由于上述种种原因的影响，仁宗即位之初那种一新政治、“风动天下”的锐气，到延祐二三年间便悄然消退。他的个性在内心矛盾的浸逼下变得乖戾多疑。哈剌契丹人回会某次奉召入对，进殿时看见仁宗近臣匆匆退出。他徐缓入殿，只见仁宗神情非常不高兴。这时左右没有他人在场。回会行礼后退立一旁。仁宗不作声，用手势命回会把殿门打开，很久，又用手势命他关上。又过了很久，仁宗命令他取某物敬奉御前。然后回会退出，左右侍臣方重新入殿。第二天，仁宗对他的一个亲信说：“我昨日端坐沉思时，神情显得很忧虑，左右侍臣看见后都吓得溜走了。但回会神色不变。那些溜走的人都是自觉问心有愧。回会自信没有什么亏心事，我也相信这一点。”仁宗对左右的猜忌也许没有什么道理，但他所谓“端居深念，忧形于色”，确实是发自内心的自白。
正是这种心态促使改革在仁宗在位后期明显陷于退坡。原先颁定的一些措施，甚至有收回的。延柘四年六月，敕诸王、驸马、功臣封地。仍旧制自辟达鲁花赤。同月，御史台四十余人联名参劾铁木迭儿受赂六万贯、占夺晋王田产等事。仁宗闻奏，震怒于宫廷，把太师印击碎在地。铁木迭儿躲进太后近侍的家里。仁宗无可奈何，以罢其相职了事。对诸王的滥封滥赏亦复逐渐开始。延祐五年，礼部奉旨铸三公等印竟达26颗。为统一国家政制法程而早在延祐三年已编定的制诏格例汇集，延宕多年没有颁行，也反映出仁宗后期中央政府的疲软和涣散。
这时他倦于政事，关心硕德八剌的顺利继统甚于一切。早在仁宗即位之初，就已为硕德八刺置四宿卫。延祐六年，又连续将原来属于他自己的东宫卫军左卫率府以及新组编的右卫率府划隶于硕德八剌。八月、十月，复以授皇太子玉册、郊祀诏天下。在此前后，他甚至向近臣放出空气说：“我听说前代都有太上皇的称号。现在皇太子已经成年了，可以居大位。我想做太上皇，与你们一起游览西山，以终天年，不是也很好吗？”
延祜七年（1320）正月，仁宗死于36岁上。硕德八剌在祖母扶持下继承皇位，后来被称为英宗。他不幸成为元代历史上第一个权臣弑宫的牺牲者。
南坡之变
元英宗自出生后便一直在他父亲仁宗身边长大。他所接受的儒家教育，与他之前的历代元帝相比较而言，算是很充分的。但他父亲的苦心安排，又使他成为元朝惟一的一个没有直接经历过任何风波曲折就临朝执政的皇帝。面对祖母答己太后，他实在是太稚嫩了。仁宗一死，答己梅花图太后便以太皇太后之尊制出中宫，把被罢了相的铁木迭儿重新调入中书省。铁木迭儿复相后，“睚眦必报”，对从前弹劾过他的人，逐个加以迫害。
自延祐七年正月仁宗去世直到至治二年（1332）秋，从元朝中央政府的政令中，可以明显地看出两个不同政治派别的施政倾向及其相互冲突。仁宗死后第三天，英宗尚重孝在身，“日瘤（音绰，吸或喝的意思）一粥”时，铁木迭儿已摇身一变，成了当朝右丞相。翌月，铁木迭儿即与内朝相为表里，夺前中书平章政事李孟所受秦国公印，命四川拘捕行省平章赵世延到京，并以违太后懿旨之罪杀前御史中丞杨朵儿只、中书省平章萧拜住。同时，与答己集团关系密切的黑驴、木八刺、赵世荣等人则相继从外省被调入中书。仁宗朝曾与答己和铁木迭儿相对抗的推行汉法的中坚分子，在英宗即位前已遭到清洗。幸免于难的汉人儒士，也在淫威逼慑下箝口摇手，不敢再多加议论。答己还想进一步扩大清洗范围，派人向英宗“请更朝官”。英宗大为不快，回答说：“现在难道是委任官员的时机吗？而且这些人都是先帝旧臣，怎么能轻易惊动他们。且等我即位后，与宗亲、元老商议，才可以贤者任之，邪者黜之。”
延祐七年三月，英宗在大都即位。此后，在有关朝廷中枢机构的人事安排上，帝后之间长期争执不下。太皇太后早有“我不该养这个小儿”的悔言出口。英宗即位两个月，岭北行省平章政事阿散（原中书左丞相）、新任中书平章黑驴、徽政使失列门等人以谋废立被人告发。英宗不待问出口供，急忙下令把他们诛杀了事。大概他估计到这件事会与太皇太后有牵连，所以立即杀人灭口，防止案犯旁牵蔓引，致使帝后矛盾进一步表面化。为了绝太皇太后废君另立之心，英宗不惜骨肉相残，杀死了自己的兄弟兀都不花。
尽管有后党的牵制，英宗登基之后，还是急切地希望有所动作。他下诏，由吏入官者秩止从七品，恢复了仁宗曾经公布但又很快收回的规定；命京师势家与民均役；罢僧、工、伶滥爵及建寺、豢兽之费；禁僧人驰驿；禁献珠宝；毁上都回回寺，改建帝师寺；课回回散居郡县者，户岁输包银二两。此外还有一大批官僚机构被压低品秩，有的干脆被撤罢。为增加国家岁入，政府决定增两淮、荆湖、江南东西道田赋，斗加二升。
不过上述措施的实际效果究竟如何，不是没有问题的。继延祐七年六月罢徽政院后半个多月，又有罢章庆司、延福司、群牧监之命。这些都是徽政院所属司署。如果撤销徽政院的前令已经实施，后来就不必再下诏罢章庆等司。第二次诏令是否生效仍有疑问。据《元史·百官志》，章庆司、群牧监和徽政院的其他许多所属机构一样，是在答己死去次年（至治三年）才撤销的。可见英宗的诏旨，有一些在京城之内都得不到实行。关于罢建寺之费等规定，更被他本人热衷营造的行为所破坏。延祐七年十一月，诏“各郡建帝师八思巴殿，其制视孔子庙有加”。这应是在全国范围修建帝师寺的开始。这一时期其他营建项目也不少，甚至已到“民劳役巨”的地步。
从至治二年（1332）起，英宗一方的势力似乎稍见上升。大概这时候太皇太后病势已经不轻，所以铁木迭儿和他的死党、中书左丞张思明都采取守势，“称疾”家居不出。三月，诏建木华黎祠于东平。英宗的亲信、左丞相拜住（木华黎后人）奉旨前去立碑。铁木迭儿听说拜住出行，以为可以到中书省莅政了。他想入朝请命，但刚走到内门，就遇到英宗派来赐酒的使者，对他说：“你已年老，应当自爱。等新年时入朝不晚。”那就是表示除了元旦朝会一类礼仪性场合外，皇帝不愿再见到他。铁木迭儿“怏快而还”。不久，他一定也真的生起病来。秋七月，英宗召张思明到上都，“数其罪，杖而逐之”，并籍其家。八九两月，铁木迭儿和答己先后死去，英宗的政治压力顿时减轻，他推进新政的决心也因而大为加强。“二期儒治”由此进入最后的高潮。
至治二年十月，英宗擢升拜住为中书右丞相，虚左丞相之位而不拜，表示对拜住信任之专。次年五月，又以铁失独署御史大夫事，与专任拜住用意相同。这时，拜住已兼领左、右钦察卫和宗仁卫事，铁失则兼领左、右阿速及中翊卫事。这两个人，前者是与英宗同样仰慕儒学、思大有为于天下，而又同样迂阔不谙世故的年轻的蒙古贵族，后一个早在宣徽院共事期间就与铁木迭儿互相勾结，做了铁木迭儿的“义子”。大概是在太后集团的有意安排下，铁失的妹妹嫁给英宗为妃。英宗被这一层“情过骨肉”的关系所迷惑，以致最后成为其妻舅的刀下鬼。把朝廷的中枢行政、监察和皇家近卫军的大权如此集中地托付在这两个人手里，隐约反映出英宗身边堪受信用的人似乎并不很多。