清王朝在定鼎燕京之后，面临的敌对势力有：相继建立的南明福王①政权、唐王②政权、鲁王③政权、桂王④政权；败撤中的李自成⑤、盘踞成都的张献忠⑥以及此起彼伏的各地抗清义军⑦。在经历近二十年的征战之后（1644—1662年），清王朝才迎来海内统一。
攻陷扬州。
顺治元年（1644年）十月，清朝廷任命豫亲王多铎⑧为定国大将军，率军南下，征讨在南京建立的南明福王政权，一举荡平江南。
时南明福王政权在江北设置四镇，以总兵刘泽清辖淮海，驻淮北；高杰辖徐泅，驻泗州；刘良佐辖凤寿，驻临淮；黄得功辖滁和，驻庐州；并以大学士史可法坐镇扬州，节制四镇。
是年十一月，清军渡过黄河，进逼归德、徐州，史可法调高杰率部北上，趋归德，牵制清军。翌年正月中旬，高杰在睢州被已与清军有秘约的南明睢州总兵许定国诱杀⑨。未几，驻防湖北的南明宁南侯左良玉以“清君侧”为名，挥军顺流而下⑩，把持南明朝政的马士英调黄得功、刘泽清、刘良佐三镇兵入卫。因而当清军四月十四日渡淮之时，南明以四镇为核心的江北防线已不复存在。
顺治二年（南明弘光元年，1645年）四月十八日，清军兵临扬州城下。史可法拒绝多铎的劝降，但其部下——总兵李栖凤、监军副使高岐凤却于二十二日率所部降清，扬州防守益单。
四月二十三日清军把大炮从泗州运至扬州，并于次日轰击城垣。四月二十五日，在经历三天炮击后扬州陷落。扬州守兵坚持巷战，直至全部遇难。史可法自杀未遂，被清军抓获，不屈而死。清军攻入扬州后，大事屠戮十天，始宣布封刀，被杀百姓多达八十余万。
占领南京。
五月初二多铎率清军从扬州出发，抵达瓜洲，“谋渡江”。多铎“令军中每人具案（即长形桌子）二张，火十把”，又令“众兵掠民间台几及扫帚，将帚系缚台几足上”。初八夜，大雾，清军以备好的几案、扫帚“沃油燃火”，“放入江中，”顺流而下，火光彻天”，以为疑兵之计。清军主力已抵镇江，“从七里港渡江”，翌日清晨“尽抵南岸”。南明军队“一时皆溃，武弁各卸甲鼠窜”。
五月初十夜半，福王得悉清军渡江“从通济门出奔太平府”，投奔南明诚意伯刘孔昭，刘孔昭“闭门不纳”，朱由崧又逃至芜湖投奔黄得功。五月十一，福王政权的拥立者马士英“走浙江”，南京城一片混乱。
五月十五，多铎率清军开进南京，弘光朝廷的文臣武将数百人，马步兵二十万俱投降。清军入城时，“正大雨淋漓”，南明官员“跪道旁”，“无一人敢稍后者”。
顺治帝五月二十五日清军在芜湖击败黄得功，生擒福王朱由崧。
进军江阴。
南京陷落后，江阴生员聚于明伦堂，倡言抗清，推举原典史阎应元主持其事。遂于顺治二年闰六月初一，拘拿清朝廷派至江阴的县令，“四城内外响应者数万人”。
降将刘良佐引清兵十万包围江阴。阎应元“制火球、火箭之类”，“从城上投下”，“敌皆畏之”。清军破松江后，以“马步二十万尽来江上”，“城下大炮日增，间五六尺地一，其弹飞如雹”。江阴在被围困的八十一天消灭清军七万五千。
八月二十一日夜，江阴城垣被轰坍，“城遂陷”。“清兵俱集城上，恐有伏”，至次日午后“见城中大沸，遂下，纵兵大杀”，“杀至夜始收兵，复上城。及天明，下城大杀，凡三日”，“尸骸满道，死者如市”，有一条三十余丈的河沟，“积尸与桥齐”。阎应元在城破后自杀未遂，被清军杀害。
鲁王、唐王的相继败亡。
顺治三年（南明隆武二年，1646年）五月。数百清兵渡过钱塘江，鲁王朝廷的拥立者方国安虽拥兵十万，不战自溃，急奔绍兴，挟鲁王南逃。清征南大将军博洛，不到一个月即破义乌、取金华、下衢州、陷严州，直奔由浙入闽的咽喉要道仙霞关。当时驻守仙霞关的系南明忠孝伯郑成功。郑成功之父郑芝龙是唐王政权的拥立者，在清军压境的情况下，郑芝龙决意降清。为了表明降清之意，郑芝龙从接到洪承畴劝降信后，即断绝仙霞关驻军的粮饷，迨至该年八月断饷已三个月的郑成功部，从驻地开拔，回福州索饷，清军遂从容进入福建。
该年八月唐王朱聿键拟经江西进入湖北，投奔坚持抗清的南明湖广总督何腾蛟，行至汀州（今福建省长汀）被清军抓获（八月二十九日）。
西充凤凰山之战。
顺治三年初（1646年），清朝廷任命肃亲王豪格为靖远大将军，统军入川，讨伐张献忠。
该年七月，张献忠得悉清军由陕入川，即从成都开拔，拟由川入陕，绕到清军背后，避敌锋芒，十一月张献忠部已进抵西充凤凰山。
十一月二十六日，张献忠部下——驻守保宁（今四川省阆中）的刘进忠降清，引导清军直奔张献忠六十万军队的营地。豪格率部日夜兼程，于次日清晨抵达西充凤凰山。时值大雾迷漫，直至清军逼近营门，张献忠才仓皇应变，未及披甲，仅腰插三矢即冲出营门，旋即中箭身亡。张献忠养子孙可望、李定国等率残部退入川南，未几即由川入黔。豪格亦穷追不舍，尾随孙可望、李定国之后兵进贵州，直至翌年八月豪格才率部从遵义班师。
攻克南昌。
顺治五年正月二十七（1648年2月20日），清江西提督金声桓、副将王得仁等举兵反清，遣使向南明桂王政权称臣。九江、无为、庐江等地纷纷响应。同年四月初十，广东提督李成栋接应金声桓，改奉南明永历正朔。
金声桓等囿于“宁庶人起兵不破赣，卒贻后患”的教训，派遣重兵南下赣州，拒不采纳顺江而下，或取江南、或取武昌、汉口的建议。该年三月，清朝廷任命满洲正黄旗固山额真谭泰为征南大将军，统兵征江西。同年五月。清军进抵九江、南康、饶州等地、直逼南昌。久攻赣州不下的金声桓立即撤军，返回南昌，南昌遂为孤城。
顺治五年八月，南明永历朝廷命李成栋率所部二十万赴南昌，援救被围困两个月的金声桓。李成栋部于十月底抵达赣州，在“城外结营”，遭城内清军夜袭，大败，“二十万士卒器械悉委弃赣州府城下”。翌年二月在信丰再次遭到清军突袭，“满营溃乱”，李成栋在突围时溺水而死。
顺治六年（1649年）正月，清军大炮运至南昌城下，粮尽援绝的南昌在被围困六个月后，被大炮攻陷，时为正月十九日午时。金声桓投水而死，麾下将士大多在巷战中阵亡。
围困大同。
顺治五年十二月初三（1649年1月15日）清大同总兵姜壤举兵叛变，兵进宁武、保德、榆林、雁门关、代州、五台等地，“其附近十一城皆叛”。
该年十一月，清朝廷因“喀尔喀部落二楚虎尔行猎”，逼临清边界，遣英亲王阿济格、端重郡王博洛、承泽郡王硕塞、贝子拜音图、公傅勒赫、岳乐等“统兵戍守大同”。阿济格遂于十二月初四包围大同，“请发红衣炮以为攻城之用”。
翌年二月十四，摄政王多尔衮“统内外官兵往征大同”。多尔衮遣入“薄城”劝降，姜壤在给回启中写道：“臣自甲申年五月间，闻摄政王驾入燕京，不远千里，率领边塞兵民归顺清朝……五年以来殚心毕力，统众弹压，未有毫发罪过，臣可谓克尽厥职矣。但上不真诚以待，不惟臣一人未蒙升赏，而效忠归顺之民亦阽危已极。且选出各官又肆行凌虐，民益难堪。顷者英王师至，催办粮草，绅士军民苦不可当，动辄欲行杀戮，……王纵开诚肆赦，谁敢遽信，是惟更降一谕，明指以全活之方。若不开恩，臣惟率众以俟，无他想望矣。”
因豫亲王多铎出痘，多尔衮抵大同不久即班师回京。七月初一多尔衮率师再征大同。多尔衮令巽亲王满达海、谦郡王瓦克达统兵征宁武、朔州等地。七月十四，多尔衮行至阿鲁席巴尔台，“罢大同之行”，回京后命英亲王阿济格、贝子巩阿岱等统兵前往大同，在此期间进军山西的博洛捷报频传，先后克清原、文水、交城、平阳、汾州等地。姜壤所据守的大同越发孤危。
顺治六年八月二十八。姜壤部将杨振威等二十三人斩姜壤及其兄弟姜琳、姜有光开城降清，被围困近九个月的大同陷落。除杨振威等二十三人的家属及下属兵丁六百余人外，其余军民“尽行诛之”。
桂林战守。
顺治六年（南明永历三年，1649年）六月，清朝廷“遣平南王尚可喜、靖南王耿继茂出鄱阳，逾梅岭入广东；而定南王孔有德则渡洞庭，溯河入广西，时称三王征广”。翌年正月，“清兵陷南雄、韶州”，桂王朱由榔从肇庆逃往梧州。十月，清军攻大榕江，南明将领胡一青、赵印选“迎战失利，弃城走”，严关失守。驻扎在桂林的南明各路兵马纷纷开拔，“城中竟为一空矣”。
桂林留守、南明大学士瞿式耜、侍郎张同敞被孔有德杀害，时为顺治七年十一月十八日（1650年12月10日）。孔有德遂坐镇桂林，遣军追剿南明永历政权。
顺治九年（南明永历六年，1652年）李定国兵进湖南，克武岗，逼宝庆。驻守宝庆的清续顺公沈永忠退守湘潭。时孔有德主力分守南宁、柳州、梧州、庆远，桂林兵力空弱。李定国遂趋全州，取严关，进逼桂林，并在大榕江击败率军截堵的孔有德，孔有德大败而归，退守桂林。该年七月初二李定国兵临桂林。李定国以象阵攻城，两天后城破，孔有德自焚而死。
李定国乘胜兵进广西，广西所属十一个府，只有梧州府由孔有德部将马雄坚守。清朝廷遂于七月十五任命敬谨亲王尼堪为定远大将军，率精兵十五万往征湖南、广西。十一月二十三日行至湖南衡山遇伏，尼堪被李定国部斩于阵。清军接连失利，至有弃滇、黔、粤、桂、川、湘、赣等省与南明朝廷议和之意。
底定云贵。
顺治十年（1653年）十月，清朝廷任命洪承畴为经略，总督湖广（湖北、湖南）、广东、广西、云南、贵州五省军务，兼理粮饷，以对付李定国、孙可望及其所支持的永历政权，扭转因孔有德、尼堪败亡所酿成的不利局面。
顺治十四年（1657年）八月，孙可望率军十四万袭击李定国，兵败后逃至长沙，向洪承畴投降，开列云贵地形图为进见之礼。清朝廷得悉南明在云贵的兵力部署后，立即任命信郡王多尼为安远靖寇大将军，远征云贵。翌年四月清军已相继攻陷贵阳、遵义。李定国因孙可望旧部王自奇、关有才等在滇西的永昌为叛，自率兵讨之，无暇东顾入黔的清军。
顺治十五年（1658年）十月，清军在占领贵州后，兵分三路向云南挺进，多尼自贵阳出兵取道关岭至云南省会昆明；吴三桂自遵义出兵，经七星关入昆明；卓布泰自永顺出发经安隆、都匀趋昆明；洪承畴留守贵阳，为三路大军转运粮饷。李定国部将士在与三路清军交战中伤亡惨重，十余年所积精锐丧失殆尽。
十二月十五日桂王朱由榔从昆明撤出，逃至永昌，翌年初又自永昌逃至腾越。二月十八日，清军占领永昌。二十一日“扎筏渡潞江，江面不宽，水气甚恶”，“过江二十里有磨盘山”。磨盘山系通过腾越的必经之路，“所人之路坎陡，箐深曲曲，仅容单马”。李定国“亲自督兵将”，“筑栅数”道，“左右设伏”，俟敌军入伏后，发起攻击。
为追击桂王，吴三桂、卓布泰等在渡潞江后，即督军穿越磨盘山。当万余清军进入埋伏后，南明大理寺卿卢桂生降清。吴三桂得悉李定国设伏，急令后撤，炮击伏兵。李定国部也开炮还击，李定国所设伏兵六千以及来不及撤出的数千清兵全部在激战中丧生。此战是清军入黔、滇以来损失最为严重的一战。
二十二日夜，李定国率残部撤退。桂王朱由榔得悉败讯，也自腾越出奔，抵中缅边界的铜壁关，二十九日逾关入缅，南明永历政权名存实亡。
江宁之役。
为了减轻永历朝廷的军事压力，郑成功联络张煌言于顺治十六年（南明永历十三年，1659年）五月大举北伐。郑成功部从吴淞口入长江，溯江而上，连克瓜洲、镇江、兵临江宁（即南京）。张煌言部进军安徽，相继攻陷仪真、江浦、芜湖，大江南北有四府（太平、宁国、池州、徽州）、三州（广德、无为、和州）、二十四县望风迎降。
江宁系总督驻防之地，清两江总督郎廷佐在郑军抵达江宁之前，“将城外房屋悉行烧拆，近城十里居民俱令入城”，城外木柴“卖不完者俱火之”。时江宁驻防八旗二千，从贵州回京途经江宁的八旗兵丁有半个旗，不足一千，共计三千左右。七月二十二日，郑成功率水、陆军十余万、“拥战舰数千”抵达江宁，且在城外连扎八十三营，“安设大炮地雷，密布云梯”。郎廷佐遣人与郑成功接洽，“乞宽三十日之限”而献城，郑成功深信不疑，于是郑成功对江宁围而不攻。
在此期间，奉郎廷佐之命人援的苏松水师总兵梁化凤率兵三千破围入城，其他各路援军一千六百也相继冲入围城。七月二十三日为郑成功诞日，郑军设宴庆祝。郎廷佐乘郑军不备发起突袭，郑军仓皇应战，陆战失利，清军乘乱亦将泊江海舟焚毁，郑军战舰损失过千，遂顺江而下，退回厦门。被清军切断退路的张煌言部，焚舟登岸，且战且退，在围追堵截下几乎全军覆灭。
生擒桂王朱由榔。
桂王入缅后，即被缅甸国王软禁，南明将领白文选、李定国等相继率兵入缅迎桂王，均被阻。
顺治十八年正月，吴三桂遣使传檄缅甸，令缅甸国将桂王朱由榔献给清朝廷。该年九月，吴三桂“将五万人出南甸、陇川、猛卯，分二万余出姚关”，“十一月，会师木邦”。入缅接驾的白文选“方扼锡箔江”，清军前锋“疾驰三百里”击之，“白文选毁桥走茶山”，又遣军“分道追文选，俾不得窥木邦后路，而大军以筏渡趋缅，以降人为乡导。十二月，抵兰鸠江，缅人遂执永历（即桂王）及其母太后等，并从官各家口献军前”。
翌年三月，吴三桂将桂王押回云南，四月十五日朱由榔及其子在昆明被害。李定国在得悉桂王遇害后忧愤而亡，时为康熙元年（1662年）六月二十七日。
康熙元年三月十二日，清帝以“永历既获大勋克集”诏告天下，清王朝终于实现海内统一。
注释
①福王朱由崧于崇祯十七年五月初一在南京即位，以明年为弘光元年。
②唐王朱聿键于弘光元年（1645年）闰六月在福州即位，以本年七月为隆武元年。
③鲁王朱以海于弘光元年闰六月监国绍兴。
④桂王朱由榔于隆武二年（1646年）十一月即位肇庆，以明年为永历元年。
⑤清顺治二年五月，李自成退入湖北，在通山县九宫山被乡兵所杀，时年三十九岁。
⑥张献忠，陕西米脂人，与李自成同乡。崇祯三年揭竿而起。崇祯十七年八月攻陷成都后建国称帝，以明蜀王府为皇宫，国号“大西”。
⑦顺治二年六月，清朝廷颁布剃头令后，昆山、江阴、嘉定等地民众纷纷起义，抗击清军。
⑧多铎系努尔哈赤第十五子。
⑨许定国邀高杰入睢州相见，“置酒享杰”，乘其酒醉杀之降清，时为顺治二年三月。
⑩顺治二年三月初，一自称崇祯太子的少年抵南京，被弘光朝廷逮系，左良玉遂起兵。