后悉焚卫刑具，以囚送刑部审理。二十六年，申明其禁，诏内外狱毋得上锦衣卫，大小咸经法司。成祖幸纪纲，令治锦衣亲兵，复典诏狱。纲遂用其党庄敬、袁江、王谦、李春等，缘借作奸数百千端。久之，族纲，而锦衣典诏狱如故，废洪武诏不用矣。英宗初，理卫事者刘勉、徐恭皆谨饬。而王振用指挥马顺流毒天下，枷李时勉，杀刘球，皆顺为之。景帝初，有言官校缉事之弊者，帝切责其长，令所缉送法司，有诬罔者重罪。英宗复辟，召李贤，屏左右，问时政得失。贤因极论官校提人之害。帝然其言，阴察皆实，乃召其长，戒之。已缉弋阳王败伦事虚，复申戒之。而是时指挥门达、镇抚逯杲怙宠，贤亦为罗织者数矣。达遣旗校四出，杲又立程督并，以获多为主。千户黄麟之广西，执御史吴祯至，索狱具二百余副，天下朝觐官陷罪者甚众。杲死，达兼治镇抚司。构指挥使袁彬，系讯之，五毒更下，仅免。朝官杨琎、李蕃、韩祺、李观、包瑛、张祚、程万钟辈皆锒铛就逮，冤号道路者不可胜记。盖自纪纲诛，其徒稍戢。至正统时复张，天顺之末祸益炽，朝野相顾不自保。李贤虽极言之，不能救也。
镇抚司职理狱讼，初止立一司，与外卫等。洪武十五年添设北司，而以军匠诸职掌属之南镇抚司，于是北司专理诏狱。然大狱经讯，即送法司拟罪，未尝具狱词。成化元年，始令覆奏用参语，法司益掣肘。十四年，增铸北司印信，一切刑狱毋关白本卫，即卫所行下者，亦径自上请可否，卫使毋得与闻。故镇抚职卑而其权日重。初，卫狱附卫治，至门达掌问刑，又于城西设狱舍，拘系狼籍。达败，用御史吕洪言，毁之。成化十年，都御史李宾言：“锦衣镇抚司累获妖书图本，皆诞妄不经之言。小民无知，辄被幻惑。乞备录其旧名目，榜示天下，使知畏避，免陷刑辟。”报可。缉事者诬告犹不止。十三年，捕宁晋人王凤等，诬与瞽者受妖书，署伪职，并诬其乡官知县薛方、通判曹鼎与通谋，发卒围其家，扌旁掠诬伏。方、鼎家人数声冤，下法司验得实，坐妄报妖言，当斩。帝戒以不得戕害无辜而已，不能罪也。是年，令锦衣卫副千户吴绶于镇抚司同问刑。绶性狡险，附汪直以进。后知公议不容，凡文臣非罪下狱者，不复加箠楚，忤直意，黜去。是时惟卫使朱骥持法平，治妖人狱无冤者。诏狱下所司，独用小杖，尝命中使诘责，不为改。世以是称之。弘治十三年，诏法司：“凡厂卫所送囚犯，从公审究，有枉即与辨理，勿拘成案。”正德时，卫使石文义与张采表里作威福，时称为刘瑾左右翼。然文义常侍瑾，不治事，治事者高得林。瑾诛，文义伏诛，得林亦罢。其后钱宁管事，复大恣，以叛诛。
世宗立，革锦衣传奉官十六，汰旗校十五，复谕缉事官校，惟察不轨、妖言、人命、强盗重事，他词讼及在外州县事，毋得与。未几，事多下镇抚，镇抚结内侍，多巧中。会太监崔文奸利事发，下刑部，寻以中旨送镇抚司。尚书林俊言：
“祖宗朝以刑狱付法司，事无大小，皆听平鞫。自刘瑾、钱宁用事，专任镇抚司，文致冤狱，法纪大坏。更化善治在今日，不宜复以小事挠法。”不听。俊复言：
“此途一开，恐后有重情，即夤缘内降以图免，实长乱阶。”御史曹怀亦谏曰：
“朝廷专任一镇抚，法司可以空曹，刑官为冗员矣。”帝俱不听。六年，侍郎张璁等言：“祖宗设三法司以纠官邪，平狱讼，设东厂、锦衣卫以缉盗贼，诘奸宄。
自今贪官冤狱仍责法司，其有徇情曲法，乃听厂卫觉察。盗贼奸宄，仍责厂卫，亦必送法司拟罪。”诏如议行。然官校提人恣如故。给事中蔡经等论其害，愿罢勿遣。尚书胡世宁请从其议。詹事霍韬亦言：“刑狱付三法司足矣，锦衣卫复横挠之。昔汉光武尚名节，宋太祖刑法不加衣冠，其后忠义之徒争死效节。夫士大夫有罪下刑曹，辱矣。有重罪，废之、诛之可也，乃使官校众执之，脱冠裳，就桎梏。朝列清班，暮幽犴狱，刚心壮气，销折殆尽。及覆案非罪，即冠带立朝班，武夫捍卒指目之曰：‘某，吾辱之，某，吾系执之。’小人无所忌惮，君子遂致易行。此豪杰所以兴山林之思，而变故罕仗节之士也。愿自今东厂勿与朝仪，锦衣卫勿典刑狱。士大夫罪谪废诛，勿加笞杖锁梏，以养廉耻，振人心，励士节。”
帝以韬出位妄言，不纳。祖制，凡朝会，厂卫率属及校尉五百名，列侍奉天门下纠仪。凡失仪者，即褫衣冠，执下镇抚司狱，杖之乃免，故韬言及之。迨万历时，失仪者始不付狱，罚俸而已。世宗衔张鹤龄、延龄，奸人刘东山等乃诬二人毒魇咒诅。帝大怒，下诏狱，东山因株引素所不快者。卫使王佐探得其情，论以诬罔法反坐。佐乃枷东山等阙门外，不及旬悉死，人以佐比牟斌。牟斌者，弘治中指挥也。李梦阳论延龄兄弟不法事，下狱，斌傅轻比，得不死云。世宗中年，卫使陆炳为忮，与严嵩比，而倾夏言。然帝数兴大狱，而炳多保全之，故士大夫不疾炳。
万历中，建言及忤矿税榼者，辄下诏狱。刑科给事中杨应文言：“监司守令及齐民被逮者百五十余人，虽已打问，未送法司，狱禁森严，水火不入，疫疠之气，充斥囹圄。”卫使骆思恭亦言：“热审岁举，俱在小满前，今二年不行。镇抚司监犯且二百，多抛瓦声冤。”镇抚司陆逵亦言：“狱囚怨恨，有持刀断指者。”
俱不报。然是时，告讦风衰，大臣被录者寡。其末年，稍宽逮系诸臣，而锦衣狱渐清矣。
田尔耕、许显纯在熹宗时为魏忠贤义子，其党孙云鹤、杨寰、崔应元佐之，拷杨涟、左光斗辈，坐赃比较，立限严督之。两日为一限，输金不中程者，受全刑。全刑者曰械，曰鐐，曰棍，曰拶，曰夹棍。五毒备具，呼謈声沸然，血肉溃烂，宛转求死不得。显纯叱咤自若，然必伺忠贤旨，忠贤所遣听记者未至，不敢讯也。一夕，令诸囚分舍宿。于是狱卒曰：“今夕有当壁挺者。”壁挺，狱中言死也。明日，涟死，光斗等次第皆锁头拉死。每一人死，停数日，苇席裹尸出牢户，虫蛆腐体。狱中事秘，其家人或不知死日。庄烈帝擒戮逆党，冤死家子弟望狱门稽颡哀号，为文以祭。帝闻之恻然。
自刘瑾创立枷，锦衣狱常用之。神宗时，御史朱应毂具言其惨，请除之。不听。至忠贤，益为大枷，又设断脊、坠指、刺心之刑。庄烈帝问左右：“立枷何为？”王体乾对曰：“以罪巨奸大憝耳。”帝愀然曰：“虽如此，终可悯。”忠贤为颈缩。东厂之祸，至忠贤而极。然厂卫未有不相结者，狱情轻重，厂能得于内。而外廷有扞格者，卫则东西两司房访缉之，北司拷问之，锻炼周内，始送法司。即东厂所获，亦必移镇抚再鞫，而后刑部得拟其罪。故厂势强，则卫附之，厂势稍弱，则卫反气凌其上。陆炳缉司礼李彬、东厂马广阴事，皆至死，以炳得内阁嵩意。及后中官愈重，阁势日轻。阁臣反比厂为之下，而卫使无不竞趋厂门，甘为役隶矣。
锦衣卫升授勋卫、任子、科目、功升，凡四途。嘉靖以前，文臣子弟多不屑就。万历初，刘守有以名臣子掌卫，其后皆乐居之。士大夫与往还，狱急时，颇赖其力。守有子承禧及吴孟明其著者也。庄烈帝疑群下，王德化掌东厂，以惨刻辅之，孟明掌卫印，时有纵舍，然观望厂意不敢违。而镇抚梁清宏、乔可用朋比为恶。凡缙绅之门，必有数人往来踪迹，故常晏起早阖，毋敢偶语。旗校过门，如被大盗，官为囊橐，均分其利。京城中奸细潜入，佣夫贩子阴为流贼所遣，无一举发，而高门富豪跼蹐无宁居。其徒黠者恣行请托，稍拂其意，飞诬立构，摘竿牍片字，株连至十数人。姜采、熊开元下狱，帝谕掌卫骆养性潜杀之。养性泄上语，且言：“二臣当死，宜付所司，书其罪，使天下明知。若阴使臣杀之，天下后世谓陛下何如主？”会大臣多为采等言，遂得长系。此养性之可称者，然他事肆虐亦多矣。
锦衣旧例有功赏，惟缉不轨者当之。其后冒滥无纪，所报百无一实。吏民重困，而厂卫题请辄从。隆庆初，给事中欧阳一敬极言其弊，言：“缉事员役，其势易逞，而又各类计所获功次，以为升授。则凭可逞之势，邀必获之功，枉人利己，何所不至。有盗经出首幸免，故令多引平民以充数者；有括家囊为盗赃，挟市豪以为证者；有潜构图书，怀挟伪批，用妖言假印之律相诬陷者；或姓名相类，朦胧见收；父诉子孝，坐以忤逆。所以被访之家，谚称为刬，毒害可知矣。乞自今定制，机密重情，事干宪典者，厂卫如故题请。其情罪不明，未经谳审，必待法司详拟成狱之后，方与纪功。仍敕兵、刑二部勘问明白，请旨升赏。或经缉拿未成狱者，不得虚冒比拟，及他词讼不得概涉，以侵有司之事。如狱未成，而官校及镇抚司拷打伤重，或至死者，许法司参治。法司容隐扶同，则听科臣并参。如此则功必覆实，访必当事，而刑无冤滥。”时不能用也。
内官同法司录囚，始于正统六年，命何文渊、王文审行在疑狱，敕同内官兴安。周忱、郭瑾往南京，敕亦如之。时虽未定五年大审之制，而南北内官得与三法司刑狱矣。景泰六年，命太监王诚会三法司审录在京刑狱，不及南京者，因灾创举也。成化八年，命司礼太监王高、少监宋文毅两京会审，而各省恤刑之差，亦以是岁而定。十七年辛卯，命太监怀恩同法司录囚。其后审录必以丙辛之岁。
弘治九年不遣内官。十三年，以给事中丘俊言，复命会审。凡大审录，赍敕张黄盖于大理寺，为三尺坛，中坐，三法司左右坐，御史、郎中以下捧牍立，唯诺趋走惟谨。三法司视成案，有所出入轻重，俱视中官意，不敢忤也。成化时，会审有弟助兄斗，因殴杀人者，太监黄赐欲从末减。尚书陆瑜等持不可，赐曰：“同室斗者，尚被发缨冠救之，况其兄乎？”瑜等不敢难，卒为屈法。万历三十四年大审，御史曹学程以建言久系，群臣请宥，皆不听。刑部侍郎沈应文署尚书事，合院寺之长，以书抵太监陈矩，请宽学程罪。然后会审，狱具，署名同奏。矩复密启，言学程母老可念。帝意解，释之。其事甚美，而监权之重如此。锦衣卫使亦得与法司午门外鞫囚，及秋后承天门外会审，而大审不与也。每岁决囚后，图诸囚罪状于卫之外垣，令人观省。内臣曾奉命审录者，死则于墓寝画壁，南面坐，旁列法司堂上官，及御史、刑部郎引囚鞠躬听命状，示后世为荣观焉。
成化二年，命内官临斩强盗宋全。嘉靖中，内臣犯法，诏免逮问，唯下司礼监治。刑部尚书林俊言：“宫府一体，内臣所犯，宜下法司，明正其罪，不当废祖宗法。”不听。按太祖之制，内官不得识字、预政，备扫除之役而已。末年焚锦衣刑具，盖示永不复用。而成祖违之，卒贻子孙之患，君子惜焉。