万历元年，河决房村，筑堤洼子头至秦沟口。明年，给事中郑岳言：
“运道自茶城至淮安五百馀里，自嘉靖四十四年河水大发，淮口出水之际，海沙渐淤，今且高与山等。自淮而上，河流不迅，泥水愈淤。於是邳州浅，房村决，吕、梁二洪平，茶城倒流，皆坐此也。今不治海口之沙，乃日筑徐、沛间堤岸，桃、宿而下，听其所之。民之为鱼，未有已时也。”因献宋李公义、王令图浚川爬法。命河臣勘奏，从其所言。而是年秋，淮、河并溢。明年八月河决砀山及邵家口、曹家庄、韩登家口而北，淮亦决高家堰而东，徐、邳、淮南北漂没千里。
自此桃、清上下河道淤塞，漕艘梗阻者数年，淮、扬多水患矣。总河都御史傅希挚改筑砀山月堤，暂留三口为泄水之路。其冬，并塞之。
四年二月，督漕侍郎吴桂芒言：“淮、扬洪潦奔冲，盖缘海宾汊港久堙，入海止云梯一径，致海拥横沙，河流泛溢，而盐、安、高、宝不可收拾。国家转运，惟知急漕，而不暇急漕，而不暇急民，故朝廷设官，亦主治河，而不知治海。请设水利佥事一员，专疏海道，审度地利，如草湾及老黄河皆可趋海，何必专事云梯哉？”帝优诏报可。
桂芳复言：“黄水抵清河与淮合流，经清江浦外河，东至草湾，又折而西南，过淮安、新城外河，转入安东县前，直下云梯关入海。近年关口多壅，河流日浅，惟草湾地低下，黄河冲决，骎骎欲夺安东入海，以县治所关，屡决屡塞。去岁，草湾迤东自决一口，宜於决口之西开挑新口，以迎埽湾之溜，而於金城至五港岸筑堤束水。语云：“救一路哭，不当复计一家哭。”今淮、扬、凤、泗、邳、徐不啻一路矣。安东自众流汇围，只文庙、县署仅存椽瓦，其势垂陷，不如委之，以拯全淮。”帝不欲弃安东，而命开草湾如所请。八月，工竣，长万一千一百馀丈，塞决口二十二，役夫四万四千。帝以海口开浚，水患渐平，赉桂芳等有差。
未几，河决韦家楼，又决沛县缕水堤，丰、曹二县长堤，丰、沛、徐州、睢宁、金乡、鱼台、单、曹田庐漂溺无算，河流啮宿迁城。帝从桂芳请，迁县治、筑土城避之。於是御史陈世宝请复老黄河故道，言：“河自桃源三义镇历清河县北，至大河口会淮入海。运道自淮安天妃庙乱淮而下，十里至大河口，从三义镇出口向桃源大河而去，凡七十馀里，是为老黄河。至嘉靖初，三义镇口淤，而黄河改趋清河县南与淮会，自此运道不由大河口而径由清河北上矣。近者，崔镇屡决，河势渐趋故道。若仍开三义镇口引河入清河北，或令出大河口与淮流合，或从清河西别开一河，引淮出河上游，则运道无恐，而淮、泗之水不为黄流所涨。”
部覆允行。
桂芳言：“淮水向经清河会黄河趋海。自去秋河决崔镇，清江正河淤淀，淮口梗塞。於是淮弱河强，不能夺草湾入海之途，而全淮南徙，横灌山阳、高、宝间，向来湖水不逾五尺，堤仅七尺，今堤加丈二，而水更过之。宜急护湖堤以杀水势。”部议以为必淮有所归，而后堤可保，请令桂芳等熟计。报可。
开河、护堤二说未定，而河复决崔镇，宿、沛、清、桃两岸多坏，黄河日淤垫，淮水为河所迫，徙而南，时五年八月也。希挚议塞决口，束水归漕。桂芳欲冲刷成河，以为老黄河入海之路。帝令急塞决口，而俟水势稍定，乃从桂芳言。
时给事中汤聘尹议导淮入江以避黄，会桂芳言：“黄水向老黄河故道而去，下奔如驶，淮遂乘虚涌入清口故道，淮、扬水势渐消。”部议行勘，以河、淮既合，乃寝其议。
管理南河工部郎中施天麟言：
“淮、泗之水不下清口而下山阳，从黄浦口入海。浦口不能尽泄，浸淫高、宝邵伯诸湖，而湖堤尽没，则以淮、泗本不入湖，而今入湖故也。淮、泗之入湖者，又缘清口向未淤塞，而今淤塞故也。清口之淤塞者，又缘黄河淤塞日高，淮水不得不让河而南徙也。盖淮水并力敌黄，胜负或亦相半，自高家堰废坏，而清口内通济桥、朱家等口淮水内灌，於是淮、泗之力分，而黄河得以全力制其敝，此清口所以独淤於今岁也。下流既淤，则上流不得不决。
每岁粮艘以四五月毕运，而堤以六七月坏。水发之时不能为力，水落之后方图堵塞。甫及春初，运事又迫，仅完堤工，於河身无与。河身不挑则来年益高。
上流之决，必及於徐、吕，而不止於邳、迁；下流之涸，将尽乎邳、迁，而不止於清、桃。须不惜一年粮运，不惜数万帑藏，开挑正河，宽限责成，乃为一劳永逸。
至高家堰、朱家等口，宜及时筑塞，使淮、泗并力足以敌黄，则淮水之故道可复，高、宝之大患可减。若兴、盐海口堙塞，亦宜大加疏浚。而湖堤多建减水大闸，堤下多开支河。要未有不先黄河而可以治淮，亦未有不疏通淮水而可以固堤者也。”事下河漕诸臣会议。
淮之出清口也，以黄水由老黄河奔注，而老黄河久淤，未几复塞，淮水仍涨溢。给事中刘铉请亟开通海口，而简大臣会同河漕诸臣往治。乃命桂芳为工部尚书兼理河漕，而裁总河都御史官。桂芳甫受命而卒。
六年夏，潘季驯代。时给事中李涞请多浚海口，以导众水之归。给事中王道成则请塞崔镇决口，筑桃、宿长堤，修理高家堰，开复老黄河。并下河臣议。季驯与督漕侍郎江一麟相度水势，言：
“海口自云梯关四套以下，阔七八里至十馀里，深三四丈。欲别议开凿，必须深阔相类，方可注放，工力甚难。且未至海口，乾地犹可施工，其将入海之地，潮汐往来，与旧口等耳。旧口皆系积沙，人力虽不可浚，水力自能冲刷，海无可浚之理。惟当导河归海，则以水治水，即浚海之策也。河亦非可以人力导，惟当缮治堤防，俾无旁决，则水由地中，沙随水去，即导河之策也。
频年以来，日以缮堤为事，顾卑薄而不能支，迫近而不能容，杂以浮沙而不能久。是以河决崔镇，水多北溃，为无堤也。淮决高家堰、黄浦口，水多东溃，堤弗固也。不咎制之未备，而咎筑堤为下策，岂通论哉！上流既旁溃，又岐下流而分之，其趋云梯入海口者，譬犹强弩之末耳。水势益分则力益弱，安能导积沙以注海？
故今日浚海急务，必先塞决以导河，尤当固堤以杜决，而欲堤之不决，必真土而勿杂浮沙，高厚而勿惜钜费，让远而勿与争地，则堤乃可固也。沿河堤固，而崔镇口塞，则黄不旁决而冲漕力专。高家堰筑，朱家口塞，则淮不旁决而会黄力专。淮、黄既合，自有控海之势。又惧其分而力弱也，必暂塞清江浦河，而严司启闭以防其内奔。姑置草湾河，而专复云梯以还其故道。仍接筑淮安新城长堤，以防其末流。使黄、淮力全，涓滴悉趋於海，则力强且专，下流之积沙自去，海不浚而辟，河不挑而深，所谓固堤即以导河，导河即以浚海也。”
又言：“黄水入徐，历邳、宿、桃、清，至清口会淮而东入海。淮水自洛及凤，历盱、泗，至清口会河而东入海。此两河故道也。元漕江南粟，则由扬州直北庙湾入海，未尝溯淮。陈瑄始堤管家诸湖，通淮为运道。虑淮水涨溢，则筑高家堰堤以捍之，起武家墩，经大、小涧至阜宁湖，而淮不东侵。又虑黄河涨溢，则堤新城北以捍之，起清江浦，沿钵池山、柳浦湾迤东，而黄不南侵。
其后，堤岸渐倾，水从高堰决入，淮郡遂同鱼鳖。而当事者未考其故，谓海口壅闭，宜亟穿支渠。讵知草湾一开，西桥以上正河遂至淤阻。夫新河阔二十馀丈，深仅丈许，较故道仅三十之一，岂能受全河之水？下流既壅，上流自溃，此崔镇诸口所由决也。今新河复塞，故河渐已通流，虽深阔未及原河十一，而两河全下，沙随水刷，欲其全复河身不难也。河身既复，阔者七八里，狭亦不下三四百丈，滔滔东下，何水不容？匪惟不必别凿他所，即草湾亦可置勿浚矣。
故为今计，惟修复陈瑄故迹，高筑南北两堤，以断两河之内灌，则淮、扬昏垫可免。塞黄浦口，筑宝应堤，浚东关等浅，修五闸，复五坝，则淮南运道无虞。坚塞桃源以下崔镇口诸决，则全河可归故道。黄、淮既无旁决，并驱入海，则沙随水刷，海口自复，而桃、清浅阻，又不足言。此以水治水之法也。若夫爬捞之说，仅可行诸闸河，前入屡试无功，徒费工料。”
於是条上六议：曰塞决口以挽正河，曰筑堤防以杜溃决，曰复闸坝以防外河，曰创滚水坝以固堤岸，曰止浚海工程以省糜费，曰寝开老黄河之议以仍利涉。帝悉从其请。
七年十月，两河工成，赉季驯、一麟银币，而遣给事中尹瑾勘实。八年春进季驯太子太保工部尚书，荫一子。一麟等迁擢有差。是役也，筑高家堰堤六十馀里，归仁集堤四十馀里，柳浦湾堤东西七十馀里，塞崔镇等决口百三十，筑徐、睢、邳、宿、桃、清两岸遥堤五万六千馀丈，砀、丰大坝各一道，徐、沛、丰、砀缕堤百四十馀里，建崔镇、徐升、季泰、三义减水石坝四座，迁通济闸於甘罗城南，淮、扬间堤坝无不修筑，费帑金五十六万有奇。其秋擢季驯南京兵部尚书。
季驯又请复新集至小浮桥故道，给事中王道成、河南巡抚周鉴等不可而止。自桂芳、季驯时罢总河不设，其后但以督漕兼理河道。高堰初筑，清口方畅，流连数年，河道无大患。
至十五年，封丘、偃师、东明、长垣屡被冲决。大学士申时行言：“河所决地在三省，守臣画地分修，易推委。河道未大坏，不必设都御史，宜遣风力老成给事中一人行河。”乃命工科都给事中常居敬往。居敬请修筑大社集东至白茅集长堤百里。从之。
初，黄河由徐州小浮桥入运，其河深且近洪，能刷洪以深河，利於运道。后渐徙沛县飞云桥及徐州大、小溜沟。至嘉靖末，决邵家口，出秦沟，由浊河口入运，河浅，迫茶城，茶城岁淤，运道数害。万历五年冬，河复南趋，出小浮桥故道，未几复堙。潘季驯之塞崔镇也，厚筑堤岸，束水归漕。嗣后水发，河臣辄加堤，而河身日高矣。於是督漕佥都御史杨一魁欲复黄河故道，请自归德以下丁家道口浚至石将军庙，令河仍自小浮桥出。又言：“善治水者，以疏不以障。年来堤上加堤，水高凌空，不啻过颡。滨河城郭，决水可灌。宜测河身深浅，随处挑浚，而於黄河分流故道，设减水石门以泄暴涨。”给事中王士性则请复老黄河故道。大略言：
“自徐而下，河身日高，而为堤以束之，堤与徐州城等。束益急，流益迅，委全力於淮而淮不任。故昔之黄、淮合，今黄强而淮益缩，不复合矣。黄强而一启天妃、通济诸闸，则灌运河如建瓴。高、宝一梗，江南之运坐废。淮缩则退而侵泗。为祖陵计，不得不建石堤护之。堤增河益高，根本大可虞也。河至清河凡四折而后入海。淮安、高、宝、盐、兴数百万生灵之命托之一丸泥，决则尽成鱼暇矣。
纷纷之议，有欲增堤泗州者，有欲开颜家、灌口、永济三河，南甃高家堰、北筑滚水坝者。总不如复河故道，为一劳永逸之计也。河故道由三义镇达叶家冲与淮合，在清河县北别有济运河，在县南盖支河耳。河强夺支河，直趋县南，而自弃北流之道，然河形固在也。自桃源至瓦子滩凡九十里，洼下不耕，无室庐填墓之碍，虽开河费钜，而故道一复，为利无穷。”
议皆未定。居敬及御史乔璧星皆请复专设总理大臣。乃命潘季驯为右都御史总督河道。
时帝从居敬言，罢老黄河议，而季驯抵官，言：“亲集故道，故老言‘铜帮铁底’，当开，但岁俭费繁，未能遽行。”又言：“黄水浊而强，汶、泗清且弱，交会茶城。伏秋黄水发，则倒灌人漕，沙停而淤，势所必至。然黄水一落，漕即从之，沙随水去，不浚自通，纵有浅阻，不过旬日。往时建古洪、内华二闸，黄涨则闭闸以遏浊流，黄退则启闸以纵泉水。近者居敬复增建镇口闸，去河愈近，则吐纳愈易。但当严闸禁如清江浦三闸之法，则河渠永赖矣。”帝方委季驯，即从其言，罢故道之议。未几，水患益甚。
十七年六月，黄水暴涨，决兽医口月堤，漫李景高口新堤，冲入夏镇内河，坏田庐，没人民无算。十月，决口塞。十八年，大溢，徐州水积城中者逾年。众议迁城改河。季驯浚魁山支河以通之，起苏伯湖至小河口，积水乃消。十九年九月，泗州大水，州治淹三尺，居民沉溺十九，浸及祖陵。而山阳复河决，江都、邵伯又因湖水下注，田庐浸伤。工部尚书曾同亨上其事，议者纷起。乃命工科给事中张贞观往泗州勘视水势，而从给事中杨其休言，放季驯归，用舒应龙为工部尚书总督河道。
二十年三月，季驯将去，条上辨惑者六事，力言河不两行，新河不当开，支渠不当浚。又著书曰河防一览，大旨在筑堤障河，束水归漕；筑堰障淮，逼淮注黄。以清刷浊，沙随水去。合则流急，急则荡涤而河深；分则流缓，缓则停滞而沙积。上流既急，则海口自辟而无待於开。其治堤之法，有缕堤以束其流，有遥堤以宽其势，有滚水坝以泄其怒。法甚详，言甚辩。然当是时，水势横溃，徐、泗、淮、扬间无岁不受患，祖陵被水。季驯谓当自消，已而不验。於是季驯言诎，而分黄导淮之议由此起矣。