政教斗争
查理曼帝国解体之前，基督教会沿袭罗马时期与皇权结合的模式，但是，查理曼帝国的瓦解，使得统一王权不复存在，面对四分五裂和矛盾重重的社会现实，原来一直受到国王控制的主教开始寻求摆脱国王的控制。主教与国王矛盾的发展使得主教们有必要抬出教皇，来与世俗王权对抗，因而教皇的势力渐渐抬头。与此同时，基督教会也开始世俗化：教会不但占有大量的领地，成为名副其实的封建主，而且在国家范围内划分教区，广泛建立修道院。封建化的完成形成了政治分裂的格局，基督教会作为一个统一的力量日益显示出其重要性。但是9—11世纪，许多教会和修道院都在世俗君主的控制之下，纪律松弛，而且其世俗化妨碍它发挥应有的作用。于是一场要求摆脱世俗控制、整肃教会的运动开始出现，这就是著名的克吕尼运动。
克吕尼修道院(Cluny)自910年成立之初，就提出了摆脱世俗控制的宗旨。他们一方面反对教会世俗化，反对神职人员结婚，主张严守戒条，过禁欲生活；另一方面，他们又反对世俗封建主控制教会，出卖教会职位，主张树立教皇的权威。该派的僧侣在随后确立教皇权威的进程中发挥了关键的作用。克吕尼派利用神圣罗马皇帝与意大利的微妙关系以及意大利诸侯之间的利益争端，找到了突破口。11世纪初，意大利诸侯派系斗争的结果是意大利同时出现了3个罗马主教，在相互争执不下的情况下，他们都要求神圣罗马皇帝亨利三世（Henry Ⅲ， 1046—1056年在位）进行裁决，于是在1046年亨利三世率兵进入罗马，同时废黜了3个教皇，而委任日耳曼籍的神父担任罗马主教。在被任命者两次均遭毒杀的情况下，一位克吕尼派的僧侣终于被亨利三世扶上了教皇宝座，即利奥九世（Leo Ⅸ， 1049—1054年在位）。利奥九世上台以后，立即着手改组罗马教会，改变过去枢机主教的人选限于罗马一地的传统，而扩大到整个西欧教会，这样就改变了罗马贵族控制罗马教会的局面。在此基础上，他撤换原有的高级神职人员，开始安插自己的亲信充任枢机主教，其中就包括后来在政教斗争中发挥关键作用的希尔德布兰，即格里高利七世(Gregory Ⅶ， 1073—1085年在位)。同时，他在教会里推行克吕尼派的信条和戒律，并提出了教会首脑由神职人员和信众选举的原则。虽然利奥九世的改革措施并没有取得什么成果，但是却为后来树立教皇的权威以及彻底摆脱世俗的控制奠定了一定的基础。
1056年亨利三世去世，年幼的亨利四世（Henry Ⅳ， 1050—1106年在位）即位。在这样一个皇帝权力相对薄弱的时候，克吕尼派开始公开争夺皇帝对主教的叙任权。1057年刚刚登上教皇职位的斯捷凡九世授意枢机主教霍姆伯特发表了《反对买卖神职三篇》的文章，公开宣称皇帝作为一个平信徒，根本无权授任神职，因此，皇帝授任的神职无效。1058年继任的教皇尼古拉二世更是正面反对皇帝的神职叙任权。他在1059年主持召开了罗马宗教会议，规定了罗马教皇选举法规，首次赋予罗马枢机主教选举和决定教皇的权力，保持教皇独立于外部的干涉。1073年，觊觎教皇宝座已久的希尔德布兰（即格里高利七世，1073—1085年在位）终于登上了教皇宝座。登上教皇职位以后，他连续发布了多项教皇敕令，整肃教会，宣扬教皇权力至上，把教权至上论推向一个高潮。1074年在罗马召开的宗教会议上，他谴责了买卖圣职和教士结婚行为。在注重对教会内部进行道德整肃的同时，格里高利七世于1075年发布了《教皇敕令》27条，以最直接的口气宣称教皇高于皇帝的教权至上论。
格里高利七世与德意志皇帝亨利四世的斗争揭开了中世纪教皇与德意志皇帝争夺权力的200年的斗争历史。亨利四世1065年亲政，格里高利七世1073年登位。格里高利七世反对神职买卖和神父结婚，遭到德意志神父的反抗。他还以买卖圣职为由，将担任亨利四世谘政的5个主教一齐逐出教会。当格里高利客气地请亨利提名一位适当的继承者出任班柏主教的职位时，亨利不但作了提名，而且未经教皇同意就为他选定的人实行了授职礼，并当着教皇的面任命其他地方的主教，还把被教会开除的人留在自己身边。为此，格里高利致信亨利四世，指出如果他继续漠视罗马宗教会议的训令，将会被革职。此时，亨利四世亲政不久，且刚刚平定了萨克森的叛乱，士气正盛，根本没有把教皇放在眼里。面对教皇的威胁，他同样召集了全德意志的主教会议，反对教皇、拥护亨利四世的主教们谴责格里高利是用非正当手段获得了教皇职位，而且教皇选举须经日耳曼皇帝同意是历来的惯例，他们鼓励皇帝把格里高利革出教门。对此，格里高利七世毫不相让，在1076年2月22日发出了开除神圣罗马皇帝亨利四世的法令。教皇的卡诺莎觐这项法令一出，立刻使亨利四世陷入非常被动的境地。许多德意志贵族和主教反对他，原来支持他的主教也纷纷离他而去。在孤立无援的情况下，亨利四世被迫向教皇屈服，专程前往阿尔卑斯山，静候前往奥格斯堡路经此地的教皇，并在教皇暂住的卡诺莎城堡外（Canossa），隆冬之日赤足披毡站立3天，表示悔过。此事件在历史上被称为“卡诺莎觐见”。亨利四世表面的真诚打动了教皇，使他真的认为确实征服了这位桀骜不驯的皇帝。于是在1077年1月28日，教皇致信德意志的诸侯们，宣布赦免亨利四世的罪恶。教皇的决定也使德意志主教和诸侯们的分裂公开化，支持亨利四世的人重新聚集在他的周围，而反对他的人则推举斯瓦比亚的公爵鲁道夫（Rudof）为皇帝，两派势力进行了争权夺利的内战。此时教皇则静观其变，在看到鲁道夫逐步占据上风后，他在1080年3月第二次把亨利四世革出教门，废黜了他的皇位。但是亨利四世羽翼已丰，他同样在同年6月把格里高利废黜，推举出另一个教皇克雷门三世，与格里高利七世对峙。鲁道夫在战场上战死使得形势向着对亨利四世有利的方向逆转。于是亨利率兵进入意大利，获得克雷门三世的加冕。格里高利七世无奈之下引狼入室，邀诺曼人进入罗马，给罗马带来了深重的灾难，最后随诺曼人向南撤去，不久死去。
格里高利的去世并没有结束这场政教斗争。经过一系列后续的斗争，双方最终于1122年签订了《沃姆斯教约》（Concordat of Worms），暂时结束了长达40年的教皇与皇帝的斗争。该教约明确了教皇和皇帝在主教叙任权方面的权力，反映了双方的妥协。
《沃姆斯教约》的签订暂时使政教斗争告一段落，但是两者的妥协并没有从根本上彻底消弭这场斗争。1152年腓特烈（Federic Ⅰ， 1152—1190年在位）继承皇位后，又引发了新一轮的政教斗争。腓特烈即位不久便进兵意大利，于1159年另立教皇维克多四世，与当时在位的亚历山大三世对峙，并派兵把亚历山大三世赶出意大利。亚历山大三世则以法国为基地，联合欧洲其他国家，打败了腓特烈的军队，并通过签订《威尼斯条约》，迫使腓特烈放弃维克多。教皇英诺森三世（Innocent Ⅲ， 1198—1216年在位）时，则利用德意志争夺皇位的内战之机，插手德意志的皇位争夺，先是支持鄂图，通过加冕确认他的正统，但在与鄂图反目后，继而宣布废黜鄂图，另立西西里王国幼主腓特烈为德意志皇帝，即腓特烈二世。腓特烈二世长大成人后，又开始加强王权，削弱教会的势力，并在意大利培养自己的力量，与教皇发生矛盾。这场斗争最后因腓特烈二世的去世而宣告终结，并由此结束了教皇与德意志皇帝之间长达200年的政教斗争，德国从此陷入四分五裂之中。
教会的势力在英诺森三世时期达到极盛，这时候不但从理论上确立了神权对王权的优势，而且从实际上控制了欧洲的政治。但是，教皇权力的极盛背后潜伏着危机。英诺森三世之后，随着社会形势的变化，以教皇为首的基督教会开始走下坡路。其中最典型的是教皇博尼法斯八世(Boniface Ⅷ， 1294—1303年在位)博尼法斯八世和法国国王腓力四世(Philip Ⅳ， 1285—1314年在位)的权力斗争中，教皇以失败而告终，结束了国王匍匐在教皇脚下的历史。腓力四世于1285年登上法国国王的宝座，即位之后便开始了消除封建割据和加强王权的进程。这一系列的活动需要以强大的财政作为后盾，于是开始向法国的神职人员征税。这一行为引起了当时教皇博尼法斯八世的不满，教皇在1296年发表了《论平信徒》（The Decree Clericis Laicos）的教谕，针对法国国王的行为，他指出：没有罗马教皇的同意，任何教士和教会人士，都不能向世俗人士缴纳或者同意缴纳税收和财物。对教皇的教谕，腓力四世进行了反击，他宣布禁止法国的金银钱币出境，以此来打击教皇的财政收入。这项政策同时也影响了意大利银行家的业务，他们也要求教皇收回成命，不满意博尼法斯八世的人也趁机攻击教皇。教皇无奈重新发布教谕，认可法国国王向教士征税的做法。但教皇的妥协并没有彻底消弭两者的权力之争，很快因为法国国王逮捕了教皇派往法国的特使，双方的矛盾又开始尖锐。此时国王不再慑于教皇的权威，派遣副首相诺迦列（W。Nogaret）伙同教皇的政敌，武力攻入教皇的寝室把教皇抓获，对教皇进行了殴打和凌辱后释放。教皇回到罗马后几周内便在悲愤和羞愧中死去。这场斗争以教皇的彻底失败而告终。自此之后，教皇进入了长达70年左右的“阿维农之囚”时期。
博尼法斯八世死后，在腓力四世的压力下一位法国主教当选为教皇，称克雷门五世（Clemant Ⅴ， 1305—1314年在位），他唯法王之命是从，不但宣布取消了博尼法斯八世所颁布的所有禁令，而且还把教皇的教廷从罗马迁到靠近法国边境的阿维农。自此之后，连续7任教皇都把教廷设在这里。教皇失去了昔日的荣耀和威权，而成为世俗国王所控制的傀儡。一直到1377年，教皇格里高利十一世才把教廷迁回到罗马的梵蒂冈，但这次回迁并没有改变教皇权力虚弱和受法国控制的现实，反而导致了教会的大分裂。格里高利十一世死后，针对教皇的选举出现了罗马贵族和法国主教的权力之争，罗马贵族操纵意大利的主教上台，称乌尔班六世，并试图削弱枢机主教团内部法国籍主教的势力，法国籍主教对此不满，于是重新返回阿维农，并针锋相对选举日内瓦籍的主教为教皇，称克雷门七世。这样就出现了两个教皇对立的局面。在教皇对峙的局面下，教会内部的腐化更加严重，通过出售神职、典当教产、向商人举债、兜售赎罪券等各种手段进行敛财，从而使教会在人们心目中的威信更加降低，引起了反抗教会的广泛斗争。在教皇分立局面引起西欧社会动荡的时候，西欧的封建君主们开始设法消除这种局面。1409年比萨会议召开，这次会议的主要议题之一就是要结束教皇分裂的局面，会议宣布废除两个教皇，并把他们都开除出教籍，然后选出另外一个教皇亚历山大五世。但是被废除的两个教皇并没有完全失去支持，结果形成了三个教皇对峙的局面，使得原来的分裂局面更加混乱。1414年，德国的皇帝西吉斯孟（Sigismund， 1410—1437年在位）会同教皇约翰二十三世召开了康斯坦次宗教会议，进一步谋求结束教会的分裂局面。为了不再重蹈比萨会议的覆辙，会议真正开始之前便要求在位的三个教皇都自动引退，然后根据规定的程序，由与会代表和枢机主教团选举产生一个新的教皇，即马丁五世（Martin Ⅴ， 1417—1431年在位），这样长达40年的教会分裂局面宣告结束。康斯坦次会议的成果不仅是结束了教皇分立的局面，而且为了避免当选教皇滥用权力，确立了宗教会议之权力高于教皇权力的原则，宣布该宗教会议的权力直接来自基督，会议所订立的任何决议都具有绝对的权威，上至教皇下至普通教士均要服从。通过这次宗教会议，教皇的权力受到很大的限制，也反映出教皇权威的丧失。为了进一步限制教皇的权力，各国的君主又迫使教皇召开巴塞尔宗教会议，要求教皇进一步让出权力。但是当时的教皇尤金四世并不想任由各国的世俗君主摆布，试图摆脱这种被动的局面，于是他公开与巴塞尔会议决裂，自行召开佛罗伦萨会议，寻求与东正教教会统一，从而加强自己的权力。但是拜占庭对他的提议进行了抵制，而巴塞尔会议也决定废除尤金四世，另选教皇菲力克斯五世。这样又出现了两个教皇对峙的局面，这一方面说明教皇已经失去了权威，成为君主控制和利用的对象，另一方面表明世俗君主由于内部的矛盾，也无法完全控制教会。尤金四世教皇利用他们之间的矛盾，通过向法国和德国让步而使巴塞尔会议失去支持，菲力克斯教皇也被迫退位，这样巴塞尔会议历经18年以失败告终。但是这时的教皇也已经元气大伤，随着改革的浪潮而进入了文艺复兴时期。
修道生活
在西欧中世纪社会，修道院和修道生活贯穿整个历史之始终，在宗教、经济和政治方面均产生了重大影响。修道生活以及修道院的出现是一个矛盾体，它一方面是对教会生活的补充，另一方面它又是对教会生活的反动。修道僧选择苦行修道的方式是基于他们对教义的理解，也是基于对教会世俗化的一种改革和抗议。
修道生活最早起源于东方，那时往往一个人到很艰苦的环境下进行独修，住在最简陋的房屋里，或者住在天然的山洞里，过着极端的禁欲苦行生活，通过抛弃世俗和祈祷沉思，而使自己的灵魂获得拯救。他们的行为和精神往往感动其他人，于是有些人追随他们去过同样的生活，结果单独的修道僧汇聚而成修道团体。团体的生活不再像个人独修那样简单，需要订立某种集体认同的规则进行约束，于是修道院院规开始出现。最早的修道院院规是蓬塔斯（Pontus）的圣·巴西勒（St。Basil）所制定的。他主张苦修，赞同团体修道的修道院生活，为此他制定了《布道规程》和《日课规程》。他制定的修道院规则对东罗马的修道院影响很大，一直到8—9世纪在拜占庭帝国还应用着。
圣·本尼迪克真正为西欧修道院确立规则的是圣·本尼迪克所制定的《本尼迪克院规》(Rule of St。Benedict)。他于480年生于意大利，因不满于教会的世俗化而隐居山洞中独自修行，后因追随者日众，遂建立了修道院，同时为了有效地进行管理，他在523年制定了修道院的院规。在该院规中，本尼迪克强调修道僧要发誓赤贫，要绝对服从。修道僧的最基本的生活是体力劳动、诵读经卷和祈祷。为此，本尼迪克详细规定了修道僧每日的程序。其中在祈祷方面，院规规定每日要进行七次祈祷，“先知说：每天我赞美您七次。我们在早课，第一课、第三课、第六课、午课、晚课以及晚祷时尽我们的义务，我们就遵守了七这个神圣的数字。这就是使徒所说的每日七次定时的祈祷。此外，还有夜祷，使徒说：夜里我起床来赞美你。所以让我们在以下这些时间为我们的造物主的公正判决而赞美，即早课、第一课、第三课、第六课、午课、晚课和晚祷，而且让我们在夜里也起来赞美主。”本尼迪克的最大贡献是把修道规定为团体性的有严格纪律的生活，而且使得修道生活完全基督教化，这为西欧修道院的纷纷建立和发展提供了基础和方向。
5—6世纪是西欧修道院纷纷建立的时期，在法国、爱尔兰等地，都有许多修道院，基本上都以孤独、斋戒、劳作、阅读、祈祷等为原则。其中爱尔兰的修道院具有非常重要的地位。在欧洲大陆处于混乱的时候，爱尔兰因拥有和平和秩序而成为许多欧洲学者的避难所，在这里保留和哺育了文化的种子，其间，有不少爱尔兰的僧侣前往欧洲大陆建立修道院，进行传教活动。当8世纪末爱尔兰的修道院遭到诺曼人的劫掠和破坏时，许多僧侣们反过来逃往大陆，对大陆中世纪文明的形成起到了多方面的作用。欧洲许多重要的修道院都有爱尔兰的痕迹，德国科隆的修道院起源于爱尔兰，纽伦堡、维也纳和布拉格等地深受爱尔兰基督教的影响，其中哥伦班（Columban， 543—615年）建立的修道院对法兰克王国修道院制度的发展发挥了重要的影响。哥伦班在大陆建立了多所修道院，吸引了很多追随者。他同本尼迪克一样，强调团体修道的重要性，强调体力劳动的作用，强调苦修和禁欲，而且他制定了比本尼迪克更加严酷的院规，他要求修道僧用自己的双手创造一切，直到站着睡着了才能上床。艰苦劳动是修行的需要，但实际的结果却使大量沼泽地和荒地得到开垦，因此他们建立修道院的活动得到国王和权贵们的鼓励。
加洛林王朝时期，随着教会和王权结合的逐步形成，修道院与王权和教皇的联系也更加紧密，渐渐失去独立的性质。随着查理曼帝国的瓦解、蛮族入侵以及割据状态的形成，修道院逐步走向世俗化，大多成为封建贵族的私有财产，修道僧也纪律松弛，不再恪守戒律而是追求世俗生活的享受。在这种情况下，开始了对修道院改革的运动，其代表便是克吕尼修道院。克吕尼修道院是阿奎丹的伯爵威廉在910年建立的，其成立章程中清楚地表明了其改革的思想：“把所有的僧侣和上述的财产，都置于修道院长贝尔诺（Berno）的管理之下，在他在世期间，依靠自己的知识和能力进行有规则的管理。但是在他过世之后，僧侣们有权利在他们之间选举他们中意的人担任修道院长，遵从上帝的意志和圣本尼迪克所颁布的法规，任何其他的力量都不能妨碍他们进行纯粹的教会选举。任何世俗君主、伯爵、教士以及罗马教皇均不能侵吞他们的财产，不能让渡、减少或者交换这些财产，或者作为采邑给任何其他人，或者违背他们的意志而任命院长。而且应当更加严格地禁止鲁莽之人和罪恶之人做种种亵渎的事情。我恳请圣徒和世俗的君主，彼得和保罗以及教皇，以你们从上帝那里获得的法典和权威，使那些侵吞、劫掠和让渡我们心甘情愿献出的财产的人，不再有在神圣教会分享永恒生命的权利。而且出于上帝的仁慈和怜悯，做克吕尼这块地方以及居住于此的这些僧侣、以及所有这些财产的保护者。”可见，建立之初伯爵威廉就要求克吕尼修道院摆脱世俗贵族的控制，只承认教皇。它的第一任院长贝尔诺力图重新以本尼迪克的院规来整肃修道院，因此他要求修道僧要绝对服从，要禁欲苦行，要劳动和祈祷。如果说贝尔诺在思想上和修道方式上奠定了克吕尼修道院的基础，那么第二任院长奥托（Odo）则进一步把克吕尼的理想发扬光大。在他的努力下，国王确认了修道院的自由地位，修士们可以自行选举自己的院长，同时教皇也确认了对他们的保护，任何主教未经邀请都不可随意进入克吕尼修道院。自此以后，克吕尼的影响开始超出自己的修道院，许多以本尼迪克教规为原则的修道院在各地建立起来。994—1049年间，奥蒂洛（Odilo）统治了克吕尼修道院，在位期间，修道院得到进一步的建设，他用大理石装饰了修道院，而且建造了辉煌的大门。同时他也开始积极涉足政治和宗教生活。他在任时期鼓励和支持了“上帝的和平”（Peace of God）运动，并在法国之外建立了多所克吕尼修道院。他的继承者于格（Hugh）更是把克吕尼修道院的势力和政治影响推向高峰。于格受到教皇的器重，成为教皇的特使，也受到皇帝的器重，受邀担任亨利四世的老师。由于他的特殊地位，他在调节亨利四世和格里高利七世教皇的斗争中发挥了重要作用，从而提高了克吕尼派在国际事务中的地位。也正是他在位期间，克吕尼派的僧侣爬上了教皇的宝座，克吕尼修道院也在权势和地位上达到了最盛期。
修道院在政治地位上的提高，带来了经济上的富裕。王公贵族不断的捐赠，使修道院拥有了大量田产和丰富的物资，修道院也因此而涉足市场。昔日修道院的宁静和简朴被喧闹和奢侈所代替，已经失去了原有的功能和风格。在这样的情况下，又开始出现改革修道院、回归其初始状态的运动。在这场运动中，西多会(Cisterian)特别具有代表性。
西多会最初是在荒山上建立的。该会的创始人为圣罗伯·摩莱斯姆(Robert de Molesme， 1028—1111年)，由于不满克吕尼修道院过度涉足世俗政治和经济，过于奢侈，违背了修道的本义，因此他首先自己到丛林中独修，并与最初的追随者一起建立了摩莱斯姆修道院。随着摩莱斯姆修道院的日渐成熟和世俗人众聚集的数量日多，他又于1098年率领21位志同道合的修道士来到西多荒山的茂密丛林，一边祈祷，一边清理寺院周围的田野和森林，通过自己的双手建立了西多修道院。该院的宗旨完全可以从它的名字体现出来，因为“西多”的意思在古法语中就是“向沼泽进军”的意思。到圣伯纳德（St。Bernard， 1090—1153年）主持该修道院时，这一团体得到了迅速发展。由于他个人的魅力，前来追随者更多，原来的修道院已经无法容纳，于是他把修士们分成许多组，每组12人，分别到各地去开拓荒地，建立分院。他自己也离开西多修道院，亲自带领一批人到一个荒山苦草谷去重建基地。他们砍伐森林，辟地耕种，把原来的不毛之地变成可以耕种的良田，因此将苦草谷更名为清谷，建立了清谷分院。到他去世时，清谷修道院的人数已经增加到700人，而从清谷派出去的修道士，则建立了343座分院。他们的足迹到达英国的荒地、法国比斯开湾的沼泽、荷兰的低地以及德国的沼泽地等地区。
圣伯纳德仍然以严格的标准来要求自己，他一无所有的房间很低，在里面几乎无法直立，他经受许多严酷的折磨，病魔缠身，但是他死后西多会开始衰落了，主要是因为它变得越来越富裕了。由于西多会通过开垦荒地掌握了大量的地产，因而它有很好的租金收入，同时也随着商业复兴的浪潮而涉足陆上商业和海上贸易，最终走上了和克吕尼修道院同样的道路。
与此同时，由于十字军东征以及异端运动的兴起，西欧开始产生多种类型的修道团体。在城市中出现了托钵僧修会，他们反对教会垄断市场、纠缠于商业的现实，主张赤贫和慈善事业。配合十字军东征，出现了圣殿骑士团、医院骑士团等军事修会。
中世纪的修会在坚持和传播原始的基督教义，在开垦荒地、拓展西欧经济以及发展市场方面发挥了应有的作用。但随着西欧在15世纪后向近代的转型，修道院也渐渐失去了它存在的基础。
经院哲学
经院哲学通常是指一种方法和一种体系，它既指神学也指哲学，因为在中世纪所有重要的哲学家同时也是神学家，而且他们的哲学通常体现在他们的神学作品中。经院哲学区别于教父神学和绝对的神学，通常用于指称5世纪教父时代的结束到1450年近代开始之间这一段时期的哲学。
经院哲学的称呼源自基督教经院，基督教经院是在公元6世纪左右建立的，那时查士丁尼关闭了希腊哲学学派的学校，基督教的经院随之兴起。但是经院哲学并没有随着经院的建立而立即出现和发展，而是随着查理曼帝国的建立而发展起来。那时，查理曼特别注重文化教育，鼓励修道院广泛建立学校，导致经院哲学学说盛行。
经院哲学最基本的任务是试图调和信仰和哲学，或者信仰和理性的关系。关于信仰和理性的问题并不是经院哲学时代才开始探讨和实践的，其实在教父时代这样一个问题已经提出。圣·奥古斯丁为了基督教教义的理论化，已经开始借鉴希腊的哲学，尤其是柏拉图的哲学。他认为，信仰帮助理性，而反过来理性帮助信仰，但是他主要强调的是前面一层关系，而且他没有能够界定信仰和理性两者的界限，也没有明确的方法论。但是信仰和理性的关系问题一直延续着。经院哲学盛行的时候，在普遍信仰神学的基础上，人们开始试图建立认识信仰和理性的方法论，并对信仰和理性两者进行界定，于是出现了经院哲学内部的辩论，并出现各种不同的观点，各自代表了经院哲学内部的不同派别。
经院哲学的发展大致可以分为两个阶段，第一个阶段从9世纪到12世纪。这一时期经院哲学内部就理性和信仰的关系问题广泛争论，出现了把哲学神学化的倾向，即试图通过把哲学提高到神学的高度从而在神学上把两者统一起来；同时也出现了把神学降低到哲学的倾向，即试图在理性主义体系中把两者统一起来。这也就是所谓的唯实论(Realism)和唯名论（Nominalism）之争。在这一时期比较著名的代表人物有约翰·斯科图斯·埃里金纳(John Scotus Erigena， 810—约877年)、圣·安瑟伦（St。Anselm， 1033—1109年）和阿伯拉尔（Abelard， 1079—1142年）。埃里金纳是出生于爱尔兰的神学家和哲学家，唯实论的代表人物之一，也是当时最有学识和最杰出的思想家。他的思想基于伪狄奥尼索斯、希腊教父和圣·奥古斯丁的新柏拉图主义，认为所有的真理都是神的显现，神是万物的原因和本质，并据此建立了他的泛神论逻辑体系。他的逻辑体系认为，越是普遍则越是真实，普遍性越小则真实性越来越差。神是普遍的，所以最真实。圣·安瑟伦是意大利人，也是唯实论的代表人物之一。他强调信仰为求知的基础，但理性也可以诠释教义令人迷惑之处，他相信启示和理性之间实质上的和谐，是第一个把亚里士多德理性辩证法成分引入神学的人。阿伯拉尔是法国人，著名的神学家和哲学家，唯名论的代表人物。他出生在一个骑士家庭，但放弃了继承权而研究哲学。1144年，他在巴黎担任一位教士的外甥女海洛伊丝的家庭教师。两人陷入恋爱之中，并致使海洛伊丝怀孕。他们秘密举行了婚礼，但是阿伯拉尔被海洛伊丝的舅舅阉割了，之后阿伯拉尔成为一名僧侣，而海洛伊丝则成为一名修女。阿伯拉尔曾写过《神学导论》、《自我认识》、《是与非》等著作，认为个人是真实存在的，概念则因为个体而存在，如果脱离了个体则概念本身就失去了存在的基础。在信仰和理性的关系方面，他强调信仰必须建立在人类的理智上，理性先于信仰，只有得到理性检验的信仰才不盲目。他阐述的这些思想和正统神学思想相差甚大，因此他也常常被指控为异端。
在这场争论中，一方是提倡理性的人，一方是神秘主义的拥护者，双方形成了激烈的争论。但是，激烈争论的结果是双方在信仰一致的前提下逐渐走向妥协。结果到了13世纪末期，经院哲学迈出了决定性的两步。首先，在精神真理的讨论中运用理智，而且把辩证法应用于神学得到认可和接受，只要将其保持在一定的限度之内。其次，经院也开始超越教会传统的严格限制，不仅向亚里士多德学习，而且向阿拉伯人和犹太人学习，相对的宽容开始使经院哲学摆脱纯粹的争论，而步入体系建构的第二个时期。同时，由于受到阿拉伯科学思想的影响，在经院哲学内部也开始出现经验哲学的萌芽。
第二个时期的主要代表人物是托马斯·阿奎那（Thomas Aquinas， 1225—1274年）托马斯·阿奎那和罗吉尔·培根（Roger Bacon， 1214—1294年）。托马斯·阿奎那是意大利人，是当时著名的哲学家、神学家和教会博士，经院哲学最著名的代表人物，官方天主教哲学体系的创建者。 托马斯·阿奎那生于意大利的洛卡塞卡堡，5岁时被父母送到著名的卡西诺修道院当修童。1239年，托马斯进入那不勒斯大学学习，在这里他接触到亚里士多德的形而上学、自然哲学与逻辑学著作，并于1244年加入多明我会。1245年，他摆脱家庭控制，被修会送到巴黎的圣雅克修道院学习。直到1248年，大阿尔伯特在科隆开设大学馆时，他才随之来到科隆继续学习。在大阿尔伯特的推荐下，1252年秋托马斯进入巴黎大学神学院学习，1256年春完成学业。此后托马斯正式开始了教学生涯。托马斯的著作卷帙浩繁，有《箴言书注》、《论存在与本质》、《论自然原理》、《论真理》、《波埃修〈论三位一体〉》，对亚里士多德《形而上学》、《物理学》、《后分析篇》、《解释篇》、《政治学》、《伦理学》、《论感觉》、《论记忆》、《论灵魂》以及伪亚里士多德的著作《论原因》做过评注。代表作为《反异教大全》、《神学大全》。在《神学大全》这部百科全书式的著作中，他调和了信仰与理性、神学和哲学，认为两者是分立而又统一的。他承认神的世界和自然的世界是两个不同的世界，因此信仰基于神的启示，而哲学则基于自然。但是两者又是统一的，它们分别是一个完美世界的两个不同阶段，自然界是完美世界的初级阶段，而信仰世界是自然界发展的最终目的。因此，理性不是与信仰相对的，理性也是神所启示的，人们靠这种理性通过认识世界继而认识神，但神又超越世界，因此仅仅靠理性是不够的，必须要凭借信仰“超越自然”。以此为基础，神学和哲学所研究的其实是同一的真理，只是两者所研究的方式和运用的手段不同，哲学依靠理智来研究神的真理，而神学通过神的启示来研究神学，神学可以通过信仰来辅助哲学，而哲学则可以通过理性的论辩来维护神学。这样，通过调和论的观点，托马斯·阿奎那消弭了信仰与哲学、教会与国家之间的争论和矛盾，从而建立了庞大的无所不包的神学体系，他也因此被称为经院哲学的集大成者。
罗吉尔·培根1214年生于索墨塞特郡的依尔切斯特，死于1292年。曾在牛津大学学习，是方济各会僧侣。后到巴黎留学，获得过神学博士学位。1250年回到英国，在牛津大学任教。他的著作很多，著名的有《大著作》等。由于他的许多著作中的科学思想不为教会所接受，曾被囚禁15年。培根受到此时的阿拉伯数学的影响，而专心研究数学和自然科学。对自然科学探索的结果，使他开始厌恶经院哲学抽象的论证和形而上学的方法，而确定了实验的方法。他认为无论是迷信权威还是理性的逻辑都不是确定事物原因的途径，唯有经验才是正途。同时他强调知识的作用。他的这些主张虽然在当时不可能引起多大的反响，但是却启示了经验科学的道路。
从根本上说，经院哲学始终没有摆脱信仰的范畴，他们之间的争论也是在共同信仰范围内的争论，所以长期以来人们都把经院哲学时期的哲学看作“神学的婢女”。从真正的理性主义的标准来看待经院哲学，这种评价无疑是正确的，但是相对于基督教的神秘主义，经院哲学无疑是有所进步和发展的。神秘主义强调的是直觉和沉思，强调的是绝对依赖和接受启示，而经院哲学到底在一定程度上把理性引进到神学信仰之中。一方面经院哲学运用理性来阐释他们所认可的神学启示，使基督教信仰更加逻辑化和系统化，增强了基督教教义的说服力和生命力；另一方面，经院哲学在信仰领域引进了理性，自觉或不自觉地为理性主义提供了一定的成长空间，甚至在经院哲学和文艺复兴之间我们也能看到一丝微弱的联系。
异端与宗教裁判所
异端运动由来已久，基督教会初期因为教义之争，失败的一方往往被判为异端，在10世纪下半叶，南自意大利，北至德国和法兰德斯，都有异端运动。12—13世纪，异端运动在西欧达到了高潮。究其原因，一方面是教会高度世俗化和生活腐化而引发了社会的不满，同时也是城市复兴这种新现象出现的反映。另外也同十字军东征有关，十字军东征没有能够征服伊斯兰世界，反而将活跃在东方的异端引入了西方。
在当时，最有影响的异端派别有两个，一个是华尔多派（Waldensians），一个是阿尔比派（Albigenses）。对这些异端派别的记载往往是来自那些反对他们的正统派，虽然记述的口气是把他们看作罪人，但还是反映了这些人的主张。华尔多派因里昂的一位商人华尔多（Waldo）而得名。据13世纪早期的一位佚名编年史的记载，1173年，法国里昂有一位市民名叫华尔多，通过罪恶的高利贷，赚了很多钱。在一个礼拜日他遇到一位吟游诗人，后者的宣讲使他对自己的生活产生了怀疑，而一位神学院院长“如果你要完美，则去卖掉你所有的财产”的话使他坚定了信念。他把个人的一部分财产归还给他曾不公正对待的人，把最大部分的财产送给了穷人。华尔多自愿从一个富商而成为乞丐，并主张和实践赤贫的生活，与当时教会敛财和生活腐化形成了鲜明的对比，吸引了不少追随者，这些人被称为“里昂穷人派”。他的影响并未限于法国的里昂而是迅速向外传播，在意大利北部也出现了“伦巴穷人派”等。最初，里昂穷人派并没有直接攻击教皇，教皇也曾想拉拢他们为自己服务，并批准他们进行活动，但很快里昂穷人派开始反对神职人员，走向教会的对立面，提出更加激进的主张，称天主教会是恶魔的教会；所有的罪恶都集中于教会；教皇是所有错误之源；所有的僧侣都是伪君子等。也正因为如此，教皇改变了最初对待他们的态度，而宣布取缔这一组织，并革除他们的教籍。之后，华尔多派的活动由公开转入地下，活动的场所由城市转入乡村，继续坚持活动。
阿尔比派的形成受到保罗派和鲍格米勒派的影响。由于十字军东征和商业交往的进行，原来在东欧传播的这些异端思想传入法国南部和意大利北部地区，并在土鲁斯的阿尔比城形成中心，因此被称作阿尔比派。从13世纪早期一则对阿尔比派的指控中我们可以大致了解它的主张和对教会的攻击：他们首先认为有两个造物主，一个是看不见的，他们称之为慈善的上帝，另一个是可见的，他们称之为恶毒的上帝；他们把《新约》归结于慈善的上帝，而把《旧约》归结于恶毒的上帝，除了插入《新约》中的某些《旧约》片断之外，他们全盘否定《旧约》并谴责《旧约》作者撒谎；他们说所有的罗马教会都是贼窝，是我们阅读的启示录中的妓女；他们取消教会的圣礼，公开宣讲神圣洗礼的水同河水别无二致，代表最神圣的耶稣基督的圣饼，同普通面包没有区别，向那些单纯的人的耳朵里灌输了这样的亵渎话：即使耶稣的身体同阿尔卑斯山一样大，也早就被那些吃他的人吃完了；他们认为坚振礼（Confirmation）和忏悔完全是虚妄的和无意义的；他们宣讲神圣的婚配形同娼妓，并认为如果他们怀上孩子，其中的任何人都不会得到拯救；他们甚至否认肉体的复活。阿尔比派的宣传吸引了众多的追随者，其势力甚至超过了当地的教会，教会和当地的伯爵对他们的活动根本无法进行压制。
对这些日益壮大的异端运动，罗马教会采取坚决镇压的态度。1179年，教皇亚历山大三世（Alexander Ⅲ， 1159—1181年在位）主持召开了第三次拉特兰宗教会议，此次宗教会议决议的第二十七条是专门针对异端的：“由于在加斯贡尼、阿尔比地区和土鲁斯以及其他地方，讨厌的异端已经如此强大，他们不再秘密实施自己的罪恶，而是公开宣讲他们的错误，并吸引单纯的人和弱者加入他们，我们宣布他们和他们的追随者以及接受他们的人都被逐出教门，而且禁止任何人资助他们，把他们藏在自己的家里和土地上，或者与他们进行交往，否则同样要被逐出教门；任何人带着此罪而死，不但不能享受他人能够获得的特权，而且不能享受弥撒以及葬在基督徒中间。”英诺森三世上台后在1215年主持召开了第四次拉特兰宗教会议，在会上更是全面动员教会和封建主，对异端派别进行镇压。会议所颁布的《教皇敕令》第三条是专门针对异端的。它规定：“我们要把所有起来反对前述正统天主教信仰的异端分子革除教籍，逐出教会；我们谴责所有异端，不管假托什么名称。尽管他们面目不同，但是他们是串在一起的，同样傲慢；要把那些遭谴的人交给世俗政府，或者交给法官，进行应有的惩处；教士首先要降低职位；如果遭谴者是俗人，要没收他们的财产，如果是教士，则其财产归属他们接受俸禄的教会所有；所有的世俗当局，无论司职什么，如果希望获得名声和保持虔诚，都要受到规劝或驱使，或者受教会责成发誓维护信仰，他们要竭尽全力把教会指定的所有异端都驱逐出自己的土地；在清除自己教区的异端骚动方面，任何教士疏忽怠慢或玩忽职守，都要被革除主教职务，选派合适的人来替代他，后者希望而且能够推翻异端的邪恶。”
罗马教会对异端的镇压主要通过三种方式进行。一种方式是运用武力进行讨伐。1206年，英诺森三世借助法国北部贵族和骑士的力量，组成了讨伐阿尔比派的十字军。教皇对讨伐异端的十字军做出了承诺，他们可以不受任何国家法律的约束，他们的任何罪都可以获得赦免，所欠的债务可以免去利息。在教皇的鼓动下，这支十字军对阿尔比派所在的法国南部地区进行了疯狂的杀戮和抢劫。在攻到比塞埃城时，由于阿尔比成员众多，难以分辨谁是异端，谁是信徒，于是教皇的侍臣命令十字军“只管把他们统统杀光，让上帝去分辨谁是他的子民”。结果该城被攻陷后，城中居民悉数被杀，计两万多人，整个城市也被付之一炬。在野蛮镇压了4年之后，阿尔比派才被镇压下去。
第二种方式是教皇支持方济各会和多名我会修会的发展，与异端派别争夺信徒，从而在思想和组织上瓦解异端的基础。方济各会的创立者为佛朗西斯科·帕纳多内（Francesco Bernardone， 1181—1226年），他于1181年出生于亚西西（Assisi）。父亲是一位商人，希望自己的儿子继承自己的行当，但是事与愿违。佛朗西斯科放荡不羁，酗酒成性。他热情地投身于社会生活和军事行动，并因此而被佩鲁甲人俘获后囚禁一年。23岁左右，他经历了逐步的转变并最后抛弃了以前的生活和父亲的财富，决定按照福音的法则去生活。渐渐地在他周围聚集了一些人，1209年人数达到12个，于是方济各会诞生了。随着信徒人数日众，他制定了方济各会的信条和规则，并开始寻求教皇的支持。1210年，他率领众信徒前往罗马，拜见当时的教皇英诺森三世。英诺森三世此时正在发动讨伐阿尔比派的十字军，认识到这样一个团体存在的重要作用，于是他批准了该修会，并派他们前往异端所在地区传道，争取信徒。他对圣方济各派的信徒说：“四处去宣讲你们的苦行吧，因为上帝激励你们。当上帝让你们人数众多而且增加了你们的荣耀之后，再回到我这里。那时我会给你们更多而且会委派你们更重要的事情。”这样，方济各会配合镇压异端的十字军到了法国南部传道，此后又配合十字军东征到埃及和叙利亚等地传道，队伍日益壮大，信条和制度日益系统化。尤其是到教皇洪诺留三世和格里高利九世时期，方济各修会更是得到大力扶植，成为在思想上瓦解异端、追随教皇的一支重要力量。
多明我会的创立者多米尼克（St.Dominic， 1170—1221年），出生于西班牙卡斯提的一个贵族家庭，受过非常良好的教育，年轻时便成为奥斯马教会的执事。1203年，奥斯马的主教提挨戈（Don Diego）接受卡斯提国王阿尔方索九世的委托，前往丹麦国王处商讨联姻问题，他选择多米尼克作为随行人员。在路过土鲁斯时，目睹了因阿尔比派异端存在而造成的精神毁灭，他产生了建立一个修会与异端战斗并把福音传布到世界各个角落的想法。1204年多米尼克前往罗马，希望教皇批准他卸去主教职务而到遥远的地方去传道，而教皇英诺森三世却派他到朗格多克，加入讨伐阿尔比派的十字军。在这里，他看到西多会由于沉溺于世俗的生活方式，不可能对异端产生什么影响，于是决定采取更加严酷的生活方式，从神学理论上与异端进行争辩，并决定在普鲁伊尔建立一所女修道院，保护那些脱离异端的女教徒。经过一段时间的发展之后，1216年，多米尼克向教皇请求批准该修会并得到教皇的许可。1220年，他主持召开会议，详细规定了修会人员的修道方式、修会组织等。到他临死前，多明我会已经遍布西欧。由于多明我会的宗旨是“铲除异端，消灭邪恶，宣讲信仰，培养道德”，一开始他们就把阿尔比派异端视为敌人，从思想上和行动上瓦解异端，因而对异端的破坏力更大。
镇压异端的第三种方法是建立异端裁判所（inquisition）异端裁判所的刑罚，搜捕和审判有异端嫌疑的人。异端裁判所建立于洪诺留三世和格里高利九世时期，多明我会和方济各会成为异端裁判所的创立者和领导者。该法庭是教皇的直属机构，分支遍布西欧各地，但不受地方主教管辖，有一套严酷的搜捕、审判和折磨的程序。其中，其审讯条例规定：在法庭上，被控告人不能知悉控告人、见证人的姓名；任何罪犯恶棍都可充当控告人、见证人，有两人作证，控告即成立；被控告人如不承认“罪行”，就反复拷问，不仅要承认自己的罪行，还要举出同伙和可疑分子；一切有利于被控告人的证词都不能成立；任何人从事有利被告人的活动，都要予以最严厉的惩罚；任何人对被控告人给予法律援助或为他请求减刑，即予以革除出教；被告可以不经审判便予以处死；若承认异端罪行，表示悔改，则判处终身监禁；被告认罪之后，如又否认，即不再审讯，予以烧死；被判为异端的，没收全部财产。
为了能够更细致更全面地搜捕和审讯异端嫌疑分子，当时的宗教审判官还专门编有指导手册，其中多明我会的修道僧贝尔纳·居伊的最为有名。他凭自己担任宗教审判官25年的经验，编写了《宗教裁判官手册》（Inquisitors Manual）。该手册完成于1323—1324年间，全书分为5个部分，前3个部分主要是关于审判程序，第4部分则是一系列的文献，主要是教皇的相关敕令等；第5个部分是最有趣的部分，分别描述当时的各种异端，其中他对每一个教派的描绘都细致有加。在这样严酷的条例下，许多人被捕，被火刑烧死者众多。异端裁判所的活动前后达500年之久，被判处异端者不可胜数。
教皇采取各种手段镇压异端，虽然在一定时期内能够把异端活动暂时镇压下去，但是并不能从根本上消除异端活动，这也是教会由盛转衰的征兆。