彭玉麟是湘系元老而且还是北洋水师的前身湘江水师的缔造者，而且他为人正直深受部下爱戴，因此由他来掌管北洋水师，还是给不错的人选。
同时还在福建船政局的基础上新建了中国皇家海军学院专门用来培养海军人才，光绪还拨专款用于从世界各地聘请教员而魏翰则被任命为第一任校长。刘步蟾、邓世昌、叶富、罗丰禄、林永升、林泰曾、叶祖珪、萨镇冰、刘冠雄等也经常去皇家海军学院讲课。
光绪本来想将地方上的部队全部整合并加以改编，但是遇到了相当大的阻力，因为当时军权在当时话语权是许多封疆大吏安身立命的根本，所以让他们放弃军权现在还有些不现实。
但是光绪并没有气馁，成立了皇家陆军学院专门用来培养陆军将领，而名誉校长也是光绪。对于皇家陆军学院的成立左宗棠表示了欢迎并且还让他的儿子左孝同报名参加了皇家陆军学院成为了第一人学生并且还从自己的部队里挑选一些优秀的年轻人去皇家陆军学院学习。有了左宗棠带头那些封疆大吏也纷纷派遣优秀人员前往皇家陆军学院学习，但是皇家陆军学院对学员的选拔非常严格淘汰率极高。一时间那些忙着内斗的大臣也将自己推荐的人能进入陆军学院学习当做自己炫耀的资本因此向皇家陆军学员派遣的人员也越来越多。而且光绪每年都从优秀毕业生中选拔一批人去德国陆军学院学习。
李鸿章本来想推荐丁汝昌担任北洋水师提督，但是光绪知道历史上丁汝昌虽然是一个爱国将领在北洋水师覆灭时选择杀身成仁，但是不可否认的是丁汝昌对海战一点的不了解，李鸿章推荐这个毫无海战经验的人主要是因为他听话。
但是对于李鸿章送来的折子，光绪明白这不是随随便便能够驳回的，但是为了向李鸿章证明丁汝昌不是合格的海军将领，光绪命人抬来两颗炮弹，光绪指着这两颗炮弹对着丁汝昌问道：“你知道这两颗炮弹的区别，各有什么用途吗？”
丁汝昌看了半天虽然他知道这两颗炮弹的不一样，但是并不知道这两颗炮弹究竟有什么不同，李鸿章和丁汝昌没有想到光绪会问这样的问题，他二人明白对于海战丁汝昌可谓一窍不通，因此他有怎么会分辨出这两颗炮弹的不同呢，一时之间丁汝昌不知道该怎么办，额头上满是细汗。
光绪看了看丁汝昌的表情觉得有些好笑：历史上虽然对于丁汝昌杀身成仁有着很高的评价，但是这也不能掩盖这样的事实那就是历史上丁汝昌对海战可谓一窍不通，有这样的人才担任海军主帅中国海军又怎么能不败呢！
看着丁汝昌迟迟不说话，李鸿章明白推荐丁汝昌任黄海舰队司令的事实不可能被批准的，
不过光绪明白李鸿章的面子还要给一点的，于是便在台湾成立行省丁汝昌被任命为第一任巡抚，并委婉地说道：“现在陆战也变了很多，丁爱卿要是有空的话回去多看看书。
丁汝昌没有想到会在皇上面前出这么大的丑，因此回去后发奋学习陆军新战术，并在后面的台湾保卫战中取得了非常大的效果（这是后话暂且不提）。
而李鸿章本来想乘这个时候夺下电报的经营权，好将触角伸向两江地区。对于这些小动作当然逃不出光绪的眼睛，光绪宣布由朝廷出面在全国各地铺设电报线，同时调李鸿章入军机处负责外交。
在光绪的眼皮底下再加上有恭亲王和醇亲王看着，李鸿章也收敛了很多。
但是朝堂上的争斗却并没有结束，没过多久就有御史弹劾驻美副使容闳，弹劾那些赴美留学生行为不检点而且还有人剪了辫子，在加上容闳曾经在太平天国里当过官，那些顽固派又怎么能放过这个攻击洋务派的机会，弹劾他的奏折就向雪花片一样飞入了宫中。
对此已经恢复议政王头衔的恭亲王来到宫中询问光绪和慈安的看法。慈安现在对朝堂上的事已经很少过问了，她讲问题抛给了光绪。光绪看了看这折子觉得有些难办，毕竟现在开民智才刚刚开始剪辫子还不是时候。但是光绪知道这是中国第一批官派的留学生，在这批留学生中有许多人都在历史上留下浓重的一笔，其中较为出名就有唐绍仪和詹天佑。
光绪只是淡淡地说了一句话：“中国人有句俗话，入乡随俗。”并把这件事给揭过了，不过为了平和那些顽固派的心理还是对容闳做了一些惩罚免去他副使的职位让他回京述职，并且对于那些留学生也作出惩罚罚他们抄写《大清律例》十遍。由于有了光绪的刻意低调处理，这件事最后也就不了了之。
最感到奇怪就属容闳了，他没有想到这件事就这样被揭过的而且光绪也没有提出对他如何处罚只是让他回京述职。而等他带着忐忑不安的心情回国后就得到了光绪的召见，光绪看着五十多岁略显苍老的老者，不知道该说些什么。
光绪知道在历史上容闳曾经说过，他坚信下一代的中国青年应当能有机会受到我所受到过的教育，而通过西方的教育，中国或许可以再生，变得文明而强大。这一目标的实现已经为他一生事业的雄心之所在。正是带着这个梦想，容闳回到了阔别多年的充满了战乱、贫穷、愚昧的祖国。为了这个梦想的实现，他奋斗了整整一生。这使他不但成为中国近代史上第一位留学生，而且成为中国近代留学事业的真正开创者。
但是在这个愚昧的世界里，真正在做事情的人却并没有得到别人理解和尊重，还要受尽各种屈辱。
想了半天光绪意味深长地说了一句：“爱卿你受委屈了。”听到这句话刚才还处在忐忑不安中的容闳激动眼泪都掉了下来，他没有想到自己所作的一切会被自己祖国的最高统治者所理解，容闳感到自己所作的一切都值了。看着光绪那真诚的目光，容闳仿佛已经看到了一个强大的中国屹立在世界之巅。
他擦了擦眼泪说道：“老臣不辛苦。”
“我知道你为这个国家付出了很多，但是还是有很多人不理解你甚至还攻击你，你是不是感到累了甚至想到要退出。”
容闳确实有过这样的想法，光绪看出了容闳的想法说道：“你有这样的想法朕一点都不奇怪，但是你要知道你现在走的道路是中国从来没有人走过的道路，这条道路崎岖不平甚至还有危险。但是只要走的人多了这条路就会越来越宽，最后成为一条宽敞的道路。你说到了那个时候我们的国家还会被人欺负吗？”
容闳在一次充满了信心说道：“谢皇上教诲，老臣知道怎么做了！”
光绪笑着说道：“你在美国待了那么久，说说你的见闻吧。”
容闳于是便将自己的所见所闻告诉给了光绪，通过交谈光绪知道美国的工业水平已经越来越强大了，而且已经有了排华的迹象。
光绪知道现在的中国还很虚弱根本没有实力去保护那些在海外的游子，但是光绪还是希望能够帮助这些海外的游子。
光绪突然想到了一个号主意，他笑着问容闳：“听说你是毕业于耶鲁学院（耶鲁大学的前称），你和学校同学关系不错吧。”
“是啊，耶鲁大学是我的母校，在那里我度过了一段非常美好的时光。在大学期间我还交到了很多朋友，并且到现在我还和他们有联系。”容闳说着嘴角露出笑容仿佛又回到了无忧无虑的大学校园。
“事实上为了留学生的事情，我和很多美国大学的关系都不错。”
光绪听到这些就更娇激动了，于是便将自己的计划告诉了他。
容闳听了以后有些疑惑：“这正的可信吗？”
光绪显得有些信心满满：“照我的话去做就是了。”
于是没有过多久容闳以一个中国伯爵的身份回到了美国，他利用自己的关系与中国驻美大使郑藻如一起在美国成立了中国驻美华商总会，并且还通过华商总会为美国共和党提供政治献金使美国的政治家们也开始维护在没华侨的利益。容闳还在美国创办的首份华文报纸，号召广大华侨团结起来。
容闳还以一个耶鲁学院毕业生的身份拜访耶鲁学院的朴德校长，由于容闳在学生时代也算是耶鲁学院的风流人物而且由于他负责中国对美留学事宜，因此他和耶鲁大学校长朴德的关系不错，他宣布以一个耶鲁学院校友的名义在耶鲁学院设立奖学金以奖励那些成绩优异的贫困学生，他还向朴德校长提议成立了耶鲁学院校友会，每当到了耶鲁学院校庆的时候都会邀请往届的校友来耶鲁学院聚会。而容闳也通过耶鲁大学校友会的关系跻身美国的上流社会。
容闳在美国上流社会中积极鼓励美国的商人来中国投资，而且他还积极投资美国的石油工业，购买了大量的洛克菲克石油公司的股票并且还和洛克菲勒合作在新墨西哥州购买了大片土地。同时他还容闳还积极投身美国的钢铁工业购买了大量的卡内基钢铁公司的股票。
他利用自己的关系与中国驻美大使郑藻如一起在美国成立了中国驻美华商总会，并且还通过华商总会为美国共和党提供政治献金使美国的政治家们也开始维护在没华侨的利益。容闳还在美国创办的首份华文报纸，号召广大华侨团结起来。同时他也利用他在美国上流社会的影响力为广大华侨牟取权力。