新收获的油菜籽水分高，呼吸旺盛，很不好保管，稍有不注意就会出现皮发白、肉质红、籽结块，有酒味或酸味，腐败变质，对出油率有很大的影响，有的甚至一点油也榨不出来。所以很多人对油菜籽的储藏非常关心，为了使油菜籽能出油高、油质好好，我们可以通过以下方法进行储藏。
1、拌盐法。这种方法可以降低菜籽的水分，我们将盐均匀的拌入新收获的菜籽中，除了可以降低水分，还能抑制酶的活动，使脂肪不易分解。另外要注意每100公斤油菜籽里拌1公斤食盐，不要拌多了，这样能在5-6天内维持它贮藏的稳定性，出油率仍能保持原来的95%。
2、密闭法。菜籽脱下以后，立即用塑料薄膜密闭。密闭以后，外界的氧气不能进入，里面的氧气又很快被耗光，形成了自然缺氧，籽粒的呼吸受到抑制，热量不能增加了。用这种方法处理高水分的菜籽，虽然品质稍有降低，但是可以使菜籽在7-10天内不生芽、不发热、不霉烂，能赢得时间，待机出晒。
3、摊晾法。将菜籽铺在晾晒器具上，放在通风的地方。摊菜籽时，既要薄，又要匀，并且每隔1小时要翻动1次，可以加快菜籽晾干的时间。这种方法也能使菜籽多放一段时间。
4、烘干法。有条件的地方可用烘干机烘干，但通入的热风温度不能超过85℃，否则，就会影响菜籽质量，还会降低菜籽的出油率。
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