二十一年，又命和行视闽粤，筑城增兵。置福建沿海指挥使司五，曰福宁、镇东、平海、永宁、镇海。领千户所十二，曰大金、定海、梅花、万安、莆禧、崇武、福全、金门、高浦、六鳌、铜山、玄钟。二十三年，从卫卒陈仁言，造苏州太仓卫海舟。旋令滨海卫所，每百户及巡检司皆置船二，巡海上盗贼。后从山东都司周彦言，建五总寨于宁海卫，与莱州卫八总寨，共辖小寨四十八。已，复命重臣勋戚魏国公徐辉祖等分巡沿海。帝素厌日本诡谲，绝其贡使，故终洪武、建文世不为患。
永乐六年，命丰城侯李彬等缘海捕倭，复招岛人、醿户、贾竖、渔丁为兵，防备益严。十七年，倭寇辽东，总兵官刘江歼之于望海埚。自是倭大惧，百余年间，海上无大侵犯。朝廷阅数岁一令大臣巡警而已。
至嘉靖中，倭患渐起，始设巡抚浙江兼管福建海道提督军务都御史。已，改巡抚为巡视。未几，倭寇益肆。乃增设金山参将，分守苏、松海防，寻改为副总兵，调募江南、北徐、邳官民兵充战守，而杭、嘉、湖亦增参将及兵备道。三十三年，调拨山东民兵及青州水陆枪手千人赴淮、扬，听总督南直军务都御史张经调用。时倭纵掠杭、嘉、苏、松，踞柘林城为窟穴，大江南北皆被扰。监司任环败之，经亦有王家泾之捷，乃遁出海，复犯苏州。于是南京御史屠仲律言五事。
其守海口云：“守平阳港、黄花澳，据海门之险，使不得犯温、台。守宁海关、湖头湾，遏三江之口，使不得窥宁、绍。守鳖子门、乍浦峡，使不得近杭、嘉。
守吴淞、刘家河、七丫港，使不得掩苏、松。且宜修饬海舟，大小相比，或百或五十联为一<舟宗>，募惯习水工领之，而充以原额水军，于诸海口量缓急置防。”
部是其议。未几，兵部亦言：“浙、直、通、泰间最利水战，往时多用沙船破贼，请厚赏招徕之。防御之法，守海岛为上，宜以太仓、崇明、嘉定、上海沙船及福仓、东莞等船守普陀、大衢。陈钱山乃浙、直分路之始，狼、福二山约束首尾，交接江洋，亦要害地，宜督水师固守。”报可。已，复令直隶吴淞江、刘家河、福山港、镇江、圌山五总添设游兵，听金山副总兵调度。
时胡宗宪为总督，诛海贼徐海、汪直。直部三千人，复勾倭入寇，闽、广益骚。三十七年，都御史王询请“分福建之福、兴为一路，领以参将，驻福宁，水防自流江、烽火门、俞山、小埕至南日山，漳、泉为一路，领以参将，驻诏安，水防自南日山至浯屿、铜山、玄钟、走马溪、安边馆。水陆兵皆听节制。福建省城介在南北，去海仅五十里，宜更设参将，选募精税部领哨船，与主客兵相应援”。
部覆从之。广东惠、潮亦增设参将，驻揭阳。福建巡抚都御史游震得言：“浙江温、处与福宁接壤，倭所出没，宜进戚继光为副总兵，守之。而增设福宁守备，隶继光。漳州之月港亦增设守备，隶总兵官俞大猷。延、建、邵为八闽上游，宜募兵以备缓急。”皆允行。既而宗宪被逮，罢总督官，以浙江巡抚赵炳然兼任军事。炳然因请令定海总兵属浙江，金山总兵属南直，俱兼理水陆军务，互相策应。
其后，莆田倭寇平，乃复五水寨旧制。
五寨者，福宁之烽火门，福州之小埕澳，兴化之南日山，泉州之浯屿，漳州之西门澳，亦曰铜山。景泰三年，镇守尚书薛希琏奏建者也，后废。至是巡抚谭纶疏言：“五寨守扼外洋，法甚周悉，宜复旧。以烽火门、南日、浯屿三<舟宗>为正兵，铜山、小埕二<舟宗>为游兵。寨设把总，分汛地，明斥堠，严会哨。改三路参将为守备。分新募浙兵为二班，各九千人，春秋番上。各县民壮皆补用精悍，每府领以武职一人，兵备使者以时阅视。”帝皆是之。狼山故设副总兵，至是改为镇守总兵官，兼辖大江南北。迨隆庆初，倭渐不为患，而诸小寇往往有之。
万历三年，设广东南澳总兵官，以其据漳、泉要害也。久之，倭寇朝鲜，朝廷大发兵往援，先后六年。于是设巡抚官于天津，防畿甸。后十余年，从南直巡按御史颜思忠言，分淮安大营兵六百守廖角嘴。从福建巡抚丁继嗣言，设兵自浙入闽之三江及刘澳，而易海澄团练营土著军以浙兵。
天启中，筑城于澎湖，设游击一，把总二，统兵三千，筑炮台以守。先是，万历中，许孚远抚闽，奏筑福州海坛山，因及澎湖诸屿，且言浙东沿海陈钱、金塘、玉环、南麂诸山俱宜经理，遂设南麂副总兵，而澎湖不暇及。其地遥峙海中，逶迤如修蛇，多岐港零屿，其中空间可藏巨艘。初为红毛所据，至是因巡抚南居益言，乃夺而守之。
自世宗世倭患以来，沿海大都会，各设总督、巡抚、兵备副使及总兵官、参将、游击等员，而诸所防御，于广东则分东、中、西三路，设三参将；于福建则有五水寨；于浙则有六总，一金乡、盘石二卫，一松门、海门二卫，一昌国卫及钱仓、爵溪等所，一定海卫及霩戺、大嵩等所，一观海、临山二卫，一海宁卫，分统以四参将；于南直隶则乍浦以东，金山卫设参将，黄浦以北，吴淞江口设总兵；于淮、扬则总兵驻通州，游击驻庙湾，又于扬州设陆兵游击，待调遣；于山东则登、莱、青三府设巡察海道之副使，管理民兵之参将，总督沿海兵马备倭之都指挥，于蓟、辽则大沽海口宿重兵，领以副总兵，而以密云、永平两游击为应援。山海关外，则广宁中、前等五所兵守各汛，以宁前参将为应援，而金、复、海、盖诸军皆任防海。三岔以东，九联城外创镇江城，设游击，统兵千七百，哨海上，北与宽奠参将陆营相接，共计凡七镇，而守备、把总、分守、巡徼会哨者不下数百员。以三、四、五月为大汛，九、十月为小汛。盖遭倭甚毒，故设防亦最密云。
日本地与闽相值，而浙之招宝关其贡道在焉，故浙、闽为最冲。南寇则广东，北寇则由江犯留都、淮、扬，故防海外，防江为重。洪武初，于都城南新江口置水兵八千。已，稍置万二千，造舟四百艘。又设陆兵于北岸浦子口，相掎角。所辖沿江诸郡。上自九江、广济、黄梅，下抵苏、松、通、泰，中包安庆、池、和、太平，凡盗贼及贩私盐者，悉令巡捕，兼以防倭。永乐时，特命勋臣为帅视江操，其后兼用都御史。成化四年，从锦衣卫佥事冯瑶言，令江兵依地设防，于瓜、仪、太平置将领镇守。后六年，守备定西侯蒋琬奏调建阳、镇江诸卫军补江兵缺伍。
十三年，命择武大臣一人职江操，毋摄营务。又五年，从南京都御史白昂言，敕沿江守备官互相应援，并给关防。著为令。弘治中，命新江口两班军如京营例，首班歇，即以次班操。嘉靖八年，江阴贼侯仲金等作乱，给事中夏言请设镇守江、淮总兵官。已而寇平，总兵罢不设。十九年，沙贼黄艮等复起。帝诘兵部以罢总兵之故，乃复设，给旗牌符敕，提督沿江上下。后复裁罢。三十二年，倭患炽，复设副总兵于金山卫，辖沿海至镇江，与狼山副总兵水陆相应。时江北俱被倭，于是量调九江、安庆官军守京口、圌山等地。久之，给事中范宗吴言：“故事，操江都御史防江，应、凤二巡抚防海。后因倭警，遂以镇江而下，通常、狼、福诸处隶之操江，以故二抚臣得诿其责。操江又以向非本属兵，难遥制，亦漠然视之，非委任责成意。宜以圌山、三江会口为操、抚分界。”报可。其后增上下两江巡视御史，得举劾有司将领，而以南京佥都御史兼理操江，不另设。
先是，增募水兵六千。隆庆初，以都御史吴时来请，留四之一，余悉罢遣，并裁中军把总等官。已，复令分汛设守，而责以上下南北互相策应。又从都御史宋仪望言，诸军皆分驻江上，不得居城市。万历二十年，以倭警，言者请复设京口总兵。南京兵部尚书衷贞吉等谓既有吴淞总兵，不宜两设。乃设兵备使者，每春汛，调备倭都督，统卫所水、陆军赴镇江。后七年，操江耿定力奏：“长江千余里，上江列营五，兵备臣三；下江列营五，兵备臣二。宜委以简阅训练，即以精否为兵备殿最。”部议以为然。故事，南北总哨官五日一会哨于适中地，将领官亦月两至江上会哨。其后多不行。崇祯中，复以勋臣任操江，偷惰成习，会哨巡徼皆虚名，非有实矣。
卫所之外，郡县有民壮，边郡有土兵。
太祖定江东，循元制，立管领民兵万户府。后从山西行都司言，听边民自备军械，团结防边。闽、浙苦倭，指挥方谦请籍民丁多者为军。寻以为患乡里，诏闽、浙互徙。时已用民兵，然非召募也。正统二年，始募所在军余、民壮愿自效者，陕西得四千二百人。人给布二匹，月粮四斗。景泰初，遣使分募直隶、山东、山西、河南民壮，拨山西义勇守大同，而紫荆、倒马二关，亦用民兵防守，事平免归。
成化二年，以边警，复二关民兵。敕御史往延安、庆阳选精壮编伍，得五千余人，号曰土兵。以延绥巡抚卢祥言边民骁果，可练为兵，使护田里妻子，故有是命。
弘治七年，立佥民壮法。州、县七八百里以上，里佥二人，五百里三，三百里四，百里以上五。有司训练，遇警调发，给以行粮，而禁役占放买之弊。富民不愿，则上直于官，官自为募。或称机兵，在巡检司者称弓兵。后以越境防冬非计，大同巡抚刘宇请免其班操，征银粮输大同，而以威远屯丁、舍、余补役。给事中熊伟亦请编应募民于附近卫所。并从之。十四年，以西北诸边所募士兵，多不足五千，遣使赍银二十万及太仆寺马价银四万往募。指挥千百户以募兵多寡为差，得迁级，失官者得复职，即令统所募兵。既而兵部议覆侍郎李孟旸请实军伍疏，谓：“天下卫所官军原额二百七十余万，岁久逃故，尝选民壮三十余万，又核卫所舍人、余丁八十八万，西北诸边召募士兵无虑数万。请如孟旸奏，察有司不操练民壮、私役杂差者，如役占军人罪。”报可。正德中，流贼扰山东，巡抚张凤选民兵，令自买马团操，民不胜其扰。兵部侍郎杨潭以为言。都御史宁杲所募多无赖子，为御史张璇所劾。
嘉靖二十二年增州县民壮额，大者千人，次六七百，小者五百。二十九年，京师新被寇，议募民兵，以二万为率。岁四月终，赴近京防御。后五年，兵部尚书杨博请汰老弱，存精锐，在外者发各道为民兵，在京者隶之巡捕参将，逃者不补。帝以影占数多，耗粮无用，遣官核宜罢宜还者以闻。隆庆中，张居正、陈以勤复请籍畿甸民兵，谓：“直隶八府人多健悍，总按户籍，除单丁老弱者，父子三人籍一子，兄弟三人籍一弟，州与大县可得千六百人，小县可得千人。中分之为正兵、奇兵，登名尺籍，隶抚臣操练，岁无过三月，月无过三次，练毕即令归农，复其身。岁操外，不得别遣。”命所司议行。然自嘉靖后，山东、河南民兵戍蓟门者，率征银以充召募。至万历初，山东征银至五万六千两，贫民大困。
治河之役，给事中张贞观请益募士兵，捍淮、扬、徐、邳。畿南盗起，给事中耿随龙请复民壮旧制，专捕贼盗。播州之乱，工部侍郎赵可怀请练土著，兵部因言：“天下之无兵者，不独蜀也。各省官军、民壮，皆宜罢老稚，易以健卒。
军操属印官、操官，民操属正官、捕官，郡守、监司不得牵制。立营分伍，以凭调发。”先后皆议行。
末年，募兵措饷益急。南京职方郎中邹维琏陈调募之害。山西参政徐九翰尤极言民兵不可调。崇祯时，中原盗急，兵部尚书杨嗣昌议令责州县训练土著为兵。
工部侍郎张慎言言其不便者数事，而御史米寿图又言其害有十，谓不若简练民兵，增民壮快手，备御地方为便。后嗣昌死，练兵亦不行。
乡兵者，随其风土所长应募，调佐军旅缓急。其隶军籍者曰浙兵，义乌为最，处次之，台、宁又次之，善狼筅，间以叉槊。戚继光制鸳鸯阵以破倭，及守蓟门，最有名。曰川兵、曰辽兵，崇祯时，多调之剿流贼。其不隶军籍者，所在多有。
河南嵩县曰毛葫芦，习短兵，长于走山。而嵩及卢氏、灵宝、永宁并多矿兵，曰角脑，又曰打手。山东有长竿手。徐州有箭手。井陉有蚂螂手，善运石，远可及百步。闽漳、泉习镖牌，水战为最。泉州永春人善技击。正统间，郭荣六者，破沙尤贼有功。商灶盐丁以私贩为业，多劲果。成化初，河东盐徒千百辈，自备火炮、强弩、车仗，杂官军逐寇。而松江曹泾盐徒，嘉靖中逐倭至岛上，焚其舟。
后倭见民家有鹾囊，辄摇手相戒。粤东杂蛮蜑，习长牌、斫刀，而新会、东莞之产强半。延绥、固原多边外土著，善骑射，英宗命简练以备秋防。大滕峡之役，韩雍用之，以摧瑶、僮之用牌刀者。庄浪鲁家军，旧隶随驾中，洪熙初，令土指挥领之。万历间，部臣称其骁健，为敌所畏，宜鼓舞以储边用。西宁马户八百，尝自备骑械赴敌，后以款贡裁之。万历十九年，经略郑雒请复其故。又僧兵，有少林、伏牛、五台。倭乱，少林僧应募者四十余人，战亦多胜。西南边服有各土司兵。湖南永顺、保靖二宣慰所部，广西东兰、那地、南丹、归顺诸狼兵，四川酉阳、石砫秦氏、冉氏诸司，宣力最多。末年，边事急，有司专以调三省土司为长策，其利害亦恒相半云。