一路。嘉庆三年初（1798年），王聪儿、姚之富进抵汉中东部，吸引清军，高均德率一支褊师强渡汉水后穿越秦岭，直逼西安，“全陕震动”。明亮“遂舍齐王氏，率大兵八千驰赴汉中”。王聪儿、姚之富乘机从西乡奔石泉，在黑石头渡汉水。该年三月，王聪儿等与高均德等会师，奔镇安、山阳、商州。李全、王廷诏等则从城固北上，出宝鸡、岐山，攻郡县、周至。
青花福寿缠枝莲纹扁瓶王聪儿、姚之富一路被清朝廷视为“贼中首逆”，清军集中优势兵力追剿。该部义军入陕后一直被围追堵截，在山阳县的石河、宽坪一带接连被围，退至湖北郧西的三岔河。三岔河两旁俱是高山峻岭，义军“从沟口窜出大路”，郧西知县孔继擀率乡勇数千堵住沟口，前有乡勇堵截，后有清军追击，义军只能攀上山梁，“奔突冲口”，冲击多时仍不得突围。王聪儿、姚之富部八九千人被困在左右两个山梁上。清军得知王聪儿、姚之富被困在名为卸花坡的左边山梁上，便集中全力攻击。王聪儿、姚之富在突围无望的情况下，跳崖身死。
但张汉潮、高均德、王廷诏、樊人杰等依旧率部众转战川、楚、陕。嘉庆四年（1799年），张汉潮在陕西阵亡，高均德在四川被歼；一年后齐国谟（齐林之侄）在仪陇战死；嘉庆六年（1801年），王廷诏在川陕交界的鞍子沟兵败被杀。直至嘉庆七年（1802年）樊人杰在竹山被歼，黄龙挡起事的义军才被彻底消灭。
罗其清拒守大鹏山。
嘉庆元年十二月，罗其清、苟文明等在方家坪起义，这支义军“占据大神山，连营数十里”。嘉庆三年七月，清军大举进攻，罗其清等率部转移到营山县的箕山，适值湖北义军王廷诏、高均德等率部至。两支义军在箕山“排栅三层山后寨卡林立”，湖北义军“左右立寨依之”，无懈可击。该年九月，清军诱罗其清等率部下山，罗其清中计战败。湖北义军北上，清军分兵追击北上的义军。罗其清乘机派兵六千攻打营山县，袭清军后路，徐天德部则东扼清军渠县饷道，夺取清兵粮草。罗其清旋即将营地移至大鹏山扎营。
大鹏山“宽广一百余里，半属悬崖”，山后“悬削数十余丈”，山前“各隘皆垒石严守”，山寨周围分立卡隘，寨内屯积粮食。同年十一月，清军兵分四路围困大鹏寨，纵火焚寨。经过一个多月的激战，清军从南面、西面突破山寨防线，罗其清率部从大鹏山撤离，退守虚空寨，再次被围，在向方家坪突围的过程中罗其清被俘就义。
冉文俦、冉天元血战四川。
冉文俦及其侄冉天元、冉天泗等在王家寨起义后，一直活动在川北一带，一度曾与罗其清据守大神山。大神山失守后，冉文俦等率部投奔已在箕山扎营的罗其清，罗其清却“不许上山”，冉文俦等只得“退据通江，在地势险峻的脂麻坝建造工事，分筑寨门，外设木城三座”。嘉庆三年腊月三十，清军逼近通江营寨，双方展开激战，义军击毙清守备何胜华等人，冉文俦在率部突围时，受伤被俘，旋即牺牲。
冉文俦死后，其部众由冉天元等指挥。嘉庆四年七月，冉天元与王登廷等转战东乡、大竹、邻水、长寿一带，袭扰清军运输线，一改冉文俦拒险避战的做法，声势大震。该年年底，冉天元率部向川西挺进，屯兵苍溪。经略额勒登保集中优势兵力，包围苍溪。额勒登保令参将杨遇春、穆克登布从左右两翼合围攻击。冉天元率部自山巅往下冲，直压穆克登布后帐，同时派军攻击额勒登保的指挥营，彼此“短兵格战”，义军击毙副将以下军官二十四名，“诸帅远却，遇春亦退”，入夜之后，义军点燃草团，四面出击，清军不支，只得从苍溪败逃。冉天元遂率部向巴州方向转移。
嘉庆五年初（1800年），冉天元经定远县的石板沱渡嘉陵江进入川西，与东乡义军、达州义军会师。由于在深山老林中流民的大量加入，义军从数千增至数万。冉天元率众攻蓬溪，行至高院场与前来堵截的清军遭遇，阵斩清总兵朱射斗。为接应进入甘肃的义军，冉天元率部北上梓植、剑州（今剑阁）。清军德楞泰部自陕西回师，驻扎广兀，阻截义军北上，双方在自家坝遭遇。义军且战且退，将清军引至主力所埋伏的新店子。义军“占据九座山包，排列整齐”，清军进入埋伏后被“三面环绕”，“刀矛交错，鏖战两时之久”，清军“箭支射尽，持刀砍杀”，直至天黑才得突围。
清军突围后，很快得到增援，兵分四路向冉天元部发起攻击：赛冲阿等攻包家沟；阿哈保攻火石垭；温春攻龙子观；德楞泰攻马蹄冈。德楞泰在马蹄冈陷入埋伏，冉天元与德楞泰短兵相接，德楞泰率亲兵数人，下马占据山巅，冉天元率众登山仰攻，在此关键时刻，当地地主团练头目罗思举率乡勇增援德楞泰，“急令兵多拾雹石”，纵乱石雨击，冉天元因坐骑中箭，跌入山涧，被俘遇害。
马蹄冈之战后，该部义军尚有万余，自剑州南下，转战川西及西充、盐亭、阆中一带，后又北上甘肃与阶州、岷州义军会合。
王三槐、冷天禄的兴衰。
王三槐，东乡人，“向来学习巫师，与人禳灾治病”，乾隆五十七年，拜冷天禄为师，“学习灵文经咒”。嘉庆元年二月，因被堂兄弟王元伯诬为白莲教，“逃往后河吴魁家躲藏”，王三槐母、妻均被抓拿。遂在嘉庆元年九月，“约会同伙七百多人。在本地莲池沟起事”。
王三槐、冷天禄被清朝廷视为“川匪最悍者”，彼等所居“川东数州县，皆界连汉南大小巴山，袤延千余里”。嘉庆三年初，王三槐、冷天禄等与清军大战于云阳、开县之间，断清军粮道，致使清军“缺饷两月，乡勇四散”。紧接着又在梓撞庙、九龙山、铁索桥、金盆池一带接连大败清军。
王三槐经不住清朝廷招降的诱惑，嘉庆三年八月，去清军大营谈判招抚事，被逮，解京处死。但东乡义军仍在冷天禄的指挥下，在安乐坪与清军对抗。该年十一月，清军包围安乐坪，因寨中粮、盐将尽，冷天禄诈称请降，以麻痹清军，乘夜突围。直至冷天禄在穆克登布、杨遇春的遭遇战中，“毙于箭”，东乡义军一直出没于巴山蜀水。
在低潮中转战。
白莲教起义后，清统治者号召地方官吏组织团练、乡勇配合清军作战，又在追剿义军的过程中实行“坚壁清野”，“并小村入大村，移平处就险处，深沟高垒，积谷缮兵，移百姓所有积聚，实于其中。贼未至则力农、贸易，各安其生；贼既至则闭栅登陴，相与为守，民有所恃而无恐，自不至于逃亡”。使得“据险之贼，不能下山掠食”，“坐困月余，积粮既竭，终亦归于死亡逃散而已”。自嘉庆六年（1801年）下半年，义军被局限在川、楚、陕交界处转战。“自陕入川，由川折陕，皆在沿边一带万山之中，冰雪之间，非老林不走，非极险不屯，所窜之路，多系羊肠鸟道”。
在这种极为艰难的流动作战中，一支支义军相继陷入失败：
嘉庆六年初，王廷诏在川陕边界的鞍子沟战败被俘，“槛送京师”；该年四月，义军首领马学礼、高天得在大宁二郎坝被俘；同年八月义军首领冉天泗、王世虎在简池坝被杀。
嘉庆七年（1802年）六月，樊人杰部在湖北房山县战败，撤退时误入马鹿坪绝地，该地峰高路险，前有大溪挡路，后有清军追击，该部义军（包括妇孺）五百余人全部跳入湍流的溪中，“俱行淹没”，樊人杰与三个企图生擒他的清兵“扭在一处，溜至急湍处所，均为巨浪搏击下滩，杳无踪影”该年七月，苟文明在宁陕厅花石岩被围，无法突围，跳崖身亡。
嘉庆八年（1803年）三月，冯天保等数十人在与清军交战中殁于阵。
嘉庆九年（1804年）九月，苟文润所率领的最后一支义军被击溃，苟文润、苟朝九等被俘遇害。
历时九年的白莲教起义，被清军平定，清朝廷为此付出沉重的代价：
靡饷二亿两；
出动军队“共计十一万七千六百六十二名”；
动用战马“共四万二千五百六十三匹外，尚有各省购买者”；
转运粮食，截止嘉庆七年“陕、湖、川三省动拨米三百四十万五千六百二十九石有奇；山西协济谷七百八十石有奇；江西米二千四百石；安徽六万石；湖南北截留漕米三十三万五千五百石”。
注释
①《清世祖实录》。
②刘之协派刘起荣携银二百两前往甘肃送交刘松，行至扶沟因行迹可疑被捕，刘自认行窃，后又翻供，云银钱系表兄刘之协令其贩货所给。
③《清仁宗实录》卷七八。
④高廷瑶：《宦游纪略》卷上。
⑤《清史稿·谷际岐传》。
⑥《勘靖教匪述编》。
⑦《军机处录副奏折》。
⑧据张正谟口供；“初上山时，计同教家眷并掳来人口共有二万以外，不习教的约有一半。”（军机处录副奏折）
⑨《军机处录副奏折》。
⑩周凯：《纪邪匪齐二寡妇之乱》。