明年，国子监建启圣公祠成。从尚书李时言，春秋祭祀，与文庙同日。笾豆牲帛视四配，东西配位视十哲，从祀先儒程晌、朱松、蔡元定视两庑。辅臣代祭文庙，则祭酒祭启圣祠。南京祭酒于文庙，司业于启圣祠。遂定制，殿中先师南向，四配东西向。稍后十哲：闵子损、冉子雍、端木子赐、仲子由、卜子商、冉子耕、宰子予、冉子求、言子偃、颛孙子师皆东西向。两庑从祀：先贤澹台灭明、宓不齐、原宪、公冶长、南宫适、高柴、漆雕开、樊须、司马耕、公西赤、有若、琴张、申枨、陈亢、巫马施、梁鳣、公昽哀、商瞿、冉孺、颜辛、伯虔、曹恤、冉季、公孙龙、漆雕哆、秦商、漆雕徒父、颜高、商泽、壤驷赤、任不齐、石作蜀、公良孺、公夏首、公肩定、后处、鄡单、奚容蒧、罕父黑、颜祖、荣旂、秦祖、左人郢、句井疆、郑国、公祖句兹、原亢、县成、廉洁、燕伋、叔仲会、颜之仆、邽巽、乐欬、公西舆如、狄黑、孔忠、公西蒧、步叔乘、施之常、秦非、颜哙，先儒左丘明、公羊高、谷梁赤、伏胜、高堂生、孔安国、毛苌、董仲舒、后苍、杜子春、王通、韩愈、胡瑗、周敦颐、程颢、欧阳修、邵雍、张载、司马光、程颐、杨时、胡安国、朱熹、张栻、陆九渊、吕祖谦、蔡沈、真德秀、许衡凡九十一人。
隆庆五年，以薛瑄从祀。万历中，以罗从彦、李侗从祀。十二年，又以陈献章、胡居仁、王守仁从祀。二十三年，以宋周敦颐父辅成从祀启圣祠。又定每岁仲春、秋上丁日御殿传制，遣大臣祭先师及配位。其十哲以翰林官、两庑以国子监官各二员分献。每月朔，及每科进士行释菜礼。司府州县卫学各提调官行礼。
牲用少牢，乐如太学。京府及附府县学，止行释菜礼。崇祯十五年，以左丘明亲授经于圣人，改称先贤。并改宋儒周、二程、张、朱、邵六子亦称先贤，位七十子下，汉唐诸儒之上。然仅国学更置之，阙里庙廷及天下学宫未遑颁行也。
旗纛
旗纛之祭有四。其一，洪武元年，礼官奏：“军行旗纛所当祭者，旗谓牙旗。
黄帝出军诀曰：‘牙旗者，将军之精，一军之形侯。凡始竖牙，必祭以刚日。’
纛，谓旗头也。《太白阴经》曰：‘大将中营建纛。天子六军，故用六纛。牦牛尾为之，在左騑马首。’唐、宋及元皆有旗纛之祭。今宜立庙京师，春用惊蛰，秋用霜降日，遣官致祭。”乃命建庙于都督府治之后，以都督为献官，题主曰军牙之神、六纛之神。七年二月，诏皇太子率诸王诣阅武场祭旗纛，为坛七，行三献礼。后停春祭，止霜降日祭于教场。其二，岁暮享太庙日，祭旗纛于承天门外。
其三，旗纛庙在山川坛左。初，旗纛与太岁诸神合祭于城南。九年，别建庙。每岁仲秋，天子躬祀山川之日，遣旗手卫官行礼。其正祭，旗头大将、六纛大将、五方旗神、主宰战船正神、金鼓角铳炮之神、弓弩飞枪飞石之神、阵前阵后神祇五昌等众，凡七位，共一坛，南向。皇帝服皮弁，御奉天殿降香。献官奉以从事。
祭物视先农，帛七，黑二白五。瘗毛血、望燎，与风云雷雨诸神同。祭毕，设酒器六于地。刺雄鸡六，沥血以衅之。其四，永乐后，有神旗之祭，专祭火雷之神。
每月朔望，神机营提督官祭于教场。牲用少牢。凡旗纛皆藏内府，祭则设之。
王国祭旗纛，则遣武官戎服行礼。天下卫所于公署后立庙，以指挥使为初献官。僚属为亚献、终献。仪物杀京都。
五祀
洪武二年定制，岁终腊享，通祭于庙门外。八年，礼部奏：“五祀之礼，周、汉、唐、宋不一。今拟孟春祀户，设坛皇宫门左，司门主之。孟夏祀灶，设坛御厨，光禄寺官主之。季夏祀中霤，设坛乾清宫丹墀，内官主之。孟秋祀门，设坛午门左，司门主之。孟冬祀井，设坛宫内大庖井前，光禄寺官主之。四孟于有事太庙之日，季夏于土旺之日，牲用少牢。”制可。从定中霤于奉天殿外文楼前。
又岁暮合祭五祀于太庙西庑下，太常寺官行礼。
马神
洪武二年命祭马祖、先牧、马社、马步之神，筑坛后湖。礼官言：“《周官》春祭马祖，天驷星也；夏祭先牧，始养马者；秋祭马社，始乘马者；冬祭马步，乃神之灾害马者。隋用周制，祭以四仲之月。唐、宋因之。今定春、秋二仲月，甲、戊、庚日，遣官致祀。为坛四，乐用时乐，行三献礼。”四年，蜀明升献良马十，其一白者，长丈余，不可加鞯勒。太祖曰：“天生英物，必有神司之。”
命太常以少牢祀马祖，囊沙四百斤压之，令人骑而游苑中，久之渐驯。帝乘之以夕月于清凉山。比还，大悦，赐名飞越峰。复命太常祀马祖。五年，并诸神为一坛，岁止春祭。永乐十二年，立北京马神祠于莲花池。其南京马神，则南太仆主之。
南京神庙
初称十庙。北极真武以三月三日、九月九日，道林真觉普济禅师宝志以三月十八日，都城隍以八月祭帝王后一日，祠山广惠张王渤以二月十八日，五显灵顺以四月八日、九月二十八日，皆南京太常寺官祭。汉秣陵尉蒋忠烈公子文、晋成阳卞忠贞公壸、宋济阳曹武惠王彬、南唐刘忠肃王仁瞻、元卫国忠肃公福寿俱以四孟朔，岁除，应天府官祭。惟蒋庙又有四月二十六日之祭。并功臣庙为十一。
后复增四：关公庙，洪武二十七年建于鸡笼山之阳，称汉前将军寿亭侯。嘉靖十年订其误，改称汉前将军汉寿亭侯。以四孟岁暮，应天府官祭，五月十三日，南京太常寺官祭。天妃，永乐七年封为护国庇民妙灵昭应弘仁普济天妃，以正月十五日、三月二十三日，南京太常寺官祭。太仓神庙，以仲春、秋望日，南京户部官祭。司马、马祖、先牧神庙，以春、秋仲月中旬，择日南京太仆寺官祭。诸庙皆少牢，真武与真觉禅师素羞。
功臣庙
太祖既以功臣配享太庙，又命别立庙于鸡笼山。论次功臣二十有一人，死者塑像，生者虚其位。正殿：中山武宁王徐达、开平忠武王常遇春、岐阳武靖王李文忠、宁河武顺王邓愈、东瓯襄武王汤和、黔宁昭靖王沐英。羊二，豕二。西序：越国武庄公胡大海、梁国公赵德胜、巢国武壮公华高、虢国忠烈公俞通海、江国襄烈公吴良、安国忠烈公曹良臣、黔国威毅公吴复、燕山忠愍侯孙兴祖。东序：
郢国公冯国用、西海武壮公耿再成、济国公丁德兴、蔡国忠毅公张德胜、海国襄毅公吴桢、蕲国武义公康茂才、东海郡公茅成。羊二，豕二。两庑各设牌一，总书“故指挥千百户卫所镇抚之灵”。羊十，豕十。以四孟岁暮，遣驸马都尉祭。
初，胡大海等殁，命肖像于卞壸、蒋子文之庙。及功臣庙成，移祀焉。永乐三年，以中山王勋德第一，又命正旦、清明、中元、孟冬、冬至遣太常寺官祭于大功坊之家庙，牲用少牢。
京师九庙
京师所祭者九庙。真武庙，永乐十三年建，以祀北极佑圣真君。正德二年改为灵明显佑宫，在海子桥之东，祭日同南京。
东岳泰山庙，在朝阳门外，祭以三月二十八日。
都城隍庙，祭以五月十一日。
汉寿亭侯关公庙，永乐间建。成化十三年，又奉敕建庙宛平县之东，祭以五月十三日。皆太常寺官祭。
京都太仓神庙，建于太仓，户部官祭。
司马、马祖、先牧神庙，太仆寺官祭。
宋文丞相祠，永乐六年从太常博士刘履节请，建于顺天府学之西。元世祖庙，嘉靖中罢。皆以二月，八月中旬顺天府官祭。